ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50174

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.002, 0.034, 0.067, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.034 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.001, 0.034, 0.067, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.034 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.001, 0.037, 0.073, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.037 std_dev=0.036
N9 A 0, -0.001, 0.038, 0.078, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.038 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.007, 0.054, 0.102, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.054 std_dev=0.048
C2' A 0, -0.002, 0.264, 0.531, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.264 std_dev=0.267
O2' A 0, 0.005, 0.272, 0.539, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.272 std_dev=0.267
O3' B 0, 0.164, 0.446, 0.728, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.446 std_dev=0.282
O4' A 0, -0.013, 0.291, 0.595, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.291 std_dev=0.304
O2' B 0, 0.056, 0.407, 0.758, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.407 std_dev=0.351
C4 B 0, 0.252, 0.708, 1.163, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.708 std_dev=0.456
C3' B 0, 0.092, 0.548, 1.004, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.548 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.093, 0.549, 1.005, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.549 std_dev=0.456
C4' A 0, -0.023, 0.443, 0.909, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.443 std_dev=0.466
C3' A 0, -0.020, 0.446, 0.912, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.446 std_dev=0.466
C1' B 0, 0.193, 0.699, 1.206, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.699 std_dev=0.506
C4' B 0, 0.110, 0.656, 1.201, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.656 std_dev=0.545
P A 0, -0.033, 0.599, 1.232, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.599 std_dev=0.633
O5' A 0, 0.077, 0.711, 1.345, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.711 std_dev=0.634
C6 B 0, 0.268, 0.916, 1.563, 2.065 max_d=2.065 avg_d=0.916 std_dev=0.648
O3' A 0, -0.025, 0.659, 1.343, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.659 std_dev=0.684
C5' A 0, -0.001, 0.722, 1.444, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.722 std_dev=0.722
OP2 A 0, 0.280, 1.023, 1.766, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.023 std_dev=0.743
O4' B 0, 0.222, 0.975, 1.727, 2.311 max_d=2.311 avg_d=0.975 std_dev=0.753
N9 B 0, 0.110, 0.884, 1.659, 2.341 max_d=2.341 avg_d=0.884 std_dev=0.774
O5' B 0, 0.016, 0.851, 1.685, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.851 std_dev=0.835
C5 B 0, 0.142, 0.982, 1.823, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.982 std_dev=0.841
OP1 A 0, 0.151, 1.034, 1.917, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.034 std_dev=0.883
N1 B 0, 0.135, 1.019, 1.903, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.019 std_dev=0.884
C5' B 0, -0.030, 0.873, 1.776, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.873 std_dev=0.903
N3 B 0, 0.029, 0.940, 1.851, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.940 std_dev=0.911
O6 B 0, 0.212, 1.137, 2.063, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.137 std_dev=0.925
OP2 B 0, -0.078, 1.089, 2.257, 3.339 max_d=3.339 avg_d=1.089 std_dev=1.167
C2 B 0, -0.118, 1.183, 2.484, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.183 std_dev=1.301
P B 0, -0.344, 1.255, 2.854, 4.249 max_d=4.249 avg_d=1.255 std_dev=1.599
C8 B 0, -0.263, 1.415, 3.093, 4.604 max_d=4.604 avg_d=1.415 std_dev=1.678
N7 B 0, -0.240, 1.481, 3.203, 4.775 max_d=4.775 avg_d=1.481 std_dev=1.721
N2 B 0, -0.574, 1.689, 3.952, 5.975 max_d=5.975 avg_d=1.689 std_dev=2.263
OP1 B 0, -0.654, 1.707, 4.069, 6.138 max_d=6.138 avg_d=1.707 std_dev=2.361

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.03 0.30 0.46 0.16
C2 0.05 0.00 0.24 0.27 0.03 0.05 0.03 0.16 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.16 0.37 0.15 0.25 0.03 0.24 0.56 0.17
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.03 0.13 0.09 0.20 0.26 0.25 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.16 0.11 0.22 0.46 0.09
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.17 0.01 0.12 0.01 0.18 0.10 0.25 0.29 0.26 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.28 0.16 0.23 0.41 0.14
C4 0.01 0.03 0.15 0.17 0.00 0.04 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.09 0.20 0.08 0.24 0.03 0.24 0.52 0.16
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.09 0.27 0.37 0.06
C5 0.01 0.03 0.09 0.12 0.01 0.06 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.16 0.06 0.25 0.03 0.21 0.50 0.16
C5' 0.07 0.16 0.03 0.01 0.17 0.01 0.22 0.00 0.22 0.26 0.18 0.16 0.13 0.26 0.17 0.06 0.07 0.02 0.01 0.26 0.30 0.30 0.02
C6 0.02 0.02 0.13 0.18 0.02 0.06 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.24 0.08 0.27 0.01 0.20 0.53 0.17
C8 0.02 0.04 0.09 0.10 0.02 0.11 0.02 0.26 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.10 0.05 0.22 0.05 0.23 0.42 0.13
N1 0.04 0.01 0.20 0.25 0.02 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.34 0.12 0.28 0.02 0.22 0.56 0.18
N2 0.09 0.02 0.26 0.29 0.05 0.06 0.04 0.16 0.03 0.06 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.18 0.42 0.20 0.23 0.03 0.24 0.58 0.16
N3 0.04 0.02 0.25 0.26 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.17 0.33 0.13 0.24 0.03 0.25 0.55 0.17
N7 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.26 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.05 0.25 0.05 0.21 0.42 0.13
N9 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.20 0.03 0.25 0.48 0.15
O2' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.09 0.07 0.05 0.06 0.08 0.07 0.13 0.18 0.17 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06 0.24 0.43 0.08
O3' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.20 0.01 0.16 0.07 0.24 0.10 0.34 0.42 0.33 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.36 0.22 0.27 0.38 0.23
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.02 0.08 0.05 0.12 0.20 0.13 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.29 0.08 0.41 0.47 0.28
O5' 0.16 0.25 0.16 0.28 0.24 0.01 0.25 0.01 0.27 0.22 0.28 0.23 0.24 0.25 0.20 0.07 0.36 0.29 0.00 0.26 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.03 0.11 0.16 0.03 0.09 0.03 0.26 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.22 0.08 0.26 0.00 0.17 0.52 0.17
OP1 0.30 0.24 0.22 0.23 0.24 0.27 0.21 0.30 0.20 0.23 0.22 0.24 0.25 0.21 0.25 0.24 0.27 0.41 0.02 0.17 0.00 0.05 0.01
OP2 0.46 0.56 0.46 0.41 0.52 0.37 0.50 0.30 0.53 0.42 0.56 0.58 0.55 0.42 0.48 0.43 0.38 0.47 0.03 0.52 0.05 0.00 0.04
P 0.16 0.17 0.09 0.14 0.16 0.06 0.16 0.02 0.17 0.13 0.18 0.16 0.17 0.13 0.15 0.08 0.23 0.28 0.01 0.17 0.01 0.04 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.68 0.09 0.14 0.12 0.16 0.39 0.15 0.19 1.01 0.36 1.14 0.56 0.92 0.46 0.19 0.16 0.39 0.36 0.35 0.63 0.80 0.86
C2 0.44 1.11 0.15 0.13 0.14 0.27 0.65 0.32 0.28 1.57 0.58 1.94 0.85 1.51 0.70 0.17 0.14 0.58 0.13 0.59 0.23 0.54 0.32
C2' 0.42 0.71 0.16 0.13 0.12 0.20 0.42 0.12 0.18 1.11 0.38 1.21 0.54 0.99 0.54 0.14 0.13 0.46 0.16 0.35 0.53 0.53 0.65
C3' 0.42 0.53 0.18 0.18 0.13 0.27 0.36 0.19 0.16 0.92 0.28 0.91 0.39 0.81 0.49 0.17 0.19 0.48 0.15 0.28 0.49 0.22 0.47
C4 0.41 0.94 0.12 0.12 0.12 0.21 0.53 0.22 0.23 1.37 0.48 1.59 0.76 1.26 0.62 0.17 0.14 0.51 0.14 0.46 0.08 0.57 0.44
C4' 0.39 0.28 0.14 0.14 0.22 0.24 0.40 0.14 0.27 0.80 0.13 0.55 0.20 0.73 0.47 0.16 0.15 0.48 0.16 0.37 0.67 0.34 0.65
C5 0.41 1.02 0.14 0.13 0.11 0.23 0.55 0.27 0.21 1.46 0.53 1.69 0.83 1.32 0.65 0.16 0.14 0.51 0.14 0.46 0.26 0.42 0.23
C5' 0.52 0.22 0.25 0.26 0.41 0.43 0.52 0.31 0.44 0.74 0.31 0.18 0.24 0.69 0.56 0.17 0.26 0.62 0.26 0.50 0.57 0.18 0.43
C6 0.41 1.20 0.16 0.14 0.12 0.26 0.63 0.35 0.24 1.60 0.63 2.03 0.94 1.53 0.69 0.16 0.14 0.54 0.22 0.54 0.52 0.33 0.10
C8 0.34 0.71 0.11 0.12 0.11 0.15 0.37 0.13 0.16 1.05 0.37 1.13 0.61 0.90 0.48 0.17 0.14 0.39 0.17 0.31 0.20 0.51 0.48
N1 0.43 1.21 0.16 0.14 0.14 0.28 0.66 0.36 0.27 1.61 0.64 2.09 0.92 1.57 0.70 0.17 0.14 0.57 0.19 0.60 0.45 0.42 0.16
N2 0.45 1.14 0.16 0.14 0.15 0.29 0.67 0.35 0.30 1.60 0.60 2.01 0.85 1.56 0.71 0.17 0.14 0.60 0.13 0.62 0.24 0.57 0.33
N3 0.43 0.99 0.13 0.12 0.14 0.24 0.59 0.25 0.26 1.45 0.51 1.72 0.77 1.37 0.66 0.17 0.14 0.55 0.15 0.53 0.09 0.62 0.47
N7 0.39 0.86 0.14 0.12 0.10 0.19 0.44 0.21 0.17 1.27 0.45 1.36 0.75 1.09 0.58 0.15 0.13 0.45 0.14 0.35 0.21 0.36 0.22
N9 0.35 0.78 0.10 0.12 0.11 0.16 0.43 0.13 0.19 1.15 0.41 1.30 0.65 1.03 0.52 0.18 0.15 0.43 0.23 0.37 0.32 0.65 0.62
O2' 0.38 0.71 0.13 0.11 0.12 0.17 0.43 0.13 0.19 1.09 0.38 1.22 0.54 1.00 0.52 0.14 0.12 0.42 0.31 0.37 0.77 0.76 0.88
O3' 0.43 0.52 0.22 0.24 0.13 0.32 0.34 0.24 0.14 0.88 0.30 0.89 0.37 0.76 0.47 0.20 0.25 0.49 0.22 0.25 0.52 0.12 0.41
O4' 0.25 0.45 0.14 0.21 0.13 0.15 0.34 0.17 0.20 0.77 0.21 0.77 0.38 0.71 0.37 0.29 0.25 0.35 0.43 0.32 0.79 0.76 0.94
O5' 0.20 0.26 0.07 0.07 0.12 0.19 0.17 0.22 0.14 0.38 0.19 0.39 0.21 0.32 0.22 0.25 0.03 0.27 0.25 0.16 0.67 0.33 0.54
O6 0.38 1.33 0.17 0.15 0.12 0.26 0.65 0.39 0.24 1.64 0.72 2.23 1.02 1.61 0.68 0.14 0.14 0.51 0.31 0.56 0.76 0.21 0.19
OP1 0.17 0.40 0.20 0.11 0.24 0.23 0.20 0.22 0.24 0.16 0.34 0.52 0.37 0.17 0.17 0.31 0.01 0.24 0.33 0.22 0.69 0.56 0.40
OP2 0.17 0.28 0.23 0.16 0.21 0.14 0.23 0.25 0.25 0.25 0.27 0.30 0.25 0.24 0.20 0.32 0.05 0.13 0.40 0.25 0.43 0.56 0.23
P 0.13 0.09 0.08 0.03 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.13 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.18 0.01 0.16 0.22 0.09 0.47 0.33 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.22 0.02 0.44 0.12 0.21
C2 0.04 0.00 0.34 0.41 0.02 0.59 0.02 1.20 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.14 0.06 0.44 1.56 0.02 2.78 1.51 2.00
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.16 0.03 0.06 0.12 0.13 0.18 0.25 0.43 0.33 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.62 0.09 0.55 0.59 0.56
C3' 0.02 0.41 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.02 0.16 0.18 0.31 0.54 0.38 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.11 0.10 0.47 0.22
C4 0.01 0.02 0.16 0.17 0.00 0.26 0.01 0.53 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.21 0.79 0.02 1.52 0.63 1.00
C4' 0.01 0.59 0.03 0.01 0.26 0.00 0.12 0.01 0.24 0.23 0.45 0.76 0.55 0.13 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.18 0.08 0.13 0.13
C5 0.01 0.02 0.06 0.07 0.01 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.09 0.52 0.01 1.33 0.38 0.79
C5' 0.05 1.20 0.12 0.02 0.53 0.01 0.29 0.00 0.53 0.39 0.94 1.56 1.09 0.22 0.08 0.10 0.07 0.01 0.01 0.41 0.09 0.35 0.03
C6 0.02 0.01 0.13 0.16 0.02 0.24 0.01 0.53 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.09 0.18 0.80 0.01 1.84 0.69 1.18
C8 0.02 0.03 0.18 0.18 0.02 0.23 0.01 0.39 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.19 0.21 0.01 0.25 0.32 0.10
N1 0.04 0.01 0.25 0.31 0.03 0.45 0.02 0.94 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.07 0.33 1.26 0.02 2.49 1.21 1.72
N2 0.06 0.01 0.43 0.54 0.04 0.76 0.03 1.56 0.02 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.18 0.07 0.54 1.97 0.04 3.47 2.06 2.56
N3 0.03 0.01 0.33 0.38 0.01 0.55 0.01 1.09 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.13 0.05 0.43 1.42 0.02 2.31 1.26 1.68
N7 0.01 0.02 0.11 0.12 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.13 0.11 0.07 0.02 0.60 0.17 0.20
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.27 0.02 0.74 0.14 0.38
O2' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.10 0.04 0.12 0.09 0.18 0.13 0.10 0.04 0.00 0.09 0.01 0.66 0.05 0.58 0.64 0.60
O3' 0.12 0.06 0.02 0.01 0.08 0.03 0.10 0.07 0.09 0.16 0.07 0.07 0.05 0.13 0.12 0.09 0.00 0.11 0.17 0.10 0.22 0.20 0.13
O4' 0.00 0.44 0.01 0.01 0.21 0.00 0.09 0.01 0.18 0.19 0.33 0.54 0.43 0.11 0.01 0.01 0.11 0.00 0.09 0.13 0.25 0.13 0.08
O5' 0.22 1.56 0.62 0.39 0.79 0.02 0.52 0.01 0.80 0.21 1.26 1.97 1.42 0.07 0.27 0.66 0.17 0.09 0.00 0.66 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.11 0.02 0.18 0.01 0.41 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.10 0.13 0.66 0.00 1.73 0.56 1.06
OP1 0.44 2.78 0.55 0.10 1.52 0.08 1.33 0.09 1.84 0.25 2.49 3.47 2.31 0.60 0.74 0.58 0.22 0.25 0.02 1.73 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 1.51 0.59 0.47 0.63 0.13 0.38 0.35 0.69 0.32 1.21 2.06 1.26 0.17 0.14 0.64 0.20 0.13 0.02 0.56 0.02 0.00 0.01
P 0.21 2.00 0.56 0.22 1.00 0.13 0.79 0.03 1.18 0.10 1.72 2.56 1.68 0.20 0.38 0.60 0.13 0.08 0.01 1.06 0.01 0.01 0.00