ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50162

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 5, 2, 0, 4, 2, 2, 7, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.014, 0.036, 0.057, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.021, 0.048, 0.076, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.048 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.008, 0.036, 0.064, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.036 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.016, 0.045, 0.075, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.045 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.013, 0.050, 0.086, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.050 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.011, 0.048, 0.085, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.048 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.013, 0.052, 0.090, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.052 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.018, 0.070, 0.122, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.070 std_dev=0.052
N2 A 0, 0.016, 0.080, 0.143, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.080 std_dev=0.063
C2' B 0, 0.320, 0.624, 0.929, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.624 std_dev=0.304
O2' B 0, 0.336, 0.770, 1.203, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.770 std_dev=0.434
C3' B 0, 0.329, 0.858, 1.386, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.858 std_dev=0.529
O3' B 0, 0.392, 1.238, 2.083, 4.230 max_d=4.230 avg_d=1.238 std_dev=0.846
C2' A 0, 0.182, 1.048, 1.914, 2.292 max_d=2.292 avg_d=1.048 std_dev=0.866
O4' A 0, 0.231, 1.101, 1.971, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.101 std_dev=0.870
C4' B 0, 0.600, 1.516, 2.431, 4.263 max_d=4.263 avg_d=1.516 std_dev=0.915
C1' B 0, 0.395, 1.458, 2.522, 3.218 max_d=3.218 avg_d=1.458 std_dev=1.064
O5' B 0, 0.790, 1.895, 3.000, 5.188 max_d=5.188 avg_d=1.895 std_dev=1.105
C3' A 0, 0.285, 1.412, 2.538, 3.508 max_d=3.508 avg_d=1.412 std_dev=1.127
C5' B 0, 0.531, 1.657, 2.784, 5.030 max_d=5.030 avg_d=1.657 std_dev=1.127
P B 0, 1.019, 2.174, 3.329, 5.816 max_d=5.816 avg_d=2.174 std_dev=1.155
OP2 B 0, 1.487, 2.658, 3.829, 4.404 max_d=4.404 avg_d=2.658 std_dev=1.171
C4' A 0, 0.330, 1.529, 2.728, 3.043 max_d=3.043 avg_d=1.529 std_dev=1.199
O4' B 0, 0.688, 1.965, 3.243, 4.576 max_d=4.576 avg_d=1.965 std_dev=1.277
O3' A 0, 0.315, 1.663, 3.010, 4.893 max_d=4.893 avg_d=1.663 std_dev=1.348
O2' A 0, 0.261, 1.630, 2.999, 3.404 max_d=3.404 avg_d=1.630 std_dev=1.369
OP1 B 0, 1.041, 2.719, 4.397, 8.383 max_d=8.383 avg_d=2.719 std_dev=1.678
C8 B 0, 0.223, 1.974, 3.726, 5.352 max_d=5.352 avg_d=1.974 std_dev=1.751
N9 B 0, 0.125, 1.936, 3.746, 4.928 max_d=4.928 avg_d=1.936 std_dev=1.810
C5' A 0, 0.561, 2.555, 4.550, 5.395 max_d=5.395 avg_d=2.555 std_dev=1.995
O5' A 0, 0.480, 2.726, 4.972, 7.130 max_d=7.130 avg_d=2.726 std_dev=2.246
N7 B 0, -0.017, 2.609, 5.234, 7.599 max_d=7.599 avg_d=2.609 std_dev=2.626
C4 B 0, -0.233, 2.640, 5.513, 7.189 max_d=7.189 avg_d=2.640 std_dev=2.873
P A 0, -0.176, 2.951, 6.078, 9.628 max_d=9.628 avg_d=2.951 std_dev=3.127
OP1 A 0, 0.434, 3.665, 6.896, 10.140 max_d=10.140 avg_d=3.665 std_dev=3.231
C5 B 0, -0.328, 3.030, 6.388, 8.786 max_d=8.786 avg_d=3.030 std_dev=3.358
N3 B 0, -0.393, 2.985, 6.363, 8.390 max_d=8.390 avg_d=2.985 std_dev=3.378
OP2 A 0, -0.195, 3.463, 7.121, 11.573 max_d=11.573 avg_d=3.463 std_dev=3.658
C2 B 0, -0.720, 3.752, 8.224, 10.843 max_d=10.843 avg_d=3.752 std_dev=4.472
C6 B 0, -0.663, 3.859, 8.381, 11.438 max_d=11.438 avg_d=3.859 std_dev=4.522
N1 B 0, -0.866, 4.156, 9.177, 11.988 max_d=11.988 avg_d=4.156 std_dev=5.022
O6 B 0, -0.737, 4.365, 9.467, 13.327 max_d=13.327 avg_d=4.365 std_dev=5.102
N2 B 0, -0.863, 4.256, 9.374, 12.465 max_d=12.465 avg_d=4.256 std_dev=5.119

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.07 0.10 0.09 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.20 0.04 0.48 0.23 0.17
C2 0.09 0.00 0.48 0.54 0.01 0.41 0.01 0.65 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.37 0.46 0.45 1.12 0.01 1.58 1.46 1.30
C2' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.24 0.01 0.11 0.19 0.20 0.25 0.36 0.58 0.47 0.13 0.02 0.01 0.04 0.03 0.49 0.15 0.53 0.56 0.45
C3' 0.02 0.54 0.00 0.00 0.35 0.01 0.36 0.03 0.42 0.29 0.49 0.63 0.50 0.33 0.21 0.02 0.01 0.03 0.37 0.43 0.45 0.37 0.30
C4 0.05 0.01 0.24 0.35 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.25 0.23 0.60 0.01 0.86 0.78 0.63
C4' 0.03 0.41 0.01 0.01 0.17 0.00 0.13 0.01 0.17 0.31 0.30 0.54 0.40 0.25 0.09 0.29 0.03 0.01 0.02 0.15 0.38 0.37 0.16
C5 0.03 0.01 0.11 0.36 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.19 0.09 0.50 0.01 0.66 0.84 0.50
C5' 0.06 0.65 0.19 0.03 0.28 0.01 0.26 0.00 0.32 0.47 0.50 0.85 0.59 0.43 0.15 0.13 0.22 0.02 0.01 0.33 0.33 0.43 0.02
C6 0.05 0.01 0.20 0.42 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.30 0.25 0.18 0.68 0.00 0.94 1.07 0.75
C8 0.02 0.01 0.25 0.29 0.01 0.31 0.01 0.47 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.54 0.19 0.26 0.50 0.02 0.36 0.88 0.50
N1 0.07 0.01 0.36 0.49 0.01 0.30 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.36 0.34 0.96 0.01 1.37 1.35 1.11
N2 0.10 0.00 0.58 0.63 0.01 0.54 0.01 0.85 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.53 0.59 0.54 1.37 0.02 1.97 1.83 1.64
N3 0.09 0.00 0.47 0.50 0.00 0.40 0.01 0.59 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.36 0.44 0.44 1.00 0.01 1.37 1.18 1.10
N7 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.25 0.01 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.52 0.17 0.15 0.45 0.03 0.32 0.94 0.45
N9 0.01 0.02 0.02 0.21 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.19 0.01 0.31 0.02 0.45 0.47 0.23
O2' 0.02 0.37 0.01 0.02 0.20 0.29 0.33 0.13 0.30 0.54 0.28 0.53 0.36 0.52 0.24 0.00 0.06 0.20 0.33 0.37 0.44 0.49 0.32
O3' 0.35 0.46 0.04 0.01 0.25 0.03 0.19 0.22 0.25 0.19 0.36 0.59 0.44 0.17 0.19 0.06 0.00 0.21 0.29 0.23 0.34 0.35 0.18
O4' 0.01 0.45 0.03 0.03 0.23 0.01 0.09 0.02 0.18 0.26 0.34 0.54 0.44 0.15 0.01 0.20 0.21 0.00 0.21 0.13 0.50 0.36 0.26
O5' 0.20 1.12 0.49 0.37 0.60 0.02 0.50 0.01 0.68 0.50 0.96 1.37 1.00 0.45 0.31 0.33 0.29 0.21 0.00 0.62 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.15 0.43 0.01 0.15 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.37 0.23 0.13 0.62 0.00 0.84 1.11 0.68
OP1 0.48 1.58 0.53 0.45 0.86 0.38 0.66 0.33 0.94 0.36 1.37 1.97 1.37 0.32 0.45 0.44 0.34 0.50 0.02 0.84 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 1.46 0.56 0.37 0.78 0.37 0.84 0.43 1.07 0.88 1.35 1.83 1.18 0.94 0.47 0.49 0.35 0.36 0.01 1.11 0.01 0.00 0.01
P 0.17 1.30 0.45 0.30 0.63 0.16 0.50 0.02 0.75 0.50 1.11 1.64 1.10 0.45 0.23 0.32 0.18 0.26 0.01 0.68 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.64 2.21 0.28 0.34 1.44 0.49 1.42 0.45 1.78 0.73 2.13 2.52 1.87 1.00 0.91 0.28 0.40 0.62 0.55 1.76 0.61 1.03 0.63
C2 0.55 3.37 0.31 0.47 2.01 0.67 2.25 0.72 3.08 0.98 3.63 3.90 2.52 1.58 1.12 0.29 0.62 0.55 0.94 3.27 0.90 1.53 0.99
C2' 0.50 1.50 0.69 0.65 0.94 0.56 0.97 0.63 1.21 0.67 1.46 1.81 1.22 0.79 0.66 0.79 0.58 0.44 0.73 1.22 0.83 1.00 0.79
C3' 0.61 1.31 0.55 0.53 0.97 0.41 1.00 0.46 1.17 0.75 1.31 1.49 1.13 0.87 0.76 0.58 0.49 0.48 0.58 1.19 0.77 0.88 0.67
C4 0.51 2.92 0.30 0.45 1.80 0.64 1.96 0.65 2.60 0.87 3.05 3.28 2.26 1.37 1.01 0.29 0.58 0.52 0.85 2.67 0.80 1.44 0.90
C4' 0.81 1.54 0.64 0.71 1.15 0.65 1.15 0.68 1.32 0.90 1.50 1.74 1.35 0.99 0.93 0.61 0.77 0.72 0.71 1.33 0.97 1.00 0.84
C5 0.39 2.80 0.31 0.51 1.75 0.73 2.01 0.77 2.71 0.85 3.08 3.05 2.12 1.42 0.93 0.32 0.66 0.48 1.03 2.85 0.96 1.67 1.07
C5' 1.15 1.39 1.15 1.29 1.24 1.15 1.26 1.23 1.31 1.22 1.36 1.50 1.31 1.24 1.19 1.10 1.37 1.10 1.24 1.31 1.49 1.47 1.35
C6 0.37 3.02 0.33 0.55 1.84 0.79 2.19 0.87 3.04 0.90 3.42 3.32 2.22 1.56 0.96 0.33 0.72 0.50 1.16 3.30 1.11 1.82 1.20
C8 0.36 2.01 0.28 0.44 1.35 0.63 1.47 0.61 1.86 0.68 2.10 2.12 1.62 1.05 0.75 0.30 0.55 0.45 0.81 1.89 0.77 1.43 0.87
N1 0.46 3.30 0.33 0.53 1.98 0.74 2.30 0.82 3.19 0.97 3.68 3.74 2.44 1.62 1.06 0.31 0.69 0.52 1.09 3.46 1.06 1.72 1.14
N2 0.59 3.49 0.31 0.46 2.08 0.66 2.32 0.71 3.18 1.02 3.76 4.10 2.61 1.63 1.17 0.30 0.60 0.59 0.91 3.40 0.89 1.48 0.96
N3 0.58 3.18 0.30 0.43 1.92 0.61 2.08 0.64 2.79 0.93 3.32 3.70 2.43 1.45 1.09 0.29 0.55 0.57 0.81 2.89 0.78 1.37 0.86
N7 0.29 2.25 0.30 0.52 1.48 0.76 1.73 0.77 2.27 0.74 2.50 2.35 1.72 1.25 0.76 0.34 0.65 0.49 1.03 2.37 0.95 1.69 1.07
N9 0.50 2.43 0.28 0.39 1.56 0.56 1.63 0.54 2.09 0.76 2.46 2.70 1.98 1.14 0.90 0.28 0.49 0.50 0.71 2.10 0.69 1.28 0.77
O2' 0.59 1.55 0.79 0.75 0.93 0.65 0.88 0.76 1.08 0.66 1.39 1.97 1.31 0.73 0.67 0.93 0.68 0.62 0.96 1.05 1.13 1.35 1.08
O3' 0.54 1.31 0.39 0.36 0.91 0.26 0.92 0.30 1.10 0.65 1.28 1.54 1.12 0.77 0.68 0.46 0.33 0.43 0.49 1.11 0.74 0.85 0.61
O4' 0.97 2.03 0.76 0.80 1.46 0.81 1.44 0.80 1.69 1.00 1.97 2.29 1.77 1.15 1.12 0.69 0.81 0.90 0.83 1.68 1.01 1.15 0.92
O5' 1.39 1.57 1.62 1.79 1.38 1.50 1.41 1.57 1.46 1.44 1.53 1.76 1.44 1.42 1.39 1.52 1.84 1.36 1.60 1.46 1.87 1.81 1.72
O6 0.30 2.85 0.34 0.60 1.74 0.85 2.16 0.96 3.04 0.86 3.34 3.11 2.06 1.56 0.86 0.36 0.78 0.51 1.29 3.41 1.27 1.99 1.34
OP1 1.60 1.66 1.99 2.56 1.36 2.27 1.37 2.52 1.45 1.54 1.62 2.02 1.44 1.43 1.45 1.65 2.74 1.79 2.52 1.46 2.98 2.75 2.70
OP2 1.83 1.98 2.34 2.56 1.83 2.11 1.86 2.33 1.86 2.01 1.91 2.17 1.90 1.95 1.87 2.04 2.31 1.84 2.54 1.86 2.94 3.04 2.81
P 1.69 1.58 2.14 2.56 1.46 2.16 1.47 2.33 1.46 1.68 1.53 1.83 1.49 1.57 1.59 1.84 2.63 1.78 2.38 1.46 2.74 2.63 2.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.30 0.02 0.32 0.47 0.19
C2 0.06 0.00 0.47 0.84 0.01 0.56 0.01 0.77 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.47 0.29 1.13 0.01 1.43 1.39 1.49
C2' 0.00 0.47 0.00 0.01 0.22 0.01 0.09 0.24 0.17 0.28 0.34 0.58 0.47 0.19 0.04 0.00 0.03 0.02 0.57 0.12 0.70 0.83 0.59
C3' 0.02 0.84 0.01 0.00 0.44 0.01 0.29 0.03 0.44 0.24 0.67 1.02 0.79 0.16 0.12 0.02 0.01 0.02 0.22 0.37 0.53 0.33 0.27
C4 0.03 0.01 0.22 0.44 0.00 0.26 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.15 0.15 0.44 0.02 0.76 0.51 0.66
C4' 0.01 0.56 0.01 0.01 0.26 0.00 0.12 0.01 0.22 0.29 0.42 0.70 0.53 0.20 0.05 0.26 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.08 0.07 0.40 0.02 0.62 0.62 0.49
C5' 0.11 0.77 0.24 0.03 0.26 0.01 0.19 0.00 0.26 0.65 0.55 1.05 0.69 0.52 0.20 0.07 0.22 0.02 0.01 0.24 0.17 0.23 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.44 0.01 0.22 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.36 0.17 0.12 0.49 0.01 0.87 0.68 0.76
C8 0.02 0.02 0.28 0.24 0.01 0.29 0.01 0.65 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.32 0.32 0.17 0.99 0.03 0.54 1.34 0.78
N1 0.05 0.00 0.34 0.67 0.02 0.42 0.01 0.55 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.35 0.22 0.85 0.01 1.25 1.10 1.23
N2 0.08 0.00 0.58 1.02 0.02 0.70 0.01 1.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.42 0.66 0.34 1.53 0.02 1.77 1.96 1.92
N3 0.06 0.01 0.47 0.79 0.01 0.53 0.01 0.69 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.40 0.28 0.98 0.01 1.22 1.08 1.26
N7 0.01 0.01 0.19 0.16 0.01 0.20 0.00 0.52 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.36 0.21 0.10 0.81 0.03 0.48 1.20 0.64
N9 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.05 0.01 0.20 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.17 0.02 0.41 0.02 0.38 0.61 0.29
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.26 0.26 0.32 0.07 0.36 0.32 0.36 0.42 0.32 0.36 0.19 0.00 0.04 0.15 0.42 0.39 0.64 0.95 0.55
O3' 0.30 0.47 0.03 0.01 0.15 0.01 0.08 0.22 0.17 0.32 0.35 0.66 0.40 0.21 0.17 0.04 0.00 0.21 0.25 0.13 0.37 0.30 0.21
O4' 0.00 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.17 0.22 0.34 0.28 0.10 0.02 0.15 0.21 0.00 0.12 0.10 0.44 0.33 0.28
O5' 0.30 1.13 0.57 0.22 0.44 0.02 0.40 0.01 0.49 0.99 0.85 1.53 0.98 0.81 0.41 0.42 0.25 0.12 0.00 0.46 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.37 0.02 0.17 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.39 0.13 0.10 0.46 0.00 0.79 0.70 0.67
OP1 0.32 1.43 0.70 0.53 0.76 0.23 0.62 0.17 0.87 0.54 1.25 1.77 1.22 0.48 0.38 0.64 0.37 0.44 0.01 0.79 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.39 0.83 0.33 0.51 0.22 0.62 0.23 0.68 1.34 1.10 1.96 1.08 1.20 0.61 0.95 0.30 0.33 0.02 0.70 0.01 0.00 0.01
P 0.19 1.49 0.59 0.27 0.66 0.07 0.49 0.01 0.76 0.78 1.23 1.92 1.26 0.64 0.29 0.55 0.21 0.28 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00