ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50178

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.018, 0.047, 0.076, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.047 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.017, 0.047, 0.078, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.029, 0.067, 0.105, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.067 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.033, 0.080, 0.128, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.080 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.162, 0.306, 0.451, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.306 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.181, 0.333, 0.486, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.333 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.149, 0.376, 0.603, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.376 std_dev=0.227
C3' A 0, 0.300, 0.543, 0.786, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.543 std_dev=0.243
C4' A 0, 0.294, 0.569, 0.845, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.569 std_dev=0.275
O5' A 0, 0.321, 0.637, 0.954, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.637 std_dev=0.316
O3' A 0, 0.383, 0.707, 1.031, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.707 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.340, 0.690, 1.040, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.690 std_dev=0.350
C5' A 0, 0.478, 0.969, 1.461, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.969 std_dev=0.492
O2' B 0, 0.380, 0.915, 1.450, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.915 std_dev=0.535
P A 0, 0.507, 1.117, 1.726, 1.760 max_d=1.760 avg_d=1.117 std_dev=0.610
O3' B 0, 0.559, 1.294, 2.029, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.294 std_dev=0.735
C3' B 0, 0.438, 1.191, 1.945, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.191 std_dev=0.753
OP2 A 0, 0.481, 1.252, 2.024, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.252 std_dev=0.772
C1' B 0, 0.608, 1.396, 2.183, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.396 std_dev=0.787
OP1 A 0, 0.652, 1.574, 2.495, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.574 std_dev=0.921
C4' B 0, 0.594, 1.723, 2.852, 3.755 max_d=3.755 avg_d=1.723 std_dev=1.129
N9 B 0, 0.826, 2.034, 3.241, 3.337 max_d=3.337 avg_d=2.034 std_dev=1.207
O4' B 0, 0.604, 1.829, 3.053, 3.924 max_d=3.924 avg_d=1.829 std_dev=1.224
C8 B 0, 1.044, 2.608, 4.171, 4.433 max_d=4.433 avg_d=2.608 std_dev=1.564
C4 B 0, 0.757, 2.330, 3.903, 4.394 max_d=4.394 avg_d=2.330 std_dev=1.573
N3 B 0, 0.622, 2.288, 3.954, 4.565 max_d=4.565 avg_d=2.288 std_dev=1.666
C5' B 0, 0.840, 2.520, 4.201, 5.033 max_d=5.033 avg_d=2.520 std_dev=1.680
O5' B 0, 0.756, 2.443, 4.130, 4.433 max_d=4.433 avg_d=2.443 std_dev=1.687
N7 B 0, 1.083, 3.098, 5.113, 5.723 max_d=5.723 avg_d=3.098 std_dev=2.015
C5 B 0, 0.859, 2.893, 4.927, 5.691 max_d=5.691 avg_d=2.893 std_dev=2.034
C2 B 0, 0.553, 2.774, 4.995, 6.017 max_d=6.017 avg_d=2.774 std_dev=2.221
P B 0, 0.639, 2.861, 5.084, 5.983 max_d=5.983 avg_d=2.861 std_dev=2.223
OP1 B 0, 0.644, 3.017, 5.390, 6.440 max_d=6.440 avg_d=3.017 std_dev=2.373
OP2 B 0, 0.724, 3.151, 5.578, 6.724 max_d=6.724 avg_d=3.151 std_dev=2.427
N2 B 0, 0.546, 3.053, 5.561, 6.765 max_d=6.765 avg_d=3.053 std_dev=2.508
C6 B 0, 0.729, 3.304, 5.879, 7.043 max_d=7.043 avg_d=3.304 std_dev=2.575
N1 B 0, 0.555, 3.176, 5.797, 7.062 max_d=7.062 avg_d=3.176 std_dev=2.621
O6 B 0, 0.776, 3.838, 6.900, 8.319 max_d=8.319 avg_d=3.838 std_dev=3.062

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.16 0.02 0.20 0.33 0.18
C2 0.02 0.00 0.12 0.07 0.01 0.06 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.07 0.02 0.35 0.00 0.45 0.48 0.37
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.11 0.03 0.11 0.04 0.13 0.07 0.13 0.11 0.11 0.09 0.06 0.00 0.03 0.02 0.22 0.13 0.33 0.48 0.28
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.28 0.11 0.40 0.46 0.32
C4 0.02 0.01 0.11 0.06 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.05 0.02 0.33 0.01 0.38 0.40 0.32
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.09 0.05 0.05 0.14 0.07 0.16 0.01 0.00 0.02 0.15 0.09 0.31 0.06
C5 0.02 0.00 0.11 0.09 0.00 0.12 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.08 0.03 0.38 0.01 0.43 0.41 0.36
C5' 0.06 0.21 0.04 0.01 0.23 0.00 0.30 0.00 0.32 0.29 0.28 0.18 0.17 0.34 0.19 0.13 0.08 0.01 0.00 0.36 0.21 0.35 0.02
C6 0.02 0.00 0.13 0.09 0.01 0.12 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.08 0.03 0.40 0.00 0.49 0.46 0.40
C8 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.13 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.03 0.32 0.02 0.31 0.27 0.26
N1 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.09 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.07 0.02 0.39 0.00 0.49 0.48 0.40
N2 0.03 0.00 0.11 0.07 0.01 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.09 0.02 0.35 0.01 0.46 0.51 0.38
N3 0.02 0.00 0.11 0.06 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.07 0.02 0.31 0.00 0.40 0.45 0.33
N7 0.01 0.00 0.09 0.10 0.00 0.14 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.03 0.38 0.02 0.41 0.36 0.34
N9 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.28 0.02 0.30 0.33 0.25
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.18 0.16 0.16 0.13 0.21 0.04 0.25 0.30 0.25 0.09 0.07 0.00 0.05 0.11 0.19 0.20 0.29 0.43 0.23
O3' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.05 0.05 0.00 0.04 0.24 0.11 0.42 0.49 0.32
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.11 0.04 0.00 0.08 0.03 0.07 0.27 0.11
O5' 0.16 0.35 0.22 0.28 0.33 0.02 0.38 0.00 0.40 0.32 0.39 0.35 0.31 0.38 0.28 0.19 0.24 0.08 0.00 0.42 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.13 0.11 0.01 0.15 0.01 0.36 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.11 0.03 0.42 0.00 0.51 0.48 0.42
OP1 0.20 0.45 0.33 0.40 0.38 0.09 0.43 0.21 0.49 0.31 0.49 0.46 0.40 0.41 0.30 0.29 0.42 0.07 0.02 0.51 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.48 0.48 0.46 0.40 0.31 0.41 0.35 0.46 0.27 0.48 0.51 0.45 0.36 0.33 0.43 0.49 0.27 0.02 0.48 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.37 0.28 0.32 0.32 0.06 0.36 0.02 0.40 0.26 0.40 0.38 0.33 0.34 0.25 0.23 0.32 0.11 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.39 1.58 0.33 0.18 1.09 0.36 1.19 0.36 1.47 0.69 1.64 1.76 1.28 0.96 0.71 0.08 0.09 0.36 0.42 1.54 0.69 0.79 0.52
C2 0.53 2.03 0.52 0.51 1.54 0.21 1.93 0.28 2.37 1.32 2.42 2.08 1.52 1.77 1.12 0.14 0.29 0.28 0.67 2.63 0.70 1.43 0.95
C2' 0.36 1.62 0.35 0.26 1.11 0.36 1.25 0.38 1.56 0.70 1.72 1.80 1.29 1.01 0.71 0.13 0.19 0.26 0.40 1.65 0.73 0.75 0.51
C3' 0.28 1.30 0.28 0.28 0.87 0.41 0.97 0.45 1.22 0.52 1.36 1.46 1.04 0.76 0.54 0.16 0.28 0.24 0.35 1.28 0.75 0.58 0.44
C4 0.48 1.86 0.49 0.44 1.41 0.16 1.68 0.17 2.02 1.13 2.10 1.92 1.46 1.49 1.01 0.12 0.25 0.22 0.55 2.16 0.62 1.24 0.81
C4' 0.41 1.14 0.18 0.10 0.74 0.57 0.75 0.63 0.95 0.43 1.13 1.33 0.94 0.56 0.49 0.20 0.18 0.51 0.56 0.97 1.00 0.69 0.63
C5 0.56 1.82 0.54 0.55 1.50 0.30 1.83 0.40 2.14 1.31 2.14 1.71 1.43 1.68 1.12 0.16 0.32 0.37 0.71 2.29 0.78 1.48 1.03
C5' 0.44 0.86 0.22 0.23 0.59 0.61 0.59 0.66 0.70 0.48 0.83 1.00 0.73 0.51 0.47 0.36 0.30 0.52 0.64 0.69 1.05 0.80 0.70
C6 0.62 1.89 0.55 0.62 1.60 0.40 2.05 0.56 2.44 1.51 2.38 1.70 1.43 1.94 1.23 0.17 0.36 0.49 0.87 2.68 0.96 1.71 1.23
C8 0.43 1.45 0.48 0.41 1.19 0.17 1.34 0.14 1.52 0.93 1.57 1.41 1.23 1.19 0.87 0.12 0.24 0.19 0.49 1.58 0.58 1.12 0.73
N1 0.60 1.99 0.55 0.59 1.60 0.33 2.06 0.47 2.50 1.48 2.48 1.92 1.48 1.94 1.21 0.16 0.34 0.42 0.82 2.80 0.88 1.65 1.16
N2 0.53 2.07 0.52 0.50 1.56 0.19 1.97 0.26 2.45 1.34 2.50 2.14 1.54 1.80 1.12 0.13 0.28 0.27 0.66 2.75 0.69 1.44 0.94
N3 0.48 1.97 0.49 0.43 1.45 0.16 1.75 0.15 2.15 1.15 2.25 2.09 1.50 1.55 1.02 0.12 0.24 0.21 0.54 2.34 0.61 1.23 0.78
N7 0.55 1.54 0.54 0.55 1.39 0.33 1.63 0.42 1.82 1.22 1.77 1.34 1.29 1.52 1.07 0.17 0.33 0.39 0.69 1.90 0.78 1.42 1.01
N9 0.42 1.67 0.44 0.34 1.24 0.17 1.41 0.08 1.68 0.91 1.79 1.75 1.36 1.21 0.86 0.10 0.18 0.20 0.44 1.77 0.56 1.03 0.64
O2' 0.33 1.62 0.23 0.20 1.01 0.60 1.13 0.68 1.48 0.53 1.70 1.88 1.24 0.84 0.58 0.10 0.25 0.49 0.54 1.58 1.03 0.65 0.63
O3' 0.26 1.26 0.24 0.27 0.80 0.48 0.89 0.57 1.15 0.44 1.31 1.45 0.99 0.68 0.47 0.19 0.31 0.29 0.39 1.22 0.91 0.46 0.49
O4' 0.41 1.29 0.23 0.05 0.86 0.51 0.89 0.55 1.11 0.50 1.28 1.47 1.07 0.67 0.57 0.10 0.08 0.50 0.50 1.13 0.83 0.69 0.55
O5' 0.25 0.58 0.09 0.07 0.37 0.22 0.38 0.20 0.48 0.26 0.57 0.69 0.49 0.32 0.24 0.23 0.02 0.23 0.37 0.49 0.64 0.48 0.40
O6 0.69 1.76 0.55 0.67 1.63 0.53 2.17 0.75 2.57 1.67 2.39 1.41 1.33 2.13 1.31 0.20 0.39 0.65 1.03 2.88 1.19 1.92 1.45
OP1 0.20 0.24 0.11 0.03 0.06 0.03 0.15 0.17 0.14 0.30 0.17 0.38 0.21 0.30 0.13 0.24 0.02 0.13 0.23 0.21 0.61 0.44 0.32
OP2 0.25 0.27 0.33 0.07 0.23 0.09 0.33 0.28 0.34 0.40 0.29 0.34 0.24 0.43 0.27 0.74 0.04 0.10 0.44 0.40 0.68 0.56 0.48
P 0.19 0.25 0.13 0.03 0.09 0.06 0.16 0.13 0.18 0.28 0.21 0.35 0.20 0.27 0.13 0.38 0.00 0.11 0.33 0.23 0.58 0.42 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.17 0.00 0.29 0.03 0.46 0.47 0.47
C2 0.07 0.00 0.28 0.25 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.32 0.26 0.09 0.48 0.00 0.62 0.73 0.62
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.12 0.02 0.05 0.17 0.09 0.19 0.19 0.35 0.28 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01 0.59 0.06 0.70 0.73 0.65
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.15 0.00 0.15 0.04 0.17 0.23 0.21 0.31 0.23 0.20 0.13 0.02 0.01 0.02 0.44 0.17 0.58 0.31 0.40
C4 0.03 0.01 0.12 0.15 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.09 0.05 0.54 0.02 0.65 0.70 0.65
C4' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.06 0.12 0.09 0.09 0.05 0.22 0.03 0.00 0.04 0.06 0.24 0.23 0.19
C5 0.02 0.00 0.05 0.15 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.06 0.04 0.69 0.01 0.79 0.83 0.79
C5' 0.08 0.08 0.17 0.04 0.12 0.01 0.18 0.00 0.18 0.22 0.13 0.07 0.07 0.23 0.13 0.09 0.14 0.02 0.01 0.21 0.26 0.37 0.06
C6 0.03 0.00 0.09 0.17 0.01 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.08 0.06 0.71 0.00 0.83 0.89 0.82
C8 0.03 0.01 0.19 0.23 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.27 0.22 0.04 0.73 0.02 0.77 0.72 0.78
N1 0.05 0.00 0.19 0.21 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.28 0.18 0.08 0.60 0.00 0.73 0.83 0.73
N2 0.09 0.00 0.35 0.31 0.01 0.12 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.39 0.36 0.11 0.40 0.01 0.56 0.70 0.57
N3 0.07 0.00 0.28 0.23 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.30 0.24 0.09 0.41 0.01 0.56 0.65 0.56
N7 0.02 0.00 0.14 0.20 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.18 0.03 0.79 0.02 0.87 0.86 0.88
N9 0.00 0.02 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.07 0.01 0.52 0.02 0.62 0.61 0.62
O2' 0.01 0.32 0.00 0.02 0.21 0.22 0.25 0.09 0.27 0.27 0.28 0.39 0.30 0.29 0.16 0.00 0.03 0.14 0.40 0.28 0.56 0.79 0.52
O3' 0.17 0.26 0.02 0.01 0.09 0.03 0.06 0.14 0.08 0.22 0.18 0.36 0.24 0.18 0.07 0.03 0.00 0.12 0.27 0.09 0.55 0.31 0.30
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.11 0.09 0.03 0.01 0.14 0.12 0.00 0.09 0.06 0.45 0.47 0.48
O5' 0.29 0.48 0.59 0.44 0.54 0.04 0.69 0.01 0.71 0.73 0.60 0.40 0.41 0.79 0.52 0.40 0.27 0.09 0.00 0.78 0.02 0.04 0.00
O6 0.03 0.00 0.06 0.17 0.02 0.06 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.09 0.06 0.78 0.00 0.91 0.95 0.90
OP1 0.46 0.62 0.70 0.58 0.65 0.24 0.79 0.26 0.83 0.77 0.73 0.56 0.56 0.87 0.62 0.56 0.55 0.45 0.02 0.91 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.73 0.73 0.31 0.70 0.23 0.83 0.37 0.89 0.72 0.83 0.70 0.65 0.86 0.61 0.79 0.31 0.47 0.04 0.95 0.01 0.00 0.00
P 0.47 0.62 0.65 0.40 0.65 0.19 0.79 0.06 0.82 0.78 0.73 0.57 0.56 0.88 0.62 0.52 0.30 0.48 0.00 0.90 0.00 0.00 0.00