ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50206

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 9, 10, 9, 6, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.006, 0.008, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.009, 0.013, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.009, 0.015, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.016, 0.026, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.019, 0.033, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.018, 0.032, 0.047, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.032 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.024, 0.050, 0.076, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.050 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.022, 0.049, 0.076, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.049 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.033, 0.062, 0.091, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.062 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.081, 0.134, 0.186, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.134 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.066, 0.123, 0.181, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.123 std_dev=0.058
C3' A 0, 0.104, 0.178, 0.252, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.178 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.142, 0.226, 0.310, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.226 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.118, 0.202, 0.286, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.202 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.133, 0.221, 0.310, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.221 std_dev=0.089
O3' A 0, 0.129, 0.237, 0.344, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.237 std_dev=0.108
P A 0, 0.137, 0.259, 0.382, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.259 std_dev=0.123
O5' B 0, 0.170, 0.301, 0.432, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.301 std_dev=0.131
O2' B 0, 0.153, 0.300, 0.447, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.300 std_dev=0.147
C2' B 0, 0.154, 0.303, 0.452, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.303 std_dev=0.149
O3' B 0, 0.117, 0.269, 0.421, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.269 std_dev=0.152
C3' B 0, 0.124, 0.276, 0.429, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.276 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.233, 0.393, 0.553, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.393 std_dev=0.160
O4' B 0, 0.140, 0.306, 0.472, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.306 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.162, 0.330, 0.498, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.330 std_dev=0.168
OP2 A 0, 0.163, 0.335, 0.507, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.335 std_dev=0.172
C4' B 0, 0.097, 0.279, 0.460, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.279 std_dev=0.182
N9 B 0, 0.213, 0.406, 0.598, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.406 std_dev=0.193
C8 B 0, 0.267, 0.460, 0.653, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.460 std_dev=0.193
P B 0, 0.133, 0.337, 0.542, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.337 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.311, 0.544, 0.778, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.544 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.247, 0.481, 0.714, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.481 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.297, 0.551, 0.806, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.551 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.255, 0.514, 0.773, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.514 std_dev=0.259
C5' B 0, 0.011, 0.305, 0.599, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.305 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.347, 0.647, 0.947, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.647 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.306, 0.608, 0.910, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.608 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.348, 0.670, 0.992, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.670 std_dev=0.322
N6 B 0, 0.402, 0.738, 1.074, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.738 std_dev=0.336
OP2 B 0, 0.002, 0.460, 0.918, 3.143 max_d=3.143 avg_d=0.460 std_dev=0.458
OP1 B 0, -0.138, 0.359, 0.856, 3.446 max_d=3.446 avg_d=0.359 std_dev=0.497

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.08 0.09 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.11 0.11 0.10
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.07 0.04 0.04 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.13 0.00 0.13 0.13 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.10 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10
N2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.15 0.01 0.12 0.13 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07
O5' 0.05 0.09 0.03 0.04 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.14 0.11 0.08 0.08 0.15 0.10 0.02 0.06 0.04 0.00 0.15 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.15 0.00 0.15 0.16 0.14
OP1 0.05 0.09 0.05 0.06 0.08 0.05 0.11 0.06 0.13 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.07 0.05 0.09 0.06 0.02 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.05 0.11 0.02 0.13 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.08 0.06 0.11 0.09 0.02 0.16 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.12 0.09 0.10 0.07 0.06 0.12 0.06 0.03 0.06 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.05 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.09 0.09 0.06 0.10 0.11 0.07 0.07 0.16 0.37 0.07
C2 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.08 0.13 0.37 0.08
C2' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.05 0.09 0.09 0.09 0.06 0.25 0.36 0.06
C3' 0.07 0.07 0.05 0.05 0.06 0.10 0.06 0.11 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.11 0.07 0.32 0.29 0.07
C4 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.08 0.12 0.35 0.09
C4' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.05 0.08 0.10 0.11 0.06 0.29 0.30 0.06
C5 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.11 0.32 0.10
C5' 0.08 0.08 0.05 0.04 0.06 0.15 0.06 0.18 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.07 0.06 0.14 0.10 0.31 0.19 0.11
C6 0.10 0.13 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10 0.32 0.10
C8 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.11 0.11 0.30 0.10
N1 0.09 0.12 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.09 0.09 0.11 0.35 0.09
N2 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.08 0.07 0.14 0.38 0.08
N3 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.11 0.08 0.07 0.08 0.13 0.37 0.08
N7 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.12 0.11 0.29 0.11
N9 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.10 0.08 0.07 0.08 0.12 0.34 0.09
O2' 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.07 0.27 0.39 0.08
O3' 0.08 0.08 0.05 0.05 0.06 0.12 0.06 0.14 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.13 0.08 0.40 0.26 0.10
O4' 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.10 0.14 0.08 0.07 0.16 0.35 0.08
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.13 0.06 0.16 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.09 0.03 0.07 0.01 0.10 0.09 0.25 0.16 0.10
O6 0.11 0.16 0.12 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11 0.12 0.10 0.31 0.12
OP1 0.06 0.09 0.11 0.03 0.09 0.10 0.12 0.21 0.12 0.14 0.10 0.09 0.14 0.15 0.09 0.12 0.02 0.06 0.13 0.28 0.17 0.18
OP2 0.10 0.09 0.12 0.03 0.09 0.04 0.10 0.09 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.13 0.10 0.18 0.02 0.05 0.10 0.21 0.11 0.12
P 0.03 0.06 0.07 0.01 0.05 0.07 0.08 0.13 0.08 0.10 0.06 0.05 0.10 0.11 0.05 0.10 0.00 0.03 0.10 0.22 0.10 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.32 0.07 0.11
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02 0.05 0.24 0.24 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.17 0.08 0.04
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.07 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.23 0.23 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.19 0.14 0.09
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.18 0.32 0.09
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.05 0.10 0.09 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.07 0.18 0.35 0.10
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.07 0.19 0.27 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02 0.06 0.20 0.31 0.08
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.05 0.26 0.19 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.08 0.15 0.41 0.13
N7 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.08 0.15 0.36 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.25 0.18 0.07
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.06 0.26 0.10 0.10
O3' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.02 0.05 0.00 0.02 0.11 0.13 0.08 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.38 0.13 0.18
O5' 0.04 0.05 0.07 0.11 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.05 0.06 0.11 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.32 0.24 0.17 0.07 0.23 0.19 0.18 0.04 0.18 0.19 0.20 0.26 0.15 0.15 0.25 0.26 0.13 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.24 0.08 0.08 0.23 0.14 0.32 0.12 0.35 0.27 0.31 0.19 0.41 0.36 0.18 0.10 0.08 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.07 0.04 0.08 0.07 0.09 0.09 0.01 0.10 0.08 0.08 0.07 0.13 0.11 0.07 0.10 0.10 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00