ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50186

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.013, 0.047, 0.080, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.047 std_dev=0.034
C4 A 0, 0.015, 0.052, 0.088, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C2 A 0, 0.016, 0.055, 0.094, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.055 std_dev=0.039
C6 A 0, 0.016, 0.058, 0.099, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.058 std_dev=0.042
N1 A 0, 0.017, 0.060, 0.102, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.060 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.016, 0.059, 0.102, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.059 std_dev=0.043
N3 A 0, 0.030, 0.102, 0.174, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.102 std_dev=0.072
C1' A 0, 0.046, 0.159, 0.271, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.159 std_dev=0.113
N7 A 0, 0.047, 0.161, 0.275, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.161 std_dev=0.114
N2 A 0, 0.056, 0.191, 0.326, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.191 std_dev=0.135
C8 A 0, 0.059, 0.203, 0.346, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.203 std_dev=0.144
O4' A 0, 0.062, 0.214, 0.366, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.214 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.065, 0.223, 0.381, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.223 std_dev=0.158
C5' A 0, 0.110, 0.378, 0.647, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.378 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.108, 0.381, 0.654, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.381 std_dev=0.273
C2' A 0, 0.084, 0.361, 0.637, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.361 std_dev=0.277
C3' A 0, 0.117, 0.409, 0.701, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.409 std_dev=0.292
O2' B 0, 0.009, 0.306, 0.603, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.306 std_dev=0.297
C1' B 0, 0.069, 0.386, 0.703, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.386 std_dev=0.317
C3' B 0, 0.134, 0.470, 0.805, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.470 std_dev=0.335
O3' B 0, 0.112, 0.460, 0.809, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.460 std_dev=0.349
P A 0, 0.145, 0.512, 0.878, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.512 std_dev=0.366
O5' A 0, 0.137, 0.512, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.512 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.144, 0.522, 0.900, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.522 std_dev=0.378
O2' A 0, 0.115, 0.495, 0.875, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.495 std_dev=0.380
C4' B 0, 0.171, 0.591, 1.012, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.591 std_dev=0.420
O3' A 0, 0.170, 0.605, 1.041, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.605 std_dev=0.436
N9 B 0, 0.139, 0.622, 1.105, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.622 std_dev=0.483
C4 B 0, 0.083, 0.686, 1.288, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.686 std_dev=0.602
OP2 A 0, 0.264, 0.931, 1.597, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.931 std_dev=0.667
N3 B 0, 0.208, 0.933, 1.658, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.933 std_dev=0.725
C8 B 0, -0.118, 0.627, 1.372, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.627 std_dev=0.745
C5 B 0, -0.117, 0.679, 1.475, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.679 std_dev=0.796
C5' B 0, 0.213, 1.013, 1.814, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.013 std_dev=0.800
OP1 A 0, 0.228, 1.063, 1.898, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.063 std_dev=0.835
N7 B 0, -0.036, 0.813, 1.662, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.813 std_dev=0.849
C2 B 0, 0.060, 0.916, 1.772, 2.060 max_d=2.060 avg_d=0.916 std_dev=0.856
N2 B 0, 0.024, 0.983, 1.942, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.983 std_dev=0.959
O5' B 0, -0.027, 0.948, 1.923, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.948 std_dev=0.975
C6 B 0, -0.153, 0.837, 1.826, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.837 std_dev=0.990
N1 B 0, -0.148, 0.855, 1.859, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.855 std_dev=1.003
P B 0, 0.058, 1.166, 2.274, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.166 std_dev=1.108
OP2 B 0, 0.169, 1.345, 2.522, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.345 std_dev=1.176
O6 B 0, -0.059, 1.126, 2.310, 2.763 max_d=2.763 avg_d=1.126 std_dev=1.185
OP1 B 0, 0.044, 1.234, 2.425, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.234 std_dev=1.190

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.08 0.02 0.08 0.06 0.09 0.03 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.03 0.02 0.04 0.21 0.09 0.08 0.26 0.16
C2 0.08 0.00 0.09 0.07 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.08 0.05 0.21 0.02 0.10 0.34 0.16
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.11 0.03 0.13 0.04 0.13 0.10 0.12 0.08 0.06 0.11 0.09 0.01 0.04 0.04 0.11 0.14 0.05 0.15 0.08
C3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.04 0.13 0.14 0.10 0.07 0.05 0.12 0.11 0.02 0.01 0.02 0.07 0.14 0.11 0.07 0.01
C4 0.08 0.01 0.11 0.10 0.00 0.10 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.11 0.06 0.21 0.01 0.09 0.32 0.15
C4' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.06 0.02 0.00 0.05 0.10 0.02 0.09 0.07
C5 0.08 0.00 0.13 0.13 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.06 0.21 0.01 0.13 0.35 0.16
C5' 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04
C6 0.09 0.01 0.13 0.13 0.01 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.15 0.07 0.20 0.01 0.14 0.35 0.16
C8 0.03 0.05 0.10 0.14 0.04 0.11 0.06 0.05 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.08 0.14 0.09 0.17 0.05 0.06 0.29 0.11
N1 0.09 0.00 0.12 0.10 0.01 0.10 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.06 0.21 0.02 0.12 0.35 0.16
N2 0.08 0.00 0.08 0.07 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.04 0.20 0.02 0.08 0.32 0.15
N3 0.08 0.00 0.06 0.05 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.05 0.21 0.02 0.07 0.31 0.14
N7 0.05 0.00 0.11 0.12 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.06 0.21 0.01 0.15 0.37 0.17
N9 0.05 0.01 0.09 0.11 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.10 0.05 0.21 0.02 0.08 0.30 0.15
O2' 0.03 0.12 0.01 0.02 0.11 0.06 0.12 0.06 0.13 0.08 0.13 0.12 0.10 0.10 0.08 0.00 0.13 0.04 0.09 0.14 0.02 0.14 0.07
O3' 0.02 0.08 0.04 0.01 0.11 0.02 0.14 0.07 0.15 0.14 0.12 0.09 0.05 0.14 0.10 0.13 0.00 0.04 0.14 0.17 0.23 0.13 0.11
O4' 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.03 0.07 0.09 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.00 0.14 0.07 0.08 0.18 0.12
O5' 0.21 0.21 0.11 0.07 0.21 0.05 0.21 0.00 0.20 0.17 0.21 0.20 0.21 0.21 0.21 0.09 0.14 0.14 0.00 0.19 0.01 0.03 0.01
O6 0.09 0.02 0.14 0.14 0.01 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.17 0.07 0.19 0.00 0.16 0.36 0.16
OP1 0.08 0.10 0.05 0.11 0.09 0.02 0.13 0.07 0.14 0.06 0.12 0.08 0.07 0.15 0.08 0.02 0.23 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.34 0.15 0.07 0.32 0.09 0.35 0.01 0.35 0.29 0.35 0.32 0.31 0.37 0.30 0.14 0.13 0.18 0.03 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.16 0.08 0.01 0.15 0.07 0.16 0.04 0.16 0.11 0.16 0.15 0.14 0.17 0.15 0.07 0.11 0.12 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.33 0.09 0.30 0.32 0.29 0.36 0.40 0.39 0.30 0.36 0.24 0.35 0.36 0.27 0.22 0.26 0.23 0.58 0.41 0.53 0.58 0.59
C2 0.26 0.13 0.15 0.36 0.37 0.43 0.56 0.61 0.61 0.55 0.36 0.18 0.19 0.64 0.39 0.22 0.29 0.38 0.89 0.77 0.96 1.07 1.00
C2' 0.13 0.42 0.07 0.25 0.34 0.24 0.41 0.36 0.49 0.31 0.47 0.37 0.39 0.41 0.26 0.26 0.21 0.19 0.59 0.54 0.54 0.65 0.62
C3' 0.07 0.31 0.08 0.12 0.20 0.12 0.27 0.22 0.34 0.18 0.34 0.32 0.29 0.29 0.11 0.29 0.15 0.09 0.46 0.39 0.41 0.52 0.48
C4 0.18 0.14 0.11 0.32 0.28 0.39 0.40 0.56 0.39 0.41 0.20 0.22 0.20 0.47 0.30 0.24 0.28 0.32 0.82 0.44 0.84 0.90 0.88
C4' 0.05 0.26 0.06 0.11 0.16 0.09 0.21 0.19 0.26 0.12 0.26 0.26 0.26 0.21 0.08 0.27 0.12 0.05 0.35 0.30 0.28 0.37 0.35
C5 0.13 0.25 0.10 0.29 0.11 0.40 0.21 0.62 0.11 0.34 0.15 0.40 0.18 0.37 0.20 0.23 0.26 0.31 0.89 0.19 0.96 0.99 0.98
C5' 0.12 0.17 0.15 0.07 0.09 0.02 0.05 0.07 0.08 0.09 0.12 0.18 0.21 0.12 0.10 0.28 0.03 0.07 0.23 0.11 0.16 0.24 0.22
C6 0.15 0.29 0.11 0.29 0.09 0.42 0.22 0.65 0.10 0.39 0.23 0.48 0.16 0.42 0.21 0.22 0.27 0.34 0.94 0.20 1.08 1.15 1.08
C8 0.07 0.21 0.15 0.24 0.09 0.33 0.08 0.50 0.04 0.15 0.11 0.27 0.23 0.19 0.09 0.27 0.28 0.21 0.73 0.09 0.72 0.68 0.74
N1 0.22 0.12 0.13 0.33 0.24 0.44 0.42 0.64 0.37 0.50 0.04 0.37 0.07 0.57 0.32 0.22 0.29 0.37 0.93 0.54 1.06 1.15 1.08
N2 0.29 0.26 0.17 0.37 0.45 0.43 0.64 0.61 0.74 0.61 0.52 0.08 0.27 0.72 0.45 0.21 0.30 0.40 0.89 0.93 0.97 1.10 1.02
N3 0.25 0.24 0.16 0.35 0.39 0.39 0.55 0.55 0.61 0.50 0.45 0.08 0.25 0.59 0.37 0.25 0.29 0.35 0.82 0.71 0.84 0.94 0.90
N7 0.06 0.34 0.16 0.23 0.11 0.37 0.12 0.59 0.20 0.16 0.30 0.42 0.26 0.19 0.05 0.24 0.25 0.24 0.86 0.22 0.92 0.86 0.91
N9 0.15 0.19 0.09 0.31 0.26 0.35 0.31 0.50 0.30 0.32 0.20 0.16 0.26 0.36 0.25 0.23 0.27 0.27 0.72 0.33 0.70 0.72 0.74
O2' 0.16 0.59 0.10 0.26 0.44 0.21 0.51 0.33 0.62 0.36 0.65 0.58 0.50 0.46 0.33 0.27 0.20 0.19 0.53 0.68 0.47 0.61 0.56
O3' 0.06 0.45 0.05 0.09 0.27 0.07 0.31 0.13 0.41 0.17 0.46 0.50 0.39 0.29 0.15 0.21 0.09 0.07 0.39 0.46 0.32 0.47 0.40
O4' 0.08 0.21 0.08 0.20 0.17 0.19 0.21 0.27 0.24 0.16 0.22 0.18 0.24 0.23 0.12 0.28 0.23 0.13 0.42 0.27 0.36 0.41 0.42
O5' 0.19 0.31 0.22 0.11 0.26 0.04 0.15 0.16 0.14 0.16 0.23 0.31 0.37 0.14 0.25 0.26 0.05 0.08 0.29 0.11 0.30 0.25 0.29
O6 0.11 0.42 0.12 0.26 0.05 0.42 0.06 0.67 0.20 0.31 0.43 0.57 0.24 0.30 0.13 0.21 0.25 0.32 0.96 0.22 1.18 1.22 1.15
OP1 0.15 0.07 0.17 0.07 0.02 0.21 0.11 0.15 0.07 0.16 0.01 0.09 0.09 0.18 0.05 0.40 0.00 0.18 0.31 0.11 0.18 0.24 0.24
OP2 0.32 0.44 0.26 0.22 0.43 0.26 0.32 0.35 0.31 0.30 0.38 0.41 0.50 0.26 0.42 0.07 0.05 0.27 0.34 0.26 0.37 0.15 0.31
P 0.06 0.20 0.07 0.05 0.15 0.11 0.06 0.16 0.06 0.10 0.13 0.19 0.26 0.12 0.14 0.14 0.01 0.05 0.29 0.06 0.23 0.23 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.01 0.08 0.10 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.24 0.09 0.25 0.13 0.18
C2 0.08 0.00 0.05 0.17 0.01 0.09 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.18 0.19 0.07 0.20 0.01 0.18 0.14 0.18
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.03 0.11 0.08 0.06 0.06 0.11 0.13 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.13 0.10 0.13 0.01
C3' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.11 0.01 0.17 0.03 0.18 0.16 0.16 0.18 0.18 0.21 0.04 0.07 0.01 0.02 0.11 0.21 0.04 0.22 0.11
C4 0.06 0.01 0.02 0.11 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.06 0.18 0.02 0.16 0.09 0.16
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.12 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.03 0.18 0.05 0.01 0.07 0.13 0.18 0.09 0.06
C5 0.07 0.02 0.11 0.17 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.07 0.16 0.02 0.16 0.15 0.18
C5' 0.07 0.13 0.03 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.02 0.12 0.12 0.13 0.03 0.07 0.15 0.06 0.06 0.00 0.09 0.13 0.12 0.04
C6 0.08 0.01 0.11 0.18 0.01 0.12 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.13 0.24 0.08 0.19 0.00 0.19 0.21 0.21
C8 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.18 0.06 0.11 0.03 0.09 0.03 0.09
N1 0.08 0.01 0.06 0.16 0.01 0.10 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.15 0.20 0.07 0.21 0.01 0.19 0.19 0.21
N2 0.10 0.00 0.06 0.18 0.02 0.09 0.03 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.20 0.22 0.08 0.19 0.00 0.17 0.14 0.17
N3 0.06 0.00 0.11 0.18 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.06 0.21 0.01 0.19 0.10 0.17
N7 0.03 0.02 0.13 0.21 0.01 0.11 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.10 0.27 0.05 0.11 0.05 0.13 0.11 0.16
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.19 0.03 0.17 0.07 0.14
O2' 0.04 0.18 0.00 0.07 0.10 0.18 0.11 0.15 0.13 0.06 0.15 0.20 0.19 0.10 0.04 0.00 0.12 0.14 0.04 0.14 0.05 0.13 0.08
O3' 0.02 0.19 0.06 0.01 0.11 0.05 0.22 0.06 0.24 0.18 0.20 0.22 0.19 0.27 0.03 0.12 0.00 0.01 0.17 0.29 0.06 0.30 0.16
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.14 0.01 0.00 0.30 0.10 0.29 0.19 0.22
O5' 0.24 0.20 0.05 0.11 0.18 0.07 0.16 0.00 0.19 0.11 0.21 0.19 0.21 0.11 0.19 0.04 0.17 0.30 0.00 0.19 0.02 0.03 0.00
O6 0.09 0.01 0.13 0.21 0.02 0.13 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.14 0.29 0.10 0.19 0.00 0.23 0.26 0.24
OP1 0.25 0.18 0.10 0.04 0.16 0.18 0.16 0.13 0.19 0.09 0.19 0.17 0.19 0.13 0.17 0.05 0.06 0.29 0.02 0.23 0.00 0.02 0.00
OP2 0.13 0.14 0.13 0.22 0.09 0.09 0.15 0.12 0.21 0.03 0.19 0.14 0.10 0.11 0.07 0.13 0.30 0.19 0.03 0.26 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.18 0.01 0.11 0.16 0.06 0.18 0.04 0.21 0.09 0.21 0.17 0.17 0.16 0.14 0.08 0.16 0.22 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00