ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50204

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 11, 18, 9, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.020, 0.034, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.028 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.033, 0.076, 0.120, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.076 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.050, 0.096, 0.142, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.096 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.091, 0.155, 0.219, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.155 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.037, 0.112, 0.187, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.112 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.053, 0.138, 0.222, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.138 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.066, 0.177, 0.288, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.177 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.061, 0.183, 0.304, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.183 std_dev=0.121
OP1 A 0, 0.166, 0.289, 0.413, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.289 std_dev=0.123
P A 0, 0.149, 0.279, 0.409, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.279 std_dev=0.130
O5' A 0, 0.103, 0.246, 0.389, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.246 std_dev=0.143
O2' B 0, 0.183, 0.327, 0.472, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.327 std_dev=0.144
OP2 A 0, 0.179, 0.326, 0.474, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.326 std_dev=0.148
C4' B 0, 0.166, 0.314, 0.462, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.314 std_dev=0.148
C5' B 0, 0.189, 0.337, 0.485, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.337 std_dev=0.148
O5' B 0, 0.234, 0.389, 0.544, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.389 std_dev=0.155
N9 B 0, 0.240, 0.397, 0.553, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.397 std_dev=0.156
C1' B 0, 0.205, 0.363, 0.521, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.363 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.193, 0.352, 0.510, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.352 std_dev=0.159
O4' B 0, 0.188, 0.347, 0.506, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.347 std_dev=0.159
N3 B 0, 0.293, 0.452, 0.612, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.452 std_dev=0.160
C8 B 0, 0.273, 0.433, 0.593, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.433 std_dev=0.160
C3' B 0, 0.173, 0.334, 0.494, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.334 std_dev=0.160
C4 B 0, 0.260, 0.422, 0.583, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.422 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.223, 0.385, 0.547, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.385 std_dev=0.162
O3' B 0, 0.132, 0.300, 0.468, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.300 std_dev=0.168
C5 B 0, 0.278, 0.448, 0.618, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.448 std_dev=0.170
P B 0, 0.257, 0.427, 0.597, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.427 std_dev=0.170
N7 B 0, 0.295, 0.466, 0.638, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.466 std_dev=0.171
C2 B 0, 0.311, 0.486, 0.660, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.486 std_dev=0.175
C6 B 0, 0.293, 0.479, 0.665, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.479 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.301, 0.491, 0.680, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.491 std_dev=0.189
N6 B 0, 0.318, 0.520, 0.723, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.520 std_dev=0.202
OP2 B 0, 0.249, 0.455, 0.661, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.455 std_dev=0.206

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.05 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.04 0.07 0.01 0.10 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04 0.09 0.06 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.10 0.05 0.06
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.11 0.01 0.11 0.06 0.07
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.03 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.11 0.01 0.12 0.07 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.12 0.01 0.11 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.09 0.01 0.11 0.06 0.07
N2 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.07 0.02 0.10 0.05 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.07 0.01 0.10 0.05 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.12 0.01 0.12 0.07 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.01 0.10 0.05 0.06
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.09 0.09 0.09
O3' 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.06 0.04 0.03 0.05 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.10 0.07 0.07
O5' 0.06 0.07 0.06 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.12 0.09 0.07 0.07 0.12 0.09 0.06 0.04 0.06 0.00 0.12 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.12 0.00 0.13 0.08 0.09
OP1 0.09 0.10 0.09 0.05 0.10 0.05 0.11 0.03 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.09 0.05 0.10 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.14 0.10
C2 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.12 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.12 0.10 0.11 0.12 0.09
C2' 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.14 0.11 0.11 0.12 0.15 0.11
C3' 0.06 0.11 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.07 0.09 0.11 0.07
C4 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.13 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10
C4' 0.06 0.12 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.05 0.06 0.08 0.11 0.06
C5 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.06 0.06 0.08 0.10 0.09 0.08 0.06 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10
C5' 0.07 0.15 0.08 0.02 0.09 0.02 0.07 0.06 0.09 0.07 0.12 0.14 0.09 0.07 0.06 0.12 0.03 0.03 0.06 0.07 0.09 0.04
C6 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.09 0.07 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10
C8 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10
N1 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.10 0.11 0.11 0.09
N2 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.10 0.11 0.12 0.09
N3 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.12 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.10 0.12 0.13 0.10
N7 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10
N9 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.13 0.08 0.11 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.12 0.13 0.10
O2' 0.16 0.14 0.16 0.17 0.14 0.17 0.14 0.17 0.13 0.16 0.13 0.14 0.13 0.15 0.16 0.16 0.17 0.18 0.15 0.14 0.18 0.15
O3' 0.06 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.06 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.10 0.06
O4' 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.15 0.11
O5' 0.08 0.13 0.09 0.03 0.08 0.03 0.07 0.03 0.09 0.07 0.10 0.13 0.09 0.09 0.06 0.13 0.01 0.05 0.06 0.07 0.10 0.05
O6 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.11 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.07 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10
OP1 0.04 0.10 0.03 0.04 0.07 0.08 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.12 0.12 0.07 0.06 0.02 0.07 0.11 0.07 0.12 0.07
OP2 0.05 0.13 0.07 0.02 0.09 0.03 0.10 0.06 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.12 0.06 0.09 0.02 0.03 0.07 0.10 0.12 0.08
P 0.02 0.10 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.04 0.07 0.00 0.02 0.06 0.07 0.09 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.08 0.09 0.15 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.07 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.08 0.12 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.10 0.14 0.10
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.09 0.11 0.16 0.11
C8 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.08 0.10 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.10 0.16 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.07 0.08 0.13 0.08
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.10 0.12 0.17 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.09 0.10 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.11 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.04
O5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.09 0.06 0.03 0.06 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.07 0.08 0.11 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.15 0.07 0.07 0.12 0.03 0.14 0.02 0.16 0.10 0.16 0.13 0.17 0.14 0.09 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.04 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.11 0.07 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00