ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50175

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.019 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.023, 0.039, 0.054, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.019, 0.037, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.028, 0.046, 0.064, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.046 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.027, 0.048, 0.069, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.048 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.023, 0.044, 0.066, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.031, 0.056, 0.080, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.056 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.019, 0.048, 0.077, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.048 std_dev=0.029
O2' B 0, 0.179, 0.343, 0.507, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.343 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.226, 0.530, 0.835, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.530 std_dev=0.304
N3 B 0, 0.308, 0.699, 1.090, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.699 std_dev=0.391
C4 B 0, 0.296, 0.724, 1.153, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.724 std_dev=0.429
C2 B 0, 0.266, 0.696, 1.127, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.696 std_dev=0.431
N9 B 0, 0.272, 0.740, 1.208, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.740 std_dev=0.468
N2 B 0, 0.259, 0.739, 1.218, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.739 std_dev=0.479
C5 B 0, 0.275, 0.757, 1.238, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.757 std_dev=0.482
O4' A 0, -0.223, 0.259, 0.741, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.259 std_dev=0.482
C1' B 0, 0.218, 0.706, 1.194, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.706 std_dev=0.488
N1 B 0, 0.209, 0.713, 1.217, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.713 std_dev=0.504
C2' A 0, -0.202, 0.308, 0.819, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.308 std_dev=0.510
C8 B 0, 0.284, 0.807, 1.329, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.807 std_dev=0.523
C6 B 0, 0.218, 0.746, 1.274, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.746 std_dev=0.528
N7 B 0, 0.305, 0.835, 1.365, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.835 std_dev=0.530
C3' B 0, 0.066, 0.599, 1.131, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.599 std_dev=0.533
O3' B 0, 0.049, 0.634, 1.219, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.634 std_dev=0.585
O2' A 0, -0.145, 0.461, 1.067, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.461 std_dev=0.606
O6 B 0, 0.204, 0.812, 1.419, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.812 std_dev=0.607
O4' B 0, 0.147, 0.851, 1.555, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.851 std_dev=0.704
C4' A 0, -0.297, 0.459, 1.215, 2.446 max_d=2.446 avg_d=0.459 std_dev=0.756
C3' A 0, -0.285, 0.471, 1.227, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.471 std_dev=0.756
C4' B 0, 0.071, 0.852, 1.633, 2.706 max_d=2.706 avg_d=0.852 std_dev=0.781
O5' B 0, 0.301, 1.194, 2.087, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.194 std_dev=0.893
C5' B 0, 0.131, 1.054, 1.976, 3.240 max_d=3.240 avg_d=1.054 std_dev=0.923
O3' A 0, -0.314, 0.618, 1.550, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.618 std_dev=0.932
P B 0, 0.280, 1.391, 2.502, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.391 std_dev=1.111
OP2 B 0, 0.373, 1.518, 2.662, 3.537 max_d=3.537 avg_d=1.518 std_dev=1.144
OP1 B 0, 0.332, 1.609, 2.885, 4.114 max_d=4.114 avg_d=1.609 std_dev=1.276
C5' A 0, -0.622, 0.732, 2.086, 4.305 max_d=4.305 avg_d=0.732 std_dev=1.354
O5' A 0, -0.636, 1.387, 3.410, 6.244 max_d=6.244 avg_d=1.387 std_dev=2.023
OP2 A 0, -0.916, 1.658, 4.232, 8.328 max_d=8.328 avg_d=1.658 std_dev=2.574
P A 0, -1.132, 1.745, 4.622, 8.742 max_d=8.742 avg_d=1.745 std_dev=2.877
OP1 A 0, -1.085, 2.384, 5.853, 10.217 max_d=10.217 avg_d=2.384 std_dev=3.469

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.21 0.01 0.42 0.22 0.17
C2 0.04 0.00 0.36 0.36 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.41 0.19 0.52 0.01 1.05 0.37 0.56
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.20 0.04 0.11 0.02 0.17 0.14 0.28 0.43 0.35 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.25 0.13 0.34 0.10 0.21
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.28 0.01 0.30 0.03 0.34 0.17 0.37 0.38 0.32 0.24 0.18 0.03 0.02 0.02 0.35 0.35 0.34 0.04 0.28
C4 0.01 0.01 0.20 0.28 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.29 0.10 0.52 0.01 0.92 0.49 0.52
C4' 0.02 0.07 0.04 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.17 0.06 0.10 0.07 0.17 0.08 0.14 0.07 0.01 0.03 0.11 0.31 0.16 0.11
C5 0.01 0.01 0.11 0.30 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.32 0.05 0.66 0.01 1.22 0.78 0.74
C5' 0.03 0.10 0.02 0.03 0.09 0.01 0.17 0.00 0.15 0.26 0.10 0.14 0.10 0.27 0.12 0.12 0.13 0.04 0.01 0.19 0.14 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.34 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.38 0.09 0.67 0.01 1.32 0.76 0.76
C8 0.01 0.02 0.14 0.17 0.01 0.17 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.20 0.18 0.11 0.71 0.03 1.15 0.95 0.83
N1 0.03 0.01 0.28 0.37 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.42 0.15 0.61 0.01 1.18 0.54 0.65
N2 0.04 0.01 0.43 0.38 0.02 0.10 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.45 0.22 0.52 0.02 1.11 0.35 0.61
N3 0.03 0.01 0.35 0.32 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.35 0.18 0.46 0.01 0.92 0.31 0.48
N7 0.01 0.01 0.07 0.24 0.01 0.17 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.26 0.06 0.77 0.03 1.43 1.06 0.95
N9 0.00 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.17 0.02 0.48 0.01 0.76 0.53 0.47
O2' 0.03 0.20 0.01 0.03 0.05 0.14 0.08 0.12 0.05 0.20 0.11 0.29 0.20 0.18 0.08 0.00 0.04 0.11 0.21 0.07 0.19 0.12 0.11
O3' 0.02 0.41 0.04 0.02 0.29 0.07 0.32 0.13 0.38 0.18 0.42 0.45 0.35 0.26 0.17 0.04 0.00 0.05 0.31 0.40 0.23 0.21 0.21
O4' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.04 0.09 0.11 0.15 0.22 0.18 0.06 0.02 0.11 0.05 0.00 0.13 0.07 0.38 0.18 0.14
O5' 0.21 0.52 0.25 0.35 0.52 0.03 0.66 0.01 0.67 0.71 0.61 0.52 0.46 0.77 0.48 0.21 0.31 0.13 0.00 0.74 0.03 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.13 0.35 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.40 0.07 0.74 0.00 1.51 0.93 0.89
OP1 0.42 1.05 0.34 0.34 0.92 0.31 1.22 0.14 1.32 1.15 1.18 1.11 0.92 1.43 0.76 0.19 0.23 0.38 0.03 1.51 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.37 0.10 0.04 0.49 0.16 0.78 0.15 0.76 0.95 0.54 0.35 0.31 1.06 0.53 0.12 0.21 0.18 0.02 0.93 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.56 0.21 0.28 0.52 0.11 0.74 0.02 0.76 0.83 0.65 0.61 0.48 0.95 0.47 0.11 0.21 0.14 0.01 0.89 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.36 0.15 0.19 0.41 0.27 0.46 0.27 0.46 0.45 0.41 0.34 0.35 0.48 0.39 0.11 0.24 0.30 0.42 0.48 0.28 0.53 0.33
C2 0.12 0.10 0.11 0.06 0.21 0.08 0.35 0.21 0.39 0.34 0.25 0.22 0.08 0.41 0.21 0.13 0.10 0.15 0.42 0.50 0.46 0.71 0.45
C2' 0.43 0.32 0.52 0.58 0.34 0.55 0.35 0.55 0.36 0.40 0.35 0.36 0.32 0.38 0.38 0.54 0.59 0.46 0.62 0.40 0.58 0.67 0.56
C3' 0.52 0.32 0.52 0.65 0.38 0.65 0.39 0.59 0.38 0.45 0.33 0.35 0.37 0.44 0.44 0.51 0.77 0.57 0.56 0.44 0.49 0.55 0.48
C4 0.11 0.13 0.11 0.07 0.21 0.07 0.34 0.19 0.37 0.34 0.24 0.28 0.08 0.40 0.22 0.12 0.10 0.13 0.40 0.45 0.41 0.66 0.41
C4' 0.43 0.36 0.29 0.38 0.41 0.46 0.43 0.41 0.39 0.50 0.33 0.43 0.39 0.50 0.44 0.20 0.50 0.44 0.46 0.41 0.34 0.53 0.39
C5 0.19 0.23 0.19 0.15 0.20 0.18 0.30 0.28 0.27 0.34 0.14 0.42 0.20 0.39 0.24 0.14 0.10 0.21 0.45 0.37 0.55 0.74 0.51
C5' 0.46 0.47 0.30 0.42 0.40 0.49 0.38 0.41 0.34 0.47 0.35 0.62 0.50 0.46 0.42 0.24 0.61 0.51 0.44 0.35 0.40 0.58 0.42
C6 0.25 0.28 0.23 0.19 0.26 0.24 0.35 0.35 0.32 0.39 0.22 0.44 0.25 0.44 0.29 0.15 0.12 0.28 0.49 0.42 0.66 0.82 0.59
C8 0.13 0.20 0.15 0.11 0.15 0.11 0.27 0.19 0.26 0.31 0.16 0.35 0.17 0.36 0.19 0.12 0.11 0.14 0.39 0.33 0.41 0.61 0.39
N1 0.18 0.17 0.18 0.14 0.22 0.17 0.34 0.29 0.36 0.36 0.19 0.33 0.16 0.43 0.24 0.14 0.09 0.22 0.46 0.48 0.59 0.79 0.54
N2 0.12 0.13 0.10 0.05 0.22 0.08 0.35 0.20 0.40 0.33 0.28 0.18 0.11 0.41 0.22 0.13 0.12 0.15 0.42 0.52 0.44 0.71 0.43
N3 0.13 0.18 0.08 0.06 0.25 0.10 0.38 0.18 0.42 0.35 0.32 0.23 0.14 0.42 0.24 0.12 0.13 0.16 0.40 0.50 0.38 0.65 0.39
N7 0.25 0.32 0.23 0.20 0.22 0.24 0.25 0.32 0.17 0.33 0.17 0.46 0.29 0.36 0.26 0.14 0.13 0.26 0.46 0.25 0.57 0.73 0.52
N9 0.14 0.21 0.09 0.08 0.26 0.10 0.37 0.17 0.38 0.36 0.29 0.29 0.16 0.42 0.25 0.10 0.14 0.14 0.39 0.43 0.33 0.59 0.35
O2' 0.40 0.42 0.39 0.46 0.40 0.49 0.40 0.49 0.42 0.41 0.43 0.48 0.40 0.41 0.40 0.37 0.49 0.43 0.57 0.43 0.52 0.64 0.51
O3' 0.59 0.33 0.59 0.77 0.41 0.78 0.41 0.73 0.40 0.50 0.35 0.36 0.39 0.47 0.49 0.55 0.92 0.66 0.67 0.45 0.61 0.59 0.59
O4' 0.39 0.34 0.27 0.31 0.44 0.38 0.47 0.38 0.42 0.53 0.34 0.41 0.36 0.53 0.46 0.19 0.35 0.39 0.49 0.43 0.39 0.59 0.43
O5' 0.51 0.61 0.42 0.73 0.31 0.75 0.22 0.67 0.26 0.36 0.42 0.88 0.60 0.33 0.32 0.35 1.07 0.64 0.65 0.30 0.73 0.84 0.68
O6 0.35 0.40 0.29 0.27 0.36 0.36 0.41 0.45 0.37 0.46 0.36 0.51 0.36 0.50 0.38 0.16 0.17 0.40 0.55 0.43 0.79 0.90 0.70
OP1 0.51 0.71 0.91 1.20 0.42 1.07 0.72 1.24 0.75 0.93 0.69 1.11 0.49 1.00 0.54 0.77 1.46 0.67 1.43 0.93 1.80 1.92 1.67
OP2 0.66 0.36 1.16 1.10 0.60 0.82 0.82 1.08 0.70 1.13 0.44 0.55 0.34 1.12 0.80 1.14 0.86 0.61 1.48 0.81 1.69 1.95 1.68
P 0.56 0.54 0.85 1.13 0.20 0.98 0.33 1.06 0.26 0.67 0.33 0.91 0.45 0.62 0.42 0.76 1.37 0.70 1.21 0.38 1.44 1.55 1.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.30 0.03 0.13 0.55 0.18
C2 0.05 0.00 0.13 0.09 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.15 0.08 0.42 0.01 0.20 0.55 0.24
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.03 0.12 0.15 0.11 0.20 0.11 0.17 0.13 0.18 0.08 0.01 0.03 0.04 0.35 0.14 0.24 0.45 0.24
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.07 0.08 0.12 0.07 0.12 0.09 0.12 0.04 0.03 0.01 0.02 0.20 0.10 0.24 0.36 0.14
C4 0.02 0.01 0.08 0.05 0.00 0.04 0.00 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.06 0.44 0.01 0.23 0.56 0.25
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.05 0.07 0.05 0.10 0.05 0.04 0.03 0.01 0.05 0.07 0.16 0.45 0.12
C5 0.02 0.01 0.12 0.08 0.00 0.06 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.07 0.06 0.50 0.01 0.30 0.56 0.31
C5' 0.11 0.17 0.15 0.07 0.20 0.01 0.26 0.00 0.26 0.30 0.22 0.13 0.16 0.32 0.21 0.13 0.04 0.06 0.01 0.28 0.29 0.17 0.05
C6 0.03 0.01 0.11 0.08 0.01 0.06 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.09 0.07 0.50 0.00 0.32 0.55 0.32
C8 0.02 0.01 0.20 0.12 0.00 0.10 0.01 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.10 0.09 0.50 0.02 0.30 0.57 0.30
N1 0.04 0.00 0.11 0.07 0.02 0.05 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.11 0.07 0.47 0.01 0.26 0.55 0.28
N2 0.05 0.01 0.17 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.20 0.09 0.38 0.01 0.18 0.55 0.22
N3 0.04 0.01 0.13 0.09 0.00 0.05 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.22 0.14 0.07 0.39 0.01 0.18 0.54 0.21
N7 0.02 0.01 0.18 0.12 0.00 0.10 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.37 0.11 0.08 0.53 0.02 0.36 0.55 0.34
N9 0.00 0.02 0.08 0.04 0.01 0.05 0.02 0.21 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.03 0.05 0.42 0.03 0.21 0.57 0.24
O2' 0.06 0.21 0.01 0.03 0.12 0.04 0.24 0.13 0.22 0.35 0.17 0.30 0.22 0.37 0.14 0.00 0.09 0.04 0.38 0.28 0.32 0.48 0.32
O3' 0.06 0.15 0.03 0.01 0.07 0.03 0.07 0.04 0.09 0.10 0.11 0.20 0.14 0.11 0.03 0.09 0.00 0.09 0.16 0.10 0.28 0.38 0.14
O4' 0.01 0.08 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.05 0.04 0.09 0.00 0.18 0.06 0.07 0.57 0.17
O5' 0.30 0.42 0.35 0.20 0.44 0.05 0.50 0.01 0.50 0.50 0.47 0.38 0.39 0.53 0.42 0.38 0.16 0.18 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.10 0.01 0.07 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.28 0.10 0.06 0.52 0.00 0.37 0.55 0.35
OP1 0.13 0.20 0.24 0.24 0.23 0.16 0.30 0.29 0.32 0.30 0.26 0.18 0.18 0.36 0.21 0.32 0.28 0.07 0.02 0.37 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.55 0.45 0.36 0.56 0.45 0.56 0.17 0.55 0.57 0.55 0.55 0.54 0.55 0.57 0.48 0.38 0.57 0.02 0.55 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.24 0.24 0.14 0.25 0.12 0.31 0.05 0.32 0.30 0.28 0.22 0.21 0.34 0.24 0.32 0.14 0.17 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00