ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50215

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 3, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.026, 0.040, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.043, 0.075, 0.107, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.075 std_dev=0.032
C5 A 0, 0.033, 0.070, 0.108, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.070 std_dev=0.037
O6 A 0, 0.052, 0.099, 0.147, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.099 std_dev=0.048
N9 A 0, 0.095, 0.147, 0.198, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.147 std_dev=0.052
C8 A 0, 0.057, 0.110, 0.163, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.110 std_dev=0.053
N1 A 0, 0.027, 0.088, 0.148, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.088 std_dev=0.061
N7 A 0, 0.040, 0.104, 0.167, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.104 std_dev=0.064
C1' A 0, 0.035, 0.104, 0.173, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.104 std_dev=0.069
N3 A 0, 0.028, 0.101, 0.175, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.101 std_dev=0.074
C2 A 0, 0.016, 0.107, 0.198, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.107 std_dev=0.091
N2 A 0, 0.060, 0.187, 0.315, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.187 std_dev=0.127
C2' B 0, 0.479, 0.757, 1.035, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.757 std_dev=0.278
O2' B 0, 0.613, 1.018, 1.423, 1.421 max_d=1.421 avg_d=1.018 std_dev=0.405
O2' A 0, 0.665, 1.426, 2.187, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.426 std_dev=0.761
O4' A 0, 0.119, 0.941, 1.763, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.941 std_dev=0.822
C2' A 0, 0.050, 0.915, 1.779, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.915 std_dev=0.865
C3' B 0, 0.276, 1.277, 2.278, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.277 std_dev=1.001
C1' B 0, 0.561, 1.765, 2.969, 3.779 max_d=3.779 avg_d=1.765 std_dev=1.204
C4' A 0, 0.112, 1.320, 2.527, 3.551 max_d=3.551 avg_d=1.320 std_dev=1.208
C3' A 0, 0.309, 1.567, 2.826, 3.971 max_d=3.971 avg_d=1.567 std_dev=1.258
O3' B 0, 0.622, 1.988, 3.354, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.988 std_dev=1.366
O3' A 0, 1.036, 2.553, 4.070, 5.468 max_d=5.468 avg_d=2.553 std_dev=1.517
C4' B 0, 0.317, 1.918, 3.520, 4.846 max_d=4.846 avg_d=1.918 std_dev=1.602
N9 B 0, 0.824, 2.464, 4.104, 5.705 max_d=5.705 avg_d=2.464 std_dev=1.640
O4' B 0, 0.125, 1.919, 3.713, 4.780 max_d=4.780 avg_d=1.919 std_dev=1.794
C8 B 0, 0.987, 2.826, 4.666, 6.350 max_d=6.350 avg_d=2.826 std_dev=1.840
C5' A 0, 0.469, 2.452, 4.434, 6.318 max_d=6.318 avg_d=2.452 std_dev=1.982
C5' B 0, 0.761, 2.927, 5.092, 7.349 max_d=7.349 avg_d=2.927 std_dev=2.165
C4 B 0, 1.063, 3.306, 5.549, 7.694 max_d=7.694 avg_d=3.306 std_dev=2.243
N3 B 0, 1.501, 3.776, 6.050, 7.974 max_d=7.974 avg_d=3.776 std_dev=2.274
O5' B 0, 0.671, 3.077, 5.482, 7.941 max_d=7.941 avg_d=3.077 std_dev=2.405
N7 B 0, 1.143, 3.666, 6.189, 8.798 max_d=8.798 avg_d=3.666 std_dev=2.523
OP2 B 0, 2.422, 4.997, 7.573, 10.039 max_d=10.039 avg_d=4.997 std_dev=2.576
O5' A 0, 0.262, 2.845, 5.428, 7.603 max_d=7.603 avg_d=2.845 std_dev=2.583
P B 0, 1.546, 4.385, 7.224, 9.947 max_d=9.947 avg_d=4.385 std_dev=2.839
C5 B 0, 1.094, 3.957, 6.820, 9.591 max_d=9.591 avg_d=3.957 std_dev=2.863
C2 B 0, 2.007, 4.952, 7.897, 10.212 max_d=10.212 avg_d=4.952 std_dev=2.945
OP1 B 0, 2.416, 5.514, 8.613, 11.345 max_d=11.345 avg_d=5.514 std_dev=3.098
P A 0, 0.081, 3.639, 7.198, 10.722 max_d=10.722 avg_d=3.639 std_dev=3.558
N1 B 0, 2.030, 5.613, 9.196, 12.215 max_d=12.215 avg_d=5.613 std_dev=3.583
C6 B 0, 1.489, 5.097, 8.704, 12.010 max_d=12.010 avg_d=5.097 std_dev=3.608
OP2 A 0, 0.037, 3.970, 7.904, 12.043 max_d=12.043 avg_d=3.970 std_dev=3.933
OP1 A 0, 0.751, 4.808, 8.866, 12.126 max_d=12.126 avg_d=4.808 std_dev=4.058
N6 B 0, 1.520, 5.852, 10.184, 14.187 max_d=14.187 avg_d=5.852 std_dev=4.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.19 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.22 0.08 0.05 0.16 0.21 0.19 0.05 0.01 0.04 0.26 0.01 0.14 0.06 0.27 0.19 0.08
C2 0.19 0.00 0.31 0.63 0.06 0.67 0.02 1.16 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.52 0.42 0.54 1.12 0.04 1.21 1.81 1.35
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.18 0.03 0.12 0.27 0.17 0.17 0.24 0.36 0.30 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.39 0.15 0.39 0.40 0.35
C3' 0.03 0.63 0.01 0.00 0.43 0.01 0.36 0.02 0.47 0.08 0.58 0.72 0.57 0.17 0.16 0.04 0.02 0.02 0.43 0.45 0.50 0.32 0.34
C4 0.06 0.06 0.18 0.43 0.00 0.33 0.01 0.59 0.03 0.02 0.08 0.05 0.01 0.03 0.03 0.28 0.24 0.27 0.43 0.03 0.57 0.69 0.44
C4' 0.01 0.67 0.03 0.01 0.33 0.00 0.20 0.01 0.32 0.34 0.52 0.85 0.63 0.23 0.11 0.32 0.05 0.01 0.03 0.26 0.26 0.31 0.06
C5 0.03 0.02 0.12 0.36 0.01 0.20 0.00 0.56 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.23 0.25 0.12 0.37 0.02 0.72 0.39 0.36
C5' 0.22 1.16 0.27 0.02 0.59 0.01 0.56 0.00 0.66 0.87 0.93 1.51 1.05 0.75 0.47 0.13 0.24 0.03 0.01 0.63 0.36 0.40 0.03
C6 0.08 0.03 0.17 0.47 0.03 0.32 0.02 0.66 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05 0.31 0.36 0.23 0.45 0.01 0.76 0.76 0.47
C8 0.05 0.07 0.17 0.08 0.02 0.34 0.03 0.87 0.05 0.00 0.08 0.07 0.05 0.01 0.02 0.24 0.07 0.26 0.85 0.05 1.12 0.75 0.98
N1 0.16 0.01 0.24 0.58 0.08 0.52 0.04 0.93 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.04 0.11 0.44 0.42 0.42 0.80 0.02 0.96 1.42 0.97
N2 0.21 0.00 0.36 0.72 0.05 0.85 0.02 1.51 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.10 0.63 0.50 0.65 1.56 0.05 1.76 2.53 1.96
N3 0.19 0.01 0.30 0.57 0.01 0.63 0.04 1.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.49 0.34 0.53 0.99 0.04 1.02 1.48 1.13
N7 0.05 0.03 0.10 0.17 0.03 0.23 0.01 0.75 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.21 0.12 0.15 0.74 0.04 1.14 0.58 0.87
N9 0.01 0.10 0.04 0.16 0.03 0.11 0.02 0.47 0.05 0.02 0.11 0.10 0.08 0.04 0.00 0.13 0.09 0.03 0.32 0.04 0.53 0.21 0.31
O2' 0.04 0.52 0.00 0.04 0.28 0.32 0.23 0.13 0.31 0.24 0.44 0.63 0.49 0.21 0.13 0.00 0.05 0.18 0.38 0.29 0.51 0.34 0.27
O3' 0.26 0.42 0.03 0.02 0.24 0.05 0.25 0.24 0.36 0.07 0.42 0.50 0.34 0.12 0.09 0.05 0.00 0.31 0.41 0.38 0.70 0.28 0.40
O4' 0.01 0.54 0.02 0.02 0.27 0.01 0.12 0.03 0.23 0.26 0.42 0.65 0.53 0.15 0.03 0.18 0.31 0.00 0.26 0.18 0.24 0.37 0.25
O5' 0.14 1.12 0.39 0.43 0.43 0.03 0.37 0.01 0.45 0.85 0.80 1.56 0.99 0.74 0.32 0.38 0.41 0.26 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.04 0.15 0.45 0.03 0.26 0.02 0.63 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.29 0.38 0.18 0.42 0.00 0.85 0.60 0.43
OP1 0.27 1.21 0.39 0.50 0.57 0.26 0.72 0.36 0.76 1.12 0.96 1.76 1.02 1.14 0.53 0.51 0.70 0.24 0.02 0.85 0.00 0.03 0.01
OP2 0.19 1.81 0.40 0.32 0.69 0.31 0.39 0.40 0.76 0.75 1.42 2.53 1.48 0.58 0.21 0.34 0.28 0.37 0.02 0.60 0.03 0.00 0.02
P 0.08 1.35 0.35 0.34 0.44 0.06 0.36 0.03 0.47 0.98 0.97 1.96 1.13 0.87 0.31 0.27 0.40 0.25 0.01 0.43 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 1.85 0.23 0.67 1.31 1.06 1.43 1.41 1.73 0.95 1.91 1.52 1.77 1.20 0.90 0.22 0.84 0.74 1.13 1.46 1.23 1.34
C2 0.39 2.11 0.24 0.38 1.58 0.63 2.08 0.78 2.59 1.37 2.60 1.56 2.95 1.91 1.08 0.31 0.66 0.24 0.63 0.93 1.35 0.93
C2' 0.42 1.62 0.63 0.78 0.99 1.28 1.06 1.75 1.38 0.66 1.64 1.30 1.41 0.83 0.62 0.50 0.75 0.85 1.32 1.86 1.25 1.56
C3' 0.54 1.92 0.77 0.25 1.33 0.59 1.36 1.12 1.67 0.74 1.92 1.64 1.68 1.02 0.87 0.80 0.14 0.26 0.71 1.40 0.80 1.03
C4 0.41 1.97 0.23 0.37 1.53 0.63 1.94 0.77 2.33 1.30 2.34 1.51 2.55 1.76 1.06 0.29 0.63 0.30 0.63 0.86 1.27 0.90
C4' 0.97 2.09 0.96 0.44 1.58 0.26 1.53 0.70 1.78 0.97 2.03 1.90 1.75 1.19 1.17 1.06 0.39 0.49 0.37 0.91 0.48 0.64
C5 0.38 1.81 0.24 0.29 1.54 0.50 2.07 0.43 2.43 1.46 2.29 1.37 2.74 1.98 1.11 0.31 0.61 0.16 0.49 0.54 1.41 0.78
C5' 1.73 2.47 1.86 1.44 2.15 0.88 2.11 0.39 2.27 1.70 2.44 2.37 2.24 1.85 1.88 1.84 1.38 1.20 0.71 0.17 0.85 0.46
C6 0.38 1.87 0.24 0.29 1.58 0.51 2.20 0.37 2.64 1.56 2.45 1.38 3.08 2.16 1.14 0.31 0.64 0.17 0.49 0.51 1.55 0.80
C8 0.42 1.52 0.25 0.29 1.39 0.51 1.69 0.50 1.87 1.24 1.79 1.26 1.99 1.58 1.03 0.32 0.54 0.26 0.50 0.56 1.19 0.74
N1 0.38 2.01 0.25 0.32 1.60 0.55 2.19 0.53 2.69 1.50 2.59 1.47 3.14 2.09 1.12 0.32 0.65 0.15 0.50 0.65 1.46 0.82
N2 0.39 2.19 0.24 0.42 1.59 0.68 2.08 0.90 2.62 1.34 2.68 1.60 3.01 1.89 1.07 0.31 0.68 0.28 0.72 1.10 1.37 1.03
N3 0.41 2.11 0.25 0.43 1.54 0.70 1.94 0.93 2.40 1.25 2.49 1.59 2.66 1.73 1.04 0.31 0.67 0.34 0.73 1.07 1.26 1.01
N7 0.38 1.54 0.25 0.26 1.45 0.46 1.94 0.28 2.17 1.45 1.96 1.21 2.40 1.91 1.10 0.32 0.58 0.17 0.49 0.45 1.43 0.75
N9 0.45 1.83 0.23 0.43 1.43 0.71 1.70 0.90 1.99 1.15 2.04 1.47 2.10 1.51 1.01 0.28 0.64 0.43 0.72 0.94 1.16 0.95
O2' 0.75 1.68 0.81 1.28 1.00 1.83 1.09 2.49 1.39 1.00 1.68 1.30 1.43 1.01 0.81 0.52 1.26 1.34 2.10 2.71 1.98 2.35
O3' 0.35 1.83 0.58 0.17 1.13 0.87 1.16 1.50 1.52 0.53 1.83 1.50 1.55 0.80 0.63 0.69 0.24 0.59 1.15 2.02 1.23 1.57
O4' 1.12 2.23 0.68 0.42 1.78 0.72 1.76 1.01 1.99 1.26 2.19 2.05 1.95 1.47 1.38 0.79 0.44 0.90 0.90 1.12 1.08 1.09
O5' 1.99 2.46 2.12 1.79 2.29 1.26 2.28 0.81 2.38 2.00 2.46 2.39 2.37 2.11 2.11 2.10 1.73 1.52 1.19 0.72 1.39 1.03
O6 0.39 1.79 0.24 0.30 1.56 0.56 2.26 0.37 2.68 1.65 2.42 1.31 3.21 2.29 1.15 0.30 0.67 0.29 0.59 0.55 1.72 0.89
OP1 2.43 2.61 2.54 2.49 2.56 2.04 2.57 1.75 2.61 2.48 2.63 2.59 2.62 2.53 2.50 2.37 2.53 2.14 2.09 1.79 2.22 2.00
OP2 2.76 3.11 2.95 2.83 3.14 2.20 3.30 1.92 3.36 3.16 3.26 3.03 3.45 3.30 3.05 2.59 2.56 2.39 2.45 1.97 2.81 2.32
P 2.61 2.80 2.75 2.66 2.80 2.13 2.84 1.77 2.87 2.73 2.85 2.77 2.90 2.79 2.73 2.52 2.62 2.28 2.16 1.70 2.32 2.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.28 0.29 0.45 0.33
C2 0.03 0.00 0.23 0.23 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.30 0.10 0.35 0.25 0.61 0.43
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.11 0.02 0.06 0.18 0.10 0.14 0.17 0.23 0.07 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.48 0.62 0.87 0.61
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.20 0.01 0.25 0.01 0.26 0.24 0.25 0.20 0.29 0.27 0.17 0.03 0.02 0.03 0.24 0.43 0.47 0.29
C4 0.02 0.01 0.11 0.20 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.19 0.05 0.40 0.25 0.63 0.47
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.06 0.04 0.09 0.11 0.06 0.27 0.03 0.01 0.03 0.17 0.09 0.07
C5 0.01 0.02 0.06 0.25 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.27 0.17 0.02 0.48 0.27 0.76 0.57
C5' 0.07 0.09 0.18 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.19 0.02 0.01 0.13 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.26 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.20 0.04 0.47 0.27 0.78 0.58
C8 0.02 0.02 0.14 0.24 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.18 0.09 0.53 0.26 0.75 0.60
N1 0.02 0.00 0.17 0.25 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.25 0.07 0.42 0.25 0.70 0.51
N3 0.04 0.01 0.23 0.20 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.30 0.10 0.33 0.25 0.56 0.39
N6 0.02 0.02 0.07 0.29 0.02 0.09 0.02 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.31 0.21 0.04 0.52 0.30 0.87 0.64
N7 0.01 0.02 0.09 0.27 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.20 0.07 0.55 0.30 0.85 0.66
N9 0.01 0.02 0.03 0.17 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.13 0.01 0.41 0.24 0.59 0.46
O2' 0.03 0.14 0.01 0.03 0.17 0.27 0.27 0.11 0.26 0.29 0.19 0.12 0.31 0.33 0.16 0.00 0.03 0.18 0.35 0.55 0.97 0.57
O3' 0.25 0.30 0.03 0.02 0.19 0.03 0.17 0.19 0.20 0.18 0.25 0.30 0.21 0.20 0.13 0.03 0.00 0.17 0.29 0.40 0.37 0.29
O4' 0.00 0.10 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.07 0.10 0.04 0.07 0.01 0.18 0.17 0.00 0.20 0.25 0.28 0.32
O5' 0.28 0.35 0.48 0.24 0.40 0.03 0.48 0.01 0.47 0.53 0.42 0.33 0.52 0.55 0.41 0.35 0.29 0.20 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.29 0.25 0.62 0.43 0.25 0.17 0.27 0.13 0.27 0.26 0.25 0.25 0.30 0.30 0.24 0.55 0.40 0.25 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.45 0.61 0.87 0.47 0.63 0.09 0.76 0.07 0.78 0.75 0.70 0.56 0.87 0.85 0.59 0.97 0.37 0.28 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.33 0.43 0.61 0.29 0.47 0.07 0.57 0.02 0.58 0.60 0.51 0.39 0.64 0.66 0.46 0.57 0.29 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00