ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50167

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 0, 0, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.028, 0.051, 0.073, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.051 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.034, 0.061, 0.087, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.061 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.010, 0.187, 0.363, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.187 std_dev=0.177
C2' A 0, 0.069, 0.272, 0.475, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.272 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.088, 0.322, 0.556, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.322 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.203, 0.469, 0.736, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.469 std_dev=0.266
O2' A 0, 0.144, 0.412, 0.681, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.412 std_dev=0.269
P A 0, 0.204, 0.482, 0.760, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.482 std_dev=0.278
C3' A 0, 0.127, 0.413, 0.698, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.413 std_dev=0.286
OP2 A 0, 0.254, 0.588, 0.921, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.588 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.274, 0.659, 1.043, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.659 std_dev=0.384
O5' A 0, 0.285, 0.674, 1.063, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.674 std_dev=0.389
O3' A 0, 0.179, 0.570, 0.961, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.570 std_dev=0.391
O2' B 0, 0.280, 0.673, 1.065, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.673 std_dev=0.392
C3' B 0, 0.285, 0.730, 1.175, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.730 std_dev=0.445
C2' B 0, 0.283, 0.736, 1.189, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.736 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.309, 0.763, 1.216, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.763 std_dev=0.453
C5' A 0, 0.126, 0.586, 1.046, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.586 std_dev=0.460
C5' B 0, 0.382, 0.874, 1.366, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.874 std_dev=0.492
C1' B 0, 0.355, 0.864, 1.372, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.864 std_dev=0.509
O4' B 0, 0.377, 0.886, 1.394, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.886 std_dev=0.509
OP1 B 0, 0.378, 0.911, 1.444, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.911 std_dev=0.533
O5' B 0, 0.412, 0.966, 1.520, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.966 std_dev=0.554
N9 B 0, 0.424, 1.019, 1.614, 1.938 max_d=1.938 avg_d=1.019 std_dev=0.595
N3 B 0, 0.435, 1.046, 1.657, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.046 std_dev=0.611
C4 B 0, 0.475, 1.104, 1.733, 2.141 max_d=2.141 avg_d=1.104 std_dev=0.629
P B 0, 0.382, 1.019, 1.656, 1.987 max_d=1.987 avg_d=1.019 std_dev=0.637
C8 B 0, 0.499, 1.152, 1.806, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.152 std_dev=0.654
C2 B 0, 0.473, 1.148, 1.823, 2.362 max_d=2.362 avg_d=1.148 std_dev=0.675
C5 B 0, 0.580, 1.273, 1.966, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.273 std_dev=0.693
N2 B 0, 0.416, 1.109, 1.802, 2.390 max_d=2.390 avg_d=1.109 std_dev=0.693
N7 B 0, 0.611, 1.314, 2.016, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.314 std_dev=0.703
OP2 B 0, 0.512, 1.217, 1.922, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.217 std_dev=0.705
N1 B 0, 0.577, 1.310, 2.044, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.310 std_dev=0.734
C6 B 0, 0.648, 1.392, 2.137, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.392 std_dev=0.744
O6 B 0, 0.750, 1.555, 2.360, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.555 std_dev=0.805

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.17 0.09 0.06
C2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.16 0.07 0.17 0.01 0.18 0.13 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.08 0.11 0.17 0.14 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.21 0.05 0.20 0.25 0.18
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.10 0.09 0.12 0.16 0.12 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.30 0.11 0.26 0.32 0.24
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.04 0.18 0.01 0.18 0.13 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.06 0.17 0.12 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.24 0.01 0.21 0.17 0.16
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.06 0.05 0.04 0.12 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.12 0.23 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.25 0.00 0.23 0.19 0.19
C8 0.01 0.02 0.08 0.09 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.05 0.25 0.02 0.19 0.16 0.14
N1 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.05 0.21 0.01 0.21 0.16 0.15
N2 0.04 0.01 0.17 0.16 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.20 0.08 0.15 0.01 0.18 0.12 0.10
N3 0.04 0.01 0.14 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.14 0.07 0.14 0.01 0.17 0.11 0.08
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.28 0.02 0.23 0.20 0.19
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.02 0.17 0.11 0.08
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.12 0.19 0.14 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.10 0.06 0.14 0.21 0.12
O3' 0.03 0.16 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.05 0.12 0.10 0.15 0.20 0.14 0.10 0.04 0.06 0.00 0.03 0.29 0.13 0.30 0.40 0.28
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.08 0.07 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.13 0.03 0.21 0.13 0.14
O5' 0.07 0.17 0.21 0.30 0.18 0.02 0.24 0.01 0.25 0.25 0.21 0.15 0.14 0.28 0.16 0.10 0.29 0.13 0.00 0.28 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.13 0.03 0.28 0.00 0.27 0.24 0.23
OP1 0.17 0.18 0.20 0.26 0.18 0.17 0.21 0.23 0.23 0.19 0.21 0.18 0.17 0.23 0.17 0.14 0.30 0.21 0.03 0.27 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.13 0.25 0.32 0.13 0.12 0.17 0.12 0.19 0.16 0.16 0.12 0.11 0.20 0.11 0.21 0.40 0.13 0.02 0.24 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.18 0.24 0.10 0.05 0.16 0.02 0.19 0.14 0.15 0.10 0.08 0.19 0.08 0.12 0.28 0.14 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.29 0.18 0.19 0.22 0.18 0.19 0.23 0.23 0.14 0.27 0.34 0.27 0.15 0.17 0.20 0.20 0.16 0.14 0.22 0.22 0.20 0.15
C2 0.18 0.25 0.16 0.17 0.20 0.20 0.19 0.26 0.20 0.19 0.23 0.30 0.23 0.18 0.18 0.18 0.14 0.19 0.23 0.20 0.37 0.25 0.28
C2' 0.28 0.42 0.29 0.27 0.35 0.23 0.34 0.25 0.38 0.25 0.41 0.47 0.39 0.28 0.29 0.28 0.27 0.24 0.16 0.38 0.13 0.27 0.15
C3' 0.19 0.30 0.20 0.25 0.25 0.19 0.25 0.25 0.28 0.20 0.29 0.32 0.27 0.22 0.21 0.18 0.28 0.18 0.12 0.29 0.15 0.29 0.16
C4 0.16 0.24 0.15 0.16 0.18 0.17 0.17 0.22 0.19 0.15 0.22 0.29 0.22 0.16 0.16 0.17 0.13 0.15 0.19 0.19 0.30 0.21 0.22
C4' 0.23 0.23 0.22 0.23 0.21 0.22 0.19 0.26 0.20 0.19 0.22 0.25 0.23 0.18 0.21 0.27 0.25 0.22 0.17 0.20 0.18 0.22 0.16
C5 0.19 0.25 0.18 0.19 0.21 0.21 0.21 0.26 0.22 0.21 0.23 0.28 0.24 0.21 0.20 0.20 0.17 0.20 0.24 0.21 0.35 0.25 0.28
C5' 0.37 0.35 0.38 0.30 0.34 0.28 0.32 0.27 0.31 0.31 0.33 0.36 0.37 0.30 0.35 0.46 0.28 0.32 0.24 0.29 0.16 0.21 0.16
C6 0.24 0.27 0.22 0.23 0.25 0.26 0.25 0.32 0.25 0.27 0.26 0.30 0.26 0.27 0.25 0.23 0.20 0.26 0.31 0.25 0.42 0.32 0.35
C8 0.15 0.23 0.14 0.15 0.18 0.16 0.17 0.21 0.18 0.14 0.21 0.27 0.22 0.15 0.15 0.17 0.13 0.14 0.16 0.18 0.25 0.19 0.18
N1 0.22 0.26 0.19 0.21 0.23 0.24 0.23 0.30 0.23 0.24 0.25 0.30 0.25 0.24 0.22 0.21 0.17 0.24 0.29 0.23 0.42 0.30 0.34
N2 0.18 0.26 0.15 0.17 0.20 0.20 0.19 0.26 0.21 0.18 0.24 0.32 0.24 0.18 0.17 0.17 0.14 0.19 0.23 0.20 0.38 0.26 0.29
N3 0.16 0.26 0.14 0.15 0.19 0.16 0.17 0.22 0.20 0.15 0.23 0.31 0.23 0.15 0.15 0.17 0.13 0.15 0.18 0.19 0.32 0.21 0.23
N7 0.19 0.25 0.19 0.20 0.21 0.20 0.21 0.25 0.22 0.21 0.23 0.27 0.24 0.21 0.20 0.21 0.19 0.19 0.23 0.22 0.31 0.24 0.25
N9 0.15 0.25 0.15 0.16 0.19 0.16 0.17 0.21 0.19 0.13 0.23 0.30 0.23 0.14 0.15 0.17 0.14 0.14 0.15 0.19 0.25 0.18 0.17
O2' 0.30 0.50 0.30 0.27 0.40 0.23 0.38 0.25 0.44 0.28 0.49 0.57 0.46 0.31 0.33 0.31 0.27 0.25 0.14 0.43 0.15 0.27 0.14
O3' 0.24 0.37 0.25 0.31 0.33 0.23 0.35 0.28 0.38 0.28 0.39 0.38 0.34 0.32 0.29 0.18 0.33 0.22 0.15 0.40 0.22 0.39 0.24
O4' 0.24 0.24 0.23 0.26 0.22 0.26 0.21 0.30 0.21 0.22 0.23 0.26 0.24 0.21 0.23 0.25 0.27 0.24 0.24 0.21 0.27 0.27 0.23
O5' 0.19 0.20 0.23 0.06 0.17 0.08 0.15 0.19 0.16 0.14 0.18 0.23 0.21 0.14 0.16 0.38 0.02 0.12 0.13 0.16 0.20 0.18 0.12
O6 0.30 0.31 0.27 0.29 0.31 0.33 0.32 0.38 0.31 0.34 0.31 0.33 0.31 0.34 0.31 0.28 0.25 0.32 0.37 0.31 0.48 0.39 0.42
OP1 0.15 0.13 0.05 0.13 0.14 0.29 0.16 0.47 0.15 0.20 0.13 0.13 0.12 0.20 0.16 0.09 0.01 0.28 0.27 0.16 0.31 0.35 0.30
OP2 0.16 0.17 0.24 0.06 0.14 0.04 0.13 0.18 0.13 0.15 0.14 0.20 0.18 0.14 0.14 0.34 0.02 0.06 0.24 0.13 0.21 0.23 0.19
P 0.05 0.08 0.12 0.02 0.05 0.10 0.06 0.23 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.05 0.22 0.00 0.06 0.16 0.08 0.18 0.18 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.10 0.23 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.13 0.04 0.12 0.02 0.09 0.21 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.05 0.08 0.12 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.05 0.15 0.16 0.08
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.08 0.03 0.02 0.01 0.01 0.17 0.06 0.18 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.12 0.02 0.09 0.22 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.09 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.16 0.01 0.11 0.21 0.10
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.13 0.07 0.04 0.04 0.14 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.11 0.08 0.12 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.17 0.01 0.11 0.21 0.11
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.17 0.01 0.10 0.21 0.09
N1 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.04 0.15 0.02 0.10 0.21 0.10
N2 0.04 0.00 0.12 0.11 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.16 0.05 0.10 0.02 0.09 0.22 0.08
N3 0.03 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.04 0.10 0.02 0.09 0.22 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.19 0.02 0.12 0.20 0.11
N9 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.09 0.23 0.09
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.08 0.12 0.09 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.15 0.16 0.07
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.08 0.09 0.11 0.16 0.11 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.20 0.08 0.26 0.11 0.17
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.14 0.02 0.14 0.29 0.16
O5' 0.06 0.12 0.12 0.17 0.12 0.01 0.16 0.01 0.17 0.17 0.15 0.10 0.10 0.19 0.10 0.05 0.20 0.14 0.00 0.18 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.18 0.00 0.13 0.21 0.12
OP1 0.10 0.09 0.15 0.18 0.09 0.09 0.11 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.15 0.26 0.14 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.21 0.16 0.12 0.22 0.16 0.21 0.12 0.21 0.21 0.21 0.22 0.22 0.20 0.23 0.16 0.11 0.29 0.03 0.21 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.04 0.10 0.02 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.07 0.17 0.16 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00