ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50189

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C1' A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
P A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
O4' A 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
O5' A 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
O3' B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C5' A 0, 0.000, 0.418, 0.837, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.418 std_dev=0.418
OP2 A 0, 0.000, 0.428, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C3' B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
C2' B 0, 0.000, 0.514, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.514 std_dev=0.514
C4' A 0, 0.000, 0.519, 1.038, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.519 std_dev=0.519
OP1 A 0, 0.000, 0.540, 1.080, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.540 std_dev=0.540
O2' A 0, 0.000, 0.563, 1.126, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.563 std_dev=0.563
O2' B 0, 0.000, 0.591, 1.182, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.591 std_dev=0.591
C3' A 0, 0.000, 0.696, 1.392, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.696 std_dev=0.696
N3 B 0, 0.000, 0.729, 1.458, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.729 std_dev=0.729
C4' B 0, 0.000, 0.764, 1.527, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.764 std_dev=0.764
C5' B 0, 0.000, 0.767, 1.533, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.767 std_dev=0.767
C4 B 0, 0.000, 0.853, 1.706, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.853 std_dev=0.853
C1' B 0, 0.000, 0.881, 1.761, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.881 std_dev=0.881
C2 B 0, 0.000, 0.969, 1.938, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.969 std_dev=0.969
N9 B 0, 0.000, 0.987, 1.974, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.987 std_dev=0.987
O4' B 0, 0.000, 1.082, 2.165, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.082 std_dev=1.082
O5' B 0, 0.000, 1.140, 2.281, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.140 std_dev=1.140
N1 B 0, 0.000, 1.141, 2.281, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.141 std_dev=1.141
O3' A 0, 0.000, 1.168, 2.337, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.168 std_dev=1.168
C5 B 0, 0.000, 1.219, 2.438, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.219 std_dev=1.219
N2 B 0, 0.000, 1.280, 2.561, 2.561 max_d=2.561 avg_d=1.280 std_dev=1.280
C6 B 0, 0.000, 1.307, 2.613, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.307 std_dev=1.307
C8 B 0, 0.000, 1.460, 2.920, 2.920 max_d=2.920 avg_d=1.460 std_dev=1.460
N7 B 0, 0.000, 1.594, 3.188, 3.188 max_d=3.188 avg_d=1.594 std_dev=1.594
O6 B 0, 0.000, 1.652, 3.305, 3.305 max_d=3.305 avg_d=1.652 std_dev=1.652
P B 0, 0.000, 1.745, 3.490, 3.490 max_d=3.490 avg_d=1.745 std_dev=1.745
OP2 B 0, 0.000, 2.217, 4.433, 4.433 max_d=4.433 avg_d=2.217 std_dev=2.217
OP1 B 0, 0.000, 2.485, 4.969, 4.969 max_d=4.969 avg_d=2.485 std_dev=2.485

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.08 0.27 0.06
C2 0.05 0.00 0.04 0.13 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.06 0.06 0.10 0.00 0.19 0.31 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.16 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.02 0.21 0.34 0.14
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.18 0.00 0.25 0.03 0.25 0.23 0.21 0.07 0.10 0.27 0.16 0.00 0.00 0.00 0.03 0.29 0.08 0.06 0.01
C4 0.02 0.00 0.03 0.18 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.11 0.02 0.09 0.01 0.19 0.31 0.14
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.12 0.07 0.02 0.01 0.13 0.06 0.19 0.02 0.00 0.01 0.12 0.03 0.07 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.25 0.00 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.21 0.02 0.07 0.00 0.21 0.27 0.14
C5' 0.09 0.05 0.16 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.07 0.06 0.04 0.04 0.10 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.25 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.22 0.00 0.07 0.00 0.22 0.25 0.15
C8 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.21 0.07 0.06 0.01 0.21 0.29 0.14
N1 0.03 0.00 0.04 0.21 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.15 0.03 0.08 0.00 0.20 0.28 0.14
N2 0.07 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.03 0.09 0.12 0.01 0.19 0.32 0.15
N3 0.05 0.00 0.05 0.10 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.02 0.06 0.10 0.01 0.18 0.32 0.14
N7 0.00 0.00 0.00 0.27 0.01 0.13 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.26 0.05 0.05 0.01 0.23 0.24 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.10 0.01 0.09 0.00 0.17 0.32 0.13
O2' 0.02 0.34 0.00 0.00 0.24 0.19 0.24 0.04 0.29 0.11 0.33 0.38 0.30 0.17 0.13 0.00 0.01 0.12 0.15 0.29 0.04 0.23 0.06
O3' 0.06 0.06 0.04 0.00 0.11 0.02 0.21 0.10 0.22 0.21 0.15 0.03 0.02 0.26 0.10 0.01 0.00 0.05 0.07 0.27 0.02 0.02 0.07
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.09 0.06 0.05 0.01 0.12 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.13 0.02
O5' 0.06 0.10 0.10 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.08 0.12 0.10 0.05 0.09 0.15 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.02 0.29 0.01 0.12 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.27 0.02 0.05 0.00 0.23 0.21 0.14
OP1 0.08 0.19 0.21 0.08 0.19 0.03 0.21 0.08 0.22 0.21 0.20 0.19 0.18 0.23 0.17 0.04 0.02 0.03 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.27 0.31 0.34 0.06 0.31 0.07 0.27 0.01 0.25 0.29 0.28 0.32 0.32 0.24 0.32 0.23 0.02 0.13 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.14 0.14 0.01 0.14 0.01 0.14 0.01 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15 0.13 0.06 0.07 0.02 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.23 0.10 0.04 0.14 0.05 0.31 0.10 0.23 0.46 0.02 0.54 0.17 0.49 0.27 0.01 0.18 0.14 0.01 0.32 0.05 0.60 0.16
C2 0.47 0.02 0.27 0.20 0.50 0.30 0.76 0.32 0.72 0.83 0.34 0.50 0.14 0.93 0.60 0.21 0.03 0.47 0.34 0.87 0.57 1.14 0.61
C2' 0.19 0.24 0.11 0.08 0.15 0.08 0.35 0.17 0.27 0.52 0.01 0.57 0.17 0.55 0.29 0.01 0.12 0.16 0.05 0.38 0.13 0.62 0.21
C3' 0.15 0.27 0.14 0.03 0.05 0.02 0.17 0.01 0.08 0.35 0.13 0.51 0.19 0.34 0.19 0.12 0.13 0.07 0.17 0.15 0.13 0.26 0.05
C4 0.41 0.26 0.26 0.19 0.35 0.27 0.57 0.30 0.42 0.76 0.02 0.75 0.08 0.80 0.52 0.18 0.04 0.41 0.28 0.52 0.47 0.99 0.51
C4' 0.16 0.22 0.17 0.05 0.06 0.01 0.16 0.00 0.07 0.33 0.10 0.41 0.15 0.32 0.19 0.14 0.11 0.07 0.17 0.13 0.19 0.23 0.08
C5 0.49 0.40 0.30 0.24 0.35 0.34 0.58 0.37 0.35 0.88 0.15 0.87 0.13 0.90 0.58 0.24 0.01 0.51 0.38 0.46 0.66 1.12 0.64
C5' 0.11 0.32 0.14 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.28 0.21 0.50 0.24 0.25 0.12 0.11 0.06 0.02 0.24 0.01 0.22 0.07 0.16
C6 0.54 0.29 0.33 0.25 0.44 0.39 0.73 0.41 0.52 0.96 0.05 0.80 0.02 1.04 0.65 0.27 0.03 0.58 0.46 0.68 0.81 1.26 0.76
C8 0.35 0.51 0.24 0.20 0.09 0.25 0.26 0.29 0.04 0.64 0.32 0.84 0.32 0.59 0.38 0.17 0.01 0.36 0.23 0.13 0.42 0.82 0.42
N1 0.53 0.08 0.31 0.23 0.52 0.36 0.80 0.38 0.72 0.92 0.23 0.62 0.10 1.03 0.65 0.26 0.00 0.55 0.42 0.90 0.73 1.25 0.72
N2 0.46 0.18 0.27 0.19 0.54 0.29 0.78 0.32 0.80 0.81 0.49 0.27 0.22 0.92 0.59 0.21 0.03 0.46 0.34 0.97 0.56 1.16 0.61
N3 0.41 0.05 0.24 0.17 0.42 0.25 0.65 0.28 0.59 0.75 0.24 0.55 0.06 0.83 0.53 0.17 0.06 0.39 0.27 0.71 0.44 1.02 0.50
N7 0.46 0.55 0.30 0.25 0.18 0.35 0.37 0.38 0.07 0.82 0.38 0.90 0.29 0.76 0.51 0.24 0.04 0.50 0.37 0.16 0.65 1.03 0.61
N9 0.32 0.35 0.21 0.15 0.20 0.19 0.38 0.24 0.23 0.63 0.11 0.73 0.20 0.63 0.40 0.13 0.07 0.31 0.18 0.32 0.31 0.81 0.37
O2' 0.09 0.02 0.03 0.07 0.25 0.07 0.50 0.05 0.53 0.52 0.30 0.27 0.02 0.65 0.28 0.22 0.34 0.03 0.09 0.69 0.06 0.58 0.09
O3' 0.23 0.06 0.22 0.05 0.17 0.02 0.28 0.05 0.22 0.40 0.06 0.25 0.01 0.41 0.27 0.21 0.13 0.09 0.24 0.28 0.24 0.16 0.13
O4' 0.17 0.21 0.14 0.02 0.08 0.00 0.20 0.01 0.12 0.36 0.06 0.41 0.15 0.35 0.21 0.09 0.18 0.09 0.11 0.18 0.12 0.39 0.01
O5' 0.09 0.29 0.14 0.07 0.06 0.05 0.02 0.03 0.07 0.22 0.21 0.42 0.23 0.18 0.09 0.10 0.01 0.00 0.24 0.03 0.30 0.01 0.20
O6 0.58 0.33 0.34 0.27 0.43 0.43 0.71 0.45 0.45 1.02 0.17 0.77 0.04 1.11 0.67 0.31 0.06 0.65 0.53 0.62 0.97 1.35 0.87
OP1 0.23 0.50 0.15 0.13 0.33 0.30 0.25 0.18 0.32 0.05 0.43 0.58 0.46 0.09 0.21 0.22 0.04 0.30 0.45 0.28 0.45 0.29 0.42
OP2 0.16 0.36 0.19 0.12 0.06 0.01 0.02 0.03 0.11 0.32 0.28 0.50 0.27 0.24 0.14 0.14 0.03 0.08 0.22 0.07 0.08 0.12 0.10
P 0.00 0.41 0.04 0.01 0.18 0.09 0.10 0.04 0.20 0.15 0.34 0.53 0.36 0.08 0.01 0.00 0.00 0.06 0.24 0.16 0.23 0.03 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.20 0.59 0.09
C2 0.05 0.00 0.13 0.36 0.01 0.24 0.01 0.38 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.45 0.02 0.25 0.00 0.17 0.47 0.04
C2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.15 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.21 0.51 0.06
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.21 0.01 0.14 0.03 0.21 0.09 0.30 0.41 0.34 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.12 0.42 0.05
C4 0.02 0.01 0.08 0.21 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.02 0.12 0.00 0.12 0.58 0.04
C4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.16 0.00 0.13 0.00 0.18 0.04 0.22 0.27 0.21 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.17 0.20 0.34 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.02 0.11 0.01 0.03 0.61 0.06
C5' 0.03 0.38 0.01 0.03 0.26 0.00 0.24 0.00 0.32 0.01 0.38 0.42 0.33 0.09 0.11 0.01 0.09 0.01 0.00 0.31 0.00 0.22 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.21 0.00 0.18 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.03 0.19 0.00 0.04 0.53 0.01
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.12 0.02 0.05 0.80 0.20
N1 0.04 0.00 0.10 0.30 0.01 0.22 0.01 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.38 0.03 0.24 0.00 0.11 0.48 0.03
N2 0.05 0.00 0.15 0.41 0.01 0.27 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.55 0.02 0.29 0.00 0.22 0.41 0.08
N3 0.05 0.00 0.14 0.34 0.00 0.21 0.00 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.02 0.19 0.01 0.18 0.50 0.01
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.73 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.09 0.67 0.11
O2' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.38 0.39 0.03
O3' 0.01 0.45 0.01 0.00 0.24 0.04 0.16 0.09 0.25 0.09 0.38 0.55 0.40 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.12 0.30 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.08 0.04 0.22 0.54 0.09
O5' 0.05 0.25 0.02 0.00 0.12 0.01 0.11 0.00 0.19 0.12 0.24 0.29 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.05 0.18 0.00 0.17 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.04 0.19 0.00 0.01 0.51 0.00
OP1 0.20 0.17 0.21 0.12 0.12 0.20 0.03 0.00 0.04 0.05 0.11 0.22 0.18 0.08 0.09 0.38 0.12 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.59 0.47 0.51 0.42 0.58 0.34 0.61 0.22 0.53 0.80 0.48 0.41 0.50 0.73 0.67 0.39 0.30 0.54 0.01 0.51 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.20 0.03 0.08 0.01 0.15 0.11 0.03 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00