ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50192

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' B 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C2' B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C1' B 0, 0.000, 0.455, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O4' B 0, 0.000, 0.461, 0.922, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.461 std_dev=0.461
O5' A 0, 0.000, 0.539, 1.078, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.539 std_dev=0.539
C4' B 0, 0.000, 0.542, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.542 std_dev=0.542
O4' A 0, 0.000, 0.571, 1.143, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.571 std_dev=0.571
O2' B 0, 0.000, 0.587, 1.174, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.587 std_dev=0.587
P A 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
C2' A 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
OP2 A 0, 0.000, 0.834, 1.667, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.834 std_dev=0.834
C3' A 0, 0.000, 0.911, 1.822, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.911 std_dev=0.911
O5' B 0, 0.000, 0.924, 1.849, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.924 std_dev=0.924
C4' A 0, 0.000, 0.939, 1.879, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.939 std_dev=0.939
O2' A 0, 0.000, 1.051, 2.101, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.051 std_dev=1.051
N9 B 0, 0.000, 1.078, 2.156, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.078 std_dev=1.078
C5' B 0, 0.000, 1.085, 2.169, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.085 std_dev=1.085
OP1 A 0, 0.000, 1.151, 2.303, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.151 std_dev=1.151
P B 0, 0.000, 1.233, 2.466, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.233 std_dev=1.233
O3' A 0, 0.000, 1.243, 2.486, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.243 std_dev=1.243
OP2 B 0, 0.000, 1.311, 2.622, 2.622 max_d=2.622 avg_d=1.311 std_dev=1.311
C5' A 0, 0.000, 1.419, 2.838, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.419 std_dev=1.419
C8 B 0, 0.000, 1.484, 2.967, 2.967 max_d=2.967 avg_d=1.484 std_dev=1.484
C4 B 0, 0.000, 1.534, 3.068, 3.068 max_d=3.068 avg_d=1.534 std_dev=1.534
OP1 B 0, 0.000, 1.614, 3.228, 3.228 max_d=3.228 avg_d=1.614 std_dev=1.614
N3 B 0, 0.000, 1.656, 3.312, 3.312 max_d=3.312 avg_d=1.656 std_dev=1.656
N7 B 0, 0.000, 2.006, 4.013, 4.013 max_d=4.013 avg_d=2.006 std_dev=2.006
C5 B 0, 0.000, 2.021, 4.043, 4.043 max_d=4.043 avg_d=2.021 std_dev=2.021
C2 B 0, 0.000, 2.213, 4.426, 4.426 max_d=4.426 avg_d=2.213 std_dev=2.213
N2 B 0, 0.000, 2.536, 5.072, 5.072 max_d=5.072 avg_d=2.536 std_dev=2.536
C6 B 0, 0.000, 2.562, 5.124, 5.124 max_d=5.124 avg_d=2.562 std_dev=2.562
N1 B 0, 0.000, 2.590, 5.181, 5.181 max_d=5.181 avg_d=2.590 std_dev=2.590
O6 B 0, 0.000, 3.047, 6.094, 6.094 max_d=6.094 avg_d=3.047 std_dev=3.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.00 0.12 0.00 0.10 0.26 0.05
C2 0.00 0.00 0.27 0.40 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.18 0.03 0.09 0.00 0.06 0.46 0.15
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.12 0.01 0.02 0.08 0.08 0.16 0.18 0.34 0.28 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.41 0.04 0.43 0.17 0.31
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.32 0.01 0.33 0.04 0.39 0.15 0.42 0.41 0.35 0.24 0.19 0.00 0.01 0.02 0.22 0.39 0.32 0.11 0.13
C4 0.00 0.00 0.12 0.32 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.01 0.11 0.01 0.04 0.44 0.14
C4' 0.00 0.16 0.01 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.18 0.08 0.18 0.16 0.14 0.13 0.09 0.21 0.00 0.00 0.02 0.20 0.16 0.29 0.05
C5 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.17 0.01 0.13 0.00 0.11 0.49 0.16
C5' 0.01 0.25 0.08 0.04 0.20 0.01 0.24 0.00 0.28 0.12 0.28 0.25 0.20 0.20 0.12 0.12 0.19 0.02 0.00 0.31 0.22 0.34 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.39 0.00 0.18 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.24 0.01 0.11 0.00 0.15 0.51 0.18
C8 0.00 0.00 0.16 0.15 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.04 0.05 0.16 0.00 0.05 0.42 0.13
N1 0.00 0.00 0.18 0.42 0.00 0.18 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.24 0.01 0.10 0.00 0.12 0.50 0.18
N2 0.00 0.00 0.34 0.41 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.05 0.08 0.00 0.05 0.45 0.15
N3 0.00 0.00 0.28 0.35 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.04 0.09 0.01 0.02 0.42 0.13
N7 0.00 0.00 0.11 0.24 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.13 0.04 0.15 0.00 0.12 0.48 0.16
N9 0.00 0.00 0.02 0.19 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.01 0.01 0.13 0.00 0.00 0.38 0.11
O2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.22 0.21 0.32 0.12 0.33 0.28 0.26 0.08 0.11 0.34 0.19 0.00 0.06 0.16 0.17 0.37 0.23 0.15 0.15
O3' 0.21 0.18 0.02 0.01 0.10 0.00 0.17 0.19 0.24 0.04 0.24 0.17 0.10 0.13 0.01 0.06 0.00 0.13 0.02 0.28 0.13 0.28 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.16 0.13 0.00 0.09 0.02 0.01 0.43 0.21
O5' 0.12 0.09 0.41 0.22 0.11 0.02 0.13 0.00 0.11 0.16 0.10 0.08 0.09 0.15 0.13 0.17 0.02 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.04 0.39 0.01 0.20 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.37 0.28 0.02 0.11 0.00 0.20 0.53 0.20
OP1 0.10 0.06 0.43 0.32 0.04 0.16 0.11 0.22 0.15 0.05 0.12 0.05 0.02 0.12 0.00 0.23 0.13 0.01 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.46 0.17 0.11 0.44 0.29 0.49 0.34 0.51 0.42 0.50 0.45 0.42 0.48 0.38 0.15 0.28 0.43 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.31 0.13 0.14 0.05 0.16 0.01 0.18 0.13 0.18 0.15 0.13 0.16 0.11 0.15 0.05 0.21 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.81 0.05 0.04 0.62 0.09 0.70 0.06 0.83 0.47 0.88 0.84 0.66 0.61 0.45 0.23 0.15 0.11 0.20 0.88 0.04 0.49 0.30
C2 0.25 0.68 0.08 0.00 0.67 0.06 0.99 0.20 1.19 0.77 1.06 0.44 0.47 1.00 0.56 0.19 0.12 0.23 0.38 1.40 0.37 0.34 0.46
C2' 0.51 0.71 0.39 0.33 0.68 0.26 0.75 0.30 0.80 0.65 0.78 0.66 0.65 0.72 0.61 0.59 0.20 0.40 0.61 0.84 0.44 1.00 0.78
C3' 0.31 0.43 0.16 0.11 0.34 0.08 0.30 0.04 0.33 0.23 0.39 0.49 0.41 0.24 0.29 0.47 0.06 0.21 0.28 0.31 0.05 0.73 0.44
C4 0.26 0.69 0.08 0.01 0.65 0.04 0.87 0.15 1.02 0.68 0.93 0.50 0.51 0.86 0.53 0.21 0.12 0.21 0.34 1.13 0.29 0.36 0.41
C4' 0.35 0.68 0.12 0.00 0.47 0.02 0.40 0.13 0.47 0.24 0.60 0.80 0.63 0.27 0.35 0.43 0.06 0.20 0.08 0.43 0.18 0.53 0.20
C5 0.23 0.37 0.09 0.01 0.56 0.10 0.85 0.26 0.94 0.72 0.72 0.00 0.26 0.90 0.50 0.20 0.10 0.24 0.40 1.07 0.41 0.29 0.46
C5' 0.41 0.46 0.19 0.10 0.31 0.12 0.16 0.05 0.17 0.09 0.31 0.58 0.49 0.04 0.27 0.57 0.11 0.29 0.08 0.09 0.21 0.55 0.19
C6 0.21 0.18 0.09 0.02 0.50 0.14 0.88 0.33 1.00 0.79 0.66 0.31 0.12 1.00 0.49 0.17 0.10 0.26 0.45 1.23 0.51 0.24 0.50
C8 0.24 0.42 0.08 0.01 0.50 0.03 0.62 0.13 0.65 0.53 0.56 0.25 0.37 0.62 0.43 0.27 0.11 0.18 0.30 0.70 0.23 0.35 0.37
N1 0.23 0.41 0.08 0.01 0.59 0.11 0.95 0.29 1.14 0.80 0.88 0.02 0.27 1.04 0.53 0.18 0.11 0.25 0.43 1.39 0.47 0.28 0.50
N2 0.26 0.73 0.08 0.00 0.70 0.05 1.02 0.19 1.25 0.79 1.12 0.53 0.50 1.04 0.57 0.18 0.13 0.23 0.38 1.49 0.36 0.35 0.47
N3 0.27 0.80 0.07 0.01 0.70 0.02 0.95 0.13 1.14 0.71 1.08 0.67 0.58 0.92 0.55 0.20 0.13 0.21 0.33 1.29 0.27 0.38 0.42
N7 0.21 0.15 0.09 0.02 0.45 0.11 0.68 0.26 0.66 0.64 0.43 0.18 0.12 0.76 0.45 0.22 0.09 0.23 0.39 0.75 0.39 0.28 0.44
N9 0.26 0.70 0.07 0.02 0.61 0.01 0.75 0.06 0.86 0.56 0.83 0.60 0.56 0.70 0.48 0.24 0.13 0.17 0.27 0.92 0.18 0.41 0.36
O2' 0.43 0.91 0.31 0.21 0.78 0.10 0.93 0.16 1.07 0.72 1.05 0.87 0.75 0.88 0.64 0.43 0.00 0.28 0.55 1.17 0.37 0.99 0.74
O3' 0.32 0.61 0.13 0.02 0.41 0.00 0.36 0.10 0.43 0.22 0.55 0.74 0.55 0.24 0.31 0.48 0.05 0.18 0.13 0.40 0.16 0.58 0.27
O4' 0.28 0.87 0.01 0.15 0.59 0.17 0.59 0.22 0.71 0.33 0.83 0.98 0.74 0.44 0.40 0.23 0.24 0.09 0.01 0.71 0.21 0.33 0.08
O5' 0.39 0.50 0.28 0.12 0.37 0.04 0.27 0.11 0.30 0.16 0.40 0.59 0.51 0.15 0.30 0.60 0.02 0.22 0.14 0.24 0.17 0.66 0.27
O6 0.17 0.21 0.09 0.04 0.35 0.19 0.79 0.42 0.85 0.80 0.32 0.83 0.15 1.02 0.43 0.15 0.08 0.28 0.50 1.16 0.62 0.17 0.54
OP1 0.06 0.02 0.01 0.11 0.18 0.16 0.41 0.47 0.40 0.50 0.20 0.20 0.07 0.59 0.22 0.31 0.00 0.07 0.38 0.53 0.74 0.33 0.23
OP2 0.13 0.60 0.10 0.01 0.56 0.05 0.69 0.07 0.77 0.52 0.72 0.55 0.50 0.67 0.43 0.17 0.00 0.06 0.25 0.83 0.12 0.85 0.51
P 0.10 0.04 0.04 0.01 0.13 0.03 0.28 0.18 0.29 0.29 0.17 0.06 0.01 0.37 0.12 0.32 0.00 0.03 0.01 0.37 0.26 0.59 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.00 0.13 0.00 0.04 0.28 0.21
C2 0.00 0.00 0.08 0.14 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.08 0.02 0.30 0.00 0.26 0.81 0.45
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.11 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.17 0.02 0.15 0.22 0.19
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.02 0.23 0.22 0.19 0.11 0.12 0.25 0.16 0.02 0.00 0.02 0.08 0.25 0.01 0.35 0.15
C4 0.00 0.00 0.03 0.18 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.00 0.01 0.35 0.00 0.27 0.89 0.51
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.06 0.02 0.03 0.11 0.06 0.18 0.02 0.00 0.00 0.10 0.05 0.20 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.23 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.10 0.00 0.46 0.00 0.39 1.24 0.69
C5' 0.01 0.06 0.08 0.02 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.12 0.09 0.04 0.04 0.14 0.07 0.10 0.15 0.01 0.00 0.14 0.06 0.19 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.23 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.10 0.00 0.46 0.00 0.43 1.30 0.71
C8 0.00 0.00 0.07 0.22 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.14 0.02 0.50 0.00 0.35 1.20 0.71
N1 0.00 0.00 0.04 0.19 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.02 0.01 0.38 0.00 0.36 1.08 0.59
N2 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.14 0.03 0.25 0.00 0.22 0.67 0.38
N3 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.11 0.02 0.26 0.00 0.20 0.67 0.39
N7 0.00 0.00 0.06 0.25 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.18 0.02 0.54 0.00 0.45 1.46 0.82
N9 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.01 0.00 0.34 0.00 0.22 0.78 0.48
O2' 0.01 0.27 0.00 0.02 0.24 0.18 0.28 0.10 0.32 0.17 0.31 0.24 0.22 0.24 0.16 0.00 0.09 0.13 0.12 0.34 0.06 0.33 0.17
O3' 0.15 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.15 0.10 0.14 0.02 0.14 0.11 0.18 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.15 0.16 0.50 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.08 0.00 0.21 0.01 0.05 0.30 0.29
O5' 0.13 0.30 0.17 0.08 0.35 0.00 0.46 0.00 0.46 0.50 0.38 0.25 0.26 0.54 0.34 0.12 0.01 0.21 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.15 0.01 0.50 0.00 0.50 1.50 0.79
OP1 0.04 0.26 0.15 0.01 0.27 0.05 0.39 0.06 0.43 0.35 0.36 0.22 0.20 0.45 0.22 0.06 0.16 0.05 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00
OP2 0.28 0.81 0.22 0.35 0.89 0.20 1.24 0.19 1.30 1.20 1.08 0.67 0.67 1.46 0.78 0.33 0.50 0.30 0.00 1.50 0.00 0.00 0.00
P 0.21 0.45 0.19 0.15 0.51 0.01 0.69 0.00 0.71 0.71 0.59 0.38 0.39 0.82 0.48 0.17 0.11 0.29 0.00 0.79 0.00 0.00 0.00