ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50177

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.013, 0.029, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.019, 0.038, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.038 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.019, 0.042, 0.064, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.025, 0.048, 0.072, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.048 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.036, 0.070, 0.104, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.070 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.044, 0.081, 0.118, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.081 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.046, 0.106, 0.166, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.106 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.037, 0.098, 0.159, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.098 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.055, 0.117, 0.179, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.117 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.051, 0.151, 0.250, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.151 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.071, 0.177, 0.283, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.177 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.068, 0.202, 0.335, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.202 std_dev=0.133
O2' B 0, 0.297, 0.683, 1.069, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.683 std_dev=0.386
P A 0, 0.092, 0.518, 0.944, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.518 std_dev=0.426
O5' A 0, 0.032, 0.463, 0.894, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.463 std_dev=0.431
C4' B 0, 0.404, 0.952, 1.501, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.952 std_dev=0.549
C2' B 0, 0.104, 0.654, 1.204, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.654 std_dev=0.550
C3' B 0, 0.139, 0.769, 1.398, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.769 std_dev=0.629
OP1 A 0, 0.375, 1.006, 1.637, 1.833 max_d=1.833 avg_d=1.006 std_dev=0.631
OP2 A 0, 0.316, 0.990, 1.665, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.990 std_dev=0.674
C5' B 0, 0.522, 1.471, 2.420, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.471 std_dev=0.949
O4' B 0, 0.326, 1.291, 2.256, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.291 std_dev=0.965
O5' B 0, 0.743, 1.876, 3.009, 3.124 max_d=3.124 avg_d=1.876 std_dev=1.133
C1' B 0, -0.091, 1.119, 2.328, 3.003 max_d=3.003 avg_d=1.119 std_dev=1.210
O3' B 0, -0.190, 1.333, 2.855, 3.725 max_d=3.725 avg_d=1.333 std_dev=1.522
P B 0, 1.016, 2.676, 4.336, 4.444 max_d=4.444 avg_d=2.676 std_dev=1.660
OP1 B 0, 1.206, 3.031, 4.857, 4.730 max_d=4.730 avg_d=3.031 std_dev=1.826
OP2 B 0, 0.908, 2.737, 4.565, 5.027 max_d=5.027 avg_d=2.737 std_dev=1.828
N9 B 0, 0.105, 2.123, 4.141, 5.191 max_d=5.191 avg_d=2.123 std_dev=2.018
C8 B 0, 0.429, 2.734, 5.038, 6.109 max_d=6.109 avg_d=2.734 std_dev=2.305
N3 B 0, 0.127, 2.827, 5.527, 6.928 max_d=6.928 avg_d=2.827 std_dev=2.700
C4 B 0, 0.081, 2.814, 5.547, 6.981 max_d=6.981 avg_d=2.814 std_dev=2.733
N7 B 0, 0.476, 3.654, 6.833, 8.358 max_d=8.358 avg_d=3.654 std_dev=3.179
C2 B 0, 0.282, 3.719, 7.156, 8.896 max_d=8.896 avg_d=3.719 std_dev=3.437
C5 B 0, 0.265, 3.702, 7.139, 8.889 max_d=8.889 avg_d=3.702 std_dev=3.437
N2 B 0, 0.551, 3.998, 7.444, 9.086 max_d=9.086 avg_d=3.998 std_dev=3.447
N1 B 0, 0.289, 4.496, 8.702, 10.847 max_d=10.847 avg_d=4.496 std_dev=4.207
C6 B 0, 0.311, 4.583, 8.854, 11.027 max_d=11.027 avg_d=4.583 std_dev=4.271
O6 B 0, 0.441, 5.439, 10.436, 12.948 max_d=12.948 avg_d=5.439 std_dev=4.998

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.21 0.69 0.19
C2 0.05 0.00 0.09 0.08 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.11 0.12 0.03 0.08 0.03 0.43 0.90 0.39
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.07 0.12 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.43 0.85 0.33
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.11 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.13 0.04 0.49 0.74 0.32
C4 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.12 0.01 0.35 0.83 0.34
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.19 0.46 0.11
C5 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.16 0.01 0.37 0.75 0.36
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.04 0.06 0.04 0.10 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.18 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02 0.15 0.01 0.43 0.76 0.40
C8 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.22 0.03 0.21 0.57 0.24
N1 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.11 0.02 0.45 0.85 0.41
N2 0.07 0.00 0.12 0.11 0.02 0.08 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.16 0.15 0.07 0.06 0.04 0.45 0.93 0.39
N3 0.05 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.10 0.04 0.08 0.03 0.38 0.89 0.35
N7 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04 0.21 0.03 0.29 0.58 0.31
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.01 0.26 0.73 0.26
O2' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.01 0.09 0.16 0.10 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.07 0.33 0.78 0.23
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.07 0.03 0.08 0.02 0.09 0.06 0.12 0.15 0.10 0.07 0.04 0.03 0.00 0.03 0.23 0.09 0.54 0.64 0.29
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.14 0.03 0.14 0.43 0.05
O5' 0.10 0.08 0.04 0.13 0.12 0.01 0.16 0.00 0.15 0.22 0.11 0.06 0.08 0.21 0.14 0.06 0.23 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.07 0.09 0.03 0.18 0.00 0.44 0.67 0.41
OP1 0.21 0.43 0.43 0.49 0.35 0.19 0.37 0.09 0.43 0.21 0.45 0.45 0.38 0.29 0.26 0.33 0.54 0.14 0.01 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.69 0.90 0.85 0.74 0.83 0.46 0.75 0.18 0.76 0.57 0.85 0.93 0.89 0.58 0.73 0.78 0.64 0.43 0.01 0.67 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.39 0.33 0.32 0.34 0.11 0.36 0.01 0.40 0.24 0.41 0.39 0.35 0.31 0.26 0.23 0.29 0.05 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.22 2.53 0.31 0.52 2.15 0.32 2.26 0.87 2.52 1.62 2.64 2.56 2.28 1.95 1.70 0.34 1.43 0.93 0.75 2.56 1.30 0.98 1.01
C2 1.23 3.41 0.49 0.36 2.51 0.40 2.68 0.90 3.20 1.71 3.53 3.73 2.87 2.19 1.82 0.41 1.23 0.79 0.68 3.30 1.16 0.84 0.93
C2' 1.19 2.41 0.26 0.56 2.00 0.20 2.10 0.69 2.37 1.50 2.50 2.49 2.15 1.80 1.58 0.33 1.50 1.00 0.74 2.42 1.24 0.99 0.99
C3' 1.09 1.83 0.15 0.60 1.57 0.11 1.59 0.40 1.76 1.20 1.87 1.90 1.69 1.38 1.30 0.26 1.51 1.06 0.72 1.77 0.97 0.89 0.90
C4 1.24 2.94 0.44 0.40 2.30 0.34 2.37 0.81 2.72 1.58 2.98 3.11 2.60 1.95 1.73 0.41 1.29 0.84 0.63 2.75 1.05 0.76 0.84
C4' 1.06 1.65 0.16 0.57 1.48 0.11 1.52 0.42 1.64 1.20 1.70 1.66 1.54 1.36 1.27 0.26 1.42 1.06 0.73 1.65 1.06 0.92 0.89
C5 1.16 2.71 0.46 0.33 2.09 0.33 2.10 0.70 2.42 1.41 2.68 2.91 2.42 1.72 1.57 0.40 1.14 0.78 0.54 2.42 0.91 0.60 0.72
C5' 0.90 1.04 0.12 0.56 0.97 0.30 0.93 0.14 0.96 0.79 1.02 1.05 1.02 0.82 0.90 0.23 1.32 1.09 0.75 0.93 0.66 0.78 0.83
C6 1.12 2.87 0.48 0.26 2.12 0.36 2.17 0.71 2.56 1.42 2.86 3.19 2.49 1.77 1.56 0.39 1.02 0.73 0.54 2.59 0.94 0.59 0.73
C8 1.18 2.08 0.36 0.44 1.78 0.25 1.73 0.60 1.90 1.25 2.05 2.13 1.97 1.45 1.44 0.37 1.33 0.89 0.52 1.87 0.82 0.58 0.67
N1 1.17 3.24 0.50 0.30 2.35 0.39 2.47 0.82 2.96 1.58 3.30 3.60 2.74 2.01 1.71 0.40 1.10 0.75 0.61 3.04 1.04 0.72 0.83
N2 1.24 3.60 0.50 0.37 2.62 0.42 2.85 0.95 3.45 1.80 3.80 3.96 2.98 2.34 1.88 0.41 1.24 0.77 0.71 3.61 1.24 0.92 0.99
N3 1.25 3.27 0.46 0.41 2.49 0.38 2.64 0.91 3.11 1.72 3.39 3.50 2.81 2.18 1.84 0.42 1.31 0.82 0.69 3.19 1.20 0.88 0.95
N7 1.10 2.14 0.41 0.33 1.74 0.28 1.69 0.55 1.89 1.18 2.08 2.26 2.01 1.39 1.36 0.39 1.12 0.78 0.46 1.86 0.82 0.49 0.62
N9 1.24 2.56 0.37 0.47 2.13 0.31 2.16 0.78 2.42 1.52 2.60 2.64 2.34 1.82 1.67 0.38 1.39 0.90 0.64 2.43 1.03 0.77 0.84
O2' 1.14 2.55 0.23 0.59 2.09 0.28 2.26 0.83 2.60 1.58 2.71 2.63 2.22 1.97 1.62 0.32 1.49 0.92 0.83 2.71 1.56 1.21 1.17
O3' 1.05 1.72 0.12 0.59 1.47 0.15 1.51 0.26 1.67 1.15 1.76 1.78 1.58 1.32 1.23 0.23 1.48 1.09 0.78 1.69 0.91 0.97 0.97
O4' 1.15 2.03 0.24 0.54 1.84 0.25 1.93 0.78 2.08 1.48 2.13 2.01 1.88 1.72 1.54 0.28 1.41 0.98 0.75 2.11 1.26 0.97 0.97
O5' 1.15 1.12 0.27 0.32 1.09 0.59 0.98 0.36 0.98 0.89 1.05 1.13 1.15 0.86 1.05 0.39 1.18 1.36 0.81 0.92 0.82 0.72 0.89
O6 1.01 2.62 0.48 0.19 1.91 0.35 1.95 0.63 2.30 1.27 2.60 2.94 2.26 1.58 1.40 0.38 0.85 0.67 0.48 2.33 0.92 0.51 0.67
OP1 0.32 0.73 0.99 1.34 0.76 0.29 0.98 0.39 1.04 0.92 0.91 0.64 0.62 1.07 0.69 0.47 1.62 0.07 0.16 1.16 1.01 0.16 0.56
OP2 0.24 0.25 0.69 1.14 0.12 0.13 0.07 0.21 0.05 0.16 0.11 0.37 0.28 0.19 0.09 0.42 1.84 0.45 0.17 0.13 0.82 0.19 0.54
P 0.21 0.20 0.60 1.10 0.10 0.09 0.19 0.19 0.20 0.22 0.16 0.28 0.22 0.29 0.06 0.23 1.75 0.43 0.18 0.28 0.83 0.25 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.27 0.34 0.15
C2 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.03 0.35 0.03 0.15 0.92 0.45
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.06 0.11 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.03 0.19 0.27 0.17
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05 0.10 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.39 0.07 0.12 0.20 0.27
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.41 0.02 0.19 0.94 0.53
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.03 0.07 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.31 0.16 0.08
C5 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.54 0.02 0.46 1.27 0.79
C5' 0.03 0.09 0.01 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.17 0.11 0.08 0.07 0.18 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.19 0.08 0.31 0.02
C6 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.55 0.01 0.48 1.36 0.82
C8 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.08 0.01 0.17 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.60 0.03 0.55 1.18 0.84
N1 0.03 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.46 0.02 0.27 1.17 0.65
N2 0.05 0.00 0.11 0.10 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.12 0.05 0.29 0.03 0.23 0.80 0.34
N3 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.08 0.03 0.30 0.02 0.18 0.76 0.36
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.65 0.03 0.69 1.44 0.98
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.40 0.02 0.18 0.82 0.50
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.09 0.14 0.10 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.04 0.57 0.07 0.14
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.12 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.36 0.07 0.21 0.16 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.04 0.33 0.14 0.09
O5' 0.16 0.35 0.27 0.39 0.41 0.02 0.54 0.01 0.55 0.60 0.46 0.29 0.30 0.65 0.40 0.07 0.36 0.09 0.00 0.63 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.19 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.63 0.00 0.67 1.55 0.97
OP1 0.27 0.15 0.19 0.12 0.19 0.31 0.46 0.08 0.48 0.55 0.27 0.23 0.18 0.69 0.18 0.57 0.21 0.33 0.01 0.67 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.92 0.27 0.20 0.94 0.16 1.27 0.31 1.36 1.18 1.17 0.80 0.76 1.44 0.82 0.07 0.16 0.14 0.01 1.55 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.45 0.17 0.27 0.53 0.08 0.79 0.02 0.82 0.84 0.65 0.34 0.36 0.98 0.50 0.14 0.21 0.09 0.01 0.97 0.01 0.00 0.00