ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50207

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 5, 6, 5, 3, 1, 0, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.032, 0.046, 0.061, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.046 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.041, 0.061, 0.080, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.061 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.048, 0.068, 0.088, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.068 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.037, 0.057, 0.077, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.057 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.028, 0.050, 0.071, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.050 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.038, 0.062, 0.085, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.062 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.046, 0.071, 0.096, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.071 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.032, 0.058, 0.085, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.058 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.056, 0.088, 0.119, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.088 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.073, 0.112, 0.151, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.112 std_dev=0.039
O6 A 0, 0.002, 0.046, 0.090, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.046 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.170, 0.273, 0.375, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.273 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.231, 0.381, 0.531, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.381 std_dev=0.150
C4' A 0, 0.397, 0.586, 0.775, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.586 std_dev=0.189
O2' A 0, 0.528, 0.726, 0.923, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.726 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.406, 0.614, 0.822, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.614 std_dev=0.208
C2' B 0, 0.498, 0.773, 1.048, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.773 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.646, 0.953, 1.260, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.953 std_dev=0.307
O3' A 0, 0.685, 1.008, 1.331, 1.576 max_d=1.576 avg_d=1.008 std_dev=0.323
O2' B 0, 0.155, 0.513, 0.870, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.513 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.376, 1.045, 1.715, 2.869 max_d=2.869 avg_d=1.045 std_dev=0.669
C3' B 0, 0.505, 1.288, 2.071, 3.572 max_d=3.572 avg_d=1.288 std_dev=0.783
O4' B 0, 0.767, 1.565, 2.362, 3.634 max_d=3.634 avg_d=1.565 std_dev=0.797
O5' A 0, 0.547, 1.430, 2.313, 3.739 max_d=3.739 avg_d=1.430 std_dev=0.883
O3' B 0, 0.364, 1.358, 2.352, 4.211 max_d=4.211 avg_d=1.358 std_dev=0.994
O5' B 0, 1.400, 2.424, 3.448, 4.244 max_d=4.244 avg_d=2.424 std_dev=1.024
C4' B 0, 0.711, 1.746, 2.781, 4.669 max_d=4.669 avg_d=1.746 std_dev=1.035
N9 B 0, 0.694, 1.775, 2.857, 5.218 max_d=5.218 avg_d=1.775 std_dev=1.081
C8 B 0, 1.436, 2.592, 3.747, 6.884 max_d=6.884 avg_d=2.592 std_dev=1.155
P A 0, 0.323, 1.553, 2.782, 5.049 max_d=5.049 avg_d=1.553 std_dev=1.229
C5' B 0, 0.964, 2.232, 3.501, 5.634 max_d=5.634 avg_d=2.232 std_dev=1.268
P B 0, 1.736, 3.037, 4.338, 7.188 max_d=7.188 avg_d=3.037 std_dev=1.301
OP1 B 0, 3.482, 4.837, 6.191, 8.629 max_d=8.629 avg_d=4.837 std_dev=1.355
OP2 A 0, 0.646, 2.026, 3.407, 5.789 max_d=5.789 avg_d=2.026 std_dev=1.381
OP1 A 0, 0.205, 1.854, 3.503, 6.561 max_d=6.561 avg_d=1.854 std_dev=1.649
N7 B 0, 1.771, 3.501, 5.231, 9.304 max_d=9.304 avg_d=3.501 std_dev=1.730
C4 B 0, 0.687, 2.424, 4.162, 7.324 max_d=7.324 avg_d=2.424 std_dev=1.738
OP2 B 0, 0.855, 2.807, 4.760, 8.124 max_d=8.124 avg_d=2.807 std_dev=1.953
N3 B 0, 0.526, 2.570, 4.614, 7.896 max_d=7.896 avg_d=2.570 std_dev=2.044
C5 B 0, 1.400, 3.453, 5.507, 9.528 max_d=9.528 avg_d=3.453 std_dev=2.053
C2 B 0, 1.137, 3.721, 6.304, 10.463 max_d=10.463 avg_d=3.721 std_dev=2.583
C6 B 0, 1.800, 4.488, 7.176, 11.967 max_d=11.967 avg_d=4.488 std_dev=2.688
N1 B 0, 1.660, 4.572, 7.485, 12.299 max_d=12.299 avg_d=4.572 std_dev=2.913
N6 B 0, 2.508, 5.613, 8.718, 14.327 max_d=14.327 avg_d=5.613 std_dev=3.105

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.30 0.02 0.31 0.24 0.23
C2 0.05 0.00 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.15 0.04 0.66 0.03 0.67 0.86 0.66
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.11 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.03 0.34 0.22 0.22
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.10 0.12 0.17 0.13 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.27 0.10 0.43 0.19 0.23
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.64 0.01 0.61 0.73 0.59
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.09 0.21 0.17 0.03
C5 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.75 0.02 0.73 0.90 0.73
C5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.15 0.13 0.14 0.13 0.10 0.15 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.17 0.33 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.80 0.01 0.81 1.04 0.81
C8 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.65 0.03 0.60 0.60 0.56
N1 0.04 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.03 0.75 0.03 0.77 1.00 0.77
N2 0.05 0.01 0.11 0.17 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.20 0.05 0.64 0.05 0.66 0.85 0.64
N3 0.05 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.14 0.04 0.59 0.02 0.58 0.71 0.56
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04 0.75 0.04 0.73 0.85 0.72
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.55 0.02 0.51 0.52 0.47
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.09 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06 0.18 0.12 0.06
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.08 0.03 0.08 0.03 0.10 0.10 0.13 0.20 0.14 0.10 0.04 0.04 0.00 0.02 0.20 0.11 0.44 0.29 0.21
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.19 0.04 0.24 0.13 0.15
O5' 0.30 0.66 0.26 0.27 0.64 0.02 0.75 0.01 0.80 0.65 0.75 0.64 0.59 0.75 0.55 0.07 0.20 0.19 0.00 0.85 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.03 0.10 0.01 0.09 0.02 0.17 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.11 0.04 0.85 0.00 0.90 1.16 0.90
OP1 0.31 0.67 0.34 0.43 0.61 0.21 0.73 0.33 0.81 0.60 0.77 0.66 0.58 0.73 0.51 0.18 0.44 0.24 0.02 0.90 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.86 0.22 0.19 0.73 0.17 0.90 0.31 1.04 0.60 1.00 0.85 0.71 0.85 0.52 0.12 0.29 0.13 0.02 1.16 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.66 0.22 0.23 0.59 0.03 0.73 0.02 0.81 0.56 0.77 0.64 0.56 0.72 0.47 0.06 0.21 0.15 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.75 0.17 0.26 1.12 0.22 1.11 0.37 1.41 0.57 1.70 1.47 1.38 0.77 0.71 0.17 0.20 0.40 0.59 0.57 0.99 0.77
C2 0.58 2.79 0.23 0.57 1.72 0.43 1.87 0.86 2.51 0.86 2.97 2.16 2.61 1.31 1.01 0.21 0.48 0.36 1.10 1.44 1.79 1.46
C2' 0.49 1.70 0.23 0.24 1.13 0.20 1.19 0.38 1.49 0.66 1.73 1.40 1.52 0.90 0.74 0.21 0.16 0.34 0.56 0.51 1.06 0.74
C3' 0.44 1.38 0.31 0.23 0.99 0.20 1.08 0.36 1.30 0.70 1.44 1.15 1.35 0.90 0.70 0.31 0.15 0.27 0.47 0.39 0.95 0.60
C4 0.56 2.47 0.22 0.52 1.57 0.37 1.66 0.74 2.15 0.79 2.55 1.98 2.17 1.16 0.94 0.21 0.43 0.34 0.95 1.16 1.50 1.24
C4' 0.39 1.05 0.28 0.20 0.75 0.21 0.77 0.26 0.92 0.51 1.04 0.90 0.93 0.63 0.53 0.23 0.19 0.30 0.37 0.30 0.70 0.46
C5 0.54 2.59 0.26 0.66 1.68 0.51 1.82 0.93 2.37 0.85 2.73 2.05 2.41 1.29 0.99 0.22 0.56 0.30 1.13 1.42 1.68 1.44
C5' 0.33 0.70 0.37 0.24 0.57 0.21 0.63 0.27 0.70 0.51 0.73 0.61 0.73 0.59 0.46 0.35 0.22 0.23 0.34 0.38 0.61 0.40
C6 0.54 2.82 0.29 0.73 1.78 0.61 2.00 1.09 2.68 0.91 3.08 2.17 2.81 1.42 1.03 0.22 0.64 0.32 1.29 1.72 1.96 1.67
C8 0.50 1.93 0.22 0.52 1.35 0.35 1.37 0.64 1.68 0.70 1.93 1.65 1.65 0.98 0.83 0.21 0.41 0.28 0.83 0.93 1.17 1.02
N1 0.56 2.89 0.26 0.68 1.79 0.55 2.00 1.02 2.70 0.90 3.15 2.22 2.85 1.41 1.04 0.22 0.59 0.33 1.24 1.67 1.96 1.64
N2 0.59 2.84 0.22 0.55 1.73 0.42 1.88 0.86 2.55 0.86 3.03 2.18 2.68 1.32 1.01 0.21 0.47 0.38 1.10 1.46 1.84 1.48
N3 0.58 2.58 0.20 0.48 1.60 0.34 1.70 0.71 2.24 0.80 2.67 2.03 2.29 1.19 0.95 0.21 0.39 0.38 0.95 1.18 1.57 1.26
N7 0.50 2.26 0.28 0.68 1.57 0.53 1.68 0.90 2.09 0.81 2.35 1.87 2.08 1.21 0.94 0.22 0.58 0.27 1.08 1.30 1.49 1.33
N9 0.53 2.08 0.19 0.42 1.36 0.28 1.38 0.56 1.75 0.69 2.07 1.73 1.73 0.97 0.84 0.20 0.32 0.35 0.77 0.87 1.21 0.99
O2' 0.46 1.59 0.21 0.19 1.01 0.20 1.03 0.31 1.32 0.56 1.58 1.30 1.34 0.75 0.64 0.15 0.15 0.38 0.48 0.42 0.94 0.65
O3' 0.42 1.24 0.36 0.26 0.91 0.23 1.04 0.37 1.24 0.73 1.32 1.02 1.32 0.92 0.67 0.34 0.18 0.27 0.44 0.41 0.95 0.57
O4' 0.46 1.30 0.17 0.21 0.87 0.25 0.83 0.28 1.02 0.46 1.23 1.14 0.98 0.59 0.58 0.17 0.25 0.41 0.45 0.34 0.75 0.56
O5' 0.20 0.57 0.20 0.15 0.37 0.11 0.38 0.23 0.47 0.28 0.55 0.50 0.48 0.33 0.25 0.33 0.02 0.13 0.37 0.36 0.73 0.41
O6 0.52 2.84 0.35 0.83 1.80 0.75 2.09 1.26 2.82 0.93 3.18 2.16 3.03 1.50 1.03 0.23 0.73 0.35 1.44 1.98 2.15 1.87
OP1 0.53 0.55 0.47 0.25 0.51 0.29 0.49 0.29 0.49 0.51 0.51 0.56 0.50 0.51 0.50 0.60 0.02 0.50 0.39 0.66 0.71 0.48
OP2 0.16 0.41 0.27 0.25 0.38 0.38 0.50 0.53 0.53 0.48 0.48 0.35 0.60 0.56 0.33 0.45 0.02 0.21 0.55 0.59 0.88 0.52
P 0.15 0.29 0.15 0.02 0.19 0.13 0.23 0.18 0.26 0.26 0.27 0.26 0.30 0.29 0.15 0.29 0.01 0.16 0.26 0.38 0.64 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.24 0.00 0.27 0.32 0.49 0.24
C2 0.04 0.00 0.13 0.11 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.41 0.15 0.47 0.75 0.98 0.50
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.11 0.07 0.08 0.11 0.13 0.07 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.36 0.29 0.46 0.35
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.02 0.12 0.18 0.10 0.11 0.14 0.18 0.09 0.02 0.01 0.01 0.24 0.22 0.39 0.23
C4 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.27 0.08 0.50 0.70 0.97 0.51
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.17 0.09 0.10 0.14 0.17 0.07 0.13 0.04 0.01 0.01 0.20 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.21 0.19 0.07 0.62 0.92 1.20 0.67
C5' 0.07 0.20 0.11 0.02 0.21 0.01 0.29 0.00 0.30 0.32 0.26 0.17 0.36 0.36 0.19 0.07 0.10 0.02 0.01 0.21 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.12 0.01 0.11 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.25 0.09 0.63 1.01 1.26 0.70
C8 0.03 0.01 0.08 0.18 0.01 0.17 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.21 0.10 0.11 0.63 0.78 1.11 0.64
N1 0.03 0.01 0.11 0.10 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.25 0.34 0.13 0.56 0.92 1.15 0.62
N3 0.05 0.01 0.13 0.11 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.41 0.15 0.41 0.62 0.86 0.42
N6 0.03 0.02 0.07 0.14 0.02 0.14 0.02 0.36 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.26 0.21 0.09 0.68 1.15 1.39 0.80
N7 0.03 0.01 0.06 0.18 0.01 0.17 0.00 0.36 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.23 0.12 0.09 0.69 0.99 1.31 0.76
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.02 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.17 0.02 0.48 0.58 0.85 0.45
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.18 0.13 0.21 0.07 0.24 0.21 0.25 0.23 0.26 0.23 0.12 0.00 0.08 0.09 0.25 0.24 0.43 0.24
O3' 0.24 0.41 0.07 0.01 0.27 0.04 0.19 0.10 0.25 0.10 0.34 0.41 0.21 0.12 0.17 0.08 0.00 0.17 0.17 0.33 0.52 0.25
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.09 0.11 0.13 0.15 0.09 0.09 0.02 0.09 0.17 0.00 0.18 0.33 0.32 0.16
O5' 0.27 0.47 0.36 0.24 0.50 0.01 0.62 0.01 0.63 0.63 0.56 0.41 0.68 0.69 0.48 0.25 0.17 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.32 0.75 0.29 0.22 0.70 0.20 0.92 0.21 1.01 0.78 0.92 0.62 1.15 0.99 0.58 0.24 0.33 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.98 0.46 0.39 0.97 0.23 1.20 0.34 1.26 1.11 1.15 0.86 1.39 1.31 0.85 0.43 0.52 0.32 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.50 0.35 0.23 0.51 0.04 0.67 0.02 0.70 0.64 0.62 0.42 0.80 0.76 0.45 0.24 0.25 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00