ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50219

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.029 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.001, 0.042, 0.083, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.042 std_dev=0.041
N3 A 0, -0.006, 0.040, 0.087, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.040 std_dev=0.046
C2 A 0, -0.010, 0.043, 0.095, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.043 std_dev=0.052
C1' A 0, 0.002, 0.056, 0.110, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.056 std_dev=0.054
O6 A 0, 0.037, 0.095, 0.153, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.095 std_dev=0.058
C8 A 0, -0.009, 0.053, 0.115, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.053 std_dev=0.062
N7 A 0, -0.013, 0.050, 0.113, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.050 std_dev=0.063
N2 A 0, -0.006, 0.084, 0.174, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.084 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.012, 0.144, 0.277, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.144 std_dev=0.132
C2' A 0, 0.057, 0.218, 0.378, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.218 std_dev=0.160
O2' A 0, 0.134, 0.300, 0.467, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.300 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.087, 0.338, 0.589, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.338 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.170, 0.463, 0.756, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.463 std_dev=0.293
O5' A 0, 0.125, 0.466, 0.806, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.466 std_dev=0.340
C5' A 0, 0.116, 0.481, 0.845, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.481 std_dev=0.364
C3' B 0, 0.288, 0.712, 1.136, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.712 std_dev=0.424
O3' B 0, 0.289, 0.726, 1.162, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.726 std_dev=0.436
P A 0, 0.251, 0.695, 1.140, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.695 std_dev=0.445
C2' B 0, 0.309, 0.769, 1.229, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.769 std_dev=0.460
O2' B 0, 0.351, 0.828, 1.306, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.828 std_dev=0.477
OP2 A 0, 0.293, 0.783, 1.272, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.783 std_dev=0.489
O3' A 0, 0.329, 0.843, 1.356, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.843 std_dev=0.513
OP1 A 0, 0.296, 0.918, 1.541, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.918 std_dev=0.623
C4' B 0, 0.265, 0.923, 1.581, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.923 std_dev=0.658
C1' B 0, 0.261, 0.983, 1.704, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.983 std_dev=0.721
N9 B 0, 0.223, 1.038, 1.854, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.038 std_dev=0.816
O4' B 0, 0.238, 1.058, 1.878, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.058 std_dev=0.820
C5' B 0, 0.233, 1.058, 1.883, 2.657 max_d=2.657 avg_d=1.058 std_dev=0.825
N3 B 0, 0.297, 1.145, 1.992, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.145 std_dev=0.848
C4 B 0, 0.205, 1.087, 1.969, 2.942 max_d=2.942 avg_d=1.087 std_dev=0.882
C8 B 0, 0.187, 1.114, 2.042, 3.102 max_d=3.102 avg_d=1.114 std_dev=0.927
C2 B 0, 0.303, 1.267, 2.231, 3.298 max_d=3.298 avg_d=1.267 std_dev=0.964
O5' B 0, 0.171, 1.174, 2.176, 3.442 max_d=3.442 avg_d=1.174 std_dev=1.002
C5 B 0, 0.102, 1.142, 2.181, 3.455 max_d=3.455 avg_d=1.142 std_dev=1.040
N7 B 0, 0.103, 1.170, 2.236, 3.551 max_d=3.551 avg_d=1.170 std_dev=1.067
N1 B 0, 0.235, 1.324, 2.413, 3.774 max_d=3.774 avg_d=1.324 std_dev=1.089
OP2 B 0, 0.739, 1.830, 2.922, 3.211 max_d=3.211 avg_d=1.830 std_dev=1.092
C6 B 0, 0.139, 1.269, 2.399, 3.866 max_d=3.866 avg_d=1.269 std_dev=1.130
N6 B 0, 0.123, 1.391, 2.659, 4.395 max_d=4.395 avg_d=1.391 std_dev=1.268
P B 0, 0.207, 1.605, 3.003, 4.937 max_d=4.937 avg_d=1.605 std_dev=1.398
OP1 B 0, 1.268, 3.383, 5.499, 7.221 max_d=7.221 avg_d=3.383 std_dev=2.116

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.13 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.09 0.17 0.12 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.12 0.14 0.10
C2 0.13 0.00 0.20 0.24 0.05 0.15 0.03 0.19 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.19 0.28 0.12 0.24 0.02 0.21 0.34 0.20
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.12 0.07 0.17 0.25 0.19 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.13 0.05 0.18 0.06
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.17 0.01 0.18 0.02 0.21 0.16 0.23 0.27 0.21 0.16 0.12 0.02 0.01 0.01 0.14 0.24 0.13 0.21 0.12
C4 0.04 0.05 0.10 0.17 0.00 0.09 0.01 0.15 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.09 0.18 0.04 0.20 0.05 0.17 0.28 0.16
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.13 0.12 0.13 0.19 0.14 0.12 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.16 0.09 0.07 0.05
C5 0.02 0.03 0.07 0.18 0.01 0.11 0.00 0.19 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.22 0.03 0.26 0.05 0.25 0.36 0.23
C5' 0.03 0.19 0.02 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.21 0.19 0.19 0.20 0.17 0.21 0.13 0.06 0.05 0.01 0.01 0.25 0.06 0.02 0.02
C6 0.06 0.02 0.12 0.21 0.03 0.13 0.02 0.21 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.11 0.26 0.05 0.28 0.02 0.29 0.41 0.27
C8 0.05 0.08 0.07 0.16 0.03 0.12 0.04 0.19 0.06 0.00 0.07 0.09 0.05 0.00 0.01 0.06 0.19 0.08 0.23 0.09 0.19 0.27 0.18
N1 0.09 0.01 0.17 0.23 0.04 0.13 0.03 0.19 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.16 0.28 0.08 0.26 0.02 0.25 0.38 0.24
N2 0.17 0.01 0.25 0.27 0.06 0.19 0.04 0.20 0.02 0.09 0.01 0.00 0.04 0.04 0.10 0.26 0.33 0.17 0.25 0.03 0.21 0.33 0.20
N3 0.12 0.01 0.19 0.21 0.02 0.14 0.01 0.17 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.17 0.24 0.12 0.21 0.03 0.17 0.28 0.16
N7 0.05 0.04 0.05 0.16 0.02 0.12 0.01 0.21 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.21 0.08 0.27 0.09 0.28 0.38 0.26
N9 0.01 0.08 0.03 0.12 0.02 0.07 0.02 0.13 0.05 0.01 0.06 0.10 0.06 0.03 0.00 0.03 0.12 0.01 0.16 0.07 0.13 0.21 0.12
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.09 0.07 0.07 0.06 0.11 0.06 0.16 0.26 0.17 0.05 0.03 0.00 0.07 0.08 0.08 0.11 0.12 0.12 0.05
O3' 0.02 0.28 0.02 0.01 0.18 0.02 0.22 0.05 0.26 0.19 0.28 0.33 0.24 0.21 0.12 0.07 0.00 0.02 0.20 0.30 0.23 0.27 0.19
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.17 0.12 0.08 0.01 0.08 0.02 0.00 0.08 0.08 0.22 0.18 0.20
O5' 0.04 0.24 0.09 0.14 0.20 0.02 0.26 0.01 0.28 0.23 0.26 0.25 0.21 0.27 0.16 0.08 0.20 0.08 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.08 0.02 0.13 0.24 0.05 0.16 0.05 0.25 0.02 0.09 0.02 0.03 0.03 0.09 0.07 0.11 0.30 0.08 0.32 0.00 0.36 0.46 0.33
OP1 0.12 0.21 0.05 0.13 0.17 0.09 0.25 0.06 0.29 0.19 0.25 0.21 0.17 0.28 0.13 0.12 0.23 0.22 0.02 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.34 0.18 0.21 0.28 0.07 0.36 0.02 0.41 0.27 0.38 0.33 0.28 0.38 0.21 0.12 0.27 0.18 0.02 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.06 0.12 0.16 0.05 0.23 0.02 0.27 0.18 0.24 0.20 0.16 0.26 0.12 0.05 0.19 0.20 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.43 0.26 0.20 0.35 0.18 0.43 0.20 0.46 0.45 0.47 0.34 0.50 0.48 0.36 0.31 0.28 0.23 0.55 0.45 0.46 0.47
C2 0.45 0.24 0.28 0.19 0.49 0.28 0.72 0.27 0.71 0.75 0.41 0.28 0.88 0.86 0.56 0.28 0.15 0.42 0.82 0.97 1.04 0.87
C2' 0.31 0.46 0.26 0.13 0.34 0.13 0.43 0.16 0.47 0.45 0.49 0.35 0.53 0.48 0.35 0.34 0.20 0.20 0.57 0.35 0.49 0.45
C3' 0.30 0.42 0.29 0.09 0.30 0.08 0.36 0.15 0.40 0.44 0.43 0.33 0.43 0.44 0.33 0.38 0.11 0.18 0.51 0.27 0.45 0.33
C4 0.34 0.23 0.23 0.14 0.32 0.19 0.49 0.18 0.43 0.60 0.27 0.14 0.52 0.64 0.42 0.25 0.15 0.29 0.72 0.74 0.81 0.71
C4' 0.33 0.42 0.32 0.13 0.31 0.12 0.36 0.15 0.38 0.42 0.42 0.34 0.41 0.41 0.34 0.41 0.16 0.20 0.45 0.25 0.31 0.28
C5 0.29 0.38 0.21 0.13 0.21 0.19 0.36 0.20 0.25 0.57 0.28 0.25 0.32 0.59 0.36 0.22 0.11 0.28 0.80 0.80 0.93 0.81
C5' 0.36 0.38 0.40 0.18 0.31 0.13 0.33 0.11 0.33 0.44 0.36 0.34 0.33 0.40 0.36 0.49 0.10 0.23 0.37 0.39 0.25 0.18
C6 0.33 0.45 0.22 0.17 0.28 0.25 0.45 0.28 0.34 0.66 0.37 0.29 0.43 0.71 0.41 0.23 0.12 0.36 0.88 0.99 1.14 0.95
C8 0.17 0.39 0.16 0.05 0.16 0.07 0.19 0.14 0.19 0.36 0.31 0.32 0.19 0.33 0.20 0.20 0.12 0.12 0.64 0.45 0.56 0.54
N1 0.40 0.30 0.24 0.18 0.39 0.28 0.61 0.29 0.52 0.73 0.27 0.24 0.71 0.83 0.50 0.25 0.12 0.40 0.88 1.04 1.15 0.96
N2 0.49 0.39 0.30 0.21 0.58 0.31 0.81 0.29 0.86 0.79 0.60 0.40 1.08 0.92 0.61 0.30 0.16 0.46 0.83 1.02 1.08 0.90
N3 0.43 0.27 0.27 0.17 0.48 0.24 0.67 0.21 0.67 0.69 0.47 0.27 0.79 0.77 0.53 0.29 0.17 0.37 0.73 0.82 0.87 0.75
N7 0.20 0.49 0.18 0.10 0.21 0.13 0.23 0.16 0.25 0.43 0.40 0.38 0.22 0.39 0.25 0.20 0.10 0.21 0.76 0.63 0.79 0.71
N9 0.27 0.32 0.21 0.12 0.25 0.12 0.36 0.15 0.35 0.47 0.32 0.23 0.40 0.48 0.33 0.25 0.18 0.19 0.62 0.53 0.59 0.56
O2' 0.36 0.55 0.28 0.17 0.42 0.18 0.50 0.18 0.57 0.47 0.60 0.44 0.63 0.52 0.39 0.37 0.24 0.26 0.52 0.36 0.45 0.41
O3' 0.32 0.45 0.31 0.12 0.31 0.10 0.37 0.16 0.42 0.44 0.47 0.35 0.46 0.44 0.34 0.42 0.09 0.19 0.49 0.34 0.46 0.30
O4' 0.32 0.42 0.28 0.22 0.32 0.20 0.36 0.24 0.39 0.41 0.42 0.34 0.41 0.41 0.33 0.36 0.33 0.22 0.50 0.35 0.33 0.39
O5' 0.24 0.36 0.29 0.11 0.25 0.07 0.27 0.21 0.27 0.38 0.32 0.32 0.27 0.35 0.28 0.32 0.02 0.13 0.43 0.43 0.24 0.20
O6 0.33 0.60 0.23 0.20 0.31 0.29 0.42 0.32 0.43 0.63 0.59 0.41 0.46 0.67 0.39 0.24 0.16 0.38 0.94 1.06 1.27 1.04
OP1 0.07 0.32 0.05 0.04 0.12 0.21 0.12 0.29 0.13 0.26 0.23 0.29 0.15 0.26 0.08 0.11 0.02 0.17 0.33 0.80 0.28 0.27
OP2 0.06 0.27 0.10 0.04 0.18 0.26 0.26 0.45 0.27 0.34 0.26 0.24 0.32 0.37 0.16 0.06 0.01 0.20 0.49 0.58 0.21 0.20
P 0.04 0.28 0.11 0.02 0.11 0.15 0.14 0.26 0.14 0.29 0.21 0.25 0.16 0.28 0.12 0.11 0.01 0.09 0.36 0.55 0.20 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.10 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.68 0.20 0.20
C2 0.10 0.00 0.27 0.28 0.01 0.13 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.37 0.07 0.27 0.87 0.59 0.34
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.01 0.13 0.11 0.21 0.27 0.11 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.42 0.22 0.23
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.11 0.01 0.04 0.02 0.09 0.21 0.20 0.27 0.05 0.15 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.25 0.20 0.23
C4 0.05 0.01 0.14 0.11 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.14 0.03 0.30 0.91 0.56 0.37
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.16 0.08 0.13 0.06 0.14 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.20 0.14 0.06
C5 0.03 0.02 0.08 0.04 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.05 0.03 0.41 1.04 0.76 0.49
C5' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.09 0.01 0.15 0.00 0.14 0.25 0.12 0.11 0.19 0.25 0.10 0.03 0.04 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01
C6 0.06 0.01 0.13 0.09 0.02 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.13 0.04 0.41 1.04 0.82 0.49
C8 0.03 0.01 0.11 0.21 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.22 0.07 0.48 1.08 0.66 0.51
N1 0.08 0.00 0.21 0.20 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.27 0.28 0.05 0.34 0.96 0.73 0.42
N3 0.10 0.01 0.27 0.27 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.29 0.34 0.07 0.24 0.82 0.49 0.30
N6 0.05 0.01 0.11 0.05 0.02 0.06 0.02 0.19 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.17 0.08 0.05 0.46 1.10 0.94 0.57
N7 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.16 0.06 0.51 1.15 0.85 0.59
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.30 0.89 0.46 0.35
O2' 0.01 0.32 0.00 0.02 0.16 0.03 0.12 0.03 0.19 0.06 0.27 0.29 0.17 0.05 0.03 0.00 0.06 0.04 0.08 0.32 0.09 0.11
O3' 0.02 0.37 0.02 0.01 0.14 0.02 0.05 0.04 0.13 0.22 0.28 0.34 0.08 0.16 0.03 0.06 0.00 0.02 0.27 0.35 0.23 0.20
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.13 0.64 0.16 0.18
O5' 0.13 0.27 0.23 0.30 0.30 0.02 0.41 0.01 0.41 0.48 0.34 0.24 0.46 0.51 0.30 0.08 0.27 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.68 0.87 0.42 0.25 0.91 0.20 1.04 0.12 1.04 1.08 0.96 0.82 1.10 1.15 0.89 0.32 0.35 0.64 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.59 0.22 0.20 0.56 0.14 0.76 0.29 0.82 0.66 0.73 0.49 0.94 0.85 0.46 0.09 0.23 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.34 0.23 0.23 0.37 0.06 0.49 0.01 0.49 0.51 0.42 0.30 0.57 0.59 0.35 0.11 0.20 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00