ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50187

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.003, 0.026, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.009, 0.037, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.027
N3 A 0, -0.004, 0.025, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.004, 0.035, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.035 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.004, 0.280, 0.555, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.280 std_dev=0.275
C2' A 0, 0.023, 0.309, 0.594, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.309 std_dev=0.285
O2' A 0, 0.033, 0.373, 0.712, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.373 std_dev=0.339
C4' A 0, -0.005, 0.404, 0.812, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.404 std_dev=0.408
C3' A 0, 0.031, 0.458, 0.886, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.458 std_dev=0.427
O3' A 0, 0.087, 0.593, 1.099, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.593 std_dev=0.506
C2' B 0, 0.006, 0.640, 1.275, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.640 std_dev=0.635
C5' A 0, 0.001, 0.744, 1.488, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.744 std_dev=0.743
O2' B 0, 0.204, 0.986, 1.768, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.986 std_dev=0.782
C3' B 0, 0.307, 1.126, 1.945, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.126 std_dev=0.819
O5' B 0, 0.375, 1.378, 2.382, 2.361 max_d=2.361 avg_d=1.378 std_dev=1.004
C1' B 0, 0.437, 1.514, 2.591, 2.418 max_d=2.418 avg_d=1.514 std_dev=1.077
C5' B 0, 0.254, 1.469, 2.685, 2.977 max_d=2.977 avg_d=1.469 std_dev=1.216
C4' B 0, -0.058, 1.185, 2.428, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.185 std_dev=1.243
O4' B 0, 0.129, 1.442, 2.754, 3.175 max_d=3.175 avg_d=1.442 std_dev=1.313
P B 0, 0.295, 1.624, 2.953, 3.256 max_d=3.256 avg_d=1.624 std_dev=1.329
O5' A 0, -0.201, 1.363, 2.928, 3.555 max_d=3.555 avg_d=1.363 std_dev=1.565
OP2 B 0, 0.445, 2.128, 3.810, 4.115 max_d=4.115 avg_d=2.128 std_dev=1.683
O3' B 0, 0.282, 1.990, 3.699, 4.172 max_d=4.172 avg_d=1.990 std_dev=1.708
N9 B 0, 0.713, 2.442, 4.170, 3.767 max_d=3.767 avg_d=2.442 std_dev=1.729
C8 B 0, 0.703, 2.509, 4.315, 4.177 max_d=4.177 avg_d=2.509 std_dev=1.806
OP1 B 0, 0.402, 2.325, 4.248, 4.709 max_d=4.709 avg_d=2.325 std_dev=1.923
P A 0, -0.076, 2.272, 4.620, 5.505 max_d=5.505 avg_d=2.272 std_dev=2.348
OP1 A 0, -0.202, 2.395, 4.993, 6.004 max_d=6.004 avg_d=2.395 std_dev=2.597
C4 B 0, 1.099, 3.754, 6.408, 5.646 max_d=5.646 avg_d=3.754 std_dev=2.654
N7 B 0, 1.073, 3.817, 6.561, 6.328 max_d=6.328 avg_d=3.817 std_dev=2.744
N3 B 0, 1.213, 4.177, 7.141, 6.572 max_d=6.572 avg_d=4.177 std_dev=2.964
C5 B 0, 1.331, 4.586, 7.842, 7.231 max_d=7.231 avg_d=4.586 std_dev=3.256
OP2 A 0, -0.060, 3.284, 6.627, 7.872 max_d=7.872 avg_d=3.284 std_dev=3.344
C2 B 0, 1.608, 5.516, 9.425, 8.574 max_d=8.574 avg_d=5.516 std_dev=3.908
C6 B 0, 1.761, 6.051, 10.342, 9.466 max_d=9.466 avg_d=6.051 std_dev=4.291
N2 B 0, 1.764, 6.119, 10.475, 9.787 max_d=9.787 avg_d=6.119 std_dev=4.355
N1 B 0, 1.879, 6.414, 10.950, 9.660 max_d=9.660 avg_d=6.414 std_dev=4.536
O6 B 0, 2.021, 7.011, 12.001, 11.212 max_d=11.212 avg_d=7.011 std_dev=4.990

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.40 0.01 0.70 0.21 0.09
C2 0.00 0.00 0.23 0.27 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.30 0.07 0.76 0.01 0.53 0.89 0.48
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.03 0.02 0.08 0.12 0.16 0.27 0.24 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.29 0.05 0.67 0.06 0.07
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.16 0.01 0.10 0.03 0.15 0.08 0.22 0.31 0.26 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.22 0.13 0.42 0.06 0.02
C4 0.00 0.00 0.12 0.16 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.16 0.03 0.79 0.01 0.32 0.98 0.60
C4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.66 0.28 0.30
C5 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.95 0.01 0.06 1.44 0.95
C5' 0.00 0.07 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.07 0.08 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.01 1.00 0.00 0.07 1.56 1.01
C8 0.00 0.00 0.12 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.06 0.92 0.02 0.21 1.34 0.98
N1 0.00 0.00 0.16 0.22 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.25 0.04 0.90 0.00 0.24 1.27 0.76
N2 0.01 0.00 0.27 0.31 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.36 0.09 0.68 0.01 0.71 0.70 0.32
N3 0.00 0.00 0.24 0.26 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.27 0.08 0.67 0.01 0.62 0.69 0.34
N7 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.04 1.02 0.02 0.36 1.68 1.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.73 0.02 0.29 0.84 0.54
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.07 0.00 0.09 0.06 0.16 0.13 0.09 0.02 0.00 0.06 0.05 0.09 0.03 0.99 0.44 0.39
O3' 0.02 0.30 0.03 0.01 0.16 0.02 0.10 0.08 0.16 0.08 0.25 0.36 0.27 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.07 0.14 0.53 0.38 0.30
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.09 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.29 0.01 0.70 0.11 0.11
O5' 0.40 0.76 0.29 0.22 0.79 0.01 0.95 0.01 1.00 0.92 0.90 0.68 0.67 1.02 0.73 0.09 0.07 0.29 0.00 1.08 0.02 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.01 1.08 0.00 0.27 1.84 1.21
OP1 0.70 0.53 0.67 0.42 0.32 0.66 0.06 0.04 0.07 0.21 0.24 0.71 0.62 0.36 0.29 0.99 0.53 0.70 0.02 0.27 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.89 0.06 0.06 0.98 0.28 1.44 0.03 1.56 1.34 1.27 0.70 0.69 1.68 0.84 0.44 0.38 0.11 0.00 1.84 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.48 0.07 0.02 0.60 0.30 0.95 0.01 1.01 0.98 0.76 0.32 0.34 1.19 0.54 0.39 0.30 0.11 0.00 1.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.55 2.12 0.57 0.44 1.29 0.59 1.40 0.56 1.85 0.60 2.18 2.44 1.64 0.97 0.73 0.24 0.81 0.94 0.81 1.91 0.95 0.12 0.76
C2 0.56 3.12 0.49 0.13 1.91 0.98 2.31 1.10 3.19 0.98 3.59 3.48 2.24 1.70 1.04 0.28 0.49 1.03 1.25 3.54 1.78 0.35 1.26
C2' 0.78 1.74 0.41 0.40 1.08 0.65 1.15 0.58 1.53 0.59 1.81 2.03 1.35 0.81 0.74 0.23 0.91 1.18 0.97 1.61 0.98 0.32 0.92
C3' 0.98 1.44 0.29 0.41 1.08 0.55 1.06 0.40 1.27 0.76 1.45 1.60 1.25 0.85 0.91 0.31 1.00 1.23 0.87 1.30 0.69 0.33 0.77
C4 0.57 2.85 0.51 0.22 1.77 0.89 2.07 0.95 2.79 0.88 3.17 3.12 2.10 1.50 0.97 0.26 0.64 1.04 1.15 2.98 1.52 0.27 1.12
C4' 0.74 1.18 0.34 0.50 0.83 0.36 0.82 0.21 1.00 0.51 1.17 1.33 1.02 0.60 0.65 0.23 0.90 0.94 0.57 1.02 0.43 0.14 0.47
C5 0.57 2.86 0.48 0.16 1.88 0.94 2.27 1.06 3.04 0.99 3.31 3.01 2.13 1.68 1.05 0.25 0.63 1.04 1.25 3.27 1.71 0.32 1.24
C5' 0.93 1.13 0.24 0.47 0.96 0.25 0.87 0.05 0.95 0.67 1.07 1.21 1.12 0.71 0.84 0.43 0.88 0.91 0.41 0.92 0.14 0.22 0.28
C6 0.56 3.03 0.46 0.11 1.99 0.99 2.48 1.17 3.38 1.09 3.61 3.20 2.22 1.88 1.11 0.25 0.53 1.00 1.33 3.79 1.95 0.39 1.37
C8 0.58 2.25 0.53 0.35 1.55 0.76 1.73 0.76 2.18 0.77 2.41 2.33 1.79 1.25 0.89 0.21 0.89 1.06 1.03 2.23 1.22 0.19 0.95
N1 0.56 3.16 0.47 0.10 2.00 1.01 2.47 1.17 3.41 1.07 3.73 3.44 2.29 1.85 1.11 0.27 0.47 1.01 1.32 3.84 1.95 0.40 1.36
N2 0.56 3.14 0.49 0.12 1.91 0.99 2.32 1.11 3.22 0.98 3.63 3.57 2.25 1.71 1.04 0.29 0.44 1.02 1.25 3.61 1.81 0.37 1.28
N3 0.57 2.95 0.51 0.19 1.78 0.91 2.10 0.98 2.88 0.88 3.30 3.33 2.14 1.52 0.97 0.28 0.55 1.03 1.15 3.13 1.57 0.29 1.14
N7 0.56 2.49 0.47 0.22 1.75 0.88 2.09 0.97 2.67 0.94 2.83 2.52 1.93 1.56 1.00 0.21 0.77 1.05 1.22 2.79 1.56 0.28 1.17
N9 0.57 2.47 0.55 0.34 1.55 0.76 1.74 0.76 2.28 0.74 2.62 2.70 1.88 1.23 0.87 0.24 0.78 1.02 1.00 2.37 1.23 0.19 0.94
O2' 0.63 1.73 0.49 0.49 1.03 0.52 1.10 0.49 1.49 0.51 1.79 2.07 1.32 0.75 0.65 0.21 0.91 1.01 0.85 1.57 0.90 0.25 0.83
O3' 1.03 1.54 0.25 0.46 1.21 0.44 1.19 0.27 1.37 0.90 1.54 1.70 1.39 0.99 1.03 0.28 1.06 1.20 0.78 1.39 0.52 0.34 0.69
O4' 0.49 1.65 0.57 0.52 1.05 0.42 1.10 0.33 1.41 0.49 1.65 1.86 1.33 0.77 0.61 0.23 0.80 0.78 0.56 1.44 0.62 0.04 0.49
O5' 0.47 1.26 0.33 1.04 0.83 0.49 0.78 0.86 0.96 0.38 1.15 1.49 1.15 0.57 0.52 0.31 1.59 0.22 0.41 0.96 0.85 0.89 0.60
O6 0.54 2.96 0.43 0.09 2.01 0.98 2.57 1.21 3.48 1.16 3.59 3.08 2.18 2.00 1.15 0.24 0.50 0.93 1.38 4.00 2.12 0.43 1.46
OP1 0.45 0.28 0.82 1.65 0.25 1.33 0.45 1.71 0.35 0.77 0.21 0.59 0.16 0.73 0.49 0.41 1.78 0.73 1.47 0.46 1.84 1.84 1.64
OP2 0.43 0.88 0.75 1.83 0.27 1.67 0.55 2.34 0.52 0.99 0.65 1.44 0.63 0.95 0.51 0.33 2.37 0.93 1.94 0.66 2.62 2.53 2.29
P 0.31 0.67 0.72 1.70 0.34 1.37 0.55 1.85 0.54 0.80 0.56 1.04 0.51 0.80 0.45 0.27 2.16 0.69 1.48 0.64 1.92 1.95 1.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.31 0.02 0.30 0.11 0.24
C2 0.02 0.00 0.27 0.35 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.69 0.08 0.47 0.00 0.40 0.32 0.44
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.00 0.14 0.09 0.21 0.32 0.26 0.02 0.02 0.00 0.11 0.00 0.30 0.11 0.32 0.13 0.25
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.21 0.00 0.16 0.02 0.22 0.08 0.31 0.41 0.31 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.24 0.20 0.31 0.03 0.20
C4 0.01 0.01 0.15 0.21 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.57 0.04 0.50 0.01 0.43 0.32 0.44
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.11 0.13 0.10 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.20 0.00
C5 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.67 0.02 0.58 0.01 0.52 0.44 0.54
C5' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.15 0.17 0.12 0.06 0.04 0.02 0.29 0.04 0.00 0.13 0.22 0.35 0.01
C6 0.02 0.00 0.14 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.77 0.05 0.59 0.00 0.53 0.47 0.57
C8 0.00 0.01 0.09 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.38 0.04 0.60 0.02 0.54 0.41 0.52
N1 0.02 0.00 0.21 0.31 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.77 0.07 0.54 0.01 0.47 0.40 0.52
N2 0.02 0.00 0.32 0.41 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.68 0.09 0.43 0.01 0.35 0.28 0.40
N3 0.02 0.00 0.26 0.31 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.57 0.07 0.44 0.00 0.37 0.27 0.39
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.56 0.02 0.62 0.02 0.58 0.51 0.59
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.37 0.00 0.48 0.02 0.42 0.27 0.40
O2' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.11 0.19 0.13 0.03 0.01 0.00 0.44 0.02 0.14 0.04 0.18 0.03 0.12
O3' 0.06 0.69 0.11 0.01 0.57 0.01 0.67 0.29 0.77 0.38 0.77 0.68 0.57 0.56 0.37 0.44 0.00 0.07 0.08 0.81 0.02 0.54 0.21
O4' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.02 0.00 0.02 0.07 0.00 0.16 0.04 0.20 0.08 0.10
O5' 0.31 0.47 0.30 0.24 0.50 0.01 0.58 0.00 0.59 0.60 0.54 0.43 0.44 0.62 0.48 0.14 0.08 0.16 0.00 0.62 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.11 0.20 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.81 0.04 0.62 0.00 0.58 0.54 0.62
OP1 0.30 0.40 0.32 0.31 0.43 0.14 0.52 0.22 0.53 0.54 0.47 0.35 0.37 0.58 0.42 0.18 0.02 0.20 0.01 0.58 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.32 0.13 0.03 0.32 0.20 0.44 0.35 0.47 0.41 0.40 0.28 0.27 0.51 0.27 0.03 0.54 0.08 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.44 0.25 0.20 0.44 0.00 0.54 0.01 0.57 0.52 0.52 0.40 0.39 0.59 0.40 0.12 0.21 0.10 0.00 0.62 0.00 0.00 0.00