ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50163

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 15, 5, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.023, 0.043, 0.062, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.043 std_dev=0.020
O2' A 0, -0.010, 0.263, 0.537, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.263 std_dev=0.274
C2' A 0, -0.079, 0.195, 0.470, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.195 std_dev=0.274
O4' A 0, -0.107, 0.176, 0.458, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.176 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.015, 0.329, 0.643, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.329 std_dev=0.314
O2' B 0, -0.036, 0.338, 0.712, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.338 std_dev=0.374
C4' A 0, -0.126, 0.287, 0.700, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.287 std_dev=0.413
C3' A 0, -0.137, 0.300, 0.737, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.300 std_dev=0.437
C3' B 0, -0.080, 0.428, 0.937, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.428 std_dev=0.508
O3' A 0, -0.157, 0.420, 0.998, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.420 std_dev=0.578
O5' A 0, -0.200, 0.481, 1.162, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.481 std_dev=0.681
C5' A 0, -0.249, 0.489, 1.227, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.489 std_dev=0.738
P A 0, -0.380, 0.618, 1.616, 3.039 max_d=3.039 avg_d=0.618 std_dev=0.998
O3' B 0, -0.356, 0.665, 1.687, 3.105 max_d=3.105 avg_d=0.665 std_dev=1.022
C1' B 0, -0.369, 0.664, 1.697, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.664 std_dev=1.033
C8 B 0, -0.346, 0.760, 1.867, 3.487 max_d=3.487 avg_d=0.760 std_dev=1.106
OP2 A 0, -0.415, 0.727, 1.869, 3.395 max_d=3.395 avg_d=0.727 std_dev=1.142
C4' B 0, -0.460, 0.718, 1.897, 3.748 max_d=3.748 avg_d=0.718 std_dev=1.179
OP1 A 0, -0.470, 0.763, 1.997, 3.806 max_d=3.806 avg_d=0.763 std_dev=1.234
N9 B 0, -0.456, 0.779, 2.014, 3.829 max_d=3.829 avg_d=0.779 std_dev=1.235
O4' B 0, -0.529, 0.815, 2.159, 4.164 max_d=4.164 avg_d=0.815 std_dev=1.344
N7 B 0, -0.485, 0.902, 2.289, 4.475 max_d=4.475 avg_d=0.902 std_dev=1.387
O5' B 0, -0.739, 0.996, 2.731, 5.634 max_d=5.634 avg_d=0.996 std_dev=1.735
C4 B 0, -0.750, 0.991, 2.731, 5.401 max_d=5.401 avg_d=0.991 std_dev=1.740
C5' B 0, -0.766, 0.992, 2.750, 5.475 max_d=5.475 avg_d=0.992 std_dev=1.758
C5 B 0, -0.772, 1.069, 2.910, 5.801 max_d=5.801 avg_d=1.069 std_dev=1.841
N3 B 0, -0.997, 1.134, 3.264, 6.483 max_d=6.483 avg_d=1.134 std_dev=2.130
OP2 B 0, -0.963, 1.181, 3.325, 6.692 max_d=6.692 avg_d=1.181 std_dev=2.144
OP1 B 0, -0.981, 1.189, 3.359, 6.774 max_d=6.774 avg_d=1.189 std_dev=2.170
P B 0, -0.994, 1.180, 3.354, 6.821 max_d=6.821 avg_d=1.180 std_dev=2.174
C6 B 0, -1.087, 1.344, 3.775, 7.577 max_d=7.577 avg_d=1.344 std_dev=2.431
O6 B 0, -1.143, 1.474, 4.090, 8.211 max_d=8.211 avg_d=1.474 std_dev=2.616
C2 B 0, -1.314, 1.387, 4.089, 8.181 max_d=8.181 avg_d=1.387 std_dev=2.702
N1 B 0, -1.358, 1.496, 4.351, 8.729 max_d=8.729 avg_d=1.496 std_dev=2.854
N2 B 0, -1.604, 1.575, 4.754, 9.513 max_d=9.513 avg_d=1.575 std_dev=3.179

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.02 0.31 0.15 0.22
C2 0.02 0.00 0.22 0.24 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.30 0.07 0.38 0.01 0.64 0.29 0.45
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.10 0.16 0.26 0.22 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.26 0.06 0.29 0.17 0.24
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.13 0.00 0.09 0.02 0.13 0.11 0.20 0.29 0.22 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.30 0.20 0.24
C4 0.01 0.01 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.04 0.41 0.01 0.61 0.34 0.46
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.06 0.13 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.50 0.01 0.73 0.47 0.58
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.12 0.09 0.08 0.06 0.13 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.13 0.20 0.07 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.03 0.51 0.01 0.78 0.49 0.61
C8 0.01 0.01 0.10 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.06 0.52 0.02 0.62 0.48 0.55
N1 0.02 0.00 0.16 0.20 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.05 0.45 0.01 0.73 0.40 0.54
N2 0.03 0.00 0.26 0.29 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.37 0.09 0.34 0.01 0.61 0.24 0.41
N3 0.02 0.01 0.22 0.22 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.26 0.07 0.34 0.01 0.56 0.25 0.39
N7 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.56 0.02 0.75 0.56 0.64
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.39 0.02 0.52 0.32 0.41
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.03 0.07 0.07 0.13 0.23 0.17 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.06 0.12 0.15 0.07
O3' 0.02 0.30 0.02 0.01 0.14 0.02 0.09 0.04 0.15 0.12 0.25 0.37 0.26 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.18 0.13 0.17 0.18 0.14
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.07 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.21 0.09 0.10
O5' 0.21 0.38 0.26 0.29 0.41 0.02 0.50 0.01 0.51 0.52 0.45 0.34 0.34 0.56 0.39 0.08 0.18 0.07 0.00 0.55 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.13 0.03 0.55 0.00 0.85 0.56 0.67
OP1 0.31 0.64 0.29 0.30 0.61 0.13 0.73 0.20 0.78 0.62 0.73 0.61 0.56 0.75 0.52 0.12 0.17 0.21 0.02 0.85 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.29 0.17 0.20 0.34 0.12 0.47 0.07 0.49 0.48 0.40 0.24 0.25 0.56 0.32 0.15 0.18 0.09 0.02 0.56 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.45 0.24 0.24 0.46 0.02 0.58 0.01 0.61 0.55 0.54 0.41 0.39 0.64 0.41 0.07 0.14 0.10 0.00 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.42 0.37 0.17 0.17 0.36 0.42 0.33 0.41 0.32 0.33 0.34 0.39 0.38 0.31 0.37 0.18 0.30 0.57 0.64 0.31 0.16 0.77 0.62
C2 0.47 1.05 0.21 0.23 0.74 0.17 0.70 0.32 0.85 0.41 1.00 1.21 0.92 0.51 0.54 0.26 0.53 0.35 0.19 0.84 0.73 0.49 0.15
C2' 0.13 0.22 0.26 0.20 0.20 0.11 0.22 0.14 0.24 0.19 0.24 0.23 0.20 0.21 0.17 0.27 0.29 0.16 0.32 0.25 0.22 0.43 0.34
C3' 0.21 0.37 0.33 0.20 0.34 0.08 0.38 0.13 0.41 0.31 0.41 0.37 0.34 0.36 0.29 0.31 0.19 0.10 0.16 0.43 0.27 0.15 0.17
C4 0.48 0.90 0.20 0.20 0.67 0.14 0.62 0.21 0.73 0.40 0.85 1.03 0.82 0.47 0.52 0.26 0.52 0.41 0.25 0.71 0.61 0.47 0.17
C4' 0.28 0.07 0.09 0.21 0.09 0.56 0.08 0.62 0.09 0.15 0.09 0.11 0.08 0.10 0.16 0.13 0.18 0.54 0.61 0.11 0.20 0.51 0.60
C5 0.52 1.19 0.23 0.28 0.84 0.24 0.78 0.46 0.93 0.43 1.12 1.36 1.06 0.55 0.60 0.31 0.64 0.33 0.09 0.91 0.89 0.27 0.23
C5' 0.38 0.14 0.21 0.33 0.17 0.67 0.12 0.68 0.11 0.18 0.11 0.16 0.19 0.13 0.24 0.31 0.31 0.62 0.49 0.12 0.15 0.22 0.42
C6 0.51 1.40 0.23 0.32 0.95 0.36 0.89 0.65 1.11 0.45 1.34 1.64 1.22 0.60 0.64 0.32 0.69 0.26 0.19 1.09 1.09 0.21 0.39
C8 0.53 0.85 0.22 0.20 0.67 0.14 0.60 0.17 0.68 0.40 0.79 0.95 0.81 0.45 0.53 0.29 0.57 0.47 0.21 0.65 0.57 0.34 0.13
N1 0.49 1.29 0.22 0.29 0.87 0.28 0.83 0.54 1.03 0.44 1.24 1.51 1.12 0.58 0.60 0.29 0.62 0.29 0.11 1.02 0.97 0.32 0.25
N2 0.45 1.01 0.20 0.22 0.71 0.16 0.68 0.29 0.83 0.41 0.98 1.17 0.88 0.50 0.52 0.25 0.50 0.35 0.24 0.82 0.69 0.56 0.18
N3 0.46 0.85 0.20 0.19 0.63 0.15 0.59 0.18 0.69 0.39 0.81 0.96 0.77 0.45 0.49 0.24 0.47 0.41 0.32 0.68 0.54 0.59 0.25
N7 0.56 1.19 0.24 0.30 0.86 0.26 0.79 0.49 0.93 0.44 1.11 1.35 1.09 0.55 0.63 0.34 0.70 0.35 0.12 0.89 0.90 0.19 0.29
N9 0.48 0.69 0.20 0.17 0.55 0.21 0.51 0.14 0.56 0.37 0.64 0.76 0.65 0.41 0.47 0.24 0.45 0.49 0.38 0.54 0.40 0.54 0.31
O2' 0.13 0.38 0.24 0.12 0.26 0.26 0.27 0.37 0.33 0.17 0.39 0.45 0.32 0.21 0.18 0.27 0.19 0.24 0.55 0.34 0.18 0.71 0.64
O3' 0.47 0.85 0.51 0.24 0.71 0.11 0.74 0.15 0.82 0.57 0.87 0.89 0.77 0.66 0.59 0.51 0.09 0.23 0.10 0.84 0.24 0.09 0.13
O4' 0.62 0.44 0.32 0.34 0.48 0.73 0.43 0.73 0.40 0.48 0.40 0.43 0.48 0.43 0.52 0.35 0.27 0.85 0.86 0.38 0.27 0.85 0.81
O5' 0.20 0.23 0.19 0.13 0.20 0.53 0.21 0.63 0.24 0.18 0.25 0.25 0.21 0.20 0.18 0.22 0.01 0.44 0.42 0.25 0.14 0.24 0.42
O6 0.52 1.65 0.25 0.38 1.08 0.50 1.02 0.88 1.29 0.47 1.58 1.94 1.41 0.67 0.69 0.34 0.75 0.21 0.38 1.28 1.32 0.21 0.63
OP1 0.30 0.15 0.06 0.24 0.18 0.69 0.16 0.94 0.14 0.23 0.14 0.15 0.17 0.18 0.23 0.06 0.03 0.60 0.48 0.13 0.21 0.11 0.42
OP2 0.63 0.91 0.72 0.36 0.89 0.06 0.97 0.17 1.02 0.84 0.99 0.86 0.85 0.94 0.81 0.58 0.03 0.31 0.40 1.06 0.36 0.78 0.34
P 0.08 0.23 0.23 0.02 0.22 0.33 0.27 0.47 0.30 0.22 0.28 0.22 0.19 0.28 0.17 0.21 0.01 0.19 0.12 0.33 0.19 0.33 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.11 0.16 0.11
C2 0.04 0.00 0.14 0.14 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.21 0.04 0.26 0.01 0.17 0.44 0.27
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.10 0.18 0.14 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.24 0.04 0.23 0.44 0.26
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.08 0.11 0.11 0.17 0.13 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.37 0.08 0.34 0.57 0.37
C4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.03 0.27 0.01 0.17 0.45 0.28
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.00 0.01 0.06 0.12 0.12 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.35 0.01 0.19 0.62 0.37
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.05 0.05 0.11 0.06 0.04 0.07 0.01 0.01 0.11 0.10 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.12 0.04 0.35 0.01 0.19 0.66 0.39
C8 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.04 0.37 0.02 0.18 0.58 0.36
N1 0.03 0.01 0.10 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.04 0.31 0.01 0.18 0.56 0.33
N2 0.06 0.01 0.18 0.17 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.27 0.05 0.24 0.01 0.17 0.39 0.24
N3 0.04 0.01 0.14 0.13 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.19 0.04 0.23 0.02 0.16 0.36 0.23
N7 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.40 0.02 0.20 0.72 0.43
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.25 0.01 0.15 0.39 0.24
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.11 0.19 0.13 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.09 0.05 0.24 0.22 0.12
O3' 0.02 0.21 0.04 0.01 0.11 0.05 0.09 0.07 0.12 0.13 0.17 0.27 0.19 0.12 0.05 0.06 0.00 0.03 0.46 0.11 0.62 0.71 0.51
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.20 0.05 0.20 0.17 0.16
O5' 0.12 0.26 0.24 0.37 0.27 0.01 0.35 0.01 0.35 0.37 0.31 0.24 0.23 0.40 0.25 0.09 0.46 0.20 0.00 0.38 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.11 0.05 0.38 0.00 0.21 0.76 0.43
OP1 0.11 0.17 0.23 0.34 0.17 0.12 0.19 0.10 0.19 0.18 0.18 0.17 0.16 0.20 0.15 0.24 0.62 0.20 0.02 0.21 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.44 0.44 0.57 0.45 0.12 0.62 0.18 0.66 0.58 0.56 0.39 0.36 0.72 0.39 0.22 0.71 0.17 0.02 0.76 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.27 0.26 0.37 0.28 0.02 0.37 0.01 0.39 0.36 0.33 0.24 0.23 0.43 0.24 0.12 0.51 0.16 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00