ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50214

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 5, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.001, 0.037, 0.073, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.037 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.014, 0.052, 0.091, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.052 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.034, 0.085, 0.136, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.085 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.017, 0.077, 0.137, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.077 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.021, 0.082, 0.142, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.082 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.048, 0.124, 0.200, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.124 std_dev=0.076
C5' A 0, 0.027, 0.146, 0.265, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.146 std_dev=0.119
OP2 A 0, 0.106, 0.236, 0.366, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.236 std_dev=0.130
O4' B 0, 0.077, 0.210, 0.343, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.210 std_dev=0.133
C4' B 0, 0.074, 0.214, 0.354, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.214 std_dev=0.140
C1' B 0, 0.093, 0.233, 0.374, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.233 std_dev=0.140
P A 0, 0.061, 0.201, 0.342, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.201 std_dev=0.141
N9 B 0, 0.129, 0.279, 0.428, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.279 std_dev=0.150
C5' B 0, 0.085, 0.238, 0.392, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.238 std_dev=0.154
O5' B 0, 0.115, 0.269, 0.423, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.269 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.173, 0.332, 0.492, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.332 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.129, 0.291, 0.453, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.291 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.075, 0.238, 0.401, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.238 std_dev=0.163
C2' B 0, 0.095, 0.258, 0.421, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.258 std_dev=0.163
N3 B 0, 0.191, 0.355, 0.519, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.355 std_dev=0.164
OP1 B 0, 0.142, 0.306, 0.470, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.306 std_dev=0.164
P B 0, 0.116, 0.291, 0.467, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.291 std_dev=0.176
C5 B 0, 0.182, 0.359, 0.537, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.359 std_dev=0.177
N7 B 0, 0.158, 0.337, 0.516, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.337 std_dev=0.179
O5' A 0, 0.002, 0.183, 0.364, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.183 std_dev=0.181
C2 B 0, 0.224, 0.408, 0.592, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.408 std_dev=0.184
O3' B 0, 0.037, 0.225, 0.413, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.225 std_dev=0.188
OP2 B 0, 0.144, 0.338, 0.532, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.338 std_dev=0.194
O2' B 0, 0.104, 0.303, 0.503, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.303 std_dev=0.199
C6 B 0, 0.208, 0.409, 0.611, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.409 std_dev=0.201
N1 B 0, 0.232, 0.435, 0.638, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.435 std_dev=0.203
OP1 A 0, 0.050, 0.263, 0.475, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.263 std_dev=0.213
N6 B 0, 0.201, 0.432, 0.663, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.432 std_dev=0.231

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.12 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.11 0.07
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.12 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.12 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.13 0.07
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.10 0.10 0.07 0.07 0.11 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.12 0.02 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.13 0.07
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.12 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.13 0.07
N2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.12 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.12 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.08 0.13 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.12 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.15 0.11 0.11
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.12 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.11 0.08
O5' 0.04 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.07 0.00 0.09 0.13 0.08
OP1 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.02 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.15 0.09 0.08 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.07 0.13 0.06 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.08 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.11 0.11 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.08 0.06 0.07 0.15 0.13 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06
C2 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.05
C2' 0.11 0.09 0.13 0.13 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.15 0.15 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07
C3' 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.05 0.06 0.14 0.13 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05
C4 0.06 0.11 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.11 0.07 0.10 0.06 0.05 0.11 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05
C4' 0.05 0.10 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.04 0.10 0.08 0.08 0.05 0.04 0.14 0.14 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06
C5 0.05 0.12 0.06 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.11 0.06 0.13 0.09 0.12 0.07 0.06 0.10 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06
C5' 0.05 0.11 0.04 0.02 0.08 0.10 0.08 0.13 0.09 0.06 0.11 0.10 0.09 0.07 0.06 0.12 0.07 0.10 0.10 0.14 0.10 0.12
C6 0.06 0.11 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.11 0.07 0.13 0.08 0.12 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08 0.06
C8 0.06 0.13 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.11 0.07 0.13 0.11 0.11 0.08 0.07 0.13 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06
N1 0.06 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.11 0.07 0.12 0.07 0.12 0.08 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06
N2 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.13 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06
N3 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.10 0.07 0.06 0.11 0.09 0.07 0.08 0.08 0.06 0.05
N7 0.06 0.13 0.06 0.05 0.09 0.06 0.10 0.06 0.12 0.07 0.14 0.11 0.12 0.08 0.07 0.11 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07
N9 0.06 0.11 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.09 0.10 0.07 0.06 0.12 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05
O2' 0.16 0.08 0.18 0.19 0.08 0.18 0.07 0.16 0.06 0.12 0.07 0.08 0.06 0.09 0.12 0.19 0.21 0.16 0.15 0.14 0.13 0.13
O3' 0.08 0.09 0.11 0.11 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.05 0.06 0.14 0.15 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04
O4' 0.05 0.10 0.09 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.06 0.05 0.14 0.15 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05
O5' 0.11 0.14 0.07 0.08 0.13 0.18 0.13 0.20 0.13 0.12 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.05 0.01 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18
O6 0.06 0.12 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.06 0.12 0.08 0.13 0.09 0.13 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07
OP1 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.05 0.09 0.15 0.10 0.10
OP2 0.05 0.12 0.11 0.06 0.08 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.11 0.10 0.09 0.08 0.06 0.18 0.01 0.04 0.07 0.12 0.09 0.07
P 0.03 0.08 0.03 0.01 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.08 0.05 0.02 0.03 0.08 0.00 0.05 0.04 0.10 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.06 0.08 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.05 0.06 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.07 0.05
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.04 0.08 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.09 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00