ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50179

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.010, 0.038, 0.065, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.015, 0.044, 0.073, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.009, 0.044, 0.079, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.044 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.010, 0.068, 0.126, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.068 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.091, 0.250, 0.409, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.250 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.076, 0.262, 0.448, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.262 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.128, 0.356, 0.584, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.356 std_dev=0.228
C4' A 0, 0.168, 0.441, 0.713, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.441 std_dev=0.272
O2' B 0, 0.169, 0.509, 0.848, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.509 std_dev=0.339
C3' A 0, 0.226, 0.606, 0.986, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.606 std_dev=0.380
O2' A 0, 0.231, 0.620, 1.009, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.620 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.231, 0.641, 1.051, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.641 std_dev=0.410
C1' B 0, 0.244, 0.689, 1.134, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.689 std_dev=0.445
C5' A 0, 0.302, 0.805, 1.308, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.805 std_dev=0.503
O3' A 0, 0.322, 0.859, 1.395, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.859 std_dev=0.536
C8 B 0, 0.301, 0.892, 1.483, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.892 std_dev=0.591
C4' B 0, 0.397, 1.050, 1.702, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.050 std_dev=0.653
O4' B 0, 0.419, 1.101, 1.783, 1.650 max_d=1.650 avg_d=1.101 std_dev=0.682
N9 B 0, 0.440, 1.211, 1.982, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.211 std_dev=0.771
O3' B 0, 0.451, 1.230, 2.008, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.230 std_dev=0.779
N7 B 0, 0.500, 1.432, 2.363, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.432 std_dev=0.931
C5' B 0, 0.563, 1.504, 2.445, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.504 std_dev=0.941
O5' A 0, 0.711, 1.920, 3.130, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.920 std_dev=1.210
P A 0, 0.822, 2.213, 3.604, 3.228 max_d=3.228 avg_d=2.213 std_dev=1.391
C4 B 0, 0.978, 2.627, 4.277, 3.906 max_d=3.906 avg_d=2.627 std_dev=1.650
C5 B 0, 0.997, 2.688, 4.380, 4.139 max_d=4.139 avg_d=2.688 std_dev=1.691
OP2 A 0, 1.056, 2.828, 4.601, 4.038 max_d=4.038 avg_d=2.828 std_dev=1.773
OP1 A 0, 1.133, 3.055, 4.976, 4.411 max_d=4.411 avg_d=3.055 std_dev=1.921
O5' B 0, 1.165, 3.119, 5.072, 4.477 max_d=4.477 avg_d=3.119 std_dev=1.953
N3 B 0, 1.407, 3.788, 6.168, 5.475 max_d=5.475 avg_d=3.788 std_dev=2.381
C6 B 0, 1.520, 4.088, 6.655, 5.997 max_d=5.997 avg_d=4.088 std_dev=2.568
P B 0, 1.588, 4.271, 6.954, 6.243 max_d=6.243 avg_d=4.271 std_dev=2.683
O6 B 0, 1.622, 4.353, 7.084, 6.461 max_d=6.461 avg_d=4.353 std_dev=2.731
OP1 B 0, 1.647, 4.409, 7.170, 6.464 max_d=6.464 avg_d=4.409 std_dev=2.762
OP2 B 0, 1.766, 4.745, 7.723, 7.037 max_d=7.037 avg_d=4.745 std_dev=2.978
C2 B 0, 1.903, 5.130, 8.357, 7.395 max_d=7.395 avg_d=5.130 std_dev=3.227
N1 B 0, 1.963, 5.283, 8.603, 7.598 max_d=7.598 avg_d=5.283 std_dev=3.320
N2 B 0, 2.389, 6.452, 10.515, 9.296 max_d=9.296 avg_d=6.452 std_dev=4.063

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.03 0.16 0.47 0.31
C2 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.13 0.03 0.04 0.44 0.01 0.38 0.92 0.56
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.25 0.07 0.22 0.36 0.30
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.11 0.18 0.05 0.04 0.02 0.18 0.09 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.32 0.21 0.28
C4 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.40 0.02 0.36 0.86 0.53
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.04 0.04 0.02 0.12 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.09 0.07 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.44 0.02 0.45 1.00 0.60
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.16 0.22 0.11 0.05 0.05 0.23 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.20 0.24 0.25 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.11 0.02 0.47 0.00 0.49 1.08 0.64
C8 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.18 0.02 0.34 0.03 0.37 0.83 0.51
N1 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.04 0.02 0.48 0.01 0.46 1.04 0.62
N2 0.07 0.00 0.07 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.16 0.08 0.06 0.42 0.01 0.35 0.89 0.53
N3 0.05 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.04 0.04 0.39 0.01 0.32 0.81 0.50
N7 0.00 0.02 0.07 0.18 0.01 0.12 0.00 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.02 0.41 0.04 0.46 1.00 0.60
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.33 0.02 0.30 0.73 0.46
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.11 0.16 0.12 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.14 0.11
O3' 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.02 0.12 0.02 0.11 0.18 0.04 0.08 0.04 0.19 0.09 0.05 0.00 0.02 0.20 0.15 0.25 0.09 0.15
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.08 0.03 0.08 0.30 0.21
O5' 0.20 0.44 0.25 0.31 0.40 0.01 0.44 0.01 0.47 0.34 0.48 0.42 0.39 0.41 0.33 0.04 0.20 0.08 0.00 0.47 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.07 0.15 0.02 0.11 0.02 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.07 0.15 0.03 0.47 0.00 0.53 1.13 0.66
OP1 0.16 0.38 0.22 0.32 0.36 0.09 0.45 0.24 0.49 0.37 0.46 0.35 0.32 0.46 0.30 0.04 0.25 0.08 0.02 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.92 0.36 0.21 0.86 0.07 1.00 0.25 1.08 0.83 1.04 0.89 0.81 1.00 0.73 0.14 0.09 0.30 0.03 1.13 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.56 0.30 0.28 0.53 0.07 0.60 0.01 0.64 0.51 0.62 0.53 0.50 0.60 0.46 0.11 0.15 0.21 0.01 0.66 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.97 0.10 0.29 0.41 0.51 0.32 0.64 0.56 0.27 0.86 1.27 0.76 0.13 0.11 0.14 0.37 0.42 1.21 0.52 1.55 1.41 1.59
C2 0.12 1.08 0.09 0.27 0.48 0.40 0.42 0.47 0.68 0.18 0.99 1.42 0.83 0.13 0.15 0.12 0.39 0.34 1.00 0.66 1.49 1.45 1.52
C2' 0.13 1.41 0.19 0.18 0.71 0.40 0.62 0.55 0.94 0.12 1.30 1.78 1.13 0.19 0.26 0.20 0.31 0.26 1.07 0.90 1.44 1.17 1.41
C3' 0.30 1.69 0.35 0.08 0.95 0.24 0.84 0.41 1.18 0.13 1.57 2.06 1.40 0.35 0.45 0.34 0.24 0.10 0.82 1.13 1.10 0.78 1.06
C4 0.12 1.01 0.09 0.27 0.45 0.41 0.38 0.49 0.61 0.20 0.91 1.33 0.80 0.12 0.13 0.11 0.39 0.35 0.99 0.58 1.39 1.37 1.45
C4' 0.19 1.31 0.29 0.10 0.71 0.30 0.60 0.48 0.87 0.11 1.20 1.61 1.09 0.18 0.29 0.32 0.19 0.17 0.94 0.81 1.13 0.88 1.13
C5 0.13 0.95 0.10 0.27 0.43 0.36 0.36 0.40 0.58 0.19 0.84 1.24 0.75 0.14 0.15 0.12 0.39 0.32 0.82 0.54 1.19 1.26 1.29
C5' 0.36 1.42 0.45 0.12 0.85 0.12 0.71 0.30 0.96 0.11 1.29 1.68 1.23 0.28 0.44 0.47 0.07 0.13 0.60 0.88 0.66 0.44 0.69
C6 0.14 0.95 0.11 0.26 0.44 0.32 0.38 0.36 0.60 0.18 0.86 1.25 0.74 0.16 0.17 0.14 0.39 0.29 0.76 0.57 1.17 1.26 1.26
C8 0.12 0.88 0.08 0.27 0.39 0.40 0.31 0.45 0.50 0.21 0.76 1.13 0.71 0.11 0.11 0.11 0.39 0.34 0.86 0.46 1.12 1.19 1.25
N1 0.13 1.02 0.11 0.27 0.46 0.36 0.41 0.41 0.65 0.18 0.93 1.35 0.79 0.16 0.16 0.13 0.40 0.31 0.87 0.63 1.34 1.38 1.40
N2 0.11 1.12 0.09 0.26 0.50 0.40 0.44 0.49 0.72 0.17 1.04 1.48 0.86 0.13 0.15 0.11 0.38 0.34 1.05 0.70 1.58 1.51 1.59
N3 0.11 1.08 0.08 0.27 0.48 0.42 0.40 0.52 0.66 0.19 0.98 1.42 0.83 0.11 0.13 0.11 0.38 0.36 1.07 0.63 1.53 1.46 1.56
N7 0.13 0.86 0.10 0.26 0.40 0.34 0.32 0.37 0.51 0.19 0.75 1.11 0.70 0.13 0.14 0.12 0.38 0.30 0.71 0.47 1.01 1.14 1.15
N9 0.12 0.97 0.08 0.28 0.42 0.44 0.34 0.53 0.57 0.22 0.86 1.26 0.77 0.11 0.11 0.12 0.39 0.37 1.03 0.53 1.36 1.33 1.44
O2' 0.14 1.35 0.20 0.19 0.67 0.46 0.60 0.65 0.92 0.17 1.27 1.71 1.07 0.20 0.24 0.21 0.26 0.35 1.23 0.89 1.66 1.33 1.59
O3' 0.40 1.95 0.43 0.10 1.14 0.18 1.04 0.37 1.44 0.24 1.86 2.36 1.61 0.51 0.58 0.39 0.16 0.12 0.74 1.40 1.03 0.61 0.94
O4' 0.15 0.85 0.10 0.29 0.35 0.50 0.25 0.63 0.46 0.32 0.74 1.11 0.68 0.17 0.11 0.17 0.34 0.41 1.18 0.42 1.37 1.27 1.45
O5' 0.06 0.90 0.07 0.04 0.48 0.02 0.40 0.07 0.60 0.14 0.83 1.08 0.74 0.10 0.15 0.07 0.01 0.03 0.18 0.56 0.14 0.03 0.19
O6 0.15 0.88 0.12 0.23 0.43 0.26 0.38 0.28 0.57 0.17 0.80 1.15 0.70 0.19 0.19 0.14 0.36 0.25 0.60 0.55 1.01 1.15 1.11
OP1 0.33 0.10 0.40 0.18 0.20 0.05 0.31 0.25 0.20 0.63 0.08 0.22 0.07 0.56 0.38 0.34 0.01 0.11 0.29 0.26 0.93 0.61 0.53
OP2 0.15 0.71 0.29 0.10 0.44 0.08 0.52 0.31 0.69 0.17 0.77 0.77 0.54 0.34 0.16 0.65 0.02 0.06 0.51 0.73 0.76 0.75 0.53
P 0.12 0.52 0.20 0.02 0.23 0.04 0.19 0.20 0.33 0.24 0.48 0.63 0.40 0.11 0.04 0.32 0.01 0.02 0.19 0.31 0.54 0.39 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.32 0.01 0.25 0.19 0.11
C2 0.01 0.00 0.39 0.28 0.01 0.12 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.41 0.42 0.29 0.29 0.01 0.23 0.42 0.23
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.21 0.03 0.11 0.01 0.19 0.18 0.31 0.46 0.38 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.14 0.21 0.13 0.04
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.16 0.01 0.11 0.01 0.16 0.13 0.24 0.33 0.26 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.13 0.27 0.06 0.05
C4 0.01 0.01 0.21 0.16 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.21 0.15 0.41 0.01 0.34 0.22 0.25
C4' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.11 0.13 0.11 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.37 0.18
C5 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.08 0.54 0.01 0.52 0.46 0.47
C5' 0.04 0.36 0.01 0.01 0.24 0.01 0.23 0.00 0.29 0.06 0.35 0.39 0.31 0.13 0.12 0.05 0.07 0.01 0.00 0.28 0.32 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.19 0.16 0.01 0.09 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.14 0.49 0.00 0.47 0.41 0.42
C8 0.01 0.01 0.18 0.13 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.17 0.16 0.72 0.01 0.74 0.77 0.74
N1 0.01 0.00 0.31 0.24 0.01 0.11 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.36 0.23 0.38 0.01 0.31 0.28 0.24
N2 0.02 0.00 0.46 0.33 0.01 0.13 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.51 0.51 0.35 0.23 0.01 0.28 0.63 0.36
N3 0.01 0.00 0.38 0.26 0.01 0.11 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.36 0.28 0.27 0.01 0.20 0.41 0.21
N7 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.08 0.70 0.01 0.76 0.86 0.77
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.49 0.01 0.43 0.27 0.34
O2' 0.01 0.41 0.00 0.03 0.20 0.04 0.11 0.05 0.19 0.15 0.32 0.51 0.38 0.07 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03 0.15 0.04 0.36 0.26
O3' 0.02 0.42 0.02 0.01 0.21 0.01 0.15 0.07 0.24 0.17 0.36 0.51 0.36 0.09 0.04 0.05 0.00 0.01 0.08 0.21 0.19 0.07 0.11
O4' 0.00 0.29 0.01 0.01 0.15 0.00 0.08 0.01 0.14 0.16 0.23 0.35 0.28 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.29 0.10 0.22 0.31 0.10
O5' 0.32 0.29 0.19 0.15 0.41 0.01 0.54 0.00 0.49 0.72 0.38 0.23 0.27 0.70 0.49 0.03 0.08 0.29 0.00 0.55 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.14 0.13 0.01 0.09 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.21 0.10 0.55 0.00 0.58 0.59 0.55
OP1 0.25 0.23 0.21 0.27 0.34 0.10 0.52 0.32 0.47 0.74 0.31 0.28 0.20 0.76 0.43 0.04 0.19 0.22 0.01 0.58 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.42 0.13 0.06 0.22 0.37 0.46 0.31 0.41 0.77 0.28 0.63 0.41 0.86 0.27 0.36 0.07 0.31 0.01 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.23 0.04 0.05 0.25 0.18 0.47 0.01 0.42 0.74 0.24 0.36 0.21 0.77 0.34 0.26 0.11 0.10 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00