ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50216

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 3, 0, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.038 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.014, 0.043, 0.073, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.010, 0.044, 0.078, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.044 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.013, 0.049, 0.085, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.049 std_dev=0.036
N9 A 0, 0.016, 0.054, 0.092, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.054 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.017, 0.057, 0.097, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.057 std_dev=0.040
O6 A 0, 0.021, 0.072, 0.123, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.072 std_dev=0.051
N2 A 0, 0.024, 0.079, 0.133, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.079 std_dev=0.055
C2' B 0, 0.206, 0.493, 0.779, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.493 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.201, 0.590, 0.980, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.590 std_dev=0.389
C1' B 0, 0.287, 0.755, 1.222, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.755 std_dev=0.467
N9 B 0, 0.257, 0.849, 1.442, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.849 std_dev=0.593
C3' B 0, 0.294, 0.899, 1.504, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.899 std_dev=0.605
C2' A 0, -0.130, 0.543, 1.216, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.543 std_dev=0.673
O4' B 0, 0.378, 1.051, 1.725, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.051 std_dev=0.674
C4' B 0, 0.390, 1.063, 1.737, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.063 std_dev=0.674
O4' A 0, -0.145, 0.593, 1.330, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.593 std_dev=0.737
C5' B 0, 0.316, 1.076, 1.836, 2.279 max_d=2.279 avg_d=1.076 std_dev=0.760
C8 B 0, 0.320, 1.087, 1.854, 2.366 max_d=2.366 avg_d=1.087 std_dev=0.767
O5' B 0, 0.204, 0.986, 1.768, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.986 std_dev=0.782
C4 B 0, 0.322, 1.117, 1.912, 2.064 max_d=2.064 avg_d=1.117 std_dev=0.795
N3 B 0, 0.476, 1.400, 2.324, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.400 std_dev=0.924
C3' A 0, -0.168, 0.787, 1.743, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.787 std_dev=0.956
C5 B 0, 0.326, 1.342, 2.359, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.342 std_dev=1.017
N7 B 0, 0.401, 1.436, 2.470, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.436 std_dev=1.035
O3' A 0, -0.098, 0.943, 1.983, 2.843 max_d=2.843 avg_d=0.943 std_dev=1.040
O2' A 0, -0.256, 0.794, 1.843, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.794 std_dev=1.050
P B 0, 0.415, 1.474, 2.532, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.474 std_dev=1.059
C4' A 0, -0.212, 0.906, 2.023, 2.899 max_d=2.899 avg_d=0.906 std_dev=1.117
C2 B 0, 0.532, 1.668, 2.804, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.668 std_dev=1.136
O3' B 0, 0.207, 1.351, 2.494, 4.136 max_d=4.136 avg_d=1.351 std_dev=1.144
OP1 B 0, 0.194, 1.409, 2.623, 4.102 max_d=4.102 avg_d=1.409 std_dev=1.215
C6 B 0, 0.385, 1.641, 2.897, 3.363 max_d=3.363 avg_d=1.641 std_dev=1.256
N1 B 0, 0.459, 1.730, 3.001, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.730 std_dev=1.271
N6 B 0, 0.483, 1.998, 3.514, 4.131 max_d=4.131 avg_d=1.998 std_dev=1.516
OP2 B 0, 0.482, 2.068, 3.654, 4.842 max_d=4.842 avg_d=2.068 std_dev=1.586
C5' A 0, -0.260, 1.430, 3.120, 4.457 max_d=4.457 avg_d=1.430 std_dev=1.690
O5' A 0, 0.226, 2.111, 3.997, 4.962 max_d=4.962 avg_d=2.111 std_dev=1.886
P A 0, 0.249, 2.884, 5.519, 7.139 max_d=7.139 avg_d=2.884 std_dev=2.635
OP2 A 0, 0.162, 2.845, 5.528, 6.872 max_d=6.872 avg_d=2.845 std_dev=2.683
OP1 A 0, 0.415, 3.452, 6.489, 8.422 max_d=8.422 avg_d=3.452 std_dev=3.037

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.10 0.08 0.03 0.01 0.02 0.30 0.01 0.31 0.03 0.37 0.17 0.27
C2 0.08 0.00 0.44 0.35 0.01 0.16 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.22 0.36 0.59 0.02 0.66 0.56 0.60
C2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.24 0.02 0.13 0.17 0.22 0.20 0.36 0.52 0.43 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.46 0.18 0.61 0.55 0.56
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.33 0.01 0.40 0.02 0.44 0.31 0.42 0.32 0.29 0.38 0.24 0.02 0.01 0.03 0.34 0.48 0.59 0.48 0.45
C4 0.04 0.01 0.24 0.33 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.18 0.64 0.02 0.76 0.56 0.65
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.12 0.31 0.08 0.25 0.17 0.29 0.11 0.30 0.02 0.00 0.03 0.18 0.40 0.22 0.11
C5 0.02 0.01 0.13 0.40 0.01 0.15 0.00 0.28 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.14 0.08 0.85 0.03 1.15 0.84 0.96
C5' 0.05 0.18 0.17 0.02 0.15 0.01 0.28 0.00 0.26 0.41 0.18 0.26 0.18 0.44 0.16 0.13 0.20 0.02 0.01 0.35 0.38 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.44 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.19 0.18 0.14 0.89 0.00 1.23 0.95 1.04
C8 0.03 0.02 0.20 0.31 0.01 0.31 0.02 0.41 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.48 0.12 0.23 0.84 0.06 1.17 0.75 0.90
N1 0.05 0.01 0.36 0.42 0.02 0.08 0.02 0.18 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.10 0.19 0.26 0.76 0.02 0.96 0.79 0.85
N2 0.10 0.01 0.52 0.32 0.02 0.25 0.02 0.26 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.39 0.29 0.43 0.50 0.03 0.56 0.47 0.49
N3 0.08 0.01 0.43 0.29 0.01 0.17 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.24 0.23 0.35 0.50 0.02 0.54 0.42 0.47
N7 0.03 0.01 0.09 0.38 0.01 0.29 0.01 0.44 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.46 0.18 0.14 0.96 0.06 1.43 0.97 1.12
N9 0.01 0.02 0.02 0.24 0.01 0.11 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.21 0.08 0.02 0.59 0.04 0.70 0.45 0.57
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.07 0.30 0.25 0.13 0.19 0.48 0.10 0.39 0.24 0.46 0.21 0.00 0.04 0.22 0.20 0.26 0.46 0.52 0.42
O3' 0.30 0.22 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.20 0.18 0.12 0.19 0.29 0.23 0.18 0.08 0.04 0.00 0.19 0.26 0.23 0.61 0.48 0.33
O4' 0.01 0.36 0.02 0.03 0.18 0.00 0.08 0.02 0.14 0.23 0.26 0.43 0.35 0.14 0.02 0.22 0.19 0.00 0.29 0.10 0.37 0.27 0.30
O5' 0.31 0.59 0.46 0.34 0.64 0.03 0.85 0.01 0.89 0.84 0.76 0.50 0.50 0.96 0.59 0.20 0.26 0.29 0.00 1.02 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.18 0.48 0.02 0.18 0.03 0.35 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.26 0.23 0.10 1.02 0.00 1.50 1.14 1.24
OP1 0.37 0.66 0.61 0.59 0.76 0.40 1.15 0.38 1.23 1.17 0.96 0.56 0.54 1.43 0.70 0.46 0.61 0.37 0.02 1.50 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.56 0.55 0.48 0.56 0.22 0.84 0.35 0.95 0.75 0.79 0.47 0.42 0.97 0.45 0.52 0.48 0.27 0.02 1.14 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.60 0.56 0.45 0.65 0.11 0.96 0.02 1.04 0.90 0.85 0.49 0.47 1.12 0.57 0.42 0.33 0.30 0.01 1.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.97 0.18 0.29 0.67 0.37 0.77 0.30 0.94 0.51 1.02 0.78 0.98 0.67 0.47 0.32 0.65 0.42 0.25 0.46 0.55 0.34
C2 0.28 0.68 0.23 0.19 0.58 0.24 0.85 0.20 1.04 0.66 0.94 0.49 1.27 0.87 0.46 0.24 0.47 0.31 0.38 0.32 0.83 0.50
C2' 0.67 1.00 0.70 0.58 0.80 0.67 0.81 0.63 0.92 0.64 1.00 0.91 0.93 0.72 0.67 0.75 0.60 0.69 0.57 0.55 0.66 0.53
C3' 0.43 0.94 0.23 0.38 0.56 0.50 0.51 0.38 0.67 0.25 0.86 0.82 0.66 0.36 0.35 0.25 0.69 0.53 0.22 0.52 0.56 0.31
C4 0.28 0.68 0.22 0.18 0.57 0.24 0.79 0.20 0.94 0.61 0.87 0.51 1.07 0.79 0.45 0.24 0.46 0.29 0.34 0.32 0.75 0.44
C4' 0.34 1.21 0.31 0.61 0.65 0.51 0.62 0.47 0.87 0.24 1.14 0.98 0.85 0.38 0.34 0.46 0.99 0.46 0.44 0.84 0.71 0.57
C5 0.24 0.46 0.25 0.19 0.46 0.17 0.71 0.19 0.79 0.61 0.62 0.38 0.95 0.78 0.40 0.23 0.36 0.22 0.45 0.36 0.89 0.56
C5' 0.42 1.33 0.44 0.72 0.72 0.57 0.60 0.54 0.85 0.18 1.17 1.15 0.78 0.29 0.37 0.61 1.07 0.56 0.57 1.00 0.90 0.72
C6 0.26 0.55 0.26 0.22 0.47 0.18 0.71 0.23 0.81 0.63 0.66 0.45 1.04 0.82 0.41 0.23 0.34 0.25 0.52 0.43 1.01 0.66
C8 0.24 0.46 0.23 0.18 0.44 0.21 0.59 0.18 0.63 0.51 0.55 0.39 0.70 0.62 0.37 0.23 0.39 0.24 0.35 0.32 0.72 0.43
N1 0.28 0.58 0.25 0.20 0.51 0.20 0.78 0.20 0.92 0.65 0.78 0.45 1.18 0.86 0.44 0.23 0.40 0.28 0.47 0.38 0.95 0.60
N2 0.29 0.72 0.22 0.20 0.61 0.27 0.88 0.21 1.09 0.67 1.01 0.52 1.34 0.90 0.48 0.25 0.51 0.33 0.36 0.32 0.81 0.49
N3 0.30 0.80 0.21 0.20 0.63 0.29 0.86 0.22 1.06 0.64 1.03 0.58 1.23 0.84 0.48 0.25 0.52 0.34 0.32 0.33 0.72 0.42
N7 0.20 0.32 0.26 0.21 0.36 0.16 0.57 0.21 0.57 0.56 0.39 0.30 0.69 0.69 0.35 0.23 0.32 0.17 0.46 0.38 0.88 0.56
N9 0.30 0.75 0.20 0.20 0.60 0.28 0.75 0.22 0.87 0.55 0.86 0.60 0.94 0.71 0.45 0.26 0.51 0.33 0.29 0.35 0.65 0.38
O2' 0.65 1.04 0.79 0.61 0.84 0.64 0.92 0.66 1.03 0.77 1.08 0.90 1.08 0.87 0.73 0.90 0.55 0.65 0.69 0.73 0.84 0.71
O3' 0.41 1.08 0.22 0.45 0.60 0.50 0.56 0.40 0.78 0.23 1.02 0.90 0.77 0.35 0.35 0.23 0.76 0.51 0.34 0.68 0.69 0.46
O4' 0.40 1.17 0.41 0.72 0.65 0.63 0.71 0.57 0.97 0.38 1.18 0.89 0.99 0.53 0.40 0.58 1.12 0.51 0.49 0.82 0.65 0.57
O5' 0.75 1.08 0.54 0.75 0.80 0.89 0.77 0.78 0.85 0.71 0.96 1.04 0.87 0.77 0.68 0.57 1.17 0.90 0.68 1.00 1.10 0.86
O6 0.30 0.71 0.29 0.29 0.49 0.22 0.69 0.32 0.79 0.62 0.74 0.59 0.99 0.81 0.42 0.24 0.33 0.30 0.63 0.55 1.15 0.78
OP1 1.35 1.01 1.62 1.64 1.13 1.76 1.32 1.90 1.19 1.72 1.03 0.98 1.32 1.68 1.37 1.57 1.55 1.55 2.04 2.46 2.63 2.33
OP2 1.04 0.79 1.09 1.49 0.62 1.46 0.54 1.45 0.43 0.87 0.55 0.84 0.47 0.77 0.77 0.94 1.64 1.30 1.48 1.64 1.88 1.61
P 0.94 0.79 0.97 1.36 0.61 1.40 0.67 1.34 0.61 0.93 0.63 0.80 0.73 0.92 0.73 0.87 1.69 1.21 1.33 1.63 1.82 1.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.01 0.02 0.20 0.00 0.17 0.31 0.27 0.18
C2 0.06 0.00 0.17 0.13 0.02 0.15 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.26 0.33 0.18 0.22 0.55 0.49 0.31
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.13 0.10 0.10 0.14 0.16 0.09 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.27 0.38 0.44 0.32
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.13 0.19 0.12 0.12 0.16 0.19 0.10 0.02 0.01 0.01 0.09 0.38 0.35 0.25
C4 0.02 0.02 0.09 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.20 0.09 0.30 0.57 0.55 0.39
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.17 0.10 0.15 0.08 0.15 0.04 0.19 0.01 0.01 0.02 0.30 0.23 0.09
C5 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.13 0.06 0.42 0.78 0.77 0.58
C5' 0.05 0.14 0.13 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.14 0.25 0.11 0.14 0.20 0.25 0.10 0.07 0.15 0.01 0.01 0.24 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.13 0.02 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.17 0.08 0.41 0.79 0.80 0.58
C8 0.04 0.02 0.10 0.19 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.28 0.08 0.13 0.50 0.82 0.79 0.65
N1 0.05 0.01 0.14 0.12 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.27 0.14 0.31 0.67 0.65 0.45
N3 0.06 0.01 0.16 0.12 0.01 0.15 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.23 0.33 0.18 0.18 0.49 0.41 0.26
N6 0.03 0.01 0.09 0.16 0.02 0.08 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.26 0.14 0.08 0.49 0.93 0.95 0.71
N7 0.03 0.02 0.07 0.19 0.01 0.15 0.01 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.09 0.10 0.53 0.95 0.93 0.73
N9 0.01 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.14 0.11 0.03 0.31 0.54 0.51 0.39
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.17 0.19 0.22 0.07 0.23 0.28 0.24 0.23 0.26 0.29 0.14 0.00 0.05 0.12 0.21 0.36 0.56 0.31
O3' 0.20 0.33 0.02 0.01 0.20 0.01 0.13 0.15 0.17 0.08 0.27 0.33 0.14 0.09 0.11 0.05 0.00 0.13 0.17 0.57 0.47 0.36
O4' 0.00 0.18 0.02 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.13 0.14 0.18 0.08 0.10 0.03 0.12 0.13 0.00 0.17 0.18 0.32 0.17
O5' 0.17 0.22 0.27 0.09 0.30 0.02 0.42 0.01 0.41 0.50 0.31 0.18 0.49 0.53 0.31 0.21 0.17 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.55 0.38 0.38 0.57 0.30 0.78 0.24 0.79 0.82 0.67 0.49 0.93 0.95 0.54 0.36 0.57 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.49 0.44 0.35 0.55 0.23 0.77 0.28 0.80 0.79 0.65 0.41 0.95 0.93 0.51 0.56 0.47 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.31 0.32 0.25 0.39 0.09 0.58 0.02 0.58 0.65 0.45 0.26 0.71 0.73 0.39 0.31 0.36 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00