ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.014, 0.024, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.017, 0.030, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.014, 0.032, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.035, 0.057, 0.080, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.057 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.016, 0.049, 0.082, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.021, 0.061, 0.100, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.061 std_dev=0.039
O4' A 0, -0.008, 0.061, 0.131, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.061 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.051, 0.129, 0.207, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.129 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.031, 0.120, 0.209, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.120 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.043, 0.151, 0.258, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.151 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.092, 0.212, 0.331, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.212 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.016, 0.195, 0.374, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.195 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.020, 0.205, 0.390, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.205 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.348, 0.679, 1.009, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.679 std_dev=0.330
C2' B 0, 0.398, 0.771, 1.144, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.771 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.440, 0.903, 1.367, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.903 std_dev=0.464
O4' B 0, 0.451, 0.926, 1.401, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.926 std_dev=0.475
C3' B 0, 0.391, 0.884, 1.378, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.884 std_dev=0.493
C4' B 0, 0.408, 0.959, 1.510, 2.154 max_d=2.154 avg_d=0.959 std_dev=0.551
C8 B 0, 0.453, 1.059, 1.664, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.059 std_dev=0.605
N9 B 0, 0.409, 1.060, 1.712, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.060 std_dev=0.651
O5' B 0, 0.517, 1.218, 1.919, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.218 std_dev=0.701
O3' B 0, 0.227, 0.991, 1.756, 3.254 max_d=3.254 avg_d=0.991 std_dev=0.764
O5' A 0, 0.026, 0.795, 1.563, 3.261 max_d=3.261 avg_d=0.795 std_dev=0.769
C5' B 0, 0.321, 1.144, 1.967, 3.424 max_d=3.424 avg_d=1.144 std_dev=0.823
N7 B 0, 0.342, 1.255, 2.168, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.255 std_dev=0.913
OP2 B 0, 0.559, 1.527, 2.496, 3.864 max_d=3.864 avg_d=1.527 std_dev=0.968
P B 0, 0.502, 1.483, 2.464, 4.036 max_d=4.036 avg_d=1.483 std_dev=0.981
P A 0, 0.016, 1.070, 2.124, 4.436 max_d=4.436 avg_d=1.070 std_dev=1.054
C4 B 0, 0.167, 1.301, 2.436, 4.748 max_d=4.748 avg_d=1.301 std_dev=1.135
OP2 A 0, -0.171, 1.047, 2.265, 5.078 max_d=5.078 avg_d=1.047 std_dev=1.218
C5 B 0, 0.111, 1.402, 2.693, 5.355 max_d=5.355 avg_d=1.402 std_dev=1.291
OP1 B 0, 0.206, 1.660, 3.113, 6.163 max_d=6.163 avg_d=1.660 std_dev=1.454
N3 B 0, -0.048, 1.416, 2.880, 6.133 max_d=6.133 avg_d=1.416 std_dev=1.464
OP1 A 0, -0.071, 1.509, 3.090, 6.571 max_d=6.571 avg_d=1.509 std_dev=1.581
C6 B 0, -0.190, 1.659, 3.508, 7.653 max_d=7.653 avg_d=1.659 std_dev=1.849
C2 B 0, -0.346, 1.648, 3.642, 8.243 max_d=8.243 avg_d=1.648 std_dev=1.994
O6 B 0, -0.248, 1.815, 3.878, 8.568 max_d=8.568 avg_d=1.815 std_dev=2.063
N1 B 0, -0.429, 1.755, 3.939, 8.976 max_d=8.976 avg_d=1.755 std_dev=2.184
N2 B 0, -0.607, 1.798, 4.202, 9.864 max_d=9.864 avg_d=1.798 std_dev=2.405

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.22 0.14
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.45 0.01 0.60 0.69 0.47
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.06 0.36 0.16 0.17
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.21 0.05 0.49 0.10 0.22
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.44 0.01 0.52 0.63 0.42
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.12 0.02
C5 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.53 0.01 0.61 0.80 0.53
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.08 0.08 0.07 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.20 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.57 0.00 0.70 0.89 0.59
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.47 0.02 0.45 0.62 0.41
N1 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.01 0.52 0.01 0.68 0.82 0.55
N2 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.13 0.02 0.41 0.01 0.60 0.65 0.45
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.39 0.01 0.51 0.57 0.39
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.55 0.02 0.58 0.82 0.53
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.38 0.01 0.39 0.49 0.33
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.03 0.09 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.08 0.22 0.08 0.09
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.08 0.13 0.09 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.07 0.56 0.13 0.19
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.03 0.14 0.10 0.10
O5' 0.18 0.45 0.18 0.21 0.44 0.01 0.53 0.01 0.57 0.47 0.52 0.41 0.39 0.55 0.38 0.09 0.14 0.10 0.00 0.61 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.03 0.61 0.00 0.76 0.99 0.65
OP1 0.21 0.60 0.36 0.49 0.52 0.15 0.61 0.20 0.70 0.45 0.68 0.60 0.51 0.58 0.39 0.22 0.56 0.14 0.02 0.76 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.69 0.16 0.10 0.63 0.12 0.80 0.22 0.89 0.62 0.82 0.65 0.57 0.82 0.49 0.08 0.13 0.10 0.01 0.99 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.47 0.17 0.22 0.42 0.02 0.53 0.01 0.59 0.41 0.55 0.45 0.39 0.53 0.33 0.09 0.19 0.10 0.01 0.65 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.12 0.14 0.09 0.14 0.11 0.13 0.10 0.13 0.18 0.13 0.14 0.13 0.16 0.19 0.24 0.19 0.22 0.12 0.14 0.21 0.15 0.14
C2 0.24 0.32 0.21 0.19 0.30 0.22 0.31 0.25 0.34 0.29 0.34 0.34 0.30 0.31 0.27 0.21 0.22 0.21 0.21 0.35 0.27 0.21 0.22
C2' 0.14 0.37 0.10 0.07 0.18 0.13 0.21 0.11 0.32 0.11 0.39 0.46 0.26 0.14 0.11 0.19 0.11 0.18 0.09 0.35 0.16 0.13 0.11
C3' 0.11 0.61 0.10 0.06 0.34 0.16 0.37 0.17 0.52 0.12 0.62 0.72 0.46 0.23 0.16 0.17 0.09 0.16 0.09 0.54 0.19 0.13 0.12
C4 0.23 0.27 0.20 0.18 0.27 0.20 0.28 0.23 0.29 0.27 0.28 0.28 0.26 0.28 0.26 0.20 0.23 0.19 0.20 0.30 0.27 0.20 0.21
C4' 0.18 0.35 0.10 0.05 0.16 0.23 0.20 0.19 0.32 0.10 0.39 0.43 0.24 0.12 0.08 0.26 0.07 0.28 0.09 0.35 0.16 0.13 0.11
C5 0.25 0.37 0.24 0.23 0.34 0.27 0.37 0.30 0.40 0.32 0.40 0.38 0.34 0.36 0.30 0.23 0.27 0.24 0.24 0.42 0.29 0.24 0.25
C5' 0.16 0.47 0.12 0.07 0.25 0.27 0.28 0.24 0.41 0.09 0.49 0.55 0.35 0.17 0.11 0.26 0.07 0.26 0.11 0.43 0.19 0.13 0.14
C6 0.28 0.44 0.26 0.24 0.39 0.30 0.43 0.33 0.48 0.35 0.48 0.46 0.39 0.41 0.33 0.25 0.28 0.29 0.26 0.51 0.31 0.27 0.27
C8 0.22 0.26 0.21 0.20 0.27 0.21 0.28 0.25 0.29 0.27 0.28 0.25 0.25 0.28 0.26 0.20 0.28 0.18 0.21 0.30 0.28 0.21 0.22
N1 0.26 0.40 0.24 0.22 0.35 0.27 0.39 0.30 0.43 0.33 0.43 0.42 0.36 0.37 0.31 0.23 0.26 0.26 0.24 0.46 0.29 0.25 0.25
N2 0.24 0.31 0.21 0.18 0.29 0.21 0.30 0.24 0.32 0.28 0.32 0.33 0.29 0.30 0.27 0.21 0.21 0.21 0.20 0.34 0.27 0.20 0.22
N3 0.22 0.25 0.19 0.16 0.25 0.18 0.26 0.21 0.26 0.25 0.26 0.27 0.24 0.26 0.24 0.20 0.21 0.19 0.18 0.27 0.26 0.19 0.20
N7 0.26 0.38 0.26 0.25 0.35 0.29 0.38 0.32 0.42 0.33 0.41 0.38 0.35 0.37 0.31 0.25 0.30 0.26 0.25 0.44 0.31 0.26 0.26
N9 0.21 0.20 0.17 0.15 0.22 0.16 0.22 0.19 0.22 0.23 0.21 0.21 0.20 0.23 0.22 0.20 0.23 0.17 0.17 0.23 0.25 0.18 0.18
O2' 0.20 0.32 0.11 0.06 0.13 0.21 0.18 0.17 0.29 0.12 0.36 0.40 0.19 0.11 0.10 0.24 0.08 0.28 0.12 0.34 0.17 0.15 0.13
O3' 0.13 0.87 0.15 0.08 0.51 0.23 0.55 0.26 0.76 0.20 0.90 1.02 0.66 0.36 0.26 0.17 0.12 0.17 0.12 0.80 0.28 0.15 0.17
O4' 0.27 0.07 0.15 0.06 0.12 0.14 0.10 0.08 0.09 0.18 0.08 0.09 0.11 0.13 0.19 0.30 0.21 0.28 0.10 0.10 0.20 0.14 0.12
O5' 0.29 0.11 0.28 0.09 0.11 0.17 0.08 0.07 0.11 0.17 0.12 0.14 0.12 0.11 0.18 0.48 0.01 0.26 0.09 0.14 0.23 0.20 0.16
O6 0.31 0.53 0.29 0.27 0.44 0.35 0.50 0.37 0.58 0.39 0.58 0.56 0.46 0.47 0.37 0.29 0.30 0.35 0.29 0.62 0.33 0.31 0.30
OP1 0.02 0.22 0.09 0.09 0.16 0.20 0.21 0.40 0.27 0.12 0.27 0.23 0.17 0.19 0.09 0.22 0.01 0.15 0.46 0.30 0.58 0.54 0.53
OP2 0.18 0.27 0.25 0.04 0.19 0.04 0.20 0.20 0.25 0.12 0.27 0.29 0.24 0.17 0.14 0.37 0.02 0.07 0.28 0.28 0.38 0.39 0.35
P 0.11 0.18 0.17 0.02 0.11 0.05 0.13 0.18 0.18 0.08 0.20 0.20 0.13 0.11 0.07 0.29 0.01 0.04 0.24 0.21 0.33 0.32 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06
C2 0.04 0.00 0.16 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.21 0.05 0.12 0.02 0.14 0.21 0.15
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.05 0.14 0.18 0.15 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.09 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.08 0.09 0.12 0.17 0.13 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05
C4 0.02 0.01 0.09 0.07 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.13 0.01 0.14 0.19 0.15
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.07 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.03 0.17 0.01 0.20 0.25 0.21
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.08 0.05 0.05 0.14 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.08 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.12 0.04 0.17 0.00 0.22 0.29 0.23
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.18 0.02 0.20 0.20 0.17
N1 0.03 0.01 0.14 0.12 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.04 0.15 0.01 0.18 0.26 0.20
N2 0.04 0.00 0.18 0.17 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.26 0.05 0.10 0.02 0.12 0.19 0.13
N3 0.03 0.01 0.15 0.13 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.18 0.04 0.10 0.01 0.12 0.17 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.20 0.02 0.24 0.27 0.23
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.12 0.01 0.13 0.15 0.12
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.04 0.08 0.04 0.13 0.03 0.17 0.23 0.17 0.03 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.12 0.07 0.05 0.04
O3' 0.02 0.21 0.03 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.12 0.09 0.18 0.26 0.18 0.06 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.11 0.12 0.10 0.09
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06
O5' 0.06 0.12 0.03 0.05 0.13 0.01 0.17 0.01 0.17 0.18 0.15 0.10 0.10 0.20 0.12 0.04 0.08 0.06 0.00 0.20 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.09 0.07 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.12 0.11 0.04 0.20 0.00 0.27 0.33 0.27
OP1 0.07 0.14 0.07 0.07 0.14 0.05 0.20 0.05 0.22 0.20 0.18 0.12 0.12 0.24 0.13 0.07 0.12 0.07 0.02 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.21 0.06 0.06 0.19 0.03 0.25 0.02 0.29 0.20 0.26 0.19 0.17 0.27 0.15 0.05 0.10 0.07 0.01 0.33 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.04 0.05 0.15 0.02 0.21 0.01 0.23 0.17 0.20 0.13 0.12 0.23 0.12 0.04 0.09 0.06 0.01 0.27 0.01 0.00 0.00