ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50191

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C3' A 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C4' A 0, 0.000, 0.194, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C5' A 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
O3' A 0, 0.000, 0.314, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.314 std_dev=0.314
O2' B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
N2 B 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
O3' B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
C2 B 0, 0.000, 0.486, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.486 std_dev=0.486
OP2 A 0, 0.000, 0.498, 0.995, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.498 std_dev=0.498
N3 B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
P A 0, 0.000, 0.541, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C3' B 0, 0.000, 0.605, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.605 std_dev=0.605
C2' B 0, 0.000, 0.632, 1.264, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.632 std_dev=0.632
O5' A 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
OP1 A 0, 0.000, 0.806, 1.611, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.806 std_dev=0.806
N1 B 0, 0.000, 0.853, 1.706, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.853 std_dev=0.853
C4' B 0, 0.000, 0.867, 1.735, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.867 std_dev=0.867
C1' B 0, 0.000, 0.916, 1.831, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.916 std_dev=0.916
O4' B 0, 0.000, 1.029, 2.057, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.029 std_dev=1.029
C4 B 0, 0.000, 1.033, 2.065, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.033 std_dev=1.033
C5' B 0, 0.000, 1.218, 2.436, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.218 std_dev=1.218
N9 B 0, 0.000, 1.238, 2.477, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.238 std_dev=1.238
O5' B 0, 0.000, 1.244, 2.489, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.244 std_dev=1.244
C6 B 0, 0.000, 1.415, 2.830, 2.830 max_d=2.830 avg_d=1.415 std_dev=1.415
C5 B 0, 0.000, 1.495, 2.990, 2.990 max_d=2.990 avg_d=1.495 std_dev=1.495
O6 B 0, 0.000, 1.785, 3.570, 3.570 max_d=3.570 avg_d=1.785 std_dev=1.785
C8 B 0, 0.000, 1.812, 3.624, 3.624 max_d=3.624 avg_d=1.812 std_dev=1.812
N7 B 0, 0.000, 1.992, 3.985, 3.985 max_d=3.985 avg_d=1.992 std_dev=1.992
P B 0, 0.000, 2.341, 4.681, 4.681 max_d=4.681 avg_d=2.341 std_dev=2.341
OP2 B 0, 0.000, 2.843, 5.686, 5.686 max_d=5.686 avg_d=2.843 std_dev=2.843
OP1 B 0, 0.000, 3.001, 6.002, 6.002 max_d=6.002 avg_d=3.001 std_dev=3.001

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.01
C2 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05 0.08 0.01 0.02 0.17 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.07 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.12 0.01 0.05 0.13 0.00
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.04 0.15 0.00
C5' 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.02 0.18 0.02
C8 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.23 0.01 0.11 0.06 0.06
N1 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.10 0.02 0.01 0.19 0.03
N2 0.04 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.06 0.06 0.01 0.01 0.18 0.05
N3 0.04 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.05 0.09 0.01 0.04 0.14 0.02
N7 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.20 0.01 0.07 0.11 0.04
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.16 0.00 0.09 0.07 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.07
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.03 0.09 0.03 0.09 0.08 0.07 0.06 0.02 0.03 0.00 0.02 0.23 0.10 0.08 0.10 0.14
O4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.01
O5' 0.10 0.08 0.01 0.12 0.12 0.01 0.15 0.00 0.13 0.23 0.10 0.06 0.09 0.20 0.16 0.06 0.23 0.11 0.00 0.12 0.00 0.02 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.01 0.20 0.03
OP1 0.08 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.04 0.09 0.02 0.11 0.01 0.01 0.04 0.07 0.09 0.01 0.08 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.17 0.06 0.07 0.13 0.01 0.15 0.04 0.18 0.06 0.19 0.18 0.14 0.11 0.07 0.07 0.10 0.05 0.02 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.14 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.24 0.11 0.21 0.19 0.43 0.15 0.57 0.17 0.10 0.22 0.28 0.23 0.11 0.17 0.09 0.16 0.37 0.42 0.15 1.19 0.48 0.71
C2 0.06 0.14 0.11 0.01 0.07 0.21 0.19 0.33 0.13 0.36 0.04 0.28 0.10 0.36 0.17 0.07 0.06 0.10 0.16 0.20 0.75 0.02 0.32
C2' 0.19 0.21 0.10 0.19 0.16 0.40 0.13 0.55 0.14 0.08 0.19 0.24 0.20 0.08 0.14 0.09 0.18 0.34 0.40 0.12 1.23 0.60 0.75
C3' 0.24 0.22 0.16 0.24 0.21 0.40 0.21 0.53 0.22 0.20 0.22 0.22 0.21 0.20 0.22 0.14 0.22 0.36 0.41 0.21 1.26 0.73 0.81
C4 0.00 0.16 0.06 0.04 0.01 0.24 0.10 0.35 0.04 0.25 0.08 0.28 0.13 0.24 0.09 0.03 0.07 0.15 0.18 0.10 0.77 0.06 0.35
C4' 0.30 0.23 0.20 0.29 0.27 0.47 0.30 0.63 0.29 0.34 0.26 0.20 0.22 0.34 0.31 0.13 0.21 0.43 0.53 0.31 1.44 0.80 0.93
C5 0.09 0.14 0.13 0.03 0.08 0.15 0.20 0.23 0.12 0.39 0.04 0.29 0.10 0.38 0.19 0.06 0.02 0.05 0.06 0.19 0.52 0.17 0.14
C5' 0.29 0.18 0.21 0.28 0.27 0.41 0.33 0.57 0.31 0.41 0.24 0.13 0.18 0.41 0.33 0.11 0.19 0.39 0.52 0.34 1.38 0.82 0.91
C6 0.16 0.12 0.18 0.07 0.15 0.10 0.29 0.18 0.21 0.52 0.00 0.31 0.07 0.51 0.28 0.09 0.01 0.02 0.01 0.29 0.41 0.28 0.05
C8 0.04 0.19 0.02 0.05 0.05 0.23 0.03 0.30 0.02 0.16 0.13 0.27 0.16 0.14 0.03 0.02 0.04 0.16 0.15 0.02 0.65 0.01 0.26
N1 0.13 0.12 0.16 0.04 0.13 0.14 0.28 0.24 0.20 0.48 0.00 0.30 0.08 0.48 0.25 0.09 0.03 0.02 0.06 0.29 0.55 0.17 0.15
N2 0.06 0.14 0.11 0.03 0.07 0.23 0.19 0.36 0.13 0.36 0.04 0.29 0.10 0.36 0.16 0.07 0.07 0.12 0.19 0.21 0.83 0.08 0.37
N3 0.00 0.16 0.07 0.05 0.01 0.26 0.10 0.39 0.05 0.24 0.08 0.27 0.13 0.24 0.09 0.04 0.08 0.17 0.22 0.11 0.88 0.15 0.42
N7 0.08 0.15 0.13 0.05 0.06 0.12 0.17 0.18 0.10 0.36 0.06 0.28 0.11 0.34 0.17 0.04 0.01 0.03 0.02 0.16 0.41 0.24 0.06
N9 0.09 0.20 0.01 0.10 0.08 0.31 0.01 0.41 0.05 0.10 0.14 0.27 0.17 0.09 0.02 0.03 0.09 0.23 0.25 0.01 0.88 0.19 0.45
O2' 0.27 0.26 0.15 0.26 0.23 0.49 0.21 0.68 0.22 0.19 0.25 0.27 0.25 0.19 0.23 0.11 0.22 0.44 0.53 0.21 1.47 0.79 0.95
O3' 0.27 0.22 0.20 0.27 0.25 0.41 0.27 0.55 0.26 0.29 0.24 0.20 0.21 0.29 0.26 0.16 0.25 0.38 0.46 0.27 1.39 0.95 0.93
O4' 0.31 0.28 0.20 0.29 0.29 0.50 0.29 0.66 0.29 0.29 0.29 0.27 0.27 0.29 0.30 0.14 0.21 0.46 0.53 0.29 1.33 0.61 0.83
O5' 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.10 0.09 0.24 0.09 0.13 0.04 0.05 0.03 0.15 0.05 0.12 0.01 0.07 0.23 0.12 0.97 0.51 0.56
O6 0.22 0.12 0.22 0.10 0.20 0.04 0.37 0.10 0.27 0.63 0.04 0.33 0.06 0.62 0.36 0.10 0.01 0.09 0.07 0.37 0.22 0.45 0.10
OP1 0.14 0.04 0.15 0.10 0.20 0.07 0.35 0.08 0.31 0.52 0.17 0.06 0.03 0.53 0.28 0.02 0.01 0.04 0.13 0.39 0.68 0.67 0.47
OP2 0.05 0.02 0.01 0.10 0.03 0.14 0.04 0.22 0.01 0.12 0.02 0.05 0.00 0.09 0.07 0.10 0.00 0.12 0.32 0.02 0.06 0.08 0.18
P 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.13 0.01 0.12 0.17 0.08 0.01 0.00 0.19 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.49 0.27 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.80 0.35
C2 0.04 0.00 0.12 0.06 0.00 0.30 0.01 0.50 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.02 0.34 0.43 0.00 1.14 1.59 1.12
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.07 0.11 0.15 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.57 0.24
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.03 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.30 0.08
C4 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.18 0.20 0.00 0.82 1.27 0.78
C4' 0.00 0.30 0.01 0.01 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.15 0.23 0.36 0.28 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.16 0.43 0.11
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.08 0.10 0.00 0.89 1.11 0.70
C5' 0.02 0.50 0.00 0.01 0.24 0.00 0.14 0.00 0.25 0.20 0.41 0.61 0.45 0.10 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.20 0.29 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.13 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.15 0.21 0.00 1.10 1.24 0.87
C8 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.15 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.16 0.25 0.00 0.35 0.49 0.18
N1 0.02 0.00 0.11 0.03 0.01 0.23 0.01 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.01 0.26 0.36 0.00 1.21 1.49 1.07
N2 0.04 0.00 0.15 0.08 0.01 0.36 0.01 0.61 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.24 0.03 0.40 0.53 0.00 1.22 1.69 1.23
N3 0.04 0.01 0.10 0.07 0.00 0.28 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.03 0.34 0.38 0.01 0.95 1.50 0.99
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.08 0.15 0.00 0.61 0.62 0.34
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.48 0.92 0.47
O2' 0.02 0.19 0.00 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.10 0.15 0.24 0.16 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.05 0.56 0.19
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.06 0.01 0.03 0.03 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.39 0.06 0.11
O4' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.18 0.00 0.08 0.01 0.15 0.16 0.26 0.40 0.34 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.11 0.09 0.73 0.30
O5' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.20 0.01 0.10 0.00 0.21 0.25 0.36 0.53 0.38 0.15 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.11 0.15 0.00 1.14 1.08 0.80
OP1 0.22 1.14 0.08 0.11 0.82 0.16 0.89 0.29 1.10 0.35 1.21 1.22 0.95 0.61 0.48 0.05 0.39 0.09 0.01 1.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.80 1.59 0.57 0.30 1.27 0.43 1.11 0.20 1.24 0.49 1.49 1.69 1.50 0.62 0.92 0.56 0.06 0.73 0.01 1.08 0.01 0.00 0.00
P 0.35 1.12 0.24 0.08 0.78 0.11 0.70 0.01 0.87 0.18 1.07 1.23 0.99 0.34 0.47 0.19 0.11 0.30 0.00 0.80 0.00 0.00 0.00