ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50203

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 17, 16, 9, 7, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.023, 0.063, 0.103, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.063 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.020, 0.060, 0.101, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.060 std_dev=0.041
C4' A 0, 0.031, 0.092, 0.153, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.092 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.036, 0.097, 0.159, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.097 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.026, 0.096, 0.166, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.096 std_dev=0.070
C5' A 0, 0.054, 0.163, 0.272, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.163 std_dev=0.109
O3' A 0, 0.039, 0.154, 0.270, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.154 std_dev=0.116
O2' B 0, 0.116, 0.244, 0.372, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.244 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.071, 0.204, 0.337, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.204 std_dev=0.133
C2' B 0, 0.151, 0.289, 0.427, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.289 std_dev=0.138
P A 0, 0.102, 0.261, 0.419, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.261 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.171, 0.331, 0.491, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.331 std_dev=0.160
C3' B 0, 0.190, 0.356, 0.523, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.356 std_dev=0.166
OP1 A 0, 0.140, 0.324, 0.509, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.324 std_dev=0.185
OP2 A 0, 0.124, 0.309, 0.495, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.309 std_dev=0.185
C1' B 0, 0.140, 0.435, 0.729, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.435 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.207, 0.517, 0.827, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.517 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.209, 0.550, 0.891, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.550 std_dev=0.341
C5' B 0, 0.242, 0.642, 1.042, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.642 std_dev=0.400
N9 B 0, 0.145, 0.562, 0.978, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.562 std_dev=0.416
O5' B 0, 0.188, 0.611, 1.034, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.611 std_dev=0.423
OP1 B 0, 0.130, 0.601, 1.072, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.601 std_dev=0.471
C8 B 0, 0.153, 0.646, 1.139, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.646 std_dev=0.493
C4 B 0, 0.166, 0.746, 1.325, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.746 std_dev=0.579
N7 B 0, 0.191, 0.773, 1.356, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.773 std_dev=0.583
C5 B 0, 0.200, 0.836, 1.472, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.836 std_dev=0.636
N3 B 0, 0.169, 0.909, 1.650, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.909 std_dev=0.741
P B 0, 0.153, 0.913, 1.672, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.913 std_dev=0.760
C6 B 0, 0.241, 1.060, 1.880, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.060 std_dev=0.819
N6 B 0, 0.279, 1.162, 2.044, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.162 std_dev=0.882
C2 B 0, 0.200, 1.153, 2.107, 2.738 max_d=2.738 avg_d=1.153 std_dev=0.954
N1 B 0, 0.238, 1.224, 2.209, 2.676 max_d=2.676 avg_d=1.224 std_dev=0.986
OP2 B 0, -0.052, 1.736, 3.525, 4.574 max_d=4.574 avg_d=1.736 std_dev=1.789

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.02 0.11 0.15 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.10 0.09 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.12 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.00 0.12 0.16 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.06 0.07 0.06
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.12 0.16 0.12
N2 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.08 0.02 0.11 0.16 0.11
N3 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.13 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.08 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.07 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.08 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.10 0.06 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.05 0.16 0.12 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.07 0.08
O5' 0.03 0.08 0.04 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.03 0.07 0.06 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.00 0.13 0.17 0.13
OP1 0.03 0.11 0.07 0.10 0.08 0.04 0.10 0.05 0.12 0.06 0.12 0.11 0.09 0.08 0.05 0.08 0.16 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.15 0.07 0.09 0.12 0.03 0.13 0.03 0.16 0.07 0.16 0.16 0.13 0.10 0.07 0.06 0.12 0.07 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.11 0.04 0.06 0.09 0.02 0.10 0.02 0.12 0.06 0.12 0.11 0.09 0.09 0.06 0.03 0.09 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.56 0.08 0.11 0.27 0.12 0.22 0.14 0.34 0.17 0.50 0.46 0.31 0.15 0.12 0.12 0.16 0.09 0.23 0.23 0.51 0.37
C2 0.12 0.36 0.13 0.17 0.11 0.21 0.11 0.28 0.14 0.33 0.29 0.28 0.13 0.29 0.14 0.10 0.16 0.17 0.37 0.30 1.02 0.62
C2' 0.08 0.55 0.07 0.09 0.26 0.11 0.21 0.15 0.34 0.17 0.49 0.45 0.31 0.15 0.11 0.12 0.12 0.07 0.26 0.24 0.66 0.40
C3' 0.08 0.48 0.09 0.07 0.23 0.08 0.19 0.12 0.29 0.17 0.43 0.39 0.27 0.15 0.11 0.16 0.08 0.05 0.23 0.25 0.68 0.35
C4 0.10 0.37 0.11 0.15 0.13 0.18 0.11 0.23 0.17 0.29 0.31 0.30 0.15 0.24 0.12 0.10 0.15 0.14 0.32 0.25 0.82 0.52
C4' 0.08 0.52 0.07 0.06 0.26 0.08 0.23 0.10 0.34 0.14 0.47 0.43 0.31 0.14 0.12 0.15 0.11 0.04 0.20 0.23 0.46 0.29
C5 0.14 0.26 0.14 0.17 0.09 0.21 0.13 0.27 0.10 0.34 0.19 0.21 0.12 0.30 0.17 0.10 0.16 0.18 0.36 0.27 0.93 0.58
C5' 0.09 0.41 0.11 0.06 0.21 0.07 0.19 0.09 0.27 0.14 0.37 0.35 0.25 0.14 0.12 0.20 0.07 0.05 0.19 0.21 0.46 0.26
C6 0.18 0.21 0.16 0.19 0.12 0.25 0.18 0.32 0.12 0.40 0.15 0.17 0.17 0.36 0.22 0.10 0.17 0.22 0.41 0.32 1.12 0.66
C8 0.10 0.31 0.10 0.13 0.12 0.14 0.10 0.17 0.15 0.25 0.26 0.26 0.13 0.20 0.11 0.10 0.14 0.12 0.27 0.23 0.60 0.41
N1 0.16 0.27 0.15 0.18 0.10 0.24 0.15 0.32 0.10 0.38 0.20 0.21 0.13 0.34 0.19 0.10 0.16 0.20 0.40 0.32 1.12 0.67
N2 0.12 0.39 0.12 0.17 0.12 0.21 0.12 0.29 0.16 0.34 0.32 0.31 0.15 0.29 0.14 0.10 0.16 0.17 0.38 0.31 1.05 0.64
N3 0.10 0.42 0.11 0.15 0.15 0.18 0.12 0.24 0.20 0.29 0.36 0.34 0.18 0.24 0.12 0.11 0.15 0.13 0.33 0.27 0.88 0.55
N7 0.15 0.21 0.15 0.16 0.10 0.19 0.14 0.23 0.10 0.33 0.16 0.18 0.12 0.28 0.17 0.10 0.15 0.17 0.33 0.25 0.80 0.51
N9 0.08 0.42 0.09 0.12 0.17 0.14 0.13 0.18 0.22 0.23 0.36 0.35 0.20 0.19 0.10 0.11 0.15 0.10 0.27 0.23 0.64 0.43
O2' 0.11 0.66 0.08 0.08 0.33 0.09 0.29 0.12 0.44 0.17 0.61 0.54 0.41 0.18 0.16 0.14 0.12 0.07 0.22 0.24 0.55 0.36
O3' 0.09 0.50 0.10 0.08 0.24 0.08 0.21 0.12 0.31 0.16 0.45 0.40 0.29 0.15 0.12 0.17 0.07 0.06 0.23 0.24 0.71 0.33
O4' 0.12 0.56 0.08 0.11 0.30 0.12 0.26 0.12 0.37 0.15 0.51 0.48 0.34 0.16 0.15 0.13 0.18 0.10 0.19 0.25 0.34 0.30
O5' 0.14 0.37 0.16 0.06 0.23 0.03 0.21 0.07 0.26 0.18 0.33 0.33 0.24 0.18 0.16 0.26 0.01 0.07 0.17 0.24 0.55 0.24
O6 0.21 0.17 0.18 0.20 0.19 0.28 0.26 0.35 0.20 0.44 0.15 0.16 0.25 0.42 0.27 0.10 0.17 0.25 0.44 0.36 1.25 0.72
OP1 0.11 0.28 0.05 0.03 0.19 0.13 0.16 0.18 0.20 0.08 0.25 0.26 0.19 0.11 0.12 0.12 0.02 0.11 0.23 0.29 0.56 0.24
OP2 0.05 0.15 0.03 0.03 0.07 0.13 0.05 0.20 0.06 0.09 0.11 0.14 0.06 0.08 0.04 0.11 0.02 0.10 0.35 0.29 0.91 0.35
P 0.07 0.24 0.06 0.01 0.13 0.08 0.10 0.12 0.14 0.05 0.20 0.22 0.12 0.05 0.07 0.14 0.01 0.05 0.22 0.25 0.61 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.17 0.40 0.39 0.10
C2 0.03 0.00 0.15 0.10 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.19 0.14 0.30 0.74 0.84 0.10
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.04 0.08 0.08 0.12 0.14 0.07 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.25 0.17 0.16
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.07 0.10 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.22 0.28 0.18
C4 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.17 0.12 0.07 0.32 0.66 0.82 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.09 0.04 0.40 0.77 1.02 0.15
C5' 0.04 0.17 0.04 0.01 0.15 0.00 0.18 0.00 0.20 0.14 0.20 0.14 0.22 0.18 0.11 0.04 0.01 0.01 0.01 0.14 0.38 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.20 0.12 0.07 0.40 0.84 1.07 0.16
C8 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.06 0.07 0.41 0.60 0.94 0.13
N1 0.03 0.00 0.12 0.07 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.17 0.11 0.36 0.83 0.98 0.13
N3 0.03 0.00 0.14 0.10 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.18 0.13 0.27 0.65 0.73 0.08
N6 0.03 0.01 0.07 0.04 0.02 0.08 0.02 0.22 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.18 0.11 0.06 0.43 0.90 1.18 0.20
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.44 0.74 1.12 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.31 0.55 0.71 0.08
O2' 0.01 0.31 0.00 0.02 0.17 0.02 0.13 0.04 0.20 0.07 0.27 0.28 0.18 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.25 0.18 0.19
O3' 0.07 0.19 0.03 0.01 0.12 0.02 0.09 0.01 0.12 0.06 0.17 0.18 0.11 0.06 0.07 0.04 0.00 0.06 0.09 0.21 0.30 0.16
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.11 0.13 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.14 0.41 0.29 0.15
O5' 0.17 0.30 0.09 0.10 0.32 0.01 0.40 0.01 0.40 0.41 0.36 0.27 0.43 0.44 0.31 0.08 0.09 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.74 0.25 0.22 0.66 0.22 0.77 0.14 0.84 0.60 0.83 0.65 0.90 0.74 0.55 0.25 0.21 0.41 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.84 0.17 0.28 0.82 0.22 1.02 0.38 1.07 0.94 0.98 0.73 1.18 1.12 0.71 0.18 0.30 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.10 0.16 0.18 0.09 0.08 0.15 0.01 0.16 0.13 0.13 0.08 0.20 0.18 0.08 0.19 0.16 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00