ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50212

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 2, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.029, 0.042, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.033, 0.050, 0.067, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.050 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.010, 0.029, 0.049, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.067, 0.211, 0.356, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.211 std_dev=0.145
O4' A 0, 0.038, 0.197, 0.355, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.197 std_dev=0.159
C2' B 0, 0.281, 0.502, 0.723, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.502 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.366, 0.607, 0.848, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.607 std_dev=0.241
C4' A 0, 0.023, 0.325, 0.627, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.325 std_dev=0.302
C3' A 0, 0.025, 0.362, 0.699, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.362 std_dev=0.337
O2' A 0, -0.039, 0.317, 0.673, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.317 std_dev=0.356
C5' A 0, 0.149, 0.516, 0.884, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.516 std_dev=0.367
O3' A 0, -0.049, 0.557, 1.163, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.557 std_dev=0.606
O5' A 0, 0.213, 0.833, 1.453, 2.389 max_d=2.389 avg_d=0.833 std_dev=0.620
P A 0, 0.272, 1.105, 1.939, 3.022 max_d=3.022 avg_d=1.105 std_dev=0.833
OP2 A 0, 0.738, 1.640, 2.542, 2.850 max_d=2.850 avg_d=1.640 std_dev=0.902
C1' B 0, 0.560, 1.714, 2.869, 3.181 max_d=3.181 avg_d=1.714 std_dev=1.155
OP1 A 0, 0.749, 2.011, 3.273, 4.631 max_d=4.631 avg_d=2.011 std_dev=1.262
C3' B 0, 0.657, 1.986, 3.315, 3.429 max_d=3.429 avg_d=1.986 std_dev=1.329
O5' B 0, 0.750, 2.127, 3.503, 3.882 max_d=3.882 avg_d=2.127 std_dev=1.377
O4' B 0, 0.746, 2.358, 3.970, 4.485 max_d=4.485 avg_d=2.358 std_dev=1.612
N9 B 0, 0.801, 2.475, 4.149, 4.598 max_d=4.598 avg_d=2.475 std_dev=1.674
P B 0, 0.880, 2.574, 4.268, 5.865 max_d=5.865 avg_d=2.574 std_dev=1.694
O3' B 0, 0.952, 2.690, 4.429, 4.458 max_d=4.458 avg_d=2.690 std_dev=1.739
C4' B 0, 0.772, 2.552, 4.332, 4.694 max_d=4.694 avg_d=2.552 std_dev=1.780
C5' B 0, 0.865, 2.676, 4.487, 4.916 max_d=4.916 avg_d=2.676 std_dev=1.811
OP2 B 0, 0.986, 2.932, 4.877, 7.457 max_d=7.457 avg_d=2.932 std_dev=1.946
OP1 B 0, 1.174, 3.205, 5.236, 5.593 max_d=5.593 avg_d=3.205 std_dev=2.031
C8 B 0, 0.987, 3.278, 5.569, 6.062 max_d=6.062 avg_d=3.278 std_dev=2.291
C4 B 0, 0.894, 3.187, 5.480, 6.845 max_d=6.845 avg_d=3.187 std_dev=2.293
N3 B 0, 0.869, 3.425, 5.980, 7.671 max_d=7.671 avg_d=3.425 std_dev=2.556
C5 B 0, 1.185, 4.158, 7.131, 8.272 max_d=8.272 avg_d=4.158 std_dev=2.973
N7 B 0, 1.277, 4.299, 7.322, 7.531 max_d=7.531 avg_d=4.299 std_dev=3.023
C2 B 0, 1.065, 4.387, 7.708, 9.956 max_d=9.956 avg_d=4.387 std_dev=3.322
C6 B 0, 1.344, 5.071, 8.799, 10.751 max_d=10.751 avg_d=5.071 std_dev=3.728
N1 B 0, 1.256, 5.093, 8.929, 11.499 max_d=11.499 avg_d=5.093 std_dev=3.836
N6 B 0, 1.660, 6.142, 10.624, 12.417 max_d=12.417 avg_d=6.142 std_dev=4.482

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.14 0.01 0.20 0.03 0.24 0.30 0.18
C2 0.04 0.00 0.17 0.25 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.24 0.05 0.37 0.01 0.48 0.67 0.41
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.02 0.07 0.09 0.10 0.06 0.14 0.20 0.17 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.30 0.08 0.34 0.41 0.30
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.20 0.01 0.22 0.02 0.25 0.18 0.26 0.26 0.22 0.21 0.14 0.02 0.01 0.01 0.30 0.26 0.37 0.31 0.24
C4 0.02 0.01 0.10 0.20 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.14 0.03 0.38 0.01 0.50 0.64 0.42
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.10 0.06 0.18 0.02 0.00 0.02 0.11 0.20 0.24 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.22 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.15 0.03 0.47 0.01 0.69 0.81 0.56
C5' 0.04 0.14 0.09 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.16 0.13 0.16 0.15 0.12 0.15 0.08 0.08 0.13 0.01 0.01 0.17 0.23 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.25 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.19 0.04 0.49 0.01 0.73 0.88 0.60
C8 0.02 0.02 0.06 0.18 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.12 0.04 0.46 0.02 0.67 0.68 0.51
N1 0.04 0.01 0.14 0.26 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.24 0.22 0.04 0.44 0.01 0.62 0.80 0.52
N2 0.05 0.01 0.20 0.26 0.02 0.13 0.01 0.15 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.29 0.06 0.34 0.01 0.42 0.64 0.37
N3 0.04 0.01 0.17 0.22 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.22 0.05 0.33 0.01 0.40 0.58 0.35
N7 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.04 0.51 0.02 0.80 0.86 0.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.06 0.01 0.35 0.02 0.45 0.53 0.36
O2' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.18 0.18 0.21 0.08 0.24 0.14 0.24 0.22 0.20 0.18 0.12 0.00 0.05 0.13 0.13 0.24 0.29 0.32 0.17
O3' 0.14 0.24 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.13 0.19 0.12 0.22 0.29 0.22 0.15 0.06 0.05 0.00 0.09 0.28 0.21 0.56 0.44 0.26
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.13 0.09 0.00 0.09 0.04 0.18 0.20 0.10
O5' 0.20 0.37 0.30 0.30 0.38 0.02 0.47 0.01 0.49 0.46 0.44 0.34 0.33 0.51 0.35 0.13 0.28 0.09 0.00 0.54 0.03 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.08 0.26 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.21 0.04 0.54 0.00 0.84 0.98 0.67
OP1 0.24 0.48 0.34 0.37 0.50 0.20 0.69 0.23 0.73 0.67 0.62 0.42 0.40 0.80 0.45 0.29 0.56 0.18 0.03 0.84 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.67 0.41 0.31 0.64 0.24 0.81 0.39 0.88 0.68 0.80 0.64 0.58 0.86 0.53 0.32 0.44 0.20 0.01 0.98 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.41 0.30 0.24 0.42 0.05 0.56 0.02 0.60 0.51 0.52 0.37 0.35 0.62 0.36 0.17 0.26 0.10 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 1.67 0.20 0.49 1.05 0.31 1.10 0.52 1.35 0.82 1.61 1.40 1.36 0.96 0.70 0.17 0.53 0.22 0.60 0.59 0.99 0.57
C2 0.79 2.92 0.20 0.62 1.92 0.45 2.15 0.86 2.73 1.35 3.12 2.29 2.88 1.78 1.30 0.16 0.57 0.62 0.95 0.91 1.72 1.17
C2' 0.32 1.64 0.26 0.67 0.98 0.53 1.10 0.71 1.41 0.82 1.66 1.29 1.48 0.98 0.63 0.24 0.77 0.18 0.61 0.61 0.97 0.56
C3' 0.32 1.21 0.28 0.80 0.71 0.75 0.87 0.81 1.13 0.72 1.29 0.91 1.24 0.84 0.47 0.30 1.04 0.42 0.41 0.61 0.72 0.28
C4 0.66 2.50 0.18 0.64 1.69 0.45 1.86 0.82 2.29 1.19 2.59 2.02 2.36 1.54 1.14 0.17 0.61 0.45 0.87 0.76 1.52 1.00
C4' 0.40 0.90 0.29 0.63 0.49 0.61 0.60 0.60 0.72 0.77 0.86 0.71 0.78 0.75 0.46 0.31 0.85 0.45 0.38 0.77 0.59 0.35
C5 0.74 2.65 0.18 0.72 1.90 0.56 2.18 0.99 2.65 1.44 2.86 2.13 2.76 1.87 1.32 0.23 0.68 0.52 1.01 0.99 1.78 1.24
C5' 0.66 0.56 0.43 0.83 0.38 0.90 0.47 0.77 0.51 0.74 0.55 0.46 0.59 0.66 0.52 0.44 1.20 0.81 0.40 0.86 0.54 0.39
C6 0.84 2.97 0.19 0.73 2.11 0.60 2.50 1.08 3.11 1.65 3.34 2.32 3.33 2.17 1.48 0.25 0.67 0.64 1.11 1.22 2.01 1.45
C8 0.49 1.84 0.17 0.73 1.39 0.55 1.53 0.86 1.79 1.05 1.91 1.56 1.83 1.33 0.97 0.24 0.74 0.27 0.83 0.68 1.39 0.91
N1 0.86 3.07 0.19 0.67 2.09 0.53 2.42 0.99 3.06 1.56 3.40 2.38 3.29 2.05 1.45 0.20 0.62 0.68 1.06 1.12 1.94 1.36
N2 0.80 2.96 0.20 0.59 1.92 0.42 2.14 0.83 2.75 1.34 3.17 2.31 2.92 1.76 1.29 0.14 0.54 0.65 0.93 0.91 1.72 1.16
N3 0.70 2.64 0.20 0.59 1.72 0.40 1.87 0.76 2.36 1.18 2.74 2.11 2.44 1.53 1.15 0.15 0.56 0.51 0.85 0.75 1.51 0.98
N7 0.65 2.24 0.17 0.79 1.75 0.64 2.03 1.04 2.35 1.41 2.43 1.86 2.43 1.80 1.25 0.29 0.76 0.42 1.01 0.97 1.73 1.22
N9 0.51 2.01 0.18 0.62 1.37 0.42 1.47 0.72 1.79 0.97 2.03 1.67 1.82 1.23 0.92 0.17 0.62 0.29 0.75 0.61 1.28 0.80
O2' 0.36 1.68 0.18 0.48 0.95 0.35 1.01 0.53 1.30 0.86 1.62 1.35 1.33 0.96 0.63 0.16 0.56 0.19 0.56 0.77 0.89 0.56
O3' 0.41 1.12 0.31 0.82 0.60 0.84 0.77 0.85 1.02 0.73 1.19 0.81 1.15 0.80 0.44 0.32 1.09 0.56 0.37 0.76 0.60 0.28
O4' 0.30 1.12 0.23 0.47 0.67 0.36 0.72 0.45 0.85 0.75 1.03 0.96 0.87 0.78 0.50 0.23 0.57 0.19 0.51 0.67 0.79 0.47
O5' 0.58 0.56 0.46 1.01 0.45 1.07 0.60 0.98 0.70 0.60 0.68 0.43 0.80 0.65 0.47 0.48 1.38 0.80 0.44 0.76 0.57 0.40
O6 0.88 3.00 0.19 0.76 2.21 0.67 2.73 1.20 3.40 1.87 3.51 2.33 3.76 2.46 1.59 0.29 0.70 0.70 1.23 1.47 2.24 1.66
OP1 1.04 0.92 1.00 1.15 0.97 1.39 1.05 1.27 1.05 1.06 0.97 0.93 1.12 1.11 0.99 1.09 1.55 1.28 1.15 1.49 1.44 1.29
OP2 1.02 0.76 0.83 1.54 0.75 1.82 0.72 1.73 0.73 0.74 0.72 0.83 0.79 0.75 0.78 0.47 1.75 1.48 1.08 0.73 0.90 0.82
P 0.96 0.53 0.73 1.43 0.59 1.62 0.61 1.42 0.63 0.64 0.56 0.60 0.71 0.65 0.67 0.51 1.92 1.35 0.83 0.96 0.79 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.46 0.38 0.61 0.32
C2 0.05 0.00 0.52 0.51 0.02 0.65 0.02 1.28 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.38 0.27 0.40 0.94 1.48 1.17 1.33
C2' 0.00 0.52 0.00 0.01 0.26 0.04 0.12 0.17 0.23 0.25 0.41 0.52 0.16 0.14 0.02 0.01 0.05 0.02 0.69 0.67 0.83 0.59
C3' 0.04 0.51 0.01 0.00 0.25 0.01 0.20 0.02 0.26 0.36 0.40 0.50 0.24 0.30 0.14 0.03 0.01 0.02 0.41 0.71 0.36 0.36
C4 0.03 0.02 0.26 0.25 0.00 0.28 0.00 0.53 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.21 0.20 0.34 0.70 0.71 0.51
C4' 0.02 0.65 0.04 0.01 0.28 0.00 0.12 0.01 0.25 0.38 0.49 0.63 0.16 0.26 0.07 0.17 0.03 0.01 0.02 0.51 0.15 0.22
C5 0.02 0.02 0.12 0.20 0.00 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.21 0.18 0.08 0.53 0.71 1.11 0.63
C5' 0.07 1.28 0.17 0.02 0.53 0.01 0.24 0.00 0.50 0.65 0.97 1.20 0.33 0.46 0.11 0.10 0.14 0.01 0.01 0.34 0.32 0.02
C6 0.04 0.02 0.23 0.26 0.01 0.25 0.01 0.50 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.19 0.16 0.38 0.90 0.93 0.65
C8 0.01 0.01 0.25 0.36 0.01 0.38 0.01 0.65 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.27 0.20 0.24 1.31 1.02 1.88 1.33
N1 0.05 0.01 0.41 0.40 0.03 0.49 0.01 0.97 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.31 0.23 0.30 0.64 1.28 0.92 1.03
N3 0.05 0.01 0.52 0.50 0.00 0.63 0.02 1.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.37 0.28 0.40 0.83 1.24 0.97 1.13
N6 0.04 0.02 0.16 0.24 0.02 0.16 0.02 0.33 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.25 0.19 0.10 0.48 0.92 1.17 0.72
N7 0.01 0.02 0.14 0.30 0.01 0.26 0.00 0.46 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.26 0.20 0.15 1.13 0.99 1.85 1.22
N9 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.19 0.02 0.64 0.48 1.00 0.56
O2' 0.02 0.38 0.01 0.03 0.20 0.17 0.21 0.10 0.24 0.27 0.31 0.37 0.25 0.26 0.13 0.00 0.05 0.12 0.67 0.80 0.91 0.64
O3' 0.26 0.27 0.05 0.01 0.21 0.03 0.18 0.14 0.19 0.20 0.23 0.28 0.19 0.20 0.19 0.05 0.00 0.18 0.21 0.85 0.12 0.35
O4' 0.00 0.40 0.02 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.16 0.24 0.30 0.40 0.10 0.15 0.02 0.12 0.18 0.00 0.24 0.43 0.21 0.14
O5' 0.46 0.94 0.69 0.41 0.34 0.02 0.53 0.01 0.38 1.31 0.64 0.83 0.48 1.13 0.64 0.67 0.21 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.38 1.48 0.67 0.71 0.70 0.51 0.71 0.34 0.90 1.02 1.28 1.24 0.92 0.99 0.48 0.80 0.85 0.43 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.61 1.17 0.83 0.36 0.71 0.15 1.11 0.32 0.93 1.88 0.92 0.97 1.17 1.85 1.00 0.91 0.12 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.32 1.33 0.59 0.36 0.51 0.22 0.63 0.02 0.65 1.33 1.03 1.13 0.72 1.22 0.56 0.64 0.35 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00