ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50171

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 3, 1, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.016, 0.033, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.018, 0.044, 0.069, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.016, 0.042, 0.069, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.041, 0.069, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.032, 0.081, 0.129, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.081 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.045, 0.099, 0.154, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.099 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.043, 0.121, 0.199, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.089, 0.192, 0.296, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.192 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.030, 0.142, 0.254, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.142 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.039, 0.158, 0.278, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.158 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.067, 0.212, 0.357, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.212 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.081, 0.246, 0.410, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.246 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.132, 0.355, 0.578, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.355 std_dev=0.223
OP2 A 0, 0.163, 0.399, 0.636, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.399 std_dev=0.236
P A 0, 0.159, 0.409, 0.659, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.409 std_dev=0.250
O2' B 0, 0.201, 0.455, 0.709, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.455 std_dev=0.254
C2' B 0, 0.212, 0.470, 0.727, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.470 std_dev=0.257
O3' B 0, 0.172, 0.443, 0.715, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.443 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.182, 0.524, 0.867, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.524 std_dev=0.342
OP1 A 0, 0.168, 0.530, 0.892, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.530 std_dev=0.362
C1' B 0, 0.169, 0.617, 1.066, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.617 std_dev=0.448
N3 B 0, 0.198, 0.728, 1.259, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.728 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.094, 0.675, 1.255, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.675 std_dev=0.581
N2 B 0, 0.263, 0.879, 1.494, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.879 std_dev=0.616
O4' B 0, 0.085, 0.742, 1.399, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.742 std_dev=0.657
C2 B 0, 0.180, 0.882, 1.584, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.882 std_dev=0.702
N9 B 0, 0.052, 0.796, 1.539, 2.606 max_d=2.606 avg_d=0.796 std_dev=0.744
C4 B 0, 0.069, 0.842, 1.615, 2.680 max_d=2.680 avg_d=0.842 std_dev=0.773
C5' B 0, -0.038, 0.836, 1.710, 3.066 max_d=3.066 avg_d=0.836 std_dev=0.874
N1 B 0, 0.031, 1.091, 2.151, 3.512 max_d=3.512 avg_d=1.091 std_dev=1.060
C8 B 0, -0.121, 1.007, 2.134, 3.732 max_d=3.732 avg_d=1.007 std_dev=1.128
C5 B 0, -0.099, 1.071, 2.240, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.071 std_dev=1.170
O5' B 0, -0.159, 1.087, 2.332, 4.087 max_d=4.087 avg_d=1.087 std_dev=1.245
C6 B 0, -0.131, 1.193, 2.518, 4.313 max_d=4.313 avg_d=1.193 std_dev=1.325
N7 B 0, -0.214, 1.171, 2.556, 4.501 max_d=4.501 avg_d=1.171 std_dev=1.385
OP1 B 0, -0.337, 1.272, 2.882, 4.822 max_d=4.822 avg_d=1.272 std_dev=1.609
P B 0, -0.390, 1.245, 2.879, 4.881 max_d=4.881 avg_d=1.245 std_dev=1.634
O6 B 0, -0.274, 1.397, 3.068, 5.323 max_d=5.323 avg_d=1.397 std_dev=1.671
OP2 B 0, -0.482, 1.345, 3.171, 5.563 max_d=5.563 avg_d=1.345 std_dev=1.826

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.08 0.04
C2 0.05 0.00 0.09 0.12 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.13 0.04 0.15 0.02 0.13 0.16 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.08 0.06 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.09 0.04 0.11 0.14 0.11 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06
C4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.13 0.01 0.11 0.12 0.09
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.04 0.09 0.10 0.08 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.07 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.15 0.01 0.12 0.14 0.11
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.08 0.11 0.12 0.10 0.09 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.12 0.08 0.01 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.16 0.01 0.14 0.17 0.13
C8 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.14 0.02 0.10 0.09 0.07
N1 0.04 0.01 0.07 0.11 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.11 0.03 0.16 0.02 0.14 0.17 0.13
N2 0.06 0.01 0.10 0.14 0.02 0.10 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.16 0.06 0.15 0.04 0.13 0.16 0.12
N3 0.05 0.01 0.08 0.11 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.12 0.04 0.13 0.02 0.11 0.13 0.09
N7 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.15 0.02 0.12 0.12 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.09 0.08 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.08 0.04 0.11 0.16 0.12 0.05 0.03 0.06 0.00 0.02 0.09 0.08 0.15 0.12 0.10
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.03 0.05 0.10 0.06
O5' 0.07 0.15 0.05 0.06 0.13 0.03 0.15 0.01 0.16 0.14 0.16 0.15 0.13 0.15 0.11 0.05 0.09 0.07 0.00 0.18 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.03 0.18 0.00 0.16 0.19 0.16
OP1 0.06 0.13 0.08 0.10 0.11 0.07 0.12 0.08 0.14 0.10 0.14 0.13 0.11 0.12 0.09 0.07 0.15 0.05 0.03 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.16 0.06 0.07 0.12 0.03 0.14 0.01 0.17 0.09 0.17 0.16 0.13 0.12 0.08 0.06 0.12 0.10 0.02 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.04 0.06 0.09 0.03 0.11 0.02 0.13 0.07 0.13 0.12 0.09 0.11 0.05 0.05 0.10 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.13 0.12 0.19 0.19 0.40 0.22 0.66 0.19 0.30 0.14 0.14 0.14 0.29 0.23 0.28 0.07 0.40 0.95 0.21 1.15 1.02 1.09
C2 0.18 0.27 0.15 0.16 0.16 0.44 0.16 0.67 0.22 0.16 0.27 0.34 0.21 0.13 0.14 0.25 0.13 0.41 0.80 0.22 1.03 0.81 0.94
C2' 0.19 0.12 0.09 0.17 0.17 0.35 0.19 0.59 0.17 0.25 0.13 0.13 0.13 0.24 0.20 0.24 0.07 0.35 0.88 0.19 1.13 0.99 1.03
C3' 0.16 0.14 0.08 0.16 0.15 0.28 0.16 0.47 0.16 0.18 0.14 0.15 0.15 0.18 0.16 0.17 0.08 0.28 0.72 0.17 0.89 0.81 0.82
C4 0.18 0.21 0.13 0.17 0.15 0.44 0.14 0.65 0.16 0.17 0.20 0.26 0.17 0.14 0.15 0.25 0.12 0.40 0.79 0.17 0.96 0.79 0.90
C4' 0.18 0.19 0.10 0.17 0.22 0.26 0.26 0.47 0.26 0.28 0.22 0.18 0.19 0.30 0.23 0.20 0.10 0.29 0.80 0.29 0.95 0.92 0.91
C5 0.16 0.27 0.16 0.17 0.19 0.42 0.20 0.59 0.26 0.14 0.29 0.32 0.22 0.16 0.14 0.24 0.17 0.36 0.65 0.27 0.79 0.61 0.72
C5' 0.15 0.23 0.09 0.14 0.22 0.18 0.24 0.31 0.26 0.21 0.25 0.24 0.22 0.24 0.19 0.13 0.09 0.21 0.55 0.28 0.52 0.66 0.57
C6 0.16 0.35 0.18 0.17 0.23 0.41 0.26 0.58 0.34 0.15 0.38 0.39 0.27 0.21 0.15 0.22 0.19 0.36 0.61 0.37 0.77 0.56 0.69
C8 0.17 0.18 0.13 0.16 0.15 0.39 0.14 0.56 0.15 0.15 0.17 0.20 0.16 0.14 0.15 0.25 0.13 0.34 0.65 0.16 0.73 0.63 0.70
N1 0.16 0.33 0.17 0.16 0.20 0.43 0.22 0.62 0.30 0.13 0.36 0.39 0.25 0.16 0.14 0.23 0.17 0.39 0.70 0.33 0.89 0.67 0.81
N2 0.18 0.27 0.15 0.16 0.15 0.45 0.15 0.69 0.21 0.17 0.27 0.35 0.21 0.14 0.15 0.25 0.12 0.43 0.85 0.21 1.10 0.88 1.01
N3 0.19 0.21 0.13 0.17 0.14 0.45 0.14 0.68 0.15 0.20 0.20 0.27 0.17 0.16 0.16 0.25 0.11 0.42 0.86 0.15 1.08 0.89 1.00
N7 0.16 0.26 0.17 0.17 0.20 0.39 0.21 0.52 0.26 0.15 0.28 0.28 0.22 0.18 0.16 0.24 0.19 0.32 0.54 0.27 0.63 0.50 0.58
N9 0.19 0.16 0.12 0.17 0.14 0.42 0.14 0.65 0.13 0.21 0.14 0.20 0.15 0.18 0.18 0.26 0.09 0.39 0.82 0.13 0.97 0.83 0.91
O2' 0.21 0.15 0.12 0.18 0.22 0.34 0.27 0.59 0.25 0.34 0.18 0.13 0.15 0.35 0.25 0.27 0.10 0.37 0.97 0.29 1.29 1.16 1.18
O3' 0.15 0.16 0.09 0.15 0.16 0.22 0.16 0.38 0.17 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.15 0.15 0.10 0.24 0.64 0.18 0.82 0.78 0.76
O4' 0.22 0.16 0.13 0.19 0.23 0.35 0.28 0.63 0.26 0.34 0.20 0.13 0.16 0.35 0.26 0.28 0.12 0.37 0.96 0.29 1.10 1.03 1.07
O5' 0.07 0.15 0.03 0.08 0.10 0.15 0.12 0.25 0.13 0.11 0.14 0.19 0.14 0.14 0.07 0.07 0.02 0.14 0.33 0.15 0.28 0.37 0.32
O6 0.16 0.42 0.20 0.18 0.29 0.40 0.35 0.53 0.44 0.20 0.47 0.45 0.32 0.29 0.19 0.22 0.22 0.34 0.52 0.49 0.66 0.45 0.58
OP1 0.11 0.35 0.16 0.09 0.23 0.12 0.23 0.23 0.27 0.22 0.32 0.42 0.32 0.25 0.15 0.19 0.02 0.09 0.33 0.28 0.45 0.31 0.35
OP2 0.17 0.15 0.17 0.11 0.23 0.06 0.34 0.10 0.33 0.41 0.23 0.12 0.13 0.44 0.27 0.16 0.02 0.11 0.16 0.39 0.14 0.26 0.16
P 0.03 0.16 0.05 0.03 0.10 0.06 0.15 0.13 0.15 0.21 0.14 0.22 0.14 0.23 0.09 0.10 0.01 0.04 0.13 0.19 0.13 0.18 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.23 0.02 0.24 0.10 0.19
C2 0.04 0.00 0.13 0.12 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.16 0.04 0.36 0.02 0.33 0.34 0.36
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.02 0.07 0.06 0.10 0.16 0.13 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.15 0.06 0.17 0.04 0.12
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.12 0.15 0.12 0.15 0.11 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.11 0.14 0.15 0.10 0.08
C4 0.02 0.02 0.08 0.09 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.02 0.37 0.01 0.34 0.31 0.35
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.14 0.07 0.07 0.05 0.14 0.07 0.06 0.03 0.00 0.01 0.12 0.15 0.15 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.12 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.44 0.01 0.42 0.41 0.44
C5' 0.05 0.13 0.02 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.24 0.27 0.19 0.11 0.11 0.30 0.16 0.05 0.05 0.01 0.01 0.29 0.24 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.13 0.03 0.45 0.01 0.44 0.47 0.47
C8 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.14 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.04 0.45 0.02 0.41 0.32 0.41
N1 0.04 0.01 0.10 0.12 0.02 0.07 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.14 0.04 0.41 0.02 0.39 0.42 0.42
N2 0.05 0.01 0.16 0.15 0.02 0.07 0.02 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.26 0.22 0.05 0.34 0.03 0.31 0.32 0.33
N3 0.03 0.01 0.13 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.15 0.04 0.32 0.01 0.30 0.27 0.31
N7 0.01 0.02 0.05 0.15 0.01 0.14 0.01 0.30 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.17 0.03 0.48 0.02 0.48 0.45 0.48
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.35 0.02 0.32 0.23 0.31
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.12 0.06 0.10 0.05 0.13 0.03 0.18 0.26 0.20 0.04 0.04 0.00 0.07 0.06 0.07 0.12 0.12 0.07 0.07
O3' 0.03 0.16 0.03 0.01 0.10 0.03 0.12 0.05 0.13 0.16 0.14 0.22 0.15 0.17 0.08 0.07 0.00 0.02 0.12 0.14 0.12 0.19 0.11
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.20 0.03 0.26 0.11 0.18
O5' 0.23 0.36 0.15 0.11 0.37 0.01 0.44 0.01 0.45 0.45 0.41 0.34 0.32 0.48 0.35 0.07 0.12 0.20 0.00 0.47 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.12 0.01 0.29 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.12 0.14 0.03 0.47 0.00 0.50 0.53 0.51
OP1 0.24 0.33 0.17 0.15 0.34 0.15 0.42 0.24 0.44 0.41 0.39 0.31 0.30 0.48 0.32 0.12 0.12 0.26 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.34 0.04 0.10 0.31 0.15 0.41 0.24 0.47 0.32 0.42 0.32 0.27 0.45 0.23 0.07 0.19 0.11 0.02 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.36 0.12 0.08 0.35 0.02 0.44 0.02 0.47 0.41 0.42 0.33 0.31 0.48 0.31 0.07 0.11 0.18 0.01 0.51 0.00 0.01 0.00