ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50183

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.013
N1 A 0, -0.002, 0.016, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.005, 0.019, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.006, 0.023, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.028
N3 A 0, -0.006, 0.024, 0.054, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.024 std_dev=0.030
N9 A 0, -0.011, 0.029, 0.069, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.029 std_dev=0.040
C4 A 0, -0.014, 0.027, 0.068, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.027 std_dev=0.041
C5 A 0, -0.014, 0.028, 0.070, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.028 std_dev=0.042
N7 A 0, -0.011, 0.042, 0.094, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.042 std_dev=0.052
C8 A 0, -0.013, 0.039, 0.092, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.039 std_dev=0.053
O6 A 0, -0.015, 0.038, 0.091, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.038 std_dev=0.053
N2 A 0, -0.016, 0.047, 0.111, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.047 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.024, 0.117, 0.210, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.093
O4' A 0, 0.013, 0.109, 0.205, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.109 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.062, 0.177, 0.291, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.177 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.049, 0.221, 0.393, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.221 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.096, 0.274, 0.451, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.274 std_dev=0.178
C4' A 0, 0.013, 0.192, 0.371, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.192 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.047, 0.318, 0.589, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.318 std_dev=0.271
OP1 A 0, 0.051, 0.347, 0.643, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.347 std_dev=0.296
C4' B 0, 0.032, 0.331, 0.630, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.331 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.037, 0.341, 0.645, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.341 std_dev=0.304
P A 0, 0.008, 0.319, 0.629, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.319 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.045, 0.363, 0.682, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.363 std_dev=0.318
C5' B 0, -0.016, 0.306, 0.628, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.306 std_dev=0.322
C2' B 0, 0.023, 0.355, 0.686, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.355 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.045, 0.377, 0.710, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.377 std_dev=0.332
O4' B 0, 0.073, 0.406, 0.738, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.406 std_dev=0.332
O5' A 0, -0.009, 0.323, 0.656, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.323 std_dev=0.333
O3' B 0, -0.010, 0.328, 0.666, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.328 std_dev=0.338
C3' B 0, -0.015, 0.326, 0.667, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.326 std_dev=0.341
N3 B 0, 0.128, 0.470, 0.812, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.470 std_dev=0.342
N9 B 0, 0.090, 0.435, 0.780, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.435 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.123, 0.480, 0.838, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.480 std_dev=0.357
C8 B 0, 0.142, 0.503, 0.865, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.503 std_dev=0.362
C2 B 0, 0.179, 0.547, 0.916, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.547 std_dev=0.368
N2 B 0, 0.201, 0.577, 0.954, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.577 std_dev=0.377
OP1 B 0, 0.024, 0.402, 0.780, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.402 std_dev=0.378
O5' B 0, -0.005, 0.379, 0.763, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.379 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.166, 0.562, 0.957, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.562 std_dev=0.396
N7 B 0, 0.173, 0.577, 0.980, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.577 std_dev=0.403
N1 B 0, 0.213, 0.620, 1.027, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.620 std_dev=0.407
C6 B 0, 0.210, 0.633, 1.056, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.633 std_dev=0.423
P B 0, 0.005, 0.432, 0.860, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.432 std_dev=0.428
O6 B 0, 0.243, 0.705, 1.167, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.705 std_dev=0.462
OP2 B 0, 0.055, 0.550, 1.045, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.550 std_dev=0.495

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.10 0.08
C2 0.03 0.00 0.10 0.07 0.03 0.03 0.05 0.08 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.17 0.11 0.01 0.14 0.01 0.11 0.07 0.09
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.14 0.11 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.04 0.11 0.08 0.13 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.10 0.06
C4 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.12 0.01 0.07 0.03 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.10 0.15 0.05 0.06 0.05 0.17 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.15 0.05 0.05 0.03
C5 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.21 0.02 0.14 0.09 0.12
C5' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.19 0.19 0.13 0.06 0.04 0.23 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.26 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.06 0.06 0.07 0.25 0.00 0.20 0.17 0.19
C8 0.05 0.04 0.09 0.13 0.01 0.15 0.01 0.19 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.10 0.13 0.09 0.21 0.05 0.09 0.04 0.06
N1 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.05 0.03 0.13 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.13 0.06 0.04 0.20 0.00 0.16 0.13 0.14
N2 0.05 0.01 0.14 0.11 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.24 0.16 0.02 0.12 0.02 0.09 0.06 0.08
N3 0.04 0.00 0.11 0.08 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.11 0.02 0.09 0.00 0.07 0.03 0.05
N7 0.05 0.05 0.08 0.13 0.01 0.17 0.01 0.23 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03 0.00 0.03 0.07 0.14 0.10 0.28 0.05 0.17 0.11 0.15
N9 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.04 0.06 0.07 0.06
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.06 0.10 0.13 0.24 0.16 0.07 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.07 0.03
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.06 0.16 0.11 0.14 0.04 0.03 0.00 0.02 0.08 0.10 0.04 0.11 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.02 0.02 0.10 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.11 0.08 0.10 0.09
O5' 0.03 0.14 0.02 0.05 0.12 0.01 0.21 0.01 0.25 0.21 0.20 0.12 0.09 0.28 0.09 0.01 0.08 0.03 0.00 0.32 0.01 0.03 0.00
O6 0.03 0.01 0.02 0.10 0.01 0.15 0.02 0.26 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.10 0.11 0.32 0.00 0.28 0.28 0.28
OP1 0.06 0.11 0.03 0.02 0.07 0.05 0.14 0.05 0.20 0.09 0.16 0.09 0.07 0.17 0.06 0.06 0.04 0.08 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.07 0.10 0.10 0.03 0.05 0.09 0.01 0.17 0.04 0.13 0.06 0.03 0.11 0.07 0.07 0.11 0.10 0.03 0.28 0.02 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.06 0.06 0.05 0.03 0.12 0.01 0.19 0.06 0.14 0.08 0.05 0.15 0.06 0.03 0.06 0.09 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.25 0.24 0.20 0.26 0.25 0.27 0.21 0.27 0.27 0.27 0.23 0.25 0.28 0.26 0.25 0.20 0.25 0.13 0.27 0.07 0.09 0.10
C2 0.14 0.11 0.12 0.08 0.14 0.15 0.15 0.13 0.15 0.18 0.13 0.08 0.12 0.18 0.16 0.13 0.06 0.19 0.09 0.15 0.09 0.09 0.09
C2' 0.19 0.20 0.19 0.16 0.21 0.20 0.22 0.18 0.23 0.23 0.22 0.18 0.20 0.23 0.21 0.20 0.17 0.20 0.11 0.22 0.08 0.08 0.09
C3' 0.13 0.15 0.13 0.11 0.15 0.14 0.17 0.12 0.18 0.17 0.17 0.13 0.14 0.18 0.15 0.15 0.14 0.13 0.07 0.18 0.03 0.05 0.04
C4 0.21 0.20 0.19 0.14 0.21 0.20 0.22 0.15 0.22 0.23 0.21 0.18 0.20 0.23 0.22 0.22 0.11 0.23 0.09 0.22 0.05 0.06 0.06
C4' 0.10 0.14 0.10 0.09 0.14 0.11 0.17 0.10 0.18 0.17 0.16 0.12 0.13 0.18 0.13 0.10 0.11 0.10 0.07 0.18 0.03 0.04 0.03
C5 0.15 0.15 0.13 0.06 0.15 0.13 0.15 0.06 0.15 0.16 0.15 0.13 0.15 0.16 0.15 0.17 0.04 0.17 0.04 0.15 0.05 0.04 0.03
C5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.04 0.11 0.04 0.13 0.10 0.11 0.06 0.05 0.13 0.05 0.03 0.04 0.05 0.08 0.14 0.09 0.02 0.05
C6 0.09 0.06 0.05 0.04 0.07 0.07 0.08 0.03 0.07 0.10 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05
C8 0.22 0.24 0.23 0.15 0.24 0.19 0.23 0.09 0.24 0.22 0.25 0.24 0.24 0.22 0.22 0.27 0.13 0.21 0.04 0.23 0.08 0.05 0.05
N1 0.10 0.06 0.07 0.04 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09 0.13 0.07 0.04 0.07 0.12 0.11 0.08 0.06 0.15 0.04 0.09 0.05 0.04 0.04
N2 0.14 0.09 0.11 0.08 0.14 0.16 0.15 0.15 0.14 0.19 0.12 0.06 0.10 0.19 0.16 0.11 0.06 0.19 0.12 0.15 0.13 0.13 0.13
N3 0.21 0.19 0.19 0.14 0.21 0.21 0.22 0.18 0.22 0.24 0.20 0.16 0.19 0.24 0.22 0.20 0.12 0.24 0.13 0.22 0.11 0.11 0.12
N7 0.16 0.17 0.14 0.05 0.16 0.11 0.16 0.03 0.16 0.15 0.17 0.17 0.17 0.15 0.15 0.20 0.04 0.16 0.07 0.15 0.11 0.08 0.09
N9 0.25 0.25 0.24 0.19 0.26 0.24 0.26 0.18 0.27 0.26 0.26 0.23 0.25 0.27 0.26 0.27 0.18 0.26 0.10 0.26 0.04 0.07 0.06
O2' 0.17 0.18 0.16 0.13 0.19 0.18 0.20 0.17 0.20 0.20 0.19 0.16 0.17 0.21 0.18 0.18 0.14 0.18 0.13 0.20 0.13 0.13 0.12
O3' 0.09 0.11 0.09 0.08 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.13 0.13 0.10 0.10 0.15 0.10 0.12 0.12 0.09 0.08 0.14 0.05 0.08 0.06
O4' 0.20 0.22 0.20 0.18 0.23 0.21 0.25 0.18 0.26 0.25 0.24 0.20 0.22 0.26 0.23 0.20 0.18 0.20 0.12 0.26 0.04 0.08 0.07
O5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.03 0.10 0.04 0.12 0.09 0.10 0.05 0.04 0.12 0.04 0.03 0.01 0.04 0.08 0.13 0.08 0.03 0.05
O6 0.05 0.05 0.06 0.13 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.03 0.18 0.08 0.13 0.05 0.12 0.12 0.12
OP1 0.03 0.10 0.02 0.03 0.08 0.05 0.13 0.07 0.15 0.10 0.13 0.09 0.07 0.14 0.05 0.04 0.01 0.07 0.10 0.17 0.10 0.08 0.09
OP2 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.11 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.09 0.05 0.05
P 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.12 0.10 0.11 0.06 0.06 0.12 0.05 0.02 0.00 0.02 0.06 0.14 0.08 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.01 0.12 0.15 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.06 0.03 0.03 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.13 0.15 0.11
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.17 0.19 0.15
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.02 0.03 0.10 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.18 0.21 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.16 0.01 0.16 0.17 0.14
N1 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.13 0.01 0.16 0.19 0.13
N2 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.08 0.03 0.10 0.14 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.12 0.08
N7 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.17 0.02 0.19 0.21 0.17
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.11 0.12 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.05 0.02 0.02 0.09 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.05 0.02
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03
O5' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.15 0.16 0.13 0.08 0.09 0.17 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.03 0.15 0.00 0.19 0.22 0.17
OP1 0.04 0.12 0.06 0.07 0.13 0.03 0.17 0.03 0.18 0.16 0.16 0.10 0.10 0.19 0.11 0.03 0.08 0.02 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.15 0.04 0.05 0.15 0.00 0.19 0.01 0.21 0.17 0.19 0.14 0.12 0.21 0.12 0.03 0.05 0.03 0.02 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.10 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.16 0.14 0.13 0.09 0.08 0.17 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00