ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50213

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 1, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.016, 0.026, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.023, 0.036, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.023, 0.039, 0.055, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.024, 0.041, 0.058, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.029, 0.049, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.049 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.039, 0.062, 0.084, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.062 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.035, 0.057, 0.080, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.057 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.032, 0.056, 0.080, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.056 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.033, 0.059, 0.085, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.059 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.039, 0.071, 0.103, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.071 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.111, 0.168, 0.226, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.168 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.053, 0.175, 0.296, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.175 std_dev=0.122
C2' A 0, 0.002, 0.133, 0.264, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.133 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.016, 0.184, 0.352, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.184 std_dev=0.168
C4' A 0, -0.007, 0.213, 0.433, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.213 std_dev=0.220
C3' A 0, -0.035, 0.210, 0.456, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.210 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.059, 0.375, 0.690, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.375 std_dev=0.316
O2' B 0, 0.544, 0.915, 1.285, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.915 std_dev=0.371
O3' A 0, -0.068, 0.316, 0.699, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.316 std_dev=0.383
C2' B 0, 0.613, 1.074, 1.534, 1.636 max_d=1.636 avg_d=1.074 std_dev=0.461
O5' A 0, 0.383, 0.918, 1.453, 2.269 max_d=2.269 avg_d=0.918 std_dev=0.535
P A 0, 0.311, 0.918, 1.524, 2.617 max_d=2.617 avg_d=0.918 std_dev=0.607
OP1 A 0, 0.890, 1.668, 2.445, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.668 std_dev=0.777
C1' B 0, 0.450, 1.407, 2.364, 2.922 max_d=2.922 avg_d=1.407 std_dev=0.957
OP2 A 0, 1.085, 2.060, 3.035, 3.277 max_d=3.277 avg_d=2.060 std_dev=0.975
O4' B 0, 1.010, 2.134, 3.259, 3.574 max_d=3.574 avg_d=2.134 std_dev=1.125
C3' B 0, 0.703, 1.869, 3.036, 3.473 max_d=3.473 avg_d=1.869 std_dev=1.166
C4' B 0, 0.994, 2.233, 3.472, 3.745 max_d=3.745 avg_d=2.233 std_dev=1.239
O5' B 0, 1.830, 3.163, 4.495, 4.935 max_d=4.935 avg_d=3.163 std_dev=1.333
N9 B 0, 0.687, 2.101, 3.516, 4.330 max_d=4.330 avg_d=2.101 std_dev=1.414
C5' B 0, 1.327, 2.905, 4.483, 4.875 max_d=4.875 avg_d=2.905 std_dev=1.578
O3' B 0, 0.521, 2.116, 3.712, 4.479 max_d=4.479 avg_d=2.116 std_dev=1.596
C4 B 0, 0.986, 2.664, 4.342, 5.586 max_d=5.586 avg_d=2.664 std_dev=1.678
N3 B 0, 1.106, 2.791, 4.475, 5.531 max_d=5.531 avg_d=2.791 std_dev=1.684
C8 B 0, 1.095, 2.853, 4.611, 6.000 max_d=6.000 avg_d=2.853 std_dev=1.758
P B 0, 2.328, 4.192, 6.055, 7.335 max_d=7.335 avg_d=4.192 std_dev=1.864
OP2 B 0, 0.821, 2.736, 4.651, 6.660 max_d=6.660 avg_d=2.736 std_dev=1.915
C5 B 0, 1.407, 3.520, 5.634, 7.046 max_d=7.046 avg_d=3.520 std_dev=2.114
C2 B 0, 1.611, 3.731, 5.852, 7.274 max_d=7.274 avg_d=3.731 std_dev=2.121
N7 B 0, 1.482, 3.628, 5.774, 7.360 max_d=7.360 avg_d=3.628 std_dev=2.146
OP1 B 0, 4.190, 6.532, 8.873, 9.635 max_d=9.635 avg_d=6.532 std_dev=2.341
N1 B 0, 1.954, 4.433, 6.912, 8.483 max_d=8.483 avg_d=4.433 std_dev=2.479
C6 B 0, 1.871, 4.372, 6.873, 8.617 max_d=8.617 avg_d=4.372 std_dev=2.501
N6 B 0, 2.398, 5.337, 8.276, 10.226 max_d=10.226 avg_d=5.337 std_dev=2.939

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.02 0.29 0.26 0.19
C2 0.04 0.00 0.14 0.22 0.02 0.13 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.27 0.04 0.35 0.01 0.50 0.55 0.35
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.09 0.05 0.12 0.16 0.14 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.17 0.08 0.18 0.11 0.15
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.14 0.01 0.13 0.02 0.16 0.08 0.20 0.24 0.20 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.22 0.16 0.26 0.18 0.18
C4 0.02 0.02 0.08 0.14 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.03 0.32 0.01 0.50 0.57 0.32
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.12 0.14 0.12 0.10 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.12 0.12 0.23 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.05 0.37 0.01 0.63 0.74 0.38
C5' 0.03 0.18 0.02 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.19 0.13 0.19 0.19 0.15 0.17 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.21 0.17 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.21 0.05 0.40 0.01 0.67 0.78 0.40
C8 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.30 0.03 0.61 0.70 0.33
N1 0.03 0.00 0.12 0.20 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.26 0.04 0.38 0.01 0.59 0.68 0.39
N2 0.05 0.00 0.16 0.24 0.02 0.14 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.16 0.32 0.06 0.34 0.02 0.45 0.49 0.34
N3 0.04 0.01 0.14 0.20 0.01 0.12 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.12 0.23 0.04 0.31 0.01 0.44 0.47 0.31
N7 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.07 0.36 0.03 0.71 0.84 0.38
N9 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.25 0.02 0.46 0.50 0.28
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.12 0.16 0.12 0.03 0.02 0.00 0.06 0.06 0.07 0.08 0.12 0.14 0.09
O3' 0.02 0.27 0.02 0.01 0.16 0.03 0.15 0.04 0.21 0.09 0.26 0.32 0.23 0.11 0.06 0.06 0.00 0.02 0.19 0.21 0.44 0.40 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.10 0.07 0.31 0.22 0.19
O5' 0.13 0.35 0.17 0.22 0.32 0.01 0.37 0.01 0.40 0.30 0.38 0.34 0.31 0.36 0.25 0.07 0.19 0.10 0.00 0.42 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.21 0.07 0.42 0.00 0.74 0.87 0.42
OP1 0.29 0.50 0.18 0.26 0.50 0.12 0.63 0.17 0.67 0.61 0.59 0.45 0.44 0.71 0.46 0.12 0.44 0.31 0.03 0.74 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.55 0.11 0.18 0.57 0.23 0.74 0.38 0.78 0.70 0.68 0.49 0.47 0.84 0.50 0.14 0.40 0.22 0.02 0.87 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.15 0.18 0.32 0.06 0.38 0.02 0.40 0.33 0.39 0.34 0.31 0.38 0.28 0.09 0.20 0.19 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 1.49 0.48 0.58 0.89 0.46 0.92 0.51 1.14 0.76 1.41 1.24 1.14 0.84 0.60 0.28 0.63 0.31 0.35 0.43 0.50 0.35
C2 0.79 2.67 0.54 0.78 1.76 0.59 1.97 0.67 2.51 1.29 2.87 2.09 2.65 1.65 1.22 0.29 0.79 0.70 0.61 0.75 1.01 0.76
C2' 0.34 1.48 0.48 0.64 0.88 0.53 0.97 0.61 1.24 0.76 1.47 1.17 1.30 0.89 0.58 0.33 0.72 0.29 0.43 0.51 0.50 0.41
C3' 0.33 1.19 0.50 0.73 0.72 0.70 0.84 0.74 1.08 0.65 1.23 0.94 1.18 0.80 0.47 0.43 0.92 0.40 0.50 0.56 0.42 0.43
C4 0.71 2.35 0.54 0.79 1.60 0.60 1.74 0.68 2.15 1.16 2.44 1.90 2.20 1.46 1.11 0.31 0.83 0.60 0.57 0.65 0.87 0.67
C4' 0.35 0.90 0.43 0.55 0.49 0.57 0.53 0.57 0.68 0.54 0.84 0.75 0.72 0.56 0.36 0.43 0.71 0.39 0.32 0.51 0.29 0.26
C5 0.85 2.57 0.54 0.88 1.88 0.69 2.13 0.77 2.58 1.40 2.79 2.08 2.66 1.80 1.34 0.33 0.91 0.74 0.67 0.80 1.04 0.82
C5' 0.49 0.70 0.47 0.68 0.43 0.78 0.45 0.71 0.56 0.44 0.65 0.64 0.64 0.48 0.35 0.53 1.01 0.62 0.38 0.55 0.26 0.28
C6 0.94 2.84 0.53 0.89 2.06 0.70 2.41 0.79 3.00 1.58 3.21 2.25 3.21 2.06 1.48 0.34 0.91 0.85 0.74 0.93 1.20 0.94
C8 0.65 1.86 0.53 0.87 1.42 0.68 1.53 0.73 1.76 1.07 1.90 1.60 1.77 1.31 1.03 0.34 0.94 0.56 0.55 0.60 0.75 0.61
N1 0.90 2.86 0.54 0.84 1.97 0.66 2.27 0.74 2.88 1.47 3.18 2.24 3.09 1.92 1.39 0.31 0.86 0.80 0.70 0.87 1.16 0.89
N2 0.78 2.66 0.55 0.75 1.71 0.57 1.92 0.65 2.47 1.27 2.85 2.06 2.64 1.62 1.19 0.29 0.75 0.69 0.60 0.74 1.02 0.76
N3 0.69 2.40 0.54 0.74 1.55 0.55 1.69 0.63 2.14 1.14 2.49 1.90 2.21 1.42 1.06 0.29 0.75 0.58 0.54 0.64 0.86 0.65
N7 0.84 2.27 0.52 0.93 1.82 0.74 2.05 0.82 2.36 1.42 2.45 1.91 2.41 1.78 1.34 0.36 0.98 0.74 0.68 0.79 0.99 0.81
N9 0.57 1.91 0.53 0.76 1.30 0.58 1.37 0.64 1.66 0.96 1.91 1.59 1.67 1.16 0.89 0.30 0.81 0.47 0.48 0.54 0.69 0.54
O2' 0.32 1.37 0.44 0.48 0.73 0.40 0.77 0.46 1.01 0.75 1.29 1.08 1.03 0.79 0.50 0.25 0.50 0.25 0.32 0.48 0.42 0.29
O3' 0.36 1.11 0.49 0.70 0.63 0.72 0.76 0.76 1.00 0.61 1.15 0.86 1.12 0.74 0.41 0.46 0.91 0.46 0.51 0.61 0.36 0.42
O4' 0.30 1.03 0.42 0.49 0.58 0.44 0.58 0.46 0.72 0.61 0.92 0.88 0.72 0.62 0.41 0.34 0.58 0.26 0.27 0.42 0.36 0.23
O5' 0.55 0.69 0.62 1.10 0.49 1.10 0.66 1.04 0.79 0.58 0.77 0.57 0.94 0.71 0.42 0.56 1.54 0.77 0.63 0.75 0.27 0.48
O6 1.03 2.92 0.52 0.92 2.20 0.75 2.66 0.84 3.30 1.77 3.40 2.31 3.64 2.33 1.62 0.35 0.94 0.95 0.81 1.07 1.35 1.07
OP1 0.60 0.66 0.60 0.38 0.78 0.72 1.06 0.64 1.08 1.12 0.87 0.59 1.28 1.27 0.80 0.86 1.15 0.59 0.29 0.91 0.84 0.57
OP2 1.02 0.99 0.93 1.67 0.92 1.85 0.92 1.92 0.96 0.88 0.97 1.00 1.02 0.93 0.89 0.55 2.00 1.48 1.48 1.27 0.96 1.24
P 0.66 0.47 0.59 1.39 0.31 1.50 0.45 1.40 0.56 0.38 0.49 0.49 0.76 0.56 0.28 0.39 2.04 1.09 0.84 0.91 0.29 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.29 0.00 0.37 0.47 0.50 0.30
C2 0.05 0.00 0.54 0.57 0.02 0.48 0.02 0.87 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.39 0.38 0.39 0.83 1.08 0.91 0.89
C2' 0.00 0.54 0.00 0.01 0.27 0.03 0.13 0.23 0.24 0.26 0.41 0.54 0.17 0.14 0.03 0.00 0.04 0.02 0.49 0.59 0.62 0.51
C3' 0.02 0.57 0.01 0.00 0.37 0.01 0.36 0.02 0.44 0.33 0.53 0.52 0.43 0.34 0.21 0.03 0.01 0.02 0.26 0.50 0.17 0.26
C4 0.03 0.02 0.27 0.37 0.00 0.22 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.17 0.20 0.55 0.81 0.83 0.57
C4' 0.01 0.48 0.03 0.01 0.22 0.00 0.13 0.01 0.21 0.28 0.37 0.46 0.16 0.20 0.08 0.28 0.04 0.00 0.03 0.37 0.19 0.15
C5 0.02 0.02 0.13 0.36 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.19 0.09 0.67 0.94 1.16 0.74
C5' 0.10 0.87 0.23 0.02 0.38 0.01 0.22 0.00 0.38 0.44 0.68 0.80 0.28 0.32 0.14 0.12 0.19 0.01 0.01 0.14 0.34 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.44 0.01 0.21 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.26 0.17 0.67 1.00 1.13 0.76
C8 0.01 0.02 0.26 0.33 0.01 0.28 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.44 0.25 0.20 0.96 0.99 1.47 1.02
N1 0.04 0.01 0.41 0.53 0.01 0.37 0.02 0.68 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.34 0.30 0.74 1.04 0.97 0.80
N3 0.05 0.01 0.54 0.52 0.01 0.46 0.01 0.80 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.39 0.34 0.40 0.72 0.98 0.77 0.77
N6 0.02 0.01 0.17 0.43 0.02 0.16 0.02 0.28 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.28 0.28 0.12 0.73 1.09 1.35 0.87
N7 0.01 0.03 0.14 0.34 0.01 0.20 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.24 0.11 0.91 1.11 1.57 1.04
N9 0.00 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.12 0.01 0.58 0.68 0.89 0.56
O2' 0.02 0.39 0.00 0.03 0.17 0.28 0.25 0.12 0.23 0.44 0.27 0.39 0.28 0.42 0.20 0.00 0.10 0.20 0.35 0.52 0.67 0.43
O3' 0.29 0.38 0.04 0.01 0.17 0.04 0.19 0.19 0.26 0.25 0.34 0.34 0.28 0.24 0.12 0.10 0.00 0.24 0.25 0.67 0.34 0.34
O4' 0.00 0.39 0.02 0.02 0.20 0.00 0.09 0.01 0.17 0.20 0.30 0.40 0.12 0.11 0.01 0.20 0.24 0.00 0.32 0.42 0.44 0.26
O5' 0.37 0.83 0.49 0.26 0.55 0.03 0.67 0.01 0.67 0.96 0.74 0.72 0.73 0.91 0.58 0.35 0.25 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.47 1.08 0.59 0.50 0.81 0.37 0.94 0.14 1.00 0.99 1.04 0.98 1.09 1.11 0.68 0.52 0.67 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.91 0.62 0.17 0.83 0.19 1.16 0.34 1.13 1.47 0.97 0.77 1.35 1.57 0.89 0.67 0.34 0.44 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.30 0.89 0.51 0.26 0.57 0.15 0.74 0.02 0.76 1.02 0.80 0.77 0.87 1.04 0.56 0.43 0.34 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00