ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50210

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.020, 0.035, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.035 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.022, 0.039, 0.056, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.039 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.022, 0.039, 0.057, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.017, 0.038, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.023, 0.045, 0.067, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.024, 0.046, 0.069, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.046 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.034, 0.058, 0.082, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.058 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.047 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.036, 0.071, 0.106, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.071 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.043, 0.086, 0.130, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.086 std_dev=0.044
O2' B 0, 0.387, 0.719, 1.051, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.719 std_dev=0.332
O4' A 0, 0.079, 0.482, 0.885, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.482 std_dev=0.403
C2' A 0, -0.004, 0.413, 0.830, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.413 std_dev=0.417
O5' A 0, 0.897, 1.433, 1.970, 1.898 max_d=1.898 avg_d=1.433 std_dev=0.536
C2' B 0, 0.145, 0.686, 1.226, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.686 std_dev=0.540
O2' A 0, -0.084, 0.543, 1.170, 2.102 max_d=2.102 avg_d=0.543 std_dev=0.627
C3' A 0, 0.068, 0.709, 1.349, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.709 std_dev=0.641
C4' A 0, 0.098, 0.746, 1.393, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.746 std_dev=0.647
C3' B 0, 1.151, 1.842, 2.533, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.842 std_dev=0.691
P A 0, 0.860, 1.597, 2.335, 2.869 max_d=2.869 avg_d=1.597 std_dev=0.737
C1' B 0, 1.197, 2.021, 2.844, 3.351 max_d=3.351 avg_d=2.021 std_dev=0.823
C5' A 0, 0.308, 1.162, 2.016, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.162 std_dev=0.854
O3' A 0, 0.127, 1.009, 1.891, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.009 std_dev=0.882
C4' B 0, 1.502, 2.529, 3.556, 4.045 max_d=4.045 avg_d=2.529 std_dev=1.027
O3' B 0, 1.429, 2.472, 3.515, 3.525 max_d=3.525 avg_d=2.472 std_dev=1.043
O4' B 0, 1.647, 2.718, 3.788, 4.056 max_d=4.056 avg_d=2.718 std_dev=1.070
N9 B 0, 1.772, 2.930, 4.088, 4.621 max_d=4.621 avg_d=2.930 std_dev=1.158
OP2 A 0, 0.937, 2.097, 3.257, 5.261 max_d=5.261 avg_d=2.097 std_dev=1.160
OP1 A 0, 0.902, 2.068, 3.233, 3.902 max_d=3.902 avg_d=2.068 std_dev=1.166
C5' B 0, 1.311, 2.601, 3.891, 4.772 max_d=4.772 avg_d=2.601 std_dev=1.290
C4 B 0, 2.335, 3.650, 4.966, 4.776 max_d=4.776 avg_d=3.650 std_dev=1.315
N3 B 0, 2.820, 4.484, 6.147, 6.056 max_d=6.056 avg_d=4.484 std_dev=1.663
C5 B 0, 2.956, 4.690, 6.424, 6.342 max_d=6.342 avg_d=4.690 std_dev=1.734
C8 B 0, 2.635, 4.436, 6.238, 6.749 max_d=6.749 avg_d=4.436 std_dev=1.801
O5' B 0, 1.171, 3.046, 4.921, 6.599 max_d=6.599 avg_d=3.046 std_dev=1.875
N7 B 0, 3.175, 5.274, 7.373, 7.624 max_d=7.624 avg_d=5.274 std_dev=2.099
C6 B 0, 3.668, 5.778, 7.889, 7.138 max_d=7.138 avg_d=5.778 std_dev=2.110
C2 B 0, 3.678, 5.893, 8.109, 7.680 max_d=7.680 avg_d=5.893 std_dev=2.216
N1 B 0, 3.954, 6.311, 8.669, 8.246 max_d=8.246 avg_d=6.311 std_dev=2.358
N6 B 0, 4.351, 6.900, 9.450, 8.631 max_d=8.631 avg_d=6.900 std_dev=2.550
P B 0, 1.528, 4.170, 6.813, 9.228 max_d=9.228 avg_d=4.170 std_dev=2.643
OP1 B 0, 1.462, 4.311, 7.160, 9.767 max_d=9.767 avg_d=4.311 std_dev=2.849
OP2 B 0, 2.142, 5.126, 8.111, 10.910 max_d=10.910 avg_d=5.126 std_dev=2.985

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.24 0.00 0.22 0.02 0.46 0.37 0.14
C2 0.04 0.00 0.27 0.29 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.10 0.63 0.02 0.91 0.54 0.59
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.06 0.18 0.11 0.14 0.21 0.33 0.27 0.09 0.02 0.00 0.04 0.01 0.41 0.08 0.60 0.55 0.44
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.24 0.01 0.27 0.02 0.31 0.21 0.31 0.30 0.25 0.25 0.17 0.02 0.01 0.02 0.43 0.32 0.55 0.20 0.36
C4 0.02 0.01 0.14 0.24 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.09 0.06 0.63 0.01 0.92 0.56 0.56
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.08 0.07 0.05 0.12 0.07 0.23 0.02 0.00 0.03 0.11 0.20 0.32 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.27 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.10 0.05 0.78 0.01 1.18 0.77 0.77
C5' 0.07 0.09 0.18 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.15 0.16 0.12 0.08 0.07 0.18 0.09 0.05 0.15 0.02 0.01 0.17 0.28 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.31 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.22 0.14 0.06 0.83 0.01 1.25 0.84 0.85
C8 0.02 0.01 0.14 0.21 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.12 0.06 0.73 0.03 1.10 0.71 0.66
N1 0.03 0.01 0.21 0.31 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.08 0.75 0.01 1.11 0.71 0.75
N2 0.06 0.01 0.33 0.30 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.22 0.12 0.57 0.02 0.82 0.48 0.53
N3 0.04 0.01 0.27 0.25 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.09 0.54 0.02 0.79 0.45 0.47
N7 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.12 0.00 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.14 0.04 0.84 0.03 1.30 0.89 0.84
N9 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.54 0.02 0.82 0.49 0.44
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.14 0.23 0.23 0.05 0.22 0.26 0.15 0.14 0.09 0.29 0.15 0.00 0.09 0.18 0.19 0.26 0.50 0.58 0.35
O3' 0.24 0.17 0.04 0.01 0.09 0.02 0.10 0.15 0.14 0.12 0.15 0.22 0.17 0.14 0.07 0.09 0.00 0.17 0.30 0.17 0.51 0.37 0.27
O4' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.08 0.12 0.09 0.04 0.01 0.18 0.17 0.00 0.23 0.06 0.48 0.39 0.22
O5' 0.22 0.63 0.41 0.43 0.63 0.03 0.78 0.01 0.83 0.73 0.75 0.57 0.54 0.84 0.54 0.19 0.30 0.23 0.00 0.90 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.32 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.26 0.17 0.06 0.90 0.00 1.40 0.98 0.97
OP1 0.46 0.91 0.60 0.55 0.92 0.20 1.18 0.28 1.25 1.10 1.11 0.82 0.79 1.30 0.82 0.50 0.51 0.48 0.03 1.40 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.54 0.55 0.20 0.56 0.32 0.77 0.31 0.84 0.71 0.71 0.48 0.45 0.89 0.49 0.58 0.37 0.39 0.02 0.98 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.59 0.44 0.36 0.56 0.09 0.77 0.02 0.85 0.66 0.75 0.53 0.47 0.84 0.44 0.35 0.27 0.22 0.01 0.97 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 1.34 0.22 0.36 0.96 0.28 1.19 0.22 1.42 0.88 1.44 1.10 1.55 1.14 0.68 0.35 0.60 0.41 0.46 0.43 0.78 0.53
C2 0.40 1.63 0.35 0.39 0.95 0.34 1.17 0.63 1.43 1.02 1.63 1.27 1.65 1.31 0.69 0.24 0.36 0.49 1.11 1.28 1.81 1.47
C2' 0.47 1.39 0.34 0.42 0.98 0.36 1.16 0.36 1.40 0.85 1.49 1.13 1.51 1.07 0.71 0.34 0.59 0.43 0.48 0.42 0.74 0.51
C3' 0.45 1.43 0.40 0.62 0.97 0.54 1.11 0.51 1.41 0.64 1.55 1.14 1.49 0.89 0.63 0.34 0.84 0.44 0.39 0.47 0.32 0.28
C4 0.36 1.40 0.32 0.39 0.90 0.28 1.10 0.48 1.27 0.94 1.38 1.15 1.39 1.20 0.65 0.26 0.41 0.40 0.88 0.94 1.43 1.13
C4' 0.53 1.59 0.36 0.55 1.12 0.51 1.25 0.43 1.53 0.77 1.69 1.29 1.58 1.02 0.75 0.33 0.78 0.51 0.32 0.55 0.20 0.18
C5 0.36 1.45 0.41 0.55 0.88 0.42 0.99 0.65 1.20 0.87 1.43 1.16 1.22 1.05 0.62 0.22 0.43 0.42 1.03 1.19 1.64 1.34
C5' 0.60 1.44 0.48 0.68 1.03 0.70 1.05 0.63 1.27 0.63 1.44 1.24 1.26 0.81 0.71 0.38 0.96 0.61 0.50 0.74 0.30 0.42
C6 0.41 1.67 0.46 0.62 0.95 0.52 1.07 0.82 1.41 0.91 1.73 1.27 1.44 1.08 0.65 0.21 0.43 0.50 1.23 1.53 1.98 1.65
C8 0.27 0.98 0.32 0.48 0.70 0.31 0.79 0.38 0.87 0.68 0.95 0.86 0.90 0.81 0.51 0.26 0.50 0.26 0.62 0.63 1.01 0.77
N1 0.40 1.69 0.41 0.51 0.94 0.45 1.09 0.77 1.39 0.97 1.71 1.28 1.51 1.19 0.66 0.21 0.36 0.51 1.24 1.52 2.01 1.67
N2 0.42 1.67 0.34 0.35 0.98 0.34 1.22 0.65 1.50 1.06 1.69 1.30 1.79 1.36 0.72 0.24 0.37 0.53 1.14 1.33 1.88 1.53
N3 0.41 1.55 0.30 0.33 0.97 0.26 1.23 0.49 1.47 1.02 1.56 1.24 1.70 1.34 0.70 0.27 0.42 0.46 0.93 0.99 1.53 1.21
N7 0.34 1.21 0.44 0.63 0.82 0.47 0.88 0.62 1.05 0.74 1.20 1.02 1.03 0.85 0.57 0.21 0.54 0.39 0.89 1.01 1.39 1.13
N9 0.35 1.21 0.26 0.36 0.86 0.22 1.05 0.31 1.18 0.85 1.21 1.03 1.27 1.08 0.62 0.30 0.47 0.34 0.64 0.62 1.06 0.80
O2' 0.46 1.43 0.25 0.41 0.93 0.36 1.16 0.26 1.44 0.90 1.54 1.14 1.63 1.15 0.66 0.32 0.71 0.44 0.41 0.45 0.76 0.47
O3' 0.50 1.71 0.41 0.67 1.15 0.60 1.37 0.57 1.77 0.80 1.93 1.32 1.93 1.13 0.75 0.36 0.94 0.50 0.47 0.64 0.31 0.37
O4' 0.52 1.42 0.28 0.46 1.09 0.39 1.31 0.31 1.53 0.91 1.57 1.17 1.59 1.17 0.78 0.40 0.69 0.49 0.37 0.48 0.55 0.36
O5' 0.58 0.86 0.68 1.12 0.41 1.10 0.40 1.03 0.64 0.25 0.83 0.69 0.67 0.27 0.27 0.36 1.50 0.82 0.84 1.17 0.82 0.88
O6 0.47 1.75 0.52 0.75 1.04 0.66 1.20 0.97 1.66 0.91 1.95 1.31 1.75 1.07 0.70 0.21 0.53 0.58 1.36 1.80 2.20 1.86
OP1 0.94 0.73 1.19 1.27 0.90 1.36 1.16 1.59 1.09 1.46 0.90 0.62 1.23 1.46 1.10 0.97 1.47 1.10 1.81 2.18 2.18 2.04
OP2 1.20 0.99 1.25 1.77 0.90 1.74 0.82 1.79 0.78 1.01 0.87 0.99 0.74 0.90 0.99 1.07 1.96 1.46 1.62 1.78 1.54 1.61
P 0.78 0.52 0.88 1.51 0.27 1.51 0.37 1.52 0.39 0.69 0.45 0.43 0.52 0.63 0.49 0.48 1.99 1.14 1.43 1.73 1.48 1.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.21 0.00 0.50 0.62 0.44 0.41
C2 0.04 0.00 0.30 0.32 0.01 0.43 0.02 0.81 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.20 0.18 0.35 0.74 1.04 0.60 0.83
C2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.16 0.01 0.09 0.15 0.15 0.14 0.24 0.30 0.12 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.57 0.63 0.65 0.56
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.21 0.01 0.23 0.01 0.26 0.23 0.29 0.29 0.27 0.25 0.14 0.02 0.01 0.03 0.18 0.45 0.13 0.18
C4 0.02 0.01 0.16 0.21 0.00 0.19 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.11 0.18 0.57 0.77 0.57 0.59
C4' 0.01 0.43 0.01 0.01 0.19 0.00 0.10 0.01 0.18 0.23 0.33 0.41 0.13 0.17 0.04 0.22 0.01 0.01 0.03 0.51 0.18 0.21
C5 0.01 0.02 0.09 0.23 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.07 0.08 0.67 0.73 0.82 0.68
C5' 0.07 0.81 0.15 0.01 0.35 0.01 0.20 0.00 0.36 0.35 0.64 0.75 0.27 0.25 0.09 0.07 0.15 0.02 0.01 0.31 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.15 0.26 0.01 0.18 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.09 0.15 0.63 0.79 0.72 0.68
C8 0.03 0.02 0.14 0.23 0.01 0.23 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.06 0.20 1.00 0.73 1.19 0.93
N1 0.03 0.00 0.24 0.29 0.01 0.33 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.13 0.27 0.66 0.93 0.57 0.73
N3 0.04 0.00 0.30 0.29 0.00 0.41 0.01 0.75 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.21 0.20 0.35 0.67 0.99 0.54 0.75
N6 0.03 0.01 0.12 0.27 0.02 0.13 0.02 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.22 0.11 0.10 0.67 0.77 0.87 0.73
N7 0.02 0.03 0.08 0.25 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.30 0.09 0.13 0.92 0.75 1.20 0.93
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.08 0.02 0.67 0.66 0.72 0.60
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.12 0.22 0.19 0.07 0.17 0.30 0.16 0.21 0.22 0.30 0.14 0.00 0.06 0.12 0.37 0.39 0.61 0.36
O3' 0.21 0.18 0.03 0.01 0.11 0.01 0.07 0.15 0.09 0.06 0.13 0.20 0.11 0.09 0.08 0.06 0.00 0.13 0.33 0.55 0.46 0.39
O4' 0.00 0.35 0.01 0.03 0.18 0.01 0.08 0.02 0.15 0.20 0.27 0.35 0.10 0.13 0.02 0.12 0.13 0.00 0.33 0.60 0.18 0.27
O5' 0.50 0.74 0.57 0.18 0.57 0.03 0.67 0.01 0.63 1.00 0.66 0.67 0.67 0.92 0.67 0.37 0.33 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.62 1.04 0.63 0.45 0.77 0.51 0.73 0.31 0.79 0.73 0.93 0.99 0.77 0.75 0.66 0.39 0.55 0.60 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.60 0.65 0.13 0.57 0.18 0.82 0.28 0.72 1.19 0.57 0.54 0.87 1.20 0.72 0.61 0.46 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02
P 0.41 0.83 0.56 0.18 0.59 0.21 0.68 0.01 0.68 0.93 0.73 0.75 0.73 0.93 0.60 0.36 0.39 0.27 0.01 0.01 0.02 0.00