ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50188

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C3' A 0, -0.016, 0.063, 0.142, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.063 std_dev=0.079
C5 B 0, 0.032, 0.116, 0.200, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.116 std_dev=0.084
O4' A 0, -0.023, 0.071, 0.165, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.071 std_dev=0.094
N7 B 0, 0.040, 0.148, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.148 std_dev=0.109
C2 B 0, -0.005, 0.107, 0.219, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.107 std_dev=0.112
N3 B 0, 0.043, 0.159, 0.276, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.159 std_dev=0.116
C4 B 0, 0.044, 0.164, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.164 std_dev=0.120
C2' A 0, -0.022, 0.099, 0.220, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.099 std_dev=0.121
C4' A 0, -0.017, 0.104, 0.225, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.104 std_dev=0.121
O3' A 0, -0.014, 0.110, 0.235, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.110 std_dev=0.124
N2 B 0, 0.004, 0.152, 0.299, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.152 std_dev=0.148
N1 B 0, 0.032, 0.205, 0.379, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.205 std_dev=0.174
C6 B 0, 0.051, 0.229, 0.406, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.229 std_dev=0.177
C8 B 0, 0.074, 0.263, 0.451, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.263 std_dev=0.188
N9 B 0, 0.079, 0.273, 0.467, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.273 std_dev=0.194
OP2 B 0, 0.090, 0.318, 0.547, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.318 std_dev=0.228
O2' A 0, -0.035, 0.214, 0.463, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.214 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.105, 0.364, 0.623, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.364 std_dev=0.259
C5' A 0, -0.024, 0.238, 0.500, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.238 std_dev=0.262
O4' B 0, 0.117, 0.408, 0.700, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.408 std_dev=0.291
P B 0, 0.125, 0.429, 0.734, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.429 std_dev=0.304
O6 B 0, 0.118, 0.423, 0.729, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.423 std_dev=0.305
C2' B 0, 0.125, 0.439, 0.753, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.439 std_dev=0.314
O2' B 0, 0.124, 0.463, 0.802, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.463 std_dev=0.339
O5' B 0, 0.145, 0.496, 0.848, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.496 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.136, 0.492, 0.847, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.492 std_dev=0.355
C3' B 0, 0.142, 0.498, 0.855, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.498 std_dev=0.357
OP1 B 0, 0.145, 0.508, 0.872, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.508 std_dev=0.363
C5' B 0, 0.152, 0.533, 0.914, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.533 std_dev=0.381
O3' B 0, 0.146, 0.570, 0.994, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.570 std_dev=0.424
OP2 A 0, 0.106, 0.597, 1.089, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.597 std_dev=0.491
P A 0, -0.030, 0.564, 1.158, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.564 std_dev=0.594
OP1 A 0, 0.091, 0.804, 1.517, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.804 std_dev=0.713
O5' A 0, -0.147, 0.671, 1.490, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.671 std_dev=0.819

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.42 0.01 0.47 0.15 0.29
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.60 0.01 0.57 0.27 0.43
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.41 0.02 0.50 0.17 0.32
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.39 0.17 0.11
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.64 0.01 0.55 0.28 0.43
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.35 0.21 0.04
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.70 0.01 0.56 0.36 0.47
C5' 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.13 0.03 0.11 0.06 0.11 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.40 0.26 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.72 0.01 0.59 0.38 0.50
C8 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.63 0.01 0.50 0.33 0.42
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.67 0.01 0.59 0.33 0.47
N2 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04 0.53 0.01 0.57 0.23 0.40
N3 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.57 0.01 0.56 0.23 0.40
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.70 0.01 0.53 0.38 0.47
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.59 0.01 0.52 0.26 0.39
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.38 0.01 0.51 0.24 0.35
O3' 0.05 0.09 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.10 0.08 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05 0.34 0.17 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.31 0.02 0.43 0.09 0.20
O5' 0.42 0.60 0.41 0.06 0.64 0.00 0.70 0.00 0.72 0.63 0.67 0.53 0.57 0.70 0.59 0.38 0.06 0.31 0.00 0.75 0.03 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.75 0.00 0.59 0.42 0.53
OP1 0.47 0.57 0.50 0.39 0.55 0.35 0.56 0.40 0.59 0.50 0.59 0.57 0.56 0.53 0.52 0.51 0.34 0.43 0.03 0.59 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.27 0.17 0.17 0.28 0.21 0.36 0.26 0.38 0.33 0.33 0.23 0.23 0.38 0.26 0.24 0.17 0.09 0.01 0.42 0.00 0.00 0.00
P 0.29 0.43 0.32 0.11 0.43 0.04 0.47 0.01 0.50 0.42 0.47 0.40 0.40 0.47 0.39 0.35 0.08 0.20 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.02 0.15 0.14 0.08 0.15 0.08 0.11 0.07 0.11 0.04 0.04 0.05 0.10 0.10 0.18 0.19 0.10 0.07 0.08 0.10 0.03 0.06
C2 0.08 0.06 0.08 0.08 0.05 0.10 0.02 0.10 0.04 0.07 0.06 0.12 0.06 0.05 0.07 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.06 0.05
C2' 0.07 0.05 0.10 0.12 0.01 0.12 0.03 0.10 0.04 0.05 0.03 0.09 0.05 0.05 0.04 0.12 0.17 0.06 0.07 0.06 0.11 0.05 0.07
C3' 0.09 0.01 0.13 0.14 0.05 0.13 0.06 0.10 0.05 0.07 0.03 0.03 0.03 0.07 0.07 0.17 0.20 0.06 0.07 0.07 0.11 0.04 0.06
C4 0.10 0.05 0.10 0.09 0.05 0.11 0.04 0.09 0.06 0.08 0.05 0.11 0.06 0.07 0.08 0.11 0.11 0.10 0.07 0.10 0.07 0.03 0.04
C4' 0.10 0.07 0.14 0.12 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.18 0.17 0.06 0.05 0.10 0.07 0.04 0.03
C5 0.10 0.09 0.10 0.10 0.06 0.11 0.00 0.10 0.07 0.08 0.08 0.13 0.09 0.05 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.08 0.05 0.05
C5' 0.07 0.02 0.08 0.09 0.04 0.10 0.01 0.14 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.10 0.17 0.07 0.17 0.20 0.18
C6 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.10 0.03 0.10 0.08 0.08 0.11 0.15 0.10 0.04 0.09 0.08 0.10 0.11 0.10 0.14 0.09 0.08 0.07
C8 0.13 0.05 0.13 0.12 0.04 0.12 0.05 0.09 0.06 0.09 0.04 0.09 0.06 0.08 0.09 0.13 0.13 0.12 0.06 0.10 0.07 0.01 0.03
N1 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.02 0.10 0.06 0.08 0.09 0.14 0.08 0.04 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.07 0.07
N2 0.08 0.05 0.07 0.08 0.04 0.10 0.02 0.10 0.03 0.07 0.05 0.10 0.05 0.05 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06
N3 0.09 0.03 0.09 0.09 0.05 0.11 0.04 0.10 0.05 0.08 0.04 0.09 0.05 0.07 0.08 0.11 0.11 0.10 0.07 0.09 0.08 0.04 0.04
N7 0.12 0.09 0.11 0.11 0.06 0.11 0.01 0.09 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.05 0.09 0.11 0.11 0.12 0.08 0.11 0.07 0.04 0.04
N9 0.12 0.02 0.12 0.11 0.06 0.12 0.06 0.09 0.06 0.09 0.04 0.08 0.05 0.08 0.09 0.14 0.14 0.10 0.06 0.09 0.08 0.01 0.03
O2' 0.07 0.13 0.12 0.17 0.04 0.20 0.03 0.20 0.07 0.05 0.11 0.18 0.11 0.03 0.02 0.14 0.23 0.10 0.17 0.07 0.21 0.14 0.18
O3' 0.12 0.02 0.18 0.20 0.05 0.18 0.05 0.15 0.04 0.09 0.03 0.06 0.02 0.07 0.09 0.24 0.27 0.09 0.12 0.05 0.17 0.09 0.12
O4' 0.12 0.07 0.15 0.13 0.09 0.13 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.05 0.09 0.10 0.11 0.18 0.18 0.09 0.05 0.11 0.08 0.02 0.03
O5' 0.57 0.49 0.56 0.59 0.59 0.59 0.65 0.60 0.63 0.67 0.56 0.38 0.51 0.69 0.61 0.50 0.58 0.59 0.62 0.66 0.58 0.63 0.60
O6 0.10 0.11 0.11 0.11 0.09 0.10 0.06 0.10 0.10 0.10 0.12 0.14 0.10 0.05 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.16 0.10 0.10 0.09
OP1 0.49 0.49 0.49 0.48 0.51 0.48 0.54 0.45 0.55 0.53 0.52 0.45 0.48 0.55 0.51 0.48 0.49 0.47 0.44 0.57 0.40 0.42 0.41
OP2 0.30 0.20 0.30 0.36 0.28 0.38 0.35 0.43 0.34 0.38 0.27 0.12 0.20 0.40 0.32 0.25 0.37 0.33 0.44 0.38 0.44 0.48 0.46
P 0.39 0.33 0.39 0.42 0.40 0.43 0.44 0.43 0.44 0.46 0.38 0.26 0.33 0.48 0.42 0.36 0.43 0.40 0.43 0.47 0.41 0.44 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.06 0.11 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.02 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.08
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.00 0.09 0.14 0.10
C8 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
N1 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.00 0.07 0.13 0.09
N2 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.08 0.02 0.06 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.06 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.04 0.05 0.03 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.05 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02
O5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.09 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.10 0.00 0.11 0.17 0.12
OP1 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.02 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.07 0.04 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.11 0.04 0.05 0.09 0.02 0.12 0.01 0.14 0.07 0.13 0.12 0.09 0.11 0.06 0.05 0.05 0.01 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.10 0.06 0.09 0.08 0.06 0.08 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00