ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50165

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 2, 3, 2, 1, 1, 2, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.005, 0.029, 0.052, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.029 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.030 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.036 std_dev=0.027
N3 A 0, -0.002, 0.027, 0.056, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.027 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.010, 0.039, 0.068, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.039 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.003, 0.027, 0.058, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.027 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.001, 0.034, 0.067, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.034 std_dev=0.033
N2 A 0, -0.012, 0.055, 0.122, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.055 std_dev=0.067
O2' B 0, 0.224, 0.450, 0.677, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.450 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.154, 0.613, 1.071, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.613 std_dev=0.459
O4' A 0, -0.162, 0.398, 0.958, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.398 std_dev=0.560
C2' A 0, -0.127, 0.438, 1.002, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.438 std_dev=0.564
C3' B 0, 0.247, 1.026, 1.805, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.026 std_dev=0.779
O2' A 0, -0.167, 0.617, 1.400, 3.290 max_d=3.290 avg_d=0.617 std_dev=0.784
C3' A 0, -0.144, 0.662, 1.468, 2.953 max_d=2.953 avg_d=0.662 std_dev=0.806
C1' B 0, 0.057, 0.909, 1.761, 3.657 max_d=3.657 avg_d=0.909 std_dev=0.852
C4' A 0, -0.185, 0.692, 1.570, 3.225 max_d=3.225 avg_d=0.692 std_dev=0.877
O3' A 0, -0.038, 0.861, 1.759, 2.841 max_d=2.841 avg_d=0.861 std_dev=0.898
O4' B 0, 0.115, 1.127, 2.138, 4.555 max_d=4.555 avg_d=1.127 std_dev=1.011
C4' B 0, 0.212, 1.227, 2.243, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.227 std_dev=1.016
O3' B 0, 0.274, 1.469, 2.665, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.469 std_dev=1.195
O5' A 0, -0.002, 1.205, 2.412, 5.002 max_d=5.002 avg_d=1.205 std_dev=1.207
C8 B 0, 0.097, 1.329, 2.561, 4.674 max_d=4.674 avg_d=1.329 std_dev=1.232
N9 B 0, -0.086, 1.320, 2.726, 4.851 max_d=4.851 avg_d=1.320 std_dev=1.406
C5' A 0, -0.320, 1.108, 2.536, 5.136 max_d=5.136 avg_d=1.108 std_dev=1.428
C5' B 0, 0.346, 1.794, 3.242, 4.771 max_d=4.771 avg_d=1.794 std_dev=1.448
P A 0, 0.092, 1.611, 3.130, 5.565 max_d=5.565 avg_d=1.611 std_dev=1.519
O5' B 0, 0.157, 1.860, 3.563, 5.328 max_d=5.328 avg_d=1.860 std_dev=1.703
OP1 A 0, 0.057, 1.905, 3.753, 7.192 max_d=7.192 avg_d=1.905 std_dev=1.848
N7 B 0, -0.101, 1.829, 3.759, 6.397 max_d=6.397 avg_d=1.829 std_dev=1.930
P B 0, 0.105, 2.285, 4.464, 6.593 max_d=6.593 avg_d=2.285 std_dev=2.180
OP2 A 0, -0.107, 2.189, 4.485, 6.441 max_d=6.441 avg_d=2.189 std_dev=2.296
OP1 B 0, 0.191, 2.513, 4.836, 7.152 max_d=7.152 avg_d=2.513 std_dev=2.322
C4 B 0, -0.517, 1.882, 4.281, 6.954 max_d=6.954 avg_d=1.882 std_dev=2.399
C5 B 0, -0.529, 2.189, 4.908, 7.994 max_d=7.994 avg_d=2.189 std_dev=2.718
N3 B 0, -0.779, 2.162, 5.103, 7.939 max_d=7.939 avg_d=2.162 std_dev=2.941
OP2 B 0, -0.393, 2.626, 5.645, 9.132 max_d=9.132 avg_d=2.626 std_dev=3.019
C6 B 0, -0.922, 2.844, 6.610, 10.508 max_d=10.508 avg_d=2.844 std_dev=3.766
C2 B 0, -1.158, 2.776, 6.709, 10.294 max_d=10.294 avg_d=2.776 std_dev=3.933
O6 B 0, -0.925, 3.248, 7.420, 11.815 max_d=11.815 avg_d=3.248 std_dev=4.172
N1 B 0, -1.273, 3.078, 7.428, 11.564 max_d=11.564 avg_d=3.078 std_dev=4.350
N2 B 0, -1.349, 3.221, 7.790, 11.651 max_d=11.651 avg_d=3.221 std_dev=4.570

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.21 0.03 0.26 0.34 0.20
C2 0.07 0.00 0.38 0.39 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.40 0.28 0.45 0.01 0.53 0.86 0.53
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.20 0.02 0.10 0.11 0.17 0.17 0.29 0.46 0.37 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.39 0.13 0.47 0.60 0.42
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.31 0.01 0.33 0.03 0.38 0.20 0.41 0.42 0.34 0.28 0.19 0.02 0.01 0.02 0.50 0.39 0.48 0.69 0.42
C4 0.03 0.01 0.20 0.31 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.27 0.14 0.42 0.01 0.49 0.79 0.49
C4' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.23 0.12 0.23 0.16 0.22 0.09 0.20 0.02 0.01 0.02 0.16 0.19 0.36 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.29 0.07 0.51 0.01 0.63 1.04 0.64
C5' 0.05 0.24 0.11 0.03 0.20 0.01 0.28 0.00 0.29 0.35 0.25 0.28 0.22 0.38 0.17 0.12 0.11 0.01 0.01 0.34 0.31 0.37 0.01
C6 0.03 0.01 0.17 0.38 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.36 0.12 0.54 0.00 0.69 1.17 0.71
C8 0.03 0.01 0.17 0.20 0.01 0.23 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.33 0.18 0.16 0.51 0.02 0.57 0.88 0.56
N1 0.05 0.01 0.29 0.41 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.40 0.21 0.50 0.01 0.62 1.05 0.64
N2 0.09 0.01 0.46 0.42 0.01 0.23 0.01 0.28 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.41 0.45 0.33 0.45 0.02 0.53 0.83 0.52
N3 0.07 0.01 0.37 0.34 0.00 0.16 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.28 0.34 0.28 0.40 0.01 0.47 0.71 0.45
N7 0.02 0.01 0.09 0.28 0.01 0.22 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.25 0.10 0.56 0.02 0.71 1.12 0.70
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.15 0.01 0.38 0.02 0.41 0.64 0.40
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.15 0.20 0.20 0.12 0.21 0.33 0.24 0.41 0.28 0.31 0.15 0.00 0.04 0.17 0.11 0.24 0.37 0.48 0.25
O3' 0.15 0.40 0.04 0.01 0.27 0.02 0.29 0.11 0.36 0.18 0.40 0.45 0.34 0.25 0.15 0.04 0.00 0.12 0.53 0.38 0.63 0.76 0.40
O4' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.14 0.01 0.07 0.01 0.12 0.16 0.21 0.33 0.28 0.10 0.01 0.17 0.12 0.00 0.24 0.09 0.25 0.34 0.20
O5' 0.21 0.45 0.39 0.50 0.42 0.02 0.51 0.01 0.54 0.51 0.50 0.45 0.40 0.56 0.38 0.11 0.53 0.24 0.00 0.58 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.39 0.01 0.16 0.01 0.34 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.38 0.09 0.58 0.00 0.79 1.33 0.80
OP1 0.26 0.53 0.47 0.48 0.49 0.19 0.63 0.31 0.69 0.57 0.62 0.53 0.47 0.71 0.41 0.37 0.63 0.25 0.02 0.79 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.86 0.60 0.69 0.79 0.36 1.04 0.37 1.17 0.88 1.05 0.83 0.71 1.12 0.64 0.48 0.76 0.34 0.02 1.33 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.53 0.42 0.42 0.49 0.10 0.64 0.01 0.71 0.56 0.64 0.52 0.45 0.70 0.40 0.25 0.40 0.20 0.01 0.80 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 1.75 0.40 0.55 0.99 0.71 1.01 0.73 1.37 0.39 1.70 2.10 1.37 0.63 0.50 0.22 0.70 0.59 0.47 1.38 0.54 0.52 0.50
C2 0.32 2.95 0.34 0.57 1.65 0.78 1.85 0.95 2.62 0.62 3.16 3.49 2.16 1.18 0.80 0.26 0.69 0.63 0.87 2.79 1.07 1.29 1.05
C2' 0.70 1.01 0.75 0.94 0.48 1.10 0.49 1.08 0.75 0.49 1.01 1.33 0.72 0.39 0.46 0.63 1.07 0.95 0.77 0.79 0.74 0.57 0.72
C3' 0.47 0.61 0.64 0.92 0.29 0.98 0.37 0.99 0.56 0.30 0.67 0.76 0.40 0.31 0.27 0.44 1.17 0.73 0.67 0.62 0.55 0.51 0.57
C4 0.32 2.56 0.35 0.56 1.46 0.79 1.57 0.90 2.17 0.55 2.64 2.99 1.93 0.99 0.70 0.25 0.67 0.65 0.78 2.23 0.92 1.10 0.90
C4' 0.27 0.95 0.49 0.70 0.62 0.73 0.67 0.77 0.86 0.37 0.98 1.09 0.76 0.52 0.38 0.30 0.95 0.44 0.50 0.89 0.41 0.46 0.42
C5 0.27 2.66 0.33 0.58 1.56 0.81 1.73 0.99 2.38 0.58 2.82 2.99 2.00 1.10 0.74 0.25 0.65 0.65 0.97 2.45 1.10 1.40 1.11
C5' 0.42 0.65 0.58 0.82 0.57 0.85 0.65 0.91 0.72 0.52 0.72 0.64 0.57 0.61 0.49 0.41 1.10 0.57 0.69 0.77 0.52 0.65 0.58
C6 0.25 2.92 0.32 0.60 1.70 0.80 1.95 1.06 2.76 0.64 3.22 3.28 2.14 1.26 0.81 0.26 0.67 0.63 1.11 2.94 1.28 1.65 1.30
C8 0.30 1.87 0.36 0.57 1.15 0.79 1.18 0.83 1.54 0.43 1.85 2.08 1.52 0.74 0.55 0.24 0.61 0.67 0.73 1.53 0.79 0.99 0.79
N1 0.29 3.03 0.33 0.58 1.72 0.79 1.97 1.02 2.81 0.65 3.33 3.52 2.21 1.27 0.83 0.26 0.68 0.63 1.03 3.03 1.23 1.55 1.23
N2 0.34 3.02 0.35 0.56 1.68 0.78 1.89 0.95 2.70 0.64 3.25 3.60 2.20 1.22 0.82 0.27 0.71 0.63 0.85 2.91 1.07 1.27 1.04
N3 0.35 2.71 0.36 0.56 1.51 0.78 1.65 0.90 2.32 0.58 2.82 3.23 2.01 1.05 0.74 0.26 0.70 0.64 0.75 2.42 0.92 1.06 0.88
N7 0.24 2.25 0.32 0.60 1.40 0.82 1.52 0.98 2.00 0.51 2.33 2.43 1.77 0.96 0.66 0.25 0.63 0.67 0.97 2.00 1.04 1.37 1.08
N9 0.34 2.09 0.38 0.56 1.20 0.77 1.25 0.81 1.69 0.46 2.07 2.44 1.63 0.78 0.59 0.25 0.66 0.64 0.64 1.71 0.73 0.85 0.71
O2' 0.91 1.20 0.80 0.90 0.78 1.12 0.72 1.13 0.86 0.76 1.12 1.54 0.99 0.67 0.76 0.62 0.92 1.11 0.91 0.85 0.88 0.76 0.90
O3' 0.56 0.37 0.68 0.99 0.26 1.05 0.28 1.11 0.36 0.38 0.42 0.49 0.28 0.31 0.37 0.42 1.26 0.82 0.81 0.42 0.69 0.65 0.72
O4' 0.32 1.52 0.50 0.53 0.98 0.54 0.99 0.56 1.25 0.48 1.49 1.75 1.27 0.70 0.58 0.37 0.73 0.31 0.30 1.26 0.31 0.40 0.28
O5' 0.57 0.69 0.79 1.06 0.69 0.94 0.75 1.04 0.77 0.70 0.74 0.67 0.66 0.77 0.65 0.52 1.24 0.67 0.97 0.81 0.79 1.00 0.90
O6 0.23 2.90 0.32 0.62 1.73 0.79 2.05 1.13 2.92 0.66 3.30 3.20 2.12 1.35 0.82 0.26 0.68 0.60 1.27 3.18 1.46 1.92 1.50
OP1 0.63 1.16 0.74 1.00 0.89 0.91 0.91 1.16 0.98 0.86 1.08 1.35 1.06 0.92 0.77 0.58 1.18 0.72 1.22 0.99 1.04 1.41 1.19
OP2 1.14 1.67 1.23 1.67 1.52 1.48 1.64 1.77 1.71 1.54 1.70 1.74 1.56 1.67 1.40 0.63 1.62 1.31 1.96 1.77 1.71 2.20 1.96
P 0.86 1.17 0.97 1.44 1.05 1.35 1.08 1.56 1.11 1.03 1.14 1.25 1.13 1.09 0.98 0.42 1.60 1.09 1.57 1.13 1.29 1.63 1.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.19 0.00 0.25 0.02 0.21 0.33 0.20
C2 0.06 0.00 0.35 0.83 0.01 0.64 0.01 0.91 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.26 0.75 0.34 0.94 0.02 1.18 1.24 1.26
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.17 0.04 0.09 0.13 0.14 0.19 0.26 0.43 0.34 0.13 0.04 0.01 0.07 0.01 0.36 0.11 0.47 0.54 0.40
C3' 0.03 0.83 0.01 0.00 0.43 0.01 0.33 0.03 0.44 0.40 0.66 1.03 0.79 0.34 0.20 0.04 0.02 0.03 0.19 0.40 0.35 0.17 0.20
C4 0.02 0.01 0.17 0.43 0.00 0.28 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.35 0.17 0.26 0.01 0.50 0.37 0.48
C4' 0.02 0.64 0.04 0.01 0.28 0.00 0.12 0.01 0.24 0.36 0.47 0.82 0.61 0.24 0.06 0.30 0.05 0.00 0.02 0.17 0.10 0.15 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.33 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.29 0.07 0.31 0.01 0.36 0.52 0.36
C5' 0.08 0.91 0.13 0.03 0.35 0.01 0.20 0.00 0.33 0.63 0.67 1.21 0.83 0.49 0.16 0.19 0.19 0.02 0.01 0.26 0.14 0.23 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.44 0.01 0.24 0.01 0.33 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.40 0.14 0.27 0.01 0.54 0.47 0.51
C8 0.03 0.01 0.19 0.40 0.01 0.36 0.00 0.63 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.39 0.22 1.03 0.02 0.72 1.28 0.92
N1 0.04 0.01 0.26 0.66 0.01 0.47 0.01 0.67 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.60 0.25 0.63 0.01 0.94 0.88 0.97
N2 0.07 0.00 0.43 1.03 0.01 0.82 0.01 1.21 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.98 0.41 1.33 0.03 1.57 1.82 1.70
N3 0.06 0.00 0.34 0.79 0.00 0.61 0.01 0.83 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.67 0.34 0.81 0.01 1.00 0.99 1.07
N7 0.02 0.01 0.13 0.34 0.00 0.24 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.35 0.14 0.86 0.03 0.63 1.22 0.81
N9 0.00 0.02 0.04 0.20 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.03 0.39 0.01 0.25 0.51 0.30
O2' 0.02 0.26 0.01 0.04 0.20 0.30 0.22 0.19 0.24 0.18 0.25 0.29 0.24 0.21 0.14 0.00 0.08 0.19 0.19 0.25 0.33 0.51 0.27
O3' 0.19 0.75 0.07 0.02 0.35 0.05 0.29 0.19 0.40 0.39 0.60 0.98 0.67 0.35 0.17 0.08 0.00 0.14 0.34 0.38 0.38 0.39 0.32
O4' 0.00 0.34 0.01 0.03 0.17 0.00 0.07 0.02 0.14 0.22 0.25 0.41 0.34 0.14 0.03 0.19 0.14 0.00 0.16 0.11 0.25 0.19 0.18
O5' 0.25 0.94 0.36 0.19 0.26 0.02 0.31 0.01 0.27 1.03 0.63 1.33 0.81 0.86 0.39 0.19 0.34 0.16 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.40 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.25 0.38 0.11 0.29 0.00 0.48 0.56 0.45
OP1 0.21 1.18 0.47 0.35 0.50 0.10 0.36 0.14 0.54 0.72 0.94 1.57 1.00 0.63 0.25 0.33 0.38 0.25 0.02 0.48 0.00 0.02 0.01
OP2 0.33 1.24 0.54 0.17 0.37 0.15 0.52 0.23 0.47 1.28 0.88 1.82 0.99 1.22 0.51 0.51 0.39 0.19 0.02 0.56 0.02 0.00 0.01
P 0.20 1.26 0.40 0.20 0.48 0.06 0.36 0.01 0.51 0.92 0.97 1.70 1.07 0.81 0.30 0.27 0.32 0.18 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00