ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50176

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.030, 0.046, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.017, 0.039, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.019, 0.049, 0.079, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.049 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.015, 0.050, 0.085, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.016, 0.061, 0.105, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.061 std_dev=0.044
O2' B 0, 0.312, 0.589, 0.866, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.589 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.368, 0.775, 1.182, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.775 std_dev=0.407
O4' A 0, 0.649, 1.489, 2.329, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.489 std_dev=0.840
C2' A 0, 0.693, 1.545, 2.397, 2.092 max_d=2.092 avg_d=1.545 std_dev=0.852
C3' A 0, 0.931, 2.067, 3.203, 2.812 max_d=2.812 avg_d=2.067 std_dev=1.136
O2' A 0, 0.950, 2.125, 3.299, 3.075 max_d=3.075 avg_d=2.125 std_dev=1.174
C1' B 0, 1.076, 2.275, 3.474, 3.100 max_d=3.100 avg_d=2.275 std_dev=1.199
C4' A 0, 0.981, 2.204, 3.426, 2.957 max_d=2.957 avg_d=2.204 std_dev=1.222
O3' A 0, 1.000, 2.236, 3.472, 3.097 max_d=3.097 avg_d=2.236 std_dev=1.236
C3' B 0, 1.057, 2.489, 3.920, 3.769 max_d=3.769 avg_d=2.489 std_dev=1.432
N3 B 0, 0.849, 2.362, 3.874, 5.443 max_d=5.443 avg_d=2.362 std_dev=1.512
N9 B 0, 1.211, 2.743, 4.275, 4.872 max_d=4.872 avg_d=2.743 std_dev=1.532
C4 B 0, 0.665, 2.309, 3.953, 5.982 max_d=5.982 avg_d=2.309 std_dev=1.644
O3' B 0, 1.492, 3.249, 5.006, 4.515 max_d=4.515 avg_d=3.249 std_dev=1.757
O5' A 0, 1.411, 3.185, 4.959, 5.500 max_d=5.500 avg_d=3.185 std_dev=1.774
C5' A 0, 1.460, 3.286, 5.112, 4.646 max_d=4.646 avg_d=3.286 std_dev=1.826
C4' B 0, 1.477, 3.342, 5.207, 4.808 max_d=4.808 avg_d=3.342 std_dev=1.865
C2 B 0, 0.929, 2.808, 4.686, 6.790 max_d=6.790 avg_d=2.808 std_dev=1.879
P A 0, 1.226, 3.198, 5.169, 6.780 max_d=6.780 avg_d=3.198 std_dev=1.971
O4' B 0, 1.614, 3.604, 5.593, 5.002 max_d=5.002 avg_d=3.604 std_dev=1.989
N2 B 0, 1.924, 4.034, 6.143, 6.559 max_d=6.559 avg_d=4.034 std_dev=2.110
OP1 A 0, 1.195, 3.342, 5.490, 7.646 max_d=7.646 avg_d=3.342 std_dev=2.148
C5 B 0, 0.829, 3.025, 5.221, 7.889 max_d=7.889 avg_d=3.025 std_dev=2.196
C8 B 0, 1.823, 4.031, 6.238, 6.164 max_d=6.164 avg_d=4.031 std_dev=2.207
N1 B 0, -0.028, 2.434, 4.896, 8.643 max_d=8.643 avg_d=2.434 std_dev=2.462
N7 B 0, 1.796, 4.284, 6.773, 8.053 max_d=8.053 avg_d=4.284 std_dev=2.489
C6 B 0, 0.054, 2.724, 5.393, 9.422 max_d=9.422 avg_d=2.724 std_dev=2.670
OP2 A 0, 1.897, 4.707, 7.517, 8.941 max_d=8.941 avg_d=4.707 std_dev=2.810
C5' B 0, 2.067, 5.022, 7.977, 7.439 max_d=7.439 avg_d=5.022 std_dev=2.955
O6 B 0, 0.174, 3.381, 6.588, 11.325 max_d=11.325 avg_d=3.381 std_dev=3.207
O5' B 0, 1.916, 5.481, 9.045, 8.500 max_d=8.500 avg_d=5.481 std_dev=3.565
P B 0, 2.439, 7.292, 12.145, 11.308 max_d=11.308 avg_d=7.292 std_dev=4.853
OP1 B 0, 3.061, 8.178, 13.295, 12.448 max_d=12.448 avg_d=8.178 std_dev=5.117
OP2 B 0, 2.085, 7.444, 12.803, 11.865 max_d=11.865 avg_d=7.444 std_dev=5.359

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.27 0.00 0.20 0.02 0.22 0.46 0.20
C2 0.04 0.00 0.43 0.25 0.01 0.19 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.07 0.38 0.38 0.02 0.49 0.91 0.46
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.24 0.01 0.15 0.19 0.24 0.18 0.35 0.50 0.41 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.24 0.20 0.56 0.56 0.50
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.24 0.00 0.31 0.01 0.34 0.24 0.31 0.22 0.20 0.30 0.19 0.01 0.00 0.01 0.25 0.37 0.59 0.48 0.47
C4 0.02 0.01 0.24 0.24 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.21 0.39 0.02 0.43 0.88 0.44
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.19 0.13 0.26 0.18 0.15 0.05 0.23 0.03 0.00 0.02 0.04 0.21 0.09 0.07
C5 0.01 0.01 0.15 0.31 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.11 0.11 0.52 0.01 0.52 1.08 0.58
C5' 0.08 0.32 0.19 0.01 0.16 0.01 0.09 0.00 0.15 0.15 0.26 0.40 0.29 0.10 0.05 0.06 0.16 0.02 0.01 0.12 0.36 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.34 0.01 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.19 0.52 0.01 0.58 1.15 0.62
C8 0.01 0.01 0.18 0.24 0.00 0.19 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.11 0.18 0.61 0.02 0.43 0.97 0.56
N1 0.03 0.01 0.35 0.31 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.07 0.31 0.45 0.01 0.56 1.05 0.55
N2 0.04 0.00 0.50 0.22 0.01 0.26 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.56 0.11 0.45 0.39 0.02 0.50 0.88 0.46
N3 0.04 0.01 0.41 0.20 0.01 0.18 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.12 0.37 0.32 0.02 0.42 0.80 0.39
N7 0.01 0.01 0.09 0.30 0.01 0.15 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.16 0.08 0.64 0.02 0.52 1.15 0.66
N9 0.01 0.01 0.04 0.19 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.09 0.01 0.40 0.02 0.35 0.77 0.38
O2' 0.02 0.40 0.00 0.01 0.09 0.23 0.11 0.06 0.08 0.43 0.24 0.56 0.38 0.35 0.14 0.00 0.05 0.15 0.10 0.10 0.26 0.36 0.31
O3' 0.27 0.07 0.02 0.00 0.06 0.03 0.11 0.16 0.13 0.11 0.07 0.11 0.12 0.16 0.09 0.05 0.00 0.20 0.10 0.19 0.53 0.28 0.29
O4' 0.00 0.38 0.01 0.01 0.21 0.00 0.11 0.02 0.19 0.18 0.31 0.45 0.37 0.08 0.01 0.15 0.20 0.00 0.25 0.15 0.20 0.36 0.23
O5' 0.20 0.38 0.24 0.25 0.39 0.02 0.52 0.01 0.52 0.61 0.45 0.39 0.32 0.64 0.40 0.10 0.10 0.25 0.00 0.58 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.20 0.37 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.19 0.15 0.58 0.00 0.64 1.26 0.70
OP1 0.22 0.49 0.56 0.59 0.43 0.21 0.52 0.36 0.58 0.43 0.56 0.50 0.42 0.52 0.35 0.26 0.53 0.20 0.01 0.64 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.91 0.56 0.48 0.88 0.09 1.08 0.26 1.15 0.97 1.05 0.88 0.80 1.15 0.77 0.36 0.28 0.36 0.01 1.26 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.46 0.50 0.47 0.44 0.07 0.58 0.02 0.62 0.56 0.55 0.46 0.39 0.66 0.38 0.31 0.29 0.23 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.70 0.58 0.19 0.17 0.51 0.73 0.50 0.77 0.42 0.77 0.46 0.75 0.57 0.69 0.63 0.16 0.43 1.00 0.63 0.42 0.65 0.71 0.70
C2 0.77 0.91 0.30 0.58 0.58 1.15 0.64 1.56 0.53 1.13 0.69 1.34 0.77 1.03 0.77 0.22 0.26 1.31 1.62 0.56 1.94 2.04 2.00
C2' 1.20 1.11 0.67 0.50 1.03 1.08 0.95 1.05 0.92 1.07 1.01 1.23 1.11 0.98 1.09 0.67 0.19 1.41 0.90 0.86 0.85 0.85 0.91
C3' 0.46 0.86 0.29 0.24 0.51 0.38 0.45 0.35 0.62 0.25 0.81 1.05 0.73 0.25 0.36 0.26 0.59 0.64 0.16 0.62 0.39 0.34 0.19
C4 0.76 0.81 0.28 0.52 0.55 1.09 0.60 1.40 0.49 1.04 0.62 1.16 0.71 0.93 0.74 0.22 0.21 1.26 1.41 0.51 1.58 1.71 1.67
C4' 0.08 0.53 0.51 0.65 0.34 0.30 0.43 0.34 0.54 0.33 0.58 0.60 0.40 0.41 0.22 0.30 1.00 0.22 0.37 0.60 0.68 0.57 0.39
C5 0.75 0.93 0.35 0.74 0.56 1.26 0.62 1.73 0.52 1.13 0.70 1.37 0.80 1.01 0.75 0.26 0.42 1.33 1.79 0.54 2.09 2.19 2.15
C5' 0.42 0.82 0.80 0.93 0.76 0.45 0.91 0.52 1.01 0.75 0.96 0.76 0.70 0.89 0.65 0.45 1.14 0.25 0.73 1.09 0.91 0.95 0.76
C6 0.74 1.06 0.37 0.85 0.58 1.34 0.65 1.95 0.55 1.22 0.78 1.57 0.89 1.10 0.77 0.27 0.55 1.35 2.08 0.58 2.57 2.63 2.57
C8 0.73 0.74 0.30 0.54 0.52 1.07 0.54 1.28 0.46 0.94 0.57 1.04 0.67 0.83 0.69 0.23 0.23 1.21 1.28 0.47 1.33 1.49 1.45
N1 0.76 1.02 0.34 0.75 0.58 1.27 0.66 1.82 0.55 1.21 0.76 1.52 0.85 1.10 0.78 0.25 0.43 1.35 1.93 0.58 2.39 2.48 2.41
N2 0.78 0.90 0.29 0.54 0.59 1.13 0.65 1.52 0.54 1.14 0.69 1.33 0.77 1.04 0.78 0.22 0.23 1.30 1.58 0.57 1.90 2.02 1.97
N3 0.76 0.80 0.26 0.45 0.57 1.05 0.61 1.34 0.50 1.04 0.62 1.16 0.71 0.94 0.74 0.20 0.19 1.25 1.34 0.52 1.53 1.65 1.62
N7 0.73 0.91 0.37 0.79 0.54 1.30 0.59 1.74 0.50 1.09 0.67 1.31 0.79 0.96 0.72 0.28 0.49 1.32 1.78 0.52 2.00 2.11 2.08
N9 0.73 0.69 0.25 0.38 0.53 0.95 0.55 1.12 0.46 0.91 0.54 0.96 0.64 0.81 0.69 0.19 0.19 1.16 1.07 0.46 1.12 1.26 1.24
O2' 1.66 1.57 1.00 0.73 1.59 1.33 1.52 1.27 1.47 1.58 1.50 1.59 1.62 1.52 1.61 0.91 0.32 1.81 1.15 1.42 1.05 1.02 1.12
O3' 0.45 0.97 0.39 0.36 0.60 0.34 0.60 0.34 0.81 0.27 0.98 1.13 0.78 0.37 0.40 0.27 0.75 0.65 0.17 0.85 0.53 0.29 0.18
O4' 0.16 0.38 0.47 0.56 0.23 0.35 0.34 0.35 0.37 0.46 0.37 0.51 0.29 0.47 0.26 0.43 0.93 0.34 0.19 0.42 0.46 0.41 0.21
O5' 0.84 0.69 0.99 1.35 0.91 0.89 1.09 1.02 1.08 1.16 0.89 0.48 0.68 1.22 0.97 0.69 1.60 0.73 1.31 1.19 1.48 1.60 1.40
O6 0.71 1.17 0.42 0.99 0.58 1.43 0.66 2.17 0.57 1.27 0.87 1.74 0.97 1.15 0.76 0.28 0.74 1.34 2.38 0.60 3.06 3.06 2.99
OP1 0.76 0.57 0.66 1.24 0.79 1.06 1.03 1.48 0.97 1.24 0.69 0.60 0.61 1.32 0.90 0.21 1.34 0.89 1.84 1.14 2.38 2.20 2.12
OP2 1.30 1.26 1.45 1.97 1.61 1.58 1.96 1.83 1.95 2.01 1.62 0.91 1.19 2.17 1.65 0.75 1.95 1.39 2.24 2.14 2.35 2.65 2.38
P 0.95 0.63 1.05 1.61 1.00 1.27 1.25 1.51 1.19 1.42 0.89 0.34 0.66 1.49 1.13 0.48 1.80 1.05 1.82 1.34 2.06 2.12 1.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.34 0.00 0.14 0.02 0.27 0.08 0.13
C2 0.04 0.00 0.36 0.16 0.01 0.24 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.25 0.41 0.22 0.01 0.68 0.32 0.26
C2' 0.00 0.36 0.00 0.00 0.20 0.02 0.14 0.21 0.21 0.15 0.31 0.41 0.34 0.08 0.04 0.00 0.03 0.02 0.38 0.19 0.35 0.35 0.41
C3' 0.03 0.16 0.00 0.00 0.19 0.00 0.28 0.02 0.30 0.25 0.24 0.10 0.11 0.31 0.16 0.02 0.01 0.01 0.06 0.34 0.22 0.12 0.07
C4 0.02 0.01 0.20 0.19 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.17 0.22 0.14 0.01 0.52 0.37 0.17
C4' 0.01 0.24 0.02 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.05 0.23 0.15 0.33 0.23 0.18 0.05 0.21 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.17 0.02
C5 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.11 0.15 0.01 0.51 0.64 0.19
C5' 0.08 0.34 0.21 0.02 0.18 0.01 0.11 0.00 0.15 0.21 0.26 0.44 0.33 0.18 0.07 0.06 0.19 0.01 0.01 0.13 0.11 0.29 0.01
C6 0.03 0.01 0.21 0.30 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.19 0.15 0.00 0.59 0.68 0.21
C8 0.01 0.01 0.15 0.25 0.00 0.23 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.43 0.06 0.20 0.22 0.02 0.26 0.65 0.22
N1 0.04 0.00 0.31 0.24 0.01 0.15 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.15 0.32 0.17 0.01 0.68 0.50 0.22
N2 0.06 0.00 0.41 0.10 0.01 0.33 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.33 0.49 0.27 0.01 0.74 0.25 0.32
N3 0.04 0.00 0.34 0.11 0.00 0.23 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.30 0.40 0.22 0.01 0.61 0.23 0.25
N7 0.01 0.01 0.08 0.31 0.01 0.18 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.10 0.09 0.24 0.02 0.36 0.83 0.28
N9 0.01 0.01 0.04 0.16 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.15 0.01 0.09 0.01 0.36 0.33 0.11
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.08 0.21 0.15 0.06 0.12 0.43 0.22 0.48 0.33 0.36 0.15 0.00 0.04 0.16 0.32 0.16 0.24 0.38 0.38
O3' 0.34 0.25 0.03 0.01 0.17 0.02 0.08 0.19 0.10 0.06 0.15 0.33 0.30 0.10 0.15 0.04 0.00 0.25 0.22 0.12 0.55 0.19 0.29
O4' 0.00 0.41 0.02 0.01 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.20 0.32 0.49 0.40 0.09 0.01 0.16 0.25 0.00 0.03 0.14 0.14 0.06 0.05
O5' 0.14 0.22 0.38 0.06 0.14 0.02 0.15 0.01 0.15 0.22 0.17 0.27 0.22 0.24 0.09 0.32 0.22 0.03 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.19 0.34 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.12 0.14 0.19 0.00 0.58 0.84 0.25
OP1 0.27 0.68 0.35 0.22 0.52 0.09 0.51 0.11 0.59 0.26 0.68 0.74 0.61 0.36 0.36 0.24 0.55 0.14 0.01 0.58 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.32 0.35 0.12 0.37 0.17 0.64 0.29 0.68 0.65 0.50 0.25 0.23 0.83 0.33 0.38 0.19 0.06 0.02 0.84 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.26 0.41 0.07 0.17 0.02 0.19 0.01 0.21 0.22 0.22 0.32 0.25 0.28 0.11 0.38 0.29 0.05 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00