ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50205

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 8, 7, 10, 3, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2' B 0, 0.180, 0.347, 0.515, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.347 std_dev=0.167
O4' A 0, -0.101, 0.118, 0.337, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.118 std_dev=0.219
C3' B 0, 0.117, 0.344, 0.571, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.344 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.094, 0.322, 0.550, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.322 std_dev=0.228
C2' A 0, -0.121, 0.129, 0.379, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.129 std_dev=0.250
OP2 A 0, 0.175, 0.447, 0.719, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.447 std_dev=0.272
C5' B 0, 0.204, 0.481, 0.759, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.481 std_dev=0.278
O3' B 0, 0.098, 0.378, 0.657, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.378 std_dev=0.279
C4' B 0, 0.136, 0.420, 0.705, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.420 std_dev=0.285
P A 0, 0.109, 0.414, 0.718, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.414 std_dev=0.304
C4' A 0, -0.111, 0.205, 0.521, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.205 std_dev=0.316
C3' A 0, -0.120, 0.211, 0.542, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.211 std_dev=0.331
O5' A 0, 0.010, 0.349, 0.688, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.349 std_dev=0.339
O5' B 0, 0.130, 0.475, 0.819, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.475 std_dev=0.344
C1' B 0, 0.003, 0.364, 0.725, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.364 std_dev=0.361
OP1 B 0, 0.184, 0.576, 0.968, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.576 std_dev=0.392
O4' B 0, 0.037, 0.431, 0.826, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.431 std_dev=0.395
OP1 A 0, 0.125, 0.524, 0.924, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.524 std_dev=0.400
C5' A 0, -0.081, 0.322, 0.725, 2.132 max_d=2.132 avg_d=0.322 std_dev=0.403
O2' A 0, -0.202, 0.205, 0.612, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.205 std_dev=0.407
P B 0, 0.118, 0.540, 0.961, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.540 std_dev=0.421
O3' A 0, -0.167, 0.317, 0.801, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.317 std_dev=0.484
N9 B 0, -0.130, 0.368, 0.867, 2.649 max_d=2.649 avg_d=0.368 std_dev=0.498
C8 B 0, -0.173, 0.402, 0.977, 3.038 max_d=3.038 avg_d=0.402 std_dev=0.575
C4 B 0, -0.265, 0.373, 1.011, 3.337 max_d=3.337 avg_d=0.373 std_dev=0.638
OP2 B 0, -0.085, 0.589, 1.264, 3.641 max_d=3.641 avg_d=0.589 std_dev=0.674
N3 B 0, -0.281, 0.410, 1.100, 3.621 max_d=3.621 avg_d=0.410 std_dev=0.690
N7 B 0, -0.316, 0.412, 1.140, 3.792 max_d=3.792 avg_d=0.412 std_dev=0.728
C5 B 0, -0.381, 0.378, 1.136, 3.904 max_d=3.904 avg_d=0.378 std_dev=0.759
C2 B 0, -0.399, 0.444, 1.286, 4.368 max_d=4.368 avg_d=0.444 std_dev=0.843
C6 B 0, -0.482, 0.422, 1.327, 4.635 max_d=4.635 avg_d=0.422 std_dev=0.904
N1 B 0, -0.480, 0.455, 1.390, 4.814 max_d=4.814 avg_d=0.455 std_dev=0.935
N6 B 0, -0.516, 0.507, 1.530, 5.280 max_d=5.280 avg_d=0.507 std_dev=1.023

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.13 0.01 0.13 0.16 0.12
C2 0.01 0.00 0.15 0.11 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.10 0.15 0.00 0.14 0.18 0.14
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.11 0.06 0.09 0.12 0.19 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.05 0.30 0.37 0.30
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.15 0.13 0.14 0.10 0.09 0.15 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.17 0.15 0.10 0.09
C4 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.05 0.15 0.01 0.14 0.17 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.14 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.03 0.17 0.01 0.17 0.21 0.16
C5' 0.06 0.11 0.11 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.12 0.08 0.04 0.10 0.01 0.00 0.13 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.05 0.17 0.00 0.18 0.23 0.18
C8 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.08 0.06 0.16 0.01 0.16 0.18 0.15
N1 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.08 0.16 0.00 0.16 0.21 0.16
N2 0.02 0.00 0.19 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.13 0.12 0.14 0.01 0.14 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.15 0.09 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.11 0.09 0.14 0.00 0.14 0.16 0.13
N7 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.10 0.03 0.18 0.01 0.18 0.22 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.14 0.01 0.13 0.16 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.14 0.12 0.04 0.10 0.20 0.06 0.15 0.10 0.20 0.09 0.00 0.03 0.09 0.18 0.14 0.23 0.43 0.27
O3' 0.14 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.13 0.11 0.10 0.05 0.03 0.00 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08 0.09
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.12 0.09 0.03 0.01 0.09 0.10 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04
O5' 0.13 0.15 0.25 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.17 0.16 0.16 0.14 0.14 0.18 0.14 0.18 0.12 0.03 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.17 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04 0.19 0.00 0.20 0.26 0.20
OP1 0.13 0.14 0.30 0.15 0.14 0.07 0.17 0.04 0.18 0.16 0.16 0.14 0.14 0.18 0.13 0.23 0.08 0.04 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.18 0.37 0.10 0.17 0.03 0.21 0.01 0.23 0.18 0.21 0.17 0.16 0.22 0.16 0.43 0.08 0.05 0.01 0.26 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.14 0.30 0.09 0.14 0.02 0.16 0.01 0.18 0.15 0.16 0.13 0.13 0.18 0.12 0.27 0.09 0.04 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.39 0.18 0.11 0.35 0.12 0.43 0.17 0.48 0.34 0.46 0.32 0.52 0.41 0.29 0.19 0.05 0.17 0.27 0.33 0.40 0.32
C2 0.11 0.22 0.10 0.07 0.12 0.09 0.24 0.16 0.25 0.27 0.13 0.20 0.42 0.36 0.15 0.08 0.09 0.12 0.30 0.43 0.59 0.42
C2' 0.08 0.35 0.13 0.16 0.20 0.13 0.28 0.11 0.39 0.15 0.41 0.24 0.44 0.24 0.12 0.19 0.20 0.10 0.11 0.16 0.19 0.14
C3' 0.17 0.36 0.18 0.09 0.30 0.08 0.37 0.12 0.43 0.28 0.42 0.30 0.47 0.35 0.25 0.22 0.04 0.14 0.21 0.29 0.32 0.26
C4 0.09 0.15 0.10 0.06 0.12 0.07 0.25 0.15 0.26 0.27 0.13 0.16 0.37 0.34 0.14 0.08 0.07 0.09 0.28 0.41 0.53 0.39
C4' 0.21 0.35 0.22 0.14 0.32 0.13 0.36 0.15 0.40 0.29 0.39 0.31 0.42 0.34 0.28 0.28 0.07 0.18 0.24 0.30 0.32 0.27
C5 0.13 0.37 0.07 0.06 0.17 0.07 0.05 0.12 0.07 0.17 0.25 0.34 0.14 0.20 0.11 0.08 0.11 0.11 0.27 0.44 0.56 0.40
C5' 0.11 0.19 0.13 0.08 0.16 0.08 0.19 0.08 0.22 0.15 0.22 0.16 0.24 0.18 0.14 0.19 0.05 0.10 0.13 0.22 0.19 0.16
C6 0.17 0.52 0.08 0.08 0.27 0.10 0.15 0.12 0.24 0.16 0.45 0.44 0.13 0.16 0.16 0.10 0.13 0.16 0.26 0.46 0.60 0.42
C8 0.08 0.15 0.09 0.06 0.07 0.05 0.14 0.13 0.14 0.18 0.11 0.16 0.21 0.22 0.09 0.07 0.09 0.06 0.25 0.39 0.45 0.35
N1 0.13 0.42 0.08 0.07 0.17 0.10 0.10 0.14 0.08 0.20 0.30 0.35 0.16 0.25 0.13 0.08 0.11 0.14 0.28 0.45 0.61 0.43
N2 0.12 0.19 0.11 0.07 0.15 0.10 0.29 0.17 0.31 0.30 0.17 0.18 0.50 0.39 0.17 0.08 0.08 0.13 0.31 0.44 0.60 0.43
N3 0.11 0.16 0.12 0.07 0.19 0.09 0.34 0.17 0.38 0.31 0.25 0.14 0.52 0.41 0.19 0.10 0.07 0.12 0.30 0.41 0.55 0.40
N7 0.16 0.36 0.07 0.07 0.23 0.07 0.12 0.11 0.16 0.12 0.27 0.36 0.14 0.13 0.14 0.12 0.13 0.12 0.25 0.43 0.52 0.38
N9 0.11 0.15 0.13 0.07 0.18 0.08 0.30 0.15 0.32 0.28 0.23 0.13 0.38 0.34 0.19 0.12 0.06 0.10 0.27 0.38 0.46 0.36
O2' 0.10 0.48 0.15 0.15 0.25 0.11 0.29 0.11 0.42 0.13 0.51 0.35 0.46 0.20 0.14 0.23 0.15 0.12 0.12 0.15 0.16 0.13
O3' 0.19 0.29 0.21 0.16 0.25 0.14 0.31 0.18 0.35 0.26 0.33 0.24 0.39 0.30 0.23 0.25 0.12 0.17 0.26 0.36 0.35 0.31
O4' 0.30 0.35 0.31 0.23 0.39 0.22 0.44 0.27 0.44 0.40 0.40 0.35 0.46 0.44 0.37 0.34 0.13 0.26 0.36 0.41 0.47 0.40
O5' 0.08 0.10 0.05 0.03 0.09 0.03 0.10 0.04 0.12 0.08 0.11 0.10 0.14 0.10 0.08 0.09 0.01 0.07 0.10 0.23 0.17 0.15
O6 0.24 0.66 0.11 0.11 0.42 0.14 0.36 0.12 0.51 0.18 0.67 0.55 0.42 0.18 0.26 0.15 0.16 0.22 0.24 0.47 0.62 0.42
OP1 0.04 0.13 0.02 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.10 0.04 0.12 0.11 0.11 0.05 0.05 0.03 0.01 0.04 0.06 0.22 0.15 0.13
OP2 0.11 0.11 0.10 0.02 0.12 0.02 0.12 0.06 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.13 0.12 0.17 0.01 0.06 0.07 0.28 0.17 0.16
P 0.06 0.08 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.04 0.00 0.04 0.06 0.22 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.13 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.06 0.06 0.09 0.13 0.22 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.05 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.20 0.14 0.13
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.16 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.10 0.13 0.21 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.11 0.15 0.25 0.15
C5' 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.05 0.11 0.15 0.27 0.15
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.12 0.15 0.23 0.15
N1 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.06 0.10 0.14 0.25 0.14
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.05 0.09 0.13 0.20 0.11
N6 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.05 0.11 0.17 0.29 0.17
N7 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.12 0.17 0.27 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.14 0.19 0.12
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.11 0.04 0.12 0.10 0.12 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.26 0.20 0.18
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.17 0.09 0.09
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.05
O5' 0.08 0.09 0.09 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10 0.11 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.13 0.20 0.16 0.13 0.08 0.15 0.04 0.15 0.15 0.14 0.13 0.17 0.17 0.14 0.26 0.17 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.22 0.14 0.08 0.21 0.03 0.25 0.01 0.27 0.23 0.25 0.20 0.29 0.27 0.19 0.20 0.09 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.12 0.13 0.08 0.13 0.02 0.15 0.01 0.15 0.15 0.14 0.11 0.17 0.16 0.12 0.18 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00