ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50182

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.017, 0.044, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.008, 0.037, 0.067, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.037 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.019, 0.050, 0.080, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.050 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.013, 0.043, 0.074, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.023, 0.057, 0.092, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.057 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.022, 0.058, 0.093, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.058 std_dev=0.035
C1' A 0, 0.010, 0.054, 0.099, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.054 std_dev=0.044
N3 A 0, 0.010, 0.056, 0.102, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.056 std_dev=0.046
C2 A 0, 0.013, 0.062, 0.111, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.062 std_dev=0.049
O6 A 0, 0.014, 0.072, 0.129, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.072 std_dev=0.058
N2 A 0, 0.032, 0.129, 0.226, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.129 std_dev=0.097
O2' B 0, 0.229, 0.571, 0.912, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.571 std_dev=0.341
C2' A 0, 0.287, 0.679, 1.072, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.679 std_dev=0.392
O4' A 0, 0.330, 0.781, 1.232, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.781 std_dev=0.451
O2' A 0, 0.319, 0.813, 1.306, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.813 std_dev=0.493
C3' B 0, 0.364, 0.876, 1.388, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.876 std_dev=0.512
C2' B 0, 0.202, 0.719, 1.237, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.719 std_dev=0.518
C3' A 0, 0.476, 1.133, 1.790, 1.586 max_d=1.586 avg_d=1.133 std_dev=0.657
OP2 A 0, 0.469, 1.153, 1.837, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.153 std_dev=0.684
C4' A 0, 0.485, 1.169, 1.853, 1.709 max_d=1.709 avg_d=1.169 std_dev=0.684
O3' B 0, 0.475, 1.191, 1.908, 1.781 max_d=1.781 avg_d=1.191 std_dev=0.716
P A 0, 0.624, 1.484, 2.343, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.484 std_dev=0.860
O3' A 0, 0.666, 1.578, 2.490, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.578 std_dev=0.912
O5' A 0, 0.692, 1.687, 2.683, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.687 std_dev=0.995
C5' A 0, 0.884, 2.103, 3.323, 2.956 max_d=2.956 avg_d=2.103 std_dev=1.219
C1' B 0, 0.812, 2.058, 3.305, 3.358 max_d=3.358 avg_d=2.058 std_dev=1.246
C4' B 0, 0.943, 2.257, 3.572, 3.291 max_d=3.291 avg_d=2.257 std_dev=1.315
OP1 A 0, 0.980, 2.328, 3.676, 3.212 max_d=3.212 avg_d=2.328 std_dev=1.348
O4' B 0, 1.117, 2.732, 4.348, 4.215 max_d=4.215 avg_d=2.732 std_dev=1.616
O5' B 0, 1.213, 2.901, 4.590, 4.214 max_d=4.214 avg_d=2.901 std_dev=1.689
C5' B 0, 1.289, 3.059, 4.829, 4.276 max_d=4.276 avg_d=3.059 std_dev=1.770
N9 B 0, 1.227, 3.008, 4.789, 4.653 max_d=4.653 avg_d=3.008 std_dev=1.781
OP1 B 0, 1.478, 3.516, 5.553, 4.964 max_d=4.964 avg_d=3.516 std_dev=2.038
C8 B 0, 1.478, 3.586, 5.693, 5.427 max_d=5.427 avg_d=3.586 std_dev=2.108
P B 0, 1.524, 3.649, 5.774, 5.320 max_d=5.320 avg_d=3.649 std_dev=2.125
OP2 B 0, 1.546, 3.735, 5.923, 5.592 max_d=5.592 avg_d=3.735 std_dev=2.189
N3 B 0, 1.622, 3.888, 6.153, 5.680 max_d=5.680 avg_d=3.888 std_dev=2.265
C4 B 0, 1.602, 3.874, 6.147, 5.819 max_d=5.819 avg_d=3.874 std_dev=2.272
N7 B 0, 1.905, 4.607, 7.310, 6.923 max_d=6.923 avg_d=4.607 std_dev=2.703
C5 B 0, 2.032, 4.899, 7.766, 7.299 max_d=7.299 avg_d=4.899 std_dev=2.867
C2 B 0, 2.169, 5.171, 8.172, 7.388 max_d=7.388 avg_d=5.171 std_dev=3.001
N2 B 0, 2.335, 5.541, 8.747, 7.673 max_d=7.673 avg_d=5.541 std_dev=3.206
C6 B 0, 2.575, 6.174, 9.773, 9.045 max_d=9.045 avg_d=6.174 std_dev=3.599
N1 B 0, 2.619, 6.254, 9.889, 9.015 max_d=9.015 avg_d=6.254 std_dev=3.635
O6 B 0, 3.016, 7.228, 11.440, 10.571 max_d=10.571 avg_d=7.228 std_dev=4.212

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.09 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.34 0.01 0.18 0.24 0.17
C2 0.07 0.00 0.16 0.24 0.02 0.15 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.28 0.06 0.28 0.00 0.08 0.19 0.15
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.11 0.02 0.10 0.04 0.12 0.04 0.15 0.17 0.16 0.07 0.04 0.00 0.01 0.04 0.29 0.10 0.17 0.29 0.14
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.16 0.01 0.16 0.02 0.19 0.12 0.22 0.26 0.22 0.14 0.08 0.04 0.01 0.03 0.22 0.17 0.14 0.33 0.11
C4 0.02 0.02 0.11 0.16 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.04 0.32 0.01 0.09 0.18 0.15
C4' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.01 0.14 0.10 0.16 0.16 0.14 0.12 0.07 0.09 0.07 0.01 0.11 0.13 0.26 0.23 0.13
C5 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.18 0.05 0.31 0.03 0.22 0.15 0.17
C5' 0.06 0.22 0.04 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.20 0.08 0.22 0.24 0.19 0.11 0.08 0.08 0.04 0.08 0.03 0.20 0.05 0.30 0.08
C6 0.02 0.00 0.12 0.19 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.22 0.05 0.29 0.01 0.24 0.15 0.18
C8 0.02 0.02 0.04 0.12 0.01 0.10 0.00 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.39 0.04 0.21 0.17 0.19
N1 0.05 0.00 0.15 0.22 0.02 0.16 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.27 0.05 0.28 0.01 0.17 0.16 0.16
N2 0.09 0.01 0.17 0.26 0.02 0.16 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.14 0.32 0.08 0.28 0.01 0.05 0.21 0.16
N3 0.07 0.01 0.16 0.22 0.01 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.11 0.25 0.06 0.29 0.00 0.03 0.19 0.14
N7 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.12 0.01 0.11 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.16 0.06 0.34 0.06 0.30 0.15 0.21
N9 0.01 0.04 0.04 0.08 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.07 0.02 0.37 0.01 0.05 0.20 0.15
O2' 0.05 0.12 0.00 0.04 0.08 0.09 0.06 0.08 0.08 0.01 0.10 0.14 0.11 0.03 0.05 0.00 0.06 0.08 0.26 0.08 0.24 0.24 0.12
O3' 0.02 0.28 0.01 0.01 0.17 0.07 0.18 0.04 0.22 0.12 0.27 0.32 0.25 0.16 0.07 0.06 0.00 0.07 0.15 0.21 0.18 0.35 0.08
O4' 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.02 0.08 0.07 0.00 0.31 0.05 0.26 0.24 0.21
O5' 0.34 0.28 0.29 0.22 0.32 0.11 0.31 0.03 0.29 0.39 0.28 0.28 0.29 0.34 0.37 0.26 0.15 0.31 0.00 0.28 0.04 0.02 0.01
O6 0.01 0.00 0.10 0.17 0.01 0.13 0.03 0.20 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.21 0.05 0.28 0.00 0.31 0.14 0.20
OP1 0.18 0.08 0.17 0.14 0.09 0.26 0.22 0.05 0.24 0.21 0.17 0.05 0.03 0.30 0.05 0.24 0.18 0.26 0.04 0.31 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.19 0.29 0.33 0.18 0.23 0.15 0.30 0.15 0.17 0.16 0.21 0.19 0.15 0.20 0.24 0.35 0.24 0.02 0.14 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.15 0.14 0.11 0.15 0.13 0.17 0.08 0.18 0.19 0.16 0.16 0.14 0.21 0.15 0.12 0.08 0.21 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.71 0.04 0.21 0.41 0.45 0.51 0.54 0.69 0.25 0.78 0.82 0.52 0.40 0.19 0.15 0.32 0.31 0.35 0.75 0.47 0.19 0.36
C2 0.21 0.66 0.16 0.17 0.33 0.42 0.38 0.50 0.56 0.12 0.69 0.82 0.48 0.24 0.15 0.14 0.18 0.38 0.34 0.61 0.43 0.26 0.37
C2' 0.19 1.04 0.20 0.14 0.73 0.25 0.86 0.33 1.07 0.51 1.15 1.14 0.82 0.72 0.46 0.10 0.22 0.11 0.17 1.15 0.24 0.18 0.10
C3' 0.30 1.03 0.27 0.20 0.81 0.14 0.96 0.19 1.14 0.66 1.16 1.05 0.83 0.87 0.59 0.10 0.14 0.17 0.25 1.22 0.08 0.42 0.20
C4 0.19 0.58 0.13 0.17 0.28 0.45 0.32 0.52 0.48 0.08 0.60 0.71 0.42 0.19 0.09 0.12 0.19 0.39 0.36 0.52 0.44 0.28 0.39
C4' 0.06 0.61 0.06 0.16 0.44 0.27 0.59 0.30 0.73 0.38 0.73 0.64 0.45 0.55 0.27 0.25 0.29 0.17 0.17 0.82 0.13 0.21 0.05
C5 0.32 0.41 0.22 0.21 0.19 0.49 0.16 0.55 0.28 0.16 0.39 0.53 0.31 0.07 0.19 0.20 0.12 0.49 0.42 0.29 0.45 0.38 0.45
C5' 0.12 0.33 0.16 0.16 0.26 0.22 0.41 0.22 0.50 0.33 0.45 0.32 0.21 0.45 0.18 0.38 0.22 0.17 0.20 0.59 0.16 0.38 0.19
C6 0.36 0.38 0.25 0.21 0.21 0.48 0.16 0.54 0.24 0.21 0.35 0.50 0.31 0.13 0.24 0.24 0.11 0.52 0.43 0.24 0.44 0.41 0.46
C8 0.25 0.38 0.14 0.19 0.14 0.50 0.15 0.57 0.28 0.11 0.38 0.48 0.27 0.04 0.10 0.12 0.14 0.45 0.42 0.30 0.46 0.36 0.44
N1 0.30 0.51 0.21 0.19 0.25 0.45 0.25 0.52 0.38 0.14 0.51 0.66 0.39 0.13 0.19 0.20 0.14 0.46 0.38 0.41 0.43 0.35 0.42
N2 0.17 0.75 0.14 0.16 0.39 0.40 0.47 0.48 0.67 0.16 0.80 0.92 0.54 0.32 0.18 0.13 0.20 0.34 0.31 0.73 0.42 0.21 0.35
N3 0.15 0.71 0.12 0.16 0.37 0.42 0.44 0.50 0.63 0.14 0.75 0.86 0.52 0.30 0.15 0.12 0.21 0.35 0.33 0.68 0.43 0.23 0.36
N7 0.37 0.29 0.26 0.24 0.17 0.53 0.11 0.58 0.16 0.23 0.26 0.38 0.24 0.13 0.24 0.22 0.10 0.55 0.47 0.15 0.46 0.44 0.49
N9 0.13 0.58 0.06 0.17 0.29 0.45 0.35 0.53 0.51 0.12 0.61 0.69 0.41 0.24 0.07 0.10 0.22 0.36 0.36 0.55 0.45 0.25 0.38
O2' 0.20 1.14 0.20 0.12 0.78 0.26 0.93 0.36 1.18 0.53 1.27 1.26 0.88 0.77 0.49 0.10 0.23 0.11 0.17 1.29 0.30 0.18 0.11
O3' 0.47 1.29 0.38 0.29 1.05 0.20 1.25 0.24 1.47 0.90 1.47 1.29 1.05 1.16 0.80 0.12 0.12 0.33 0.41 1.59 0.21 0.64 0.39
O4' 0.20 0.49 0.16 0.30 0.27 0.49 0.38 0.54 0.52 0.25 0.56 0.56 0.32 0.34 0.15 0.28 0.41 0.38 0.38 0.59 0.44 0.21 0.35
O5' 0.18 0.38 0.15 0.12 0.30 0.10 0.34 0.10 0.40 0.21 0.42 0.38 0.32 0.28 0.23 0.04 0.04 0.16 0.20 0.42 0.26 0.47 0.30
O6 0.44 0.29 0.29 0.23 0.26 0.49 0.20 0.55 0.17 0.32 0.23 0.36 0.29 0.24 0.34 0.28 0.08 0.59 0.47 0.13 0.44 0.47 0.50
OP1 0.01 0.25 0.06 0.03 0.13 0.09 0.13 0.18 0.19 0.09 0.24 0.30 0.19 0.09 0.05 0.10 0.01 0.06 0.19 0.20 0.24 0.28 0.22
OP2 0.18 0.19 0.18 0.16 0.21 0.17 0.22 0.18 0.22 0.24 0.20 0.19 0.19 0.23 0.21 0.20 0.03 0.17 0.12 0.24 0.24 0.30 0.20
P 0.01 0.19 0.02 0.02 0.12 0.04 0.14 0.05 0.18 0.07 0.20 0.21 0.15 0.10 0.06 0.10 0.00 0.02 0.10 0.20 0.20 0.32 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.11 0.05 0.09
C2 0.07 0.00 0.13 0.12 0.03 0.10 0.03 0.11 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.14 0.17 0.08 0.13 0.02 0.14 0.13 0.12
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.13 0.09 0.13 0.14 0.12 0.11 0.07 0.00 0.04 0.01 0.02 0.14 0.05 0.09 0.02
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.08 0.12 0.14 0.11 0.09 0.06 0.04 0.01 0.01 0.04 0.14 0.07 0.15 0.07
C4 0.03 0.03 0.11 0.09 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.04 0.12 0.03 0.14 0.11 0.12
C4' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.09 0.12 0.10 0.07 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.04
C5 0.04 0.03 0.12 0.11 0.02 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.11 0.12 0.04 0.13 0.02 0.15 0.14 0.13
C5' 0.04 0.11 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.11 0.09 0.10 0.12 0.10 0.10 0.07 0.05 0.08 0.03 0.02 0.13 0.11 0.04 0.06
C6 0.05 0.02 0.13 0.12 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.14 0.15 0.05 0.14 0.00 0.16 0.17 0.14
C8 0.02 0.05 0.09 0.08 0.02 0.07 0.01 0.09 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.13 0.04 0.14 0.10 0.12
N1 0.06 0.01 0.13 0.12 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.17 0.06 0.13 0.00 0.14 0.15 0.13
N2 0.09 0.01 0.14 0.14 0.04 0.12 0.04 0.12 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.16 0.20 0.10 0.13 0.01 0.15 0.13 0.13
N3 0.06 0.01 0.12 0.11 0.01 0.10 0.03 0.10 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.11 0.15 0.07 0.12 0.02 0.14 0.11 0.12
N7 0.03 0.04 0.11 0.09 0.02 0.07 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.09 0.08 0.02 0.13 0.04 0.15 0.14 0.13
N9 0.01 0.05 0.07 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.10 0.04 0.13 0.09 0.11
O2' 0.02 0.14 0.00 0.04 0.09 0.05 0.11 0.05 0.14 0.07 0.14 0.16 0.11 0.09 0.04 0.00 0.13 0.06 0.02 0.15 0.06 0.09 0.02
O3' 0.03 0.17 0.04 0.01 0.11 0.03 0.12 0.08 0.15 0.06 0.17 0.20 0.15 0.08 0.06 0.13 0.00 0.02 0.14 0.16 0.20 0.28 0.20
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.10 0.07 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.06 0.15 0.08 0.13
O5' 0.06 0.13 0.02 0.04 0.12 0.01 0.13 0.02 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.13 0.10 0.02 0.14 0.06 0.00 0.16 0.03 0.02 0.00
O6 0.06 0.02 0.14 0.14 0.03 0.10 0.02 0.13 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.15 0.16 0.06 0.16 0.00 0.19 0.21 0.17
OP1 0.11 0.14 0.05 0.07 0.14 0.08 0.15 0.11 0.16 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15 0.13 0.06 0.20 0.15 0.03 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.13 0.09 0.15 0.11 0.03 0.14 0.04 0.17 0.10 0.15 0.13 0.11 0.14 0.09 0.09 0.28 0.08 0.02 0.21 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.12 0.02 0.07 0.12 0.04 0.13 0.06 0.14 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.11 0.02 0.20 0.13 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00