ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50193

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N1 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C4 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O6 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
N9 A 0, 0.000, 0.061, 0.122, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.061 std_dev=0.061
N7 A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C8 A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O2' B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
O4' B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O2' A 0, 0.000, 0.319, 0.637, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.000, 0.326, 0.652, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C1' B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
C4' B 0, 0.000, 0.332, 0.664, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
O3' B 0, 0.000, 0.357, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C2' A 0, 0.000, 0.390, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.390 std_dev=0.390
O4' A 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
N9 B 0, 0.000, 0.496, 0.992, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C8 B 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
OP2 A 0, 0.000, 0.514, 1.028, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.514 std_dev=0.514
P A 0, 0.000, 0.534, 1.068, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.534 std_dev=0.534
C5' B 0, 0.000, 0.581, 1.162, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.581
OP1 A 0, 0.000, 0.654, 1.308, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.654 std_dev=0.654
O5' A 0, 0.000, 0.694, 1.388, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.694 std_dev=0.694
C4' A 0, 0.000, 0.696, 1.392, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.696 std_dev=0.696
C3' A 0, 0.000, 0.699, 1.398, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.699 std_dev=0.699
N7 B 0, 0.000, 0.706, 1.412, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.706 std_dev=0.706
O5' B 0, 0.000, 0.708, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.708 std_dev=0.708
C4 B 0, 0.000, 0.805, 1.609, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.805 std_dev=0.805
C5 B 0, 0.000, 0.847, 1.694, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.847 std_dev=0.847
C5' A 0, 0.000, 0.985, 1.970, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.985 std_dev=0.985
P B 0, 0.000, 1.056, 2.111, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.056 std_dev=1.056
N3 B 0, 0.000, 1.089, 2.178, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.089 std_dev=1.089
O3' A 0, 0.000, 1.092, 2.184, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.092 std_dev=1.092
C6 B 0, 0.000, 1.124, 2.248, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.124 std_dev=1.124
O6 B 0, 0.000, 1.217, 2.433, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.217 std_dev=1.217
OP1 B 0, 0.000, 1.300, 2.600, 2.600 max_d=2.600 avg_d=1.300 std_dev=1.300
N1 B 0, 0.000, 1.362, 2.724, 2.724 max_d=2.724 avg_d=1.362 std_dev=1.362
OP2 B 0, 0.000, 1.364, 2.728, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.364 std_dev=1.364
C2 B 0, 0.000, 1.365, 2.730, 2.730 max_d=2.730 avg_d=1.365 std_dev=1.365
N2 B 0, 0.000, 1.701, 3.402, 3.402 max_d=3.402 avg_d=1.701 std_dev=1.701

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.33 0.08 0.12
C2 0.01 0.00 0.25 0.29 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.38 0.04 0.08 0.01 0.23 0.08 0.11
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.15 0.01 0.13 0.01 0.18 0.03 0.23 0.27 0.23 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.17 0.22 0.06 0.02
C3' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.19 0.00 0.19 0.01 0.26 0.01 0.30 0.31 0.25 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.06 0.26 0.10 0.12 0.04
C4 0.01 0.00 0.15 0.19 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.22 0.03 0.05 0.00 0.26 0.07 0.11
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.11 0.09 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.10 0.15 0.06 0.07
C5 0.00 0.00 0.13 0.19 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.24 0.02 0.06 0.00 0.21 0.05 0.08
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02
C6 0.01 0.00 0.18 0.26 0.00 0.10 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.34 0.03 0.08 0.00 0.17 0.05 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.29 0.03 0.09
N1 0.01 0.00 0.23 0.30 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.40 0.04 0.09 0.00 0.19 0.06 0.09
N2 0.02 0.00 0.27 0.31 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.41 0.05 0.08 0.01 0.24 0.09 0.11
N3 0.01 0.00 0.23 0.25 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.29 0.04 0.06 0.01 0.27 0.08 0.11
N7 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.03 0.00 0.21 0.02 0.07
N9 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.31 0.06 0.11
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.08 0.01 0.12 0.03 0.17 0.21 0.15 0.02 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.12 0.26 0.00 0.06
O3' 0.03 0.38 0.02 0.01 0.22 0.03 0.24 0.01 0.34 0.00 0.40 0.41 0.29 0.12 0.07 0.06 0.00 0.03 0.05 0.36 0.03 0.19 0.08
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.32 0.17 0.17
O5' 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.17 0.26 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.36 0.03 0.08 0.00 0.12 0.03 0.06
OP1 0.33 0.23 0.22 0.10 0.26 0.15 0.21 0.02 0.17 0.29 0.19 0.24 0.27 0.21 0.31 0.26 0.03 0.32 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.08 0.06 0.12 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.09 0.08 0.02 0.06 0.00 0.19 0.17 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.11 0.02 0.04 0.11 0.07 0.08 0.02 0.08 0.09 0.09 0.11 0.11 0.07 0.11 0.06 0.08 0.17 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.45 0.11 0.03 0.19 0.05 0.05 0.01 0.10 0.11 0.30 0.64 0.41 0.13 0.07 0.12 0.01 0.09 0.09 0.01 0.04 0.05 0.03
C2 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.16 0.07 0.18 0.17 0.08 0.14 0.06 0.23 0.07 0.04 0.00 0.08 0.04 0.25 0.12 0.04 0.02
C2' 0.19 0.54 0.17 0.10 0.27 0.13 0.13 0.07 0.19 0.02 0.39 0.74 0.50 0.03 0.15 0.15 0.07 0.16 0.00 0.10 0.03 0.12 0.05
C3' 0.08 0.38 0.08 0.06 0.15 0.07 0.02 0.03 0.06 0.12 0.24 0.55 0.34 0.13 0.04 0.05 0.07 0.07 0.02 0.02 0.04 0.12 0.04
C4 0.08 0.21 0.06 0.02 0.06 0.09 0.05 0.06 0.04 0.12 0.08 0.34 0.21 0.15 0.01 0.09 0.00 0.10 0.03 0.11 0.09 0.08 0.03
C4' 0.05 0.25 0.04 0.07 0.01 0.06 0.16 0.11 0.10 0.31 0.10 0.43 0.21 0.33 0.12 0.02 0.02 0.06 0.19 0.19 0.11 0.02 0.11
C5 0.06 0.09 0.03 0.02 0.01 0.11 0.08 0.10 0.09 0.11 0.00 0.18 0.11 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.14 0.17 0.11 0.08
C5' 0.17 0.08 0.13 0.13 0.15 0.12 0.30 0.16 0.24 0.44 0.06 0.23 0.05 0.47 0.25 0.09 0.03 0.16 0.25 0.33 0.13 0.05 0.15
C6 0.00 0.08 0.02 0.00 0.10 0.11 0.17 0.12 0.20 0.14 0.15 0.03 0.04 0.19 0.08 0.01 0.01 0.09 0.03 0.24 0.22 0.10 0.09
C8 0.15 0.36 0.14 0.07 0.19 0.11 0.08 0.07 0.11 0.03 0.24 0.48 0.35 0.04 0.11 0.15 0.02 0.14 0.01 0.05 0.10 0.14 0.07
N1 0.01 0.09 0.03 0.01 0.11 0.10 0.20 0.10 0.23 0.17 0.18 0.02 0.04 0.23 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.29 0.18 0.06 0.06
N2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.08 0.18 0.07 0.21 0.19 0.11 0.13 0.05 0.25 0.08 0.04 0.01 0.07 0.05 0.28 0.11 0.02 0.01
N3 0.06 0.18 0.04 0.00 0.03 0.08 0.09 0.05 0.09 0.15 0.04 0.32 0.18 0.19 0.02 0.07 0.01 0.09 0.05 0.16 0.07 0.04 0.01
N7 0.10 0.18 0.08 0.05 0.09 0.13 0.00 0.11 0.01 0.05 0.09 0.27 0.20 0.07 0.05 0.10 0.02 0.14 0.04 0.04 0.18 0.15 0.11
N9 0.12 0.36 0.10 0.04 0.16 0.08 0.03 0.03 0.07 0.09 0.22 0.52 0.34 0.10 0.07 0.13 0.00 0.11 0.04 0.01 0.04 0.09 0.02
O2' 0.18 0.58 0.15 0.07 0.27 0.09 0.12 0.02 0.19 0.06 0.42 0.82 0.51 0.07 0.13 0.15 0.04 0.14 0.06 0.08 0.05 0.06 0.02
O3' 0.01 0.30 0.01 0.03 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.17 0.17 0.47 0.25 0.19 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.08 0.02 0.10 0.03
O4' 0.01 0.30 0.01 0.08 0.04 0.06 0.11 0.12 0.05 0.28 0.15 0.49 0.26 0.29 0.08 0.02 0.07 0.04 0.21 0.14 0.14 0.03 0.13
O5' 0.11 0.14 0.09 0.09 0.06 0.08 0.17 0.10 0.12 0.33 0.03 0.26 0.12 0.33 0.16 0.07 0.01 0.10 0.17 0.18 0.04 0.05 0.06
O6 0.03 0.20 0.05 0.00 0.16 0.12 0.21 0.16 0.25 0.14 0.25 0.19 0.15 0.19 0.11 0.03 0.02 0.08 0.06 0.28 0.28 0.11 0.13
OP1 0.01 0.18 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.08 0.02 0.13 0.12 0.25 0.16 0.12 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.24 0.38 0.23
OP2 0.05 0.34 0.05 0.02 0.19 0.04 0.11 0.10 0.17 0.10 0.28 0.41 0.31 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.11 0.11 0.11 0.19 0.00
P 0.01 0.22 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.17 0.15 0.30 0.20 0.15 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.22 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.16 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.04 0.13 0.10 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.07 0.02 0.00
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.15 0.11 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.08 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.18 0.10
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.09 0.17 0.10
C8 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.09 0.02 0.12 0.24 0.15
N1 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.04 0.00 0.00 0.02 0.10 0.05
N2 0.01 0.00 0.13 0.15 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.22 0.04 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.10 0.11 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01
N7 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.09 0.02 0.16 0.28 0.16
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.01 0.09 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.12 0.06 0.04
O3' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.10 0.22 0.15 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.17 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.07 0.04
O5' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.03 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.00 0.14 0.22 0.13
OP1 0.05 0.04 0.07 0.08 0.01 0.09 0.08 0.09 0.09 0.12 0.02 0.08 0.05 0.16 0.02 0.12 0.11 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.02 0.08 0.10 0.02 0.18 0.01 0.17 0.24 0.10 0.01 0.04 0.28 0.12 0.06 0.17 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.00 0.10 0.15 0.05 0.01 0.01 0.16 0.06 0.04 0.07 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00