ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50217

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 2, 1, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.033, 0.077, 0.120, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.077 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.041, 0.103, 0.165, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.103 std_dev=0.062
C3' A 0, 0.055, 0.121, 0.187, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.121 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.046, 0.130, 0.214, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.130 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.050, 0.152, 0.254, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.152 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.090, 0.200, 0.310, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.200 std_dev=0.110
O5' A 0, 0.127, 0.269, 0.411, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.269 std_dev=0.142
C5' A 0, 0.088, 0.230, 0.373, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.230 std_dev=0.143
O3' B 0, 0.211, 0.375, 0.539, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.375 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.239, 0.427, 0.615, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.427 std_dev=0.188
P A 0, 0.192, 0.381, 0.571, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.381 std_dev=0.190
O2' B 0, 0.219, 0.424, 0.629, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.424 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.227, 0.437, 0.647, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.437 std_dev=0.210
OP2 A 0, 0.220, 0.441, 0.662, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.441 std_dev=0.221
C4' B 0, 0.251, 0.487, 0.722, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.487 std_dev=0.236
C1' B 0, 0.235, 0.481, 0.726, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.481 std_dev=0.246
O4' B 0, 0.258, 0.519, 0.780, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.519 std_dev=0.261
N3 B 0, 0.251, 0.524, 0.796, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.524 std_dev=0.273
OP1 A 0, 0.243, 0.520, 0.796, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.520 std_dev=0.276
N9 B 0, 0.243, 0.522, 0.801, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.522 std_dev=0.279
C5' B 0, 0.232, 0.521, 0.810, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.521 std_dev=0.289
O5' B 0, 0.292, 0.583, 0.873, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.583 std_dev=0.291
C4 B 0, 0.247, 0.538, 0.830, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.538 std_dev=0.291
C2 B 0, 0.268, 0.565, 0.861, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.565 std_dev=0.297
OP1 B 0, 0.277, 0.580, 0.882, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.580 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.256, 0.565, 0.874, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.565 std_dev=0.309
P B 0, 0.270, 0.586, 0.902, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.586 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.257, 0.588, 0.919, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.588 std_dev=0.331
N1 B 0, 0.279, 0.615, 0.950, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.615 std_dev=0.336
N7 B 0, 0.259, 0.604, 0.948, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.604 std_dev=0.345
C6 B 0, 0.271, 0.625, 0.979, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.625 std_dev=0.354
OP2 B 0, 0.258, 0.628, 0.997, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.628 std_dev=0.370
N6 B 0, 0.279, 0.675, 1.072, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.675 std_dev=0.397

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.13 0.01 0.15 0.26 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.13 0.01 0.14 0.23 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.15 0.01 0.17 0.28 0.18
C5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.15 0.00 0.19 0.31 0.20
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.13 0.01 0.14 0.23 0.16
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.15 0.01 0.18 0.29 0.19
N2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.04 0.13 0.02 0.15 0.25 0.16
N3 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.12 0.01 0.13 0.22 0.14
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.14 0.01 0.18 0.28 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.01 0.11 0.19 0.14
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.07 0.11 0.08 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06
O3' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.08 0.06 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.02 0.09 0.09 0.09
O5' 0.08 0.13 0.04 0.05 0.13 0.02 0.15 0.01 0.15 0.13 0.15 0.13 0.12 0.14 0.12 0.05 0.05 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.16 0.00 0.21 0.33 0.21
OP1 0.07 0.15 0.05 0.05 0.14 0.05 0.17 0.05 0.19 0.14 0.18 0.15 0.13 0.18 0.11 0.07 0.06 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.26 0.04 0.07 0.23 0.03 0.28 0.01 0.31 0.23 0.29 0.25 0.22 0.28 0.19 0.07 0.07 0.09 0.01 0.33 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.16 0.04 0.05 0.16 0.03 0.18 0.02 0.20 0.16 0.19 0.16 0.14 0.19 0.14 0.06 0.05 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.08 0.12 0.10 0.08 0.09 0.11 0.10 0.14 0.11 0.12 0.09
C2 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.14 0.15 0.16 0.14 0.12 0.17 0.17 0.14 0.13 0.15 0.13 0.16 0.14 0.13 0.10
C2' 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.13 0.13 0.11 0.14 0.14 0.11 0.11 0.09 0.10 0.15 0.09 0.13 0.10
C3' 0.10 0.13 0.09 0.08 0.12 0.08 0.13 0.08 0.13 0.12 0.14 0.11 0.14 0.13 0.11 0.12 0.07 0.10 0.12 0.08 0.12 0.08
C4 0.12 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11 0.09 0.13 0.13 0.10 0.10 0.15 0.12 0.15 0.14 0.12 0.09
C4' 0.07 0.13 0.07 0.04 0.11 0.07 0.12 0.08 0.14 0.10 0.14 0.11 0.15 0.12 0.09 0.12 0.04 0.08 0.09 0.09 0.11 0.06
C5 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.14 0.12 0.15 0.12 0.13 0.12 0.09 0.14 0.13 0.11 0.12 0.16 0.13 0.16 0.17 0.13 0.11
C5' 0.11 0.19 0.09 0.04 0.16 0.05 0.17 0.07 0.18 0.13 0.19 0.18 0.18 0.15 0.13 0.15 0.04 0.08 0.06 0.11 0.12 0.07
C6 0.14 0.11 0.13 0.15 0.12 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.13 0.10 0.15 0.16 0.13 0.14 0.16 0.14 0.16 0.19 0.14 0.12
C8 0.09 0.12 0.08 0.12 0.09 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.13 0.10 0.13 0.10 0.08 0.06 0.15 0.11 0.15 0.17 0.13 0.12
N1 0.14 0.12 0.13 0.14 0.12 0.14 0.14 0.15 0.15 0.17 0.13 0.11 0.17 0.17 0.14 0.14 0.15 0.14 0.16 0.17 0.13 0.11
N2 0.15 0.15 0.13 0.13 0.15 0.13 0.17 0.14 0.18 0.18 0.17 0.14 0.20 0.19 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14 0.13 0.09
N3 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.10 0.16 0.15 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.12 0.12 0.08
N7 0.12 0.13 0.11 0.15 0.11 0.15 0.12 0.15 0.13 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.11 0.11 0.17 0.13 0.16 0.19 0.13 0.12
N9 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.12 0.11 0.08 0.07 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.10
O2' 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.09 0.11 0.18 0.13 0.14 0.13
O3' 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.10 0.09 0.07 0.10 0.06 0.09 0.11 0.08 0.11 0.07
O4' 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.09 0.13 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12 0.11
O5' 0.06 0.11 0.05 0.02 0.09 0.04 0.09 0.05 0.10 0.07 0.11 0.11 0.10 0.08 0.07 0.10 0.01 0.06 0.07 0.11 0.15 0.08
O6 0.15 0.13 0.15 0.16 0.13 0.16 0.15 0.17 0.15 0.17 0.14 0.12 0.17 0.17 0.14 0.16 0.17 0.15 0.17 0.22 0.15 0.14
OP1 0.13 0.23 0.04 0.04 0.18 0.10 0.16 0.13 0.18 0.11 0.21 0.22 0.17 0.12 0.14 0.05 0.01 0.14 0.11 0.27 0.20 0.18
OP2 0.04 0.07 0.08 0.03 0.06 0.09 0.07 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.12 0.01 0.07 0.11 0.13 0.21 0.11
P 0.06 0.10 0.03 0.01 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.10 0.07 0.05 0.06 0.06 0.00 0.08 0.07 0.16 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.13 0.15 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.09 0.14 0.16 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.17 0.17 0.12
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.12 0.11 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.04 0.08 0.14 0.17 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.09 0.15 0.18 0.13
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.09 0.15 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.08 0.15 0.18 0.13
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.09 0.14 0.18 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.08 0.13 0.16 0.11
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.10 0.15 0.19 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.09 0.16 0.19 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.14 0.17 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.09 0.19 0.20 0.14
O3' 0.05 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.11 0.12 0.06
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.10 0.11 0.07
O5' 0.05 0.09 0.08 0.05 0.08 0.02 0.09 0.00 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.14 0.17 0.12 0.14 0.08 0.15 0.04 0.15 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.14 0.19 0.11 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.16 0.17 0.11 0.17 0.07 0.18 0.01 0.18 0.18 0.18 0.16 0.19 0.19 0.17 0.20 0.12 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.11 0.12 0.07 0.11 0.04 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.14 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00