ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50164

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 6, 2, 2, 5, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.018, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.020, 0.032, 0.044, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.035 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.028, 0.044, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.044 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.028, 0.045, 0.062, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.045 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.039, 0.061, 0.084, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.061 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.038, 0.065, 0.091, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.065 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.049, 0.080, 0.111, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.080 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.435, 0.636, 0.836, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.636 std_dev=0.201
O2' A 0, 0.429, 0.633, 0.837, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.633 std_dev=0.204
O4' A 0, 0.476, 0.692, 0.908, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.692 std_dev=0.216
O2' B 0, 0.289, 0.555, 0.821, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.555 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.719, 1.057, 1.396, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.057 std_dev=0.339
C3' A 0, 0.739, 1.083, 1.426, 2.046 max_d=2.046 avg_d=1.083 std_dev=0.343
C2' B 0, 0.422, 0.800, 1.178, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.800 std_dev=0.378
O5' A 0, 1.166, 1.584, 2.002, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.584 std_dev=0.418
P A 0, 0.786, 1.222, 1.658, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.222 std_dev=0.436
O3' A 0, 1.099, 1.566, 2.033, 2.791 max_d=2.791 avg_d=1.566 std_dev=0.467
C1' B 0, 0.794, 1.316, 1.838, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.316 std_dev=0.522
C5' A 0, 1.163, 1.734, 2.304, 3.421 max_d=3.421 avg_d=1.734 std_dev=0.571
OP2 A 0, 0.991, 1.669, 2.348, 3.542 max_d=3.542 avg_d=1.669 std_dev=0.679
N9 B 0, 1.676, 2.375, 3.074, 3.437 max_d=3.437 avg_d=2.375 std_dev=0.699
C3' B 0, 1.042, 1.756, 2.471, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.756 std_dev=0.714
O4' B 0, 1.117, 1.858, 2.600, 3.216 max_d=3.216 avg_d=1.858 std_dev=0.742
C4' B 0, 1.386, 2.153, 2.920, 3.486 max_d=3.486 avg_d=2.153 std_dev=0.767
C8 B 0, 2.385, 3.220, 4.055, 4.223 max_d=4.223 avg_d=3.220 std_dev=0.835
C4 B 0, 2.168, 3.022, 3.875, 4.153 max_d=4.153 avg_d=3.022 std_dev=0.853
C5' B 0, 2.118, 3.010, 3.903, 4.476 max_d=4.476 avg_d=3.010 std_dev=0.892
N3 B 0, 2.135, 3.036, 3.937, 4.203 max_d=4.203 avg_d=3.036 std_dev=0.901
C5 B 0, 2.961, 3.999, 5.037, 5.119 max_d=5.119 avg_d=3.999 std_dev=1.038
O5' B 0, 2.181, 3.229, 4.277, 4.600 max_d=4.600 avg_d=3.229 std_dev=1.048
N7 B 0, 3.073, 4.126, 5.178, 5.339 max_d=5.339 avg_d=4.126 std_dev=1.053
C2 B 0, 2.893, 3.990, 5.086, 5.224 max_d=5.224 avg_d=3.990 std_dev=1.097
O3' B 0, 1.287, 2.417, 3.546, 4.002 max_d=4.002 avg_d=2.417 std_dev=1.130
P B 0, 2.815, 3.996, 5.177, 5.491 max_d=5.491 avg_d=3.996 std_dev=1.181
N1 B 0, 3.546, 4.771, 5.996, 6.040 max_d=6.040 avg_d=4.771 std_dev=1.225
OP2 B 0, 2.692, 3.921, 5.150, 5.545 max_d=5.545 avg_d=3.921 std_dev=1.229
C6 B 0, 3.656, 4.890, 6.123, 6.290 max_d=6.290 avg_d=4.890 std_dev=1.234
N2 B 0, 3.167, 4.423, 5.678, 5.867 max_d=5.867 avg_d=4.423 std_dev=1.255
OP1 B 0, 3.220, 4.530, 5.840, 6.166 max_d=6.166 avg_d=4.530 std_dev=1.310
OP1 A 0, 0.887, 2.274, 3.662, 4.338 max_d=4.338 avg_d=2.274 std_dev=1.387
O6 B 0, 4.381, 5.824, 7.267, 7.590 max_d=7.590 avg_d=5.824 std_dev=1.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.02 0.38 0.21 0.15
C2 0.03 0.00 0.11 0.17 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.20 0.04 0.26 0.01 0.90 0.65 0.36
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.07 0.05 0.10 0.13 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.43 0.21 0.18
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.15 0.08 0.17 0.19 0.15 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.43 0.19 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.02 0.25 0.01 0.81 0.56 0.32
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.10 0.29 0.24 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.02 0.30 0.01 0.98 0.73 0.38
C5' 0.04 0.13 0.02 0.02 0.13 0.00 0.17 0.00 0.19 0.18 0.16 0.12 0.11 0.20 0.12 0.06 0.03 0.02 0.01 0.21 0.40 0.39 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.18 0.03 0.31 0.01 1.09 0.84 0.42
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.28 0.02 0.76 0.53 0.29
N1 0.03 0.01 0.10 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.20 0.04 0.30 0.01 1.03 0.78 0.41
N2 0.04 0.01 0.13 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.05 0.25 0.02 0.88 0.63 0.36
N3 0.03 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.16 0.04 0.23 0.01 0.77 0.52 0.31
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.04 0.31 0.02 0.99 0.74 0.37
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.22 0.01 0.64 0.41 0.25
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.12 0.09 0.04 0.03 0.00 0.04 0.06 0.06 0.07 0.38 0.13 0.13
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.13 0.02 0.14 0.03 0.18 0.10 0.20 0.22 0.16 0.12 0.07 0.04 0.00 0.01 0.16 0.19 0.54 0.26 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.10 0.03 0.22 0.32 0.10
O5' 0.11 0.26 0.08 0.10 0.25 0.02 0.30 0.01 0.31 0.28 0.30 0.25 0.23 0.31 0.22 0.06 0.16 0.10 0.00 0.33 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.19 0.03 0.33 0.00 1.19 0.94 0.45
OP1 0.38 0.90 0.43 0.43 0.81 0.29 0.98 0.40 1.09 0.76 1.03 0.88 0.77 0.99 0.64 0.38 0.54 0.22 0.02 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.65 0.21 0.19 0.56 0.24 0.73 0.39 0.84 0.53 0.78 0.63 0.52 0.74 0.41 0.13 0.26 0.32 0.02 0.94 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.36 0.18 0.17 0.32 0.06 0.38 0.01 0.42 0.29 0.41 0.36 0.31 0.37 0.25 0.13 0.18 0.10 0.00 0.45 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.46 0.36 0.40 0.37 0.33 0.47 0.33 0.54 0.39 0.53 0.51 0.35 0.47 0.31 0.30 0.37 0.23 0.46 0.59 0.70 0.59 0.47
C2 0.25 0.34 0.38 0.56 0.42 0.35 0.63 0.42 0.74 0.55 0.60 0.26 0.25 0.69 0.39 0.28 0.48 0.27 0.59 0.90 0.77 0.67 0.56
C2' 0.21 0.44 0.43 0.57 0.33 0.49 0.45 0.46 0.54 0.36 0.53 0.50 0.32 0.46 0.27 0.30 0.64 0.28 0.55 0.62 0.78 0.63 0.56
C3' 0.27 0.35 0.50 0.71 0.25 0.68 0.36 0.62 0.44 0.32 0.41 0.44 0.27 0.40 0.22 0.31 0.94 0.41 0.66 0.52 0.87 0.70 0.68
C4 0.23 0.30 0.39 0.56 0.37 0.38 0.56 0.41 0.63 0.51 0.51 0.30 0.21 0.62 0.35 0.29 0.52 0.25 0.57 0.73 0.76 0.64 0.54
C4' 0.24 0.40 0.41 0.50 0.25 0.56 0.31 0.47 0.38 0.25 0.40 0.49 0.32 0.31 0.20 0.27 0.66 0.37 0.49 0.43 0.71 0.60 0.52
C5 0.24 0.24 0.40 0.66 0.33 0.44 0.55 0.47 0.58 0.54 0.39 0.41 0.18 0.66 0.35 0.27 0.64 0.28 0.63 0.70 0.78 0.65 0.58
C5' 0.36 0.36 0.47 0.64 0.24 0.76 0.26 0.64 0.30 0.26 0.33 0.45 0.33 0.29 0.24 0.30 0.98 0.56 0.60 0.34 0.74 0.64 0.60
C6 0.25 0.28 0.38 0.67 0.35 0.43 0.59 0.49 0.65 0.58 0.43 0.48 0.22 0.72 0.38 0.27 0.64 0.30 0.66 0.82 0.80 0.67 0.61
C8 0.22 0.25 0.43 0.65 0.25 0.48 0.40 0.45 0.40 0.43 0.30 0.37 0.19 0.50 0.28 0.28 0.67 0.28 0.58 0.47 0.75 0.60 0.53
N1 0.25 0.25 0.37 0.62 0.38 0.38 0.62 0.46 0.71 0.58 0.50 0.33 0.20 0.72 0.38 0.27 0.57 0.28 0.63 0.90 0.79 0.68 0.59
N2 0.26 0.40 0.37 0.52 0.44 0.33 0.65 0.41 0.77 0.56 0.65 0.30 0.30 0.70 0.40 0.29 0.44 0.29 0.58 0.94 0.77 0.68 0.56
N3 0.24 0.40 0.38 0.51 0.42 0.34 0.61 0.39 0.71 0.52 0.62 0.34 0.29 0.64 0.38 0.29 0.45 0.26 0.56 0.83 0.75 0.65 0.54
N7 0.26 0.31 0.42 0.73 0.29 0.51 0.46 0.51 0.45 0.52 0.32 0.49 0.27 0.60 0.34 0.27 0.73 0.32 0.65 0.54 0.78 0.63 0.58
N9 0.21 0.33 0.40 0.53 0.34 0.39 0.48 0.39 0.53 0.44 0.45 0.36 0.24 0.53 0.32 0.30 0.51 0.23 0.53 0.60 0.74 0.61 0.51
O2' 0.22 0.55 0.36 0.41 0.40 0.36 0.49 0.36 0.60 0.36 0.62 0.64 0.42 0.46 0.30 0.29 0.42 0.24 0.45 0.66 0.73 0.60 0.50
O3' 0.28 0.37 0.50 0.74 0.24 0.74 0.36 0.70 0.44 0.31 0.42 0.47 0.28 0.39 0.22 0.30 1.02 0.46 0.71 0.53 0.94 0.78 0.76
O4' 0.22 0.43 0.34 0.34 0.31 0.35 0.37 0.30 0.42 0.31 0.44 0.51 0.35 0.36 0.25 0.28 0.34 0.26 0.40 0.46 0.67 0.56 0.44
O5' 0.54 0.37 0.66 1.02 0.35 1.03 0.33 0.87 0.33 0.39 0.32 0.45 0.41 0.39 0.39 0.41 1.47 0.76 0.81 0.37 0.91 0.73 0.78
O6 0.28 0.41 0.36 0.72 0.36 0.46 0.59 0.52 0.64 0.61 0.47 0.64 0.32 0.75 0.39 0.26 0.70 0.33 0.70 0.84 0.82 0.69 0.64
OP1 0.62 0.55 0.54 1.03 0.60 1.18 0.81 0.97 0.87 0.79 0.73 0.51 0.48 0.91 0.60 0.56 1.93 0.86 1.18 1.02 1.11 1.07 1.07
OP2 0.24 0.46 0.30 0.53 0.49 0.50 0.67 0.49 0.70 0.66 0.58 0.43 0.39 0.77 0.45 0.67 0.99 0.33 0.79 0.79 0.87 1.01 0.87
P 0.57 0.27 0.54 1.16 0.31 1.20 0.33 1.02 0.31 0.45 0.25 0.33 0.32 0.44 0.40 0.33 1.90 0.89 1.09 0.37 1.07 0.91 1.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.28 0.00 0.26 0.02 0.35 0.39 0.18
C2 0.04 0.00 0.32 0.28 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.18 0.12 0.27 0.01 0.74 0.46 0.34
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.18 0.02 0.13 0.20 0.18 0.12 0.27 0.36 0.30 0.08 0.04 0.01 0.02 0.02 0.43 0.16 0.57 0.50 0.40
C3' 0.02 0.28 0.00 0.00 0.27 0.01 0.35 0.02 0.38 0.32 0.34 0.27 0.23 0.38 0.22 0.02 0.01 0.02 0.30 0.41 0.47 0.35 0.30
C4 0.02 0.01 0.18 0.27 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.09 0.07 0.29 0.01 0.54 0.47 0.26
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.14 0.12 0.10 0.08 0.15 0.09 0.28 0.03 0.00 0.02 0.15 0.28 0.26 0.10
C5 0.01 0.01 0.13 0.35 0.00 0.13 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.15 0.05 0.34 0.01 0.50 0.56 0.31
C5' 0.10 0.27 0.20 0.02 0.24 0.01 0.29 0.00 0.32 0.23 0.31 0.27 0.23 0.29 0.19 0.10 0.20 0.01 0.01 0.34 0.09 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.38 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.16 0.07 0.33 0.00 0.60 0.57 0.34
C8 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.18 0.08 0.40 0.02 0.28 0.64 0.35
N1 0.03 0.00 0.27 0.34 0.01 0.12 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.13 0.10 0.30 0.01 0.71 0.51 0.35
N2 0.05 0.00 0.36 0.27 0.01 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.27 0.15 0.26 0.01 0.83 0.44 0.38
N3 0.04 0.00 0.30 0.23 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.22 0.12 0.26 0.01 0.67 0.42 0.29
N7 0.02 0.01 0.08 0.38 0.00 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.24 0.05 0.39 0.02 0.36 0.67 0.37
N9 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.08 0.02 0.31 0.01 0.37 0.48 0.23
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.24 0.28 0.28 0.10 0.31 0.26 0.31 0.34 0.28 0.29 0.18 0.00 0.06 0.19 0.39 0.32 0.52 0.51 0.35
O3' 0.28 0.18 0.02 0.01 0.09 0.03 0.15 0.20 0.16 0.18 0.13 0.27 0.22 0.24 0.08 0.06 0.00 0.21 0.35 0.23 0.63 0.63 0.48
O4' 0.00 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.10 0.15 0.12 0.05 0.02 0.19 0.21 0.00 0.19 0.06 0.23 0.39 0.19
O5' 0.26 0.27 0.43 0.30 0.29 0.02 0.34 0.01 0.33 0.40 0.30 0.26 0.26 0.39 0.31 0.39 0.35 0.19 0.00 0.35 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.16 0.41 0.01 0.15 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.32 0.23 0.06 0.35 0.00 0.58 0.62 0.36
OP1 0.35 0.74 0.57 0.47 0.54 0.28 0.50 0.09 0.60 0.28 0.71 0.83 0.67 0.36 0.37 0.52 0.63 0.23 0.01 0.58 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.46 0.50 0.35 0.47 0.26 0.56 0.28 0.57 0.64 0.51 0.44 0.42 0.67 0.48 0.51 0.63 0.39 0.02 0.62 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.34 0.40 0.30 0.26 0.10 0.31 0.02 0.34 0.35 0.35 0.38 0.29 0.37 0.23 0.35 0.48 0.19 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00