ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50161

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 4, 8, 13, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.002, 0.015, 0.033, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.028, 0.048, 0.067, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.048 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.024, 0.050, 0.077, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.050 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.003, 0.033, 0.064, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.033 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.103, 0.224, 0.345, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.224 std_dev=0.121
C2' A 0, 0.128, 0.272, 0.415, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.272 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.227, 0.392, 0.557, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.392 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.278, 0.466, 0.655, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.466 std_dev=0.188
C2' B 0, 0.304, 0.511, 0.718, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.511 std_dev=0.207
O2' A 0, 0.188, 0.405, 0.621, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.405 std_dev=0.216
O2' B 0, 0.464, 0.683, 0.902, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.683 std_dev=0.219
C3' B 0, 0.505, 0.768, 1.031, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.768 std_dev=0.263
C5' A 0, 0.424, 0.696, 0.968, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.696 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.574, 0.880, 1.185, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.880 std_dev=0.306
P A 0, 0.360, 0.673, 0.985, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.673 std_dev=0.313
O5' A 0, 0.516, 0.842, 1.168, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.842 std_dev=0.326
OP2 A 0, 0.325, 0.661, 0.996, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.661 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.178, 0.515, 0.853, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.515 std_dev=0.338
O4' B 0, 0.413, 0.768, 1.123, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.768 std_dev=0.355
C4' B 0, 0.595, 0.977, 1.359, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.977 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.336, 0.751, 1.166, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.751 std_dev=0.415
OP1 A 0, 0.199, 0.631, 1.063, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.631 std_dev=0.432
C5' B 0, 0.909, 1.617, 2.326, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.617 std_dev=0.709
N3 B 0, 0.030, 0.872, 1.714, 3.189 max_d=3.189 avg_d=0.872 std_dev=0.842
N9 B 0, -0.066, 0.791, 1.648, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.791 std_dev=0.857
C4 B 0, -0.068, 0.870, 1.809, 3.498 max_d=3.498 avg_d=0.870 std_dev=0.938
O5' B 0, 0.272, 1.335, 2.398, 3.929 max_d=3.929 avg_d=1.335 std_dev=1.063
C2 B 0, 0.033, 1.165, 2.296, 4.333 max_d=4.333 avg_d=1.165 std_dev=1.131
OP1 B 0, 1.551, 2.946, 4.340, 5.402 max_d=5.402 avg_d=2.946 std_dev=1.394
N2 B 0, 0.021, 1.438, 2.855, 5.360 max_d=5.360 avg_d=1.438 std_dev=1.417
N1 B 0, -0.035, 1.390, 2.815, 5.507 max_d=5.507 avg_d=1.390 std_dev=1.425
P B 0, 0.469, 1.899, 3.329, 5.381 max_d=5.381 avg_d=1.899 std_dev=1.430
C8 B 0, -0.257, 1.255, 2.767, 5.618 max_d=5.618 avg_d=1.255 std_dev=1.512
C5 B 0, -0.248, 1.270, 2.788, 5.541 max_d=5.541 avg_d=1.270 std_dev=1.518
C6 B 0, -0.229, 1.506, 3.242, 6.485 max_d=6.485 avg_d=1.506 std_dev=1.736
N7 B 0, -0.399, 1.513, 3.424, 6.943 max_d=6.943 avg_d=1.513 std_dev=1.912
OP2 B 0, 0.825, 2.886, 4.947, 8.002 max_d=8.002 avg_d=2.886 std_dev=2.061
O6 B 0, -0.366, 1.884, 4.134, 8.378 max_d=8.378 avg_d=1.884 std_dev=2.250

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.02 0.14 0.19 0.15
C2 0.04 0.00 0.12 0.20 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.24 0.04 0.29 0.01 0.31 0.40 0.33
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.07 0.10 0.15 0.12 0.07 0.04 0.00 0.05 0.02 0.13 0.09 0.21 0.13 0.12
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.15 0.01 0.16 0.02 0.18 0.13 0.20 0.22 0.18 0.14 0.10 0.02 0.01 0.01 0.15 0.19 0.26 0.12 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.02 0.28 0.01 0.29 0.36 0.31
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.06 0.08 0.04 0.00 0.02 0.11 0.12 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.26 0.03 0.33 0.01 0.36 0.44 0.38
C5' 0.03 0.15 0.02 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.19 0.17 0.17 0.14 0.12 0.19 0.11 0.08 0.08 0.02 0.01 0.21 0.12 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.28 0.03 0.35 0.01 0.40 0.48 0.41
C8 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.26 0.04 0.30 0.02 0.31 0.34 0.33
N1 0.04 0.01 0.10 0.20 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.26 0.03 0.33 0.01 0.36 0.45 0.38
N2 0.06 0.00 0.15 0.22 0.02 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.26 0.06 0.28 0.02 0.29 0.39 0.32
N3 0.04 0.01 0.12 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.20 0.04 0.26 0.01 0.26 0.35 0.29
N7 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.30 0.04 0.35 0.02 0.39 0.44 0.40
N9 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.17 0.02 0.24 0.02 0.24 0.29 0.26
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.05 0.13 0.16 0.12 0.07 0.04 0.00 0.21 0.08 0.07 0.11 0.19 0.11 0.08
O3' 0.04 0.24 0.05 0.01 0.20 0.04 0.26 0.08 0.28 0.26 0.26 0.26 0.20 0.30 0.17 0.21 0.00 0.03 0.26 0.31 0.41 0.37 0.31
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.03 0.00 0.08 0.04 0.12 0.20 0.15
O5' 0.12 0.29 0.13 0.15 0.28 0.02 0.33 0.01 0.35 0.30 0.33 0.28 0.26 0.35 0.24 0.07 0.26 0.08 0.00 0.37 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.31 0.04 0.37 0.00 0.45 0.52 0.45
OP1 0.14 0.31 0.21 0.26 0.29 0.12 0.36 0.12 0.40 0.31 0.36 0.29 0.26 0.39 0.24 0.19 0.41 0.12 0.02 0.45 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.40 0.13 0.12 0.36 0.12 0.44 0.15 0.48 0.34 0.45 0.39 0.35 0.44 0.29 0.11 0.37 0.20 0.01 0.52 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.33 0.12 0.14 0.31 0.04 0.38 0.02 0.41 0.33 0.38 0.32 0.29 0.40 0.26 0.08 0.31 0.15 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 1.03 0.20 0.26 0.64 0.17 0.63 0.37 0.79 0.39 0.98 1.24 0.85 0.48 0.43 0.34 0.32 0.19 0.68 0.79 0.97 0.97 0.77
C2 0.39 1.18 0.18 0.40 0.91 0.37 1.18 0.77 1.46 0.85 1.47 1.19 0.86 1.11 0.70 0.31 0.40 0.23 1.11 1.64 1.73 1.63 1.39
C2' 0.32 1.06 0.24 0.18 0.66 0.13 0.69 0.32 0.87 0.46 1.04 1.28 0.85 0.56 0.45 0.39 0.22 0.19 0.64 0.90 0.97 0.93 0.73
C3' 0.33 0.91 0.31 0.14 0.58 0.13 0.64 0.26 0.79 0.50 0.91 1.08 0.73 0.58 0.44 0.45 0.17 0.20 0.54 0.83 0.85 0.78 0.59
C4 0.38 1.14 0.17 0.37 0.89 0.32 1.09 0.67 1.29 0.79 1.31 1.13 0.88 1.00 0.68 0.30 0.39 0.20 0.98 1.39 1.46 1.36 1.17
C4' 0.31 0.82 0.29 0.12 0.47 0.14 0.44 0.17 0.56 0.34 0.74 1.03 0.69 0.36 0.33 0.45 0.19 0.22 0.41 0.55 0.64 0.59 0.42
C5 0.41 1.04 0.19 0.42 0.98 0.42 1.31 0.80 1.51 1.04 1.38 0.88 0.80 1.31 0.80 0.27 0.43 0.24 1.08 1.66 1.64 1.44 1.29
C5' 0.33 0.64 0.37 0.13 0.39 0.17 0.39 0.15 0.48 0.37 0.59 0.80 0.55 0.37 0.32 0.52 0.15 0.24 0.31 0.48 0.54 0.46 0.30
C6 0.42 1.03 0.20 0.45 1.02 0.49 1.46 0.92 1.72 1.17 1.50 0.82 0.75 1.50 0.85 0.27 0.44 0.28 1.20 1.98 1.90 1.65 1.48
C8 0.37 0.88 0.20 0.35 0.83 0.30 1.01 0.58 1.10 0.83 1.03 0.79 0.74 0.99 0.69 0.27 0.40 0.18 0.82 1.16 1.16 1.02 0.89
N1 0.42 1.10 0.19 0.43 0.98 0.45 1.36 0.87 1.65 1.05 1.53 0.98 0.80 1.36 0.80 0.29 0.43 0.27 1.19 1.91 1.89 1.71 1.49
N2 0.39 1.18 0.18 0.40 0.88 0.36 1.13 0.77 1.43 0.80 1.46 1.23 0.86 1.05 0.67 0.32 0.40 0.23 1.13 1.62 1.76 1.70 1.43
N3 0.37 1.21 0.17 0.36 0.86 0.30 1.04 0.66 1.28 0.71 1.37 1.30 0.91 0.92 0.63 0.32 0.38 0.20 1.00 1.39 1.52 1.46 1.23
N7 0.40 0.89 0.20 0.42 0.96 0.43 1.29 0.78 1.39 1.10 1.20 0.67 0.71 1.34 0.83 0.25 0.43 0.23 1.00 1.53 1.47 1.23 1.13
N9 0.35 1.04 0.18 0.32 0.79 0.25 0.89 0.53 1.04 0.64 1.11 1.09 0.85 0.80 0.59 0.31 0.36 0.17 0.82 1.08 1.18 1.12 0.94
O2' 0.28 1.10 0.20 0.21 0.58 0.15 0.55 0.29 0.76 0.31 1.02 1.42 0.87 0.38 0.35 0.35 0.25 0.19 0.61 0.75 0.91 0.91 0.70
O3' 0.33 0.93 0.34 0.24 0.58 0.23 0.63 0.33 0.79 0.47 0.93 1.13 0.75 0.55 0.42 0.45 0.24 0.25 0.43 0.83 0.80 0.65 0.52
O4' 0.31 0.86 0.24 0.22 0.50 0.17 0.44 0.25 0.56 0.31 0.75 1.07 0.75 0.33 0.34 0.39 0.31 0.22 0.51 0.53 0.72 0.71 0.54
O5' 0.33 0.57 0.41 0.12 0.45 0.10 0.54 0.14 0.60 0.52 0.61 0.64 0.48 0.57 0.40 0.51 0.02 0.20 0.42 0.65 0.66 0.59 0.41
O6 0.43 0.93 0.21 0.47 1.04 0.57 1.59 1.02 1.86 1.33 1.51 0.67 0.66 1.71 0.91 0.25 0.46 0.33 1.26 2.24 2.08 1.72 1.59
OP1 0.22 0.36 0.13 0.05 0.20 0.20 0.31 0.37 0.37 0.32 0.38 0.46 0.29 0.38 0.15 0.21 0.02 0.20 0.38 0.44 0.78 0.71 0.52
OP2 0.11 0.50 0.22 0.06 0.50 0.30 0.75 0.43 0.79 0.78 0.65 0.51 0.40 0.91 0.45 0.21 0.02 0.16 0.52 0.93 0.79 0.83 0.57
P 0.12 0.40 0.20 0.01 0.29 0.14 0.43 0.25 0.48 0.44 0.45 0.47 0.31 0.52 0.23 0.25 0.01 0.09 0.36 0.56 0.65 0.61 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.19 0.01 0.18 0.02 0.24 0.32 0.17
C2 0.06 0.00 0.23 0.31 0.01 0.40 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.35 0.37 1.12 0.01 1.32 1.73 1.39
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.11 0.01 0.06 0.10 0.10 0.13 0.17 0.29 0.24 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.38 0.08 0.41 0.46 0.34
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.17 0.01 0.23 0.02 0.22 0.39 0.24 0.41 0.30 0.36 0.18 0.02 0.01 0.02 0.34 0.26 0.44 0.35 0.26
C4 0.02 0.01 0.11 0.17 0.00 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.19 0.55 0.01 0.62 0.84 0.61
C4' 0.01 0.40 0.01 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.14 0.34 0.27 0.53 0.39 0.27 0.10 0.19 0.02 0.00 0.02 0.14 0.19 0.26 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.23 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.18 0.08 0.51 0.01 0.66 0.84 0.57
C5' 0.04 0.77 0.10 0.02 0.31 0.01 0.24 0.00 0.31 0.56 0.55 1.03 0.71 0.48 0.17 0.09 0.14 0.02 0.01 0.29 0.28 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.22 0.01 0.14 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.15 0.59 0.00 0.76 1.04 0.72
C8 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.34 0.01 0.56 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.33 0.24 0.22 0.80 0.02 0.95 0.99 0.87
N1 0.04 0.00 0.17 0.24 0.01 0.27 0.01 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.29 0.28 0.86 0.01 1.05 1.44 1.09
N2 0.07 0.00 0.29 0.41 0.02 0.53 0.01 1.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.33 0.44 0.44 1.45 0.02 1.82 2.32 1.89
N3 0.06 0.01 0.24 0.30 0.01 0.39 0.01 0.71 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.32 0.37 1.03 0.01 1.12 1.45 1.20
N7 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.27 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.24 0.12 0.74 0.02 0.96 1.05 0.86
N9 0.01 0.02 0.03 0.18 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.17 0.11 0.02 0.37 0.01 0.45 0.53 0.36
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.16 0.19 0.25 0.09 0.24 0.33 0.21 0.33 0.23 0.34 0.17 0.00 0.07 0.15 0.19 0.28 0.27 0.39 0.20
O3' 0.19 0.35 0.02 0.01 0.18 0.02 0.18 0.14 0.23 0.24 0.29 0.44 0.32 0.24 0.11 0.07 0.00 0.10 0.28 0.24 0.56 0.40 0.31
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.19 0.00 0.08 0.02 0.15 0.22 0.28 0.44 0.37 0.12 0.02 0.15 0.10 0.00 0.13 0.11 0.20 0.34 0.20
O5' 0.18 1.12 0.38 0.34 0.55 0.02 0.51 0.01 0.59 0.80 0.86 1.45 1.03 0.74 0.37 0.19 0.28 0.13 0.00 0.58 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.26 0.01 0.14 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.28 0.24 0.11 0.58 0.00 0.80 1.06 0.72
OP1 0.24 1.32 0.41 0.44 0.62 0.19 0.66 0.28 0.76 0.95 1.05 1.82 1.12 0.96 0.45 0.27 0.56 0.20 0.01 0.80 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 1.73 0.46 0.35 0.84 0.26 0.84 0.33 1.04 0.99 1.44 2.32 1.45 1.05 0.53 0.39 0.40 0.34 0.02 1.06 0.01 0.00 0.01
P 0.17 1.39 0.34 0.26 0.61 0.08 0.57 0.02 0.72 0.87 1.09 1.89 1.20 0.86 0.36 0.20 0.31 0.20 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00