ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50222

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.012, 0.027, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.013, 0.031, 0.048, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.015, 0.034, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.013, 0.040, 0.067, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.014, 0.064, 0.114, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.064 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.023, 0.138, 0.253, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.138 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.055, 0.170, 0.285, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.170 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.104, 0.231, 0.358, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.231 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.031, 0.221, 0.411, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.221 std_dev=0.190
C3' A 0, 0.018, 0.220, 0.423, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.220 std_dev=0.203
O3' A 0, 0.063, 0.329, 0.594, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.329 std_dev=0.265
O5' A 0, 0.168, 0.479, 0.791, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.479 std_dev=0.311
C5' A 0, -0.015, 0.311, 0.637, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.311 std_dev=0.326
P A 0, 0.352, 0.687, 1.021, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.687 std_dev=0.334
C3' B 0, 0.437, 0.816, 1.195, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.816 std_dev=0.379
O2' B 0, 0.386, 0.784, 1.182, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.784 std_dev=0.398
O3' B 0, 0.379, 0.777, 1.176, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.777 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.227, 0.660, 1.093, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.660 std_dev=0.433
C2' B 0, 0.619, 1.135, 1.652, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.135 std_dev=0.517
OP2 A 0, 0.536, 1.077, 1.617, 1.624 max_d=1.624 avg_d=1.077 std_dev=0.540
C4' B 0, 0.779, 1.541, 2.304, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.541 std_dev=0.762
O4' B 0, 0.610, 1.443, 2.276, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.443 std_dev=0.833
C1' B 0, 0.884, 1.800, 2.715, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.800 std_dev=0.916
C5' B 0, 1.055, 2.372, 3.690, 3.440 max_d=3.440 avg_d=2.372 std_dev=1.317
N9 B 0, 1.410, 2.956, 4.502, 5.074 max_d=5.074 avg_d=2.956 std_dev=1.546
O5' B 0, 1.554, 3.359, 5.164, 4.665 max_d=4.665 avg_d=3.359 std_dev=1.805
C8 B 0, 1.883, 3.815, 5.747, 5.988 max_d=5.988 avg_d=3.815 std_dev=1.932
C4 B 0, 1.827, 4.018, 6.209, 6.895 max_d=6.895 avg_d=4.018 std_dev=2.191
N3 B 0, 1.857, 4.288, 6.719, 7.626 max_d=7.626 avg_d=4.288 std_dev=2.431
N7 B 0, 2.482, 5.151, 7.821, 7.943 max_d=7.943 avg_d=5.151 std_dev=2.670
C5 B 0, 2.423, 5.213, 8.003, 8.358 max_d=8.358 avg_d=5.213 std_dev=2.790
P B 0, 2.232, 5.159, 8.086, 7.366 max_d=7.366 avg_d=5.159 std_dev=2.927
C2 B 0, 2.415, 5.578, 8.742, 9.554 max_d=9.554 avg_d=5.578 std_dev=3.164
OP1 B 0, 2.321, 5.486, 8.651, 7.920 max_d=7.920 avg_d=5.486 std_dev=3.165
C6 B 0, 2.959, 6.502, 10.046, 10.300 max_d=10.300 avg_d=6.502 std_dev=3.543
OP2 B 0, 2.606, 6.162, 9.717, 8.855 max_d=8.855 avg_d=6.162 std_dev=3.555
N1 B 0, 2.912, 6.588, 10.263, 10.760 max_d=10.760 avg_d=6.588 std_dev=3.675
N6 B 0, 3.592, 7.828, 12.065, 11.962 max_d=11.962 avg_d=7.828 std_dev=4.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.02 0.05 0.24 0.11
C2 0.05 0.00 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.04 0.27 0.01 0.19 0.45 0.23
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.09 0.04
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.06 0.11 0.14 0.11 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.12 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.27 0.01 0.15 0.44 0.22
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.05 0.08 0.08 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.33 0.01 0.20 0.56 0.28
C5' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.16 0.10 0.15 0.13 0.10 0.13 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.17 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.35 0.00 0.25 0.61 0.31
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.30 0.02 0.12 0.49 0.24
N1 0.03 0.00 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.03 0.32 0.01 0.23 0.55 0.28
N2 0.06 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.16 0.05 0.25 0.01 0.18 0.41 0.21
N3 0.05 0.00 0.07 0.11 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.11 0.04 0.24 0.01 0.14 0.39 0.19
N7 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.04 0.34 0.02 0.19 0.61 0.30
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.24 0.01 0.10 0.38 0.18
O2' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.09 0.08 0.12 0.16 0.11 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.21 0.08 0.12 0.31 0.23
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.04 0.07 0.22 0.12
O5' 0.14 0.27 0.02 0.08 0.27 0.01 0.33 0.01 0.35 0.30 0.32 0.25 0.24 0.34 0.24 0.03 0.21 0.14 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.38 0.00 0.29 0.67 0.34
OP1 0.05 0.19 0.03 0.06 0.15 0.05 0.20 0.05 0.25 0.12 0.23 0.18 0.14 0.19 0.10 0.06 0.12 0.07 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.45 0.09 0.12 0.44 0.04 0.56 0.01 0.61 0.49 0.55 0.41 0.39 0.61 0.38 0.05 0.31 0.22 0.01 0.67 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.23 0.04 0.11 0.22 0.02 0.28 0.01 0.31 0.24 0.28 0.21 0.19 0.30 0.18 0.03 0.23 0.12 0.01 0.34 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.87 0.18 0.22 0.52 0.16 0.55 0.50 0.65 0.50 0.76 0.80 0.73 0.62 0.33 0.14 0.09 0.30 0.56 0.81 0.77 0.46
C2 0.53 1.55 0.11 0.32 0.93 0.42 0.79 1.06 1.05 0.31 1.40 1.35 0.97 0.45 0.56 0.18 0.11 0.51 1.41 0.80 2.34 1.53
C2' 0.34 0.82 0.22 0.24 0.46 0.17 0.47 0.46 0.54 0.52 0.67 0.77 0.62 0.61 0.31 0.11 0.13 0.29 0.47 0.98 0.63 0.47
C3' 0.32 0.63 0.27 0.25 0.36 0.18 0.42 0.36 0.42 0.58 0.47 0.62 0.55 0.65 0.30 0.21 0.19 0.26 0.31 1.08 0.30 0.49
C4 0.50 1.35 0.13 0.31 0.82 0.39 0.68 1.02 0.89 0.30 1.19 1.21 0.82 0.41 0.50 0.17 0.09 0.48 1.27 0.68 2.04 1.33
C4' 0.22 0.47 0.22 0.15 0.36 0.19 0.60 0.18 0.60 0.73 0.47 0.45 0.80 0.85 0.35 0.15 0.07 0.19 0.42 1.47 0.50 0.83
C5 0.57 1.57 0.10 0.33 0.99 0.53 0.87 1.24 1.11 0.38 1.43 1.39 1.03 0.53 0.64 0.21 0.09 0.56 1.58 1.17 2.62 1.84
C5' 0.17 0.28 0.24 0.11 0.35 0.18 0.64 0.17 0.61 0.79 0.40 0.27 0.81 0.91 0.40 0.19 0.05 0.13 0.58 1.43 0.82 0.98
C6 0.61 1.80 0.10 0.33 1.14 0.58 1.05 1.31 1.34 0.48 1.69 1.55 1.28 0.67 0.74 0.24 0.10 0.60 1.75 1.46 3.02 2.15
C8 0.49 1.16 0.12 0.32 0.75 0.43 0.63 1.08 0.78 0.30 1.02 1.08 0.72 0.40 0.48 0.18 0.05 0.48 1.19 0.72 1.80 1.25
N1 0.58 1.75 0.10 0.33 1.08 0.52 0.97 1.22 1.26 0.40 1.62 1.50 1.19 0.58 0.67 0.22 0.11 0.57 1.64 1.19 2.80 1.93
N2 0.52 1.57 0.12 0.31 0.92 0.40 0.78 1.01 1.05 0.31 1.42 1.36 0.97 0.44 0.55 0.16 0.12 0.50 1.36 0.73 2.27 1.46
N3 0.48 1.36 0.14 0.31 0.80 0.35 0.67 0.94 0.88 0.31 1.19 1.20 0.82 0.43 0.47 0.15 0.11 0.46 1.20 0.59 1.93 1.21
N7 0.58 1.48 0.10 0.34 0.98 0.58 0.86 1.31 1.07 0.40 1.35 1.35 1.00 0.54 0.65 0.23 0.06 0.57 1.59 1.31 2.59 1.89
N9 0.44 1.11 0.15 0.29 0.67 0.30 0.57 0.87 0.73 0.34 0.96 1.02 0.69 0.44 0.42 0.15 0.08 0.41 0.99 0.47 1.51 0.94
O2' 0.25 0.71 0.20 0.17 0.40 0.14 0.57 0.33 0.62 0.66 0.62 0.65 0.81 0.80 0.30 0.10 0.07 0.22 0.44 1.41 0.51 0.71
O3' 0.28 0.51 0.31 0.23 0.28 0.15 0.44 0.25 0.40 0.66 0.34 0.52 0.59 0.75 0.30 0.30 0.24 0.21 0.37 1.37 0.42 0.74
O4' 0.28 0.67 0.19 0.18 0.45 0.20 0.61 0.27 0.67 0.63 0.65 0.61 0.82 0.76 0.34 0.16 0.13 0.26 0.32 1.11 0.29 0.50
O5' 0.17 0.32 0.15 0.06 0.09 0.07 0.26 0.17 0.19 0.51 0.13 0.34 0.35 0.54 0.15 0.13 0.01 0.12 0.40 0.86 0.40 0.56
O6 0.65 2.01 0.12 0.32 1.30 0.65 1.27 1.39 1.60 0.64 1.94 1.70 1.57 0.88 0.86 0.29 0.09 0.64 1.92 1.86 3.42 2.49
OP1 0.21 0.26 0.30 0.03 0.37 0.02 0.58 0.11 0.56 0.73 0.41 0.19 0.68 0.77 0.43 0.34 0.02 0.12 0.66 0.73 1.15 0.85
OP2 0.32 0.79 0.07 0.04 0.50 0.05 0.40 0.18 0.52 0.14 0.71 0.73 0.45 0.19 0.29 0.12 0.02 0.17 0.22 0.17 0.31 0.08
P 0.15 0.33 0.10 0.01 0.11 0.01 0.14 0.12 0.12 0.34 0.21 0.33 0.19 0.34 0.06 0.16 0.01 0.09 0.39 0.42 0.48 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.00 0.21 0.83 0.28 0.19
C2 0.02 0.00 0.17 0.12 0.00 0.32 0.01 0.57 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.38 0.35 0.71 1.61 0.44 1.04
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.12 0.09 0.10 0.14 0.16 0.07 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.51 0.40 0.76 0.40
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.16 0.01 0.24 0.02 0.23 0.30 0.17 0.10 0.28 0.31 0.17 0.02 0.01 0.02 0.37 0.15 0.49 0.31
C4 0.01 0.00 0.09 0.16 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.21 0.18 0.19 1.01 0.40 0.39
C4' 0.00 0.32 0.01 0.01 0.16 0.00 0.13 0.01 0.18 0.21 0.26 0.30 0.17 0.17 0.07 0.24 0.01 0.00 0.01 0.53 0.34 0.31
C5 0.01 0.01 0.06 0.24 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.09 0.08 0.32 0.70 0.92 0.38
C5' 0.03 0.57 0.12 0.02 0.26 0.01 0.20 0.00 0.31 0.35 0.48 0.50 0.28 0.27 0.09 0.11 0.17 0.02 0.01 0.12 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.23 0.00 0.18 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.14 0.15 0.28 0.90 0.79 0.43
C8 0.01 0.01 0.10 0.30 0.00 0.21 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.28 0.15 0.18 0.90 0.44 1.44 0.86
N1 0.01 0.00 0.14 0.17 0.00 0.26 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.27 0.27 0.50 1.30 0.43 0.74
N3 0.01 0.00 0.16 0.10 0.00 0.30 0.01 0.50 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.39 0.35 0.61 1.58 0.37 0.97
N6 0.01 0.01 0.07 0.28 0.01 0.17 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.31 0.09 0.11 0.33 0.75 1.11 0.50
N7 0.01 0.01 0.06 0.31 0.01 0.17 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.14 0.09 0.77 0.52 1.54 0.85
N9 0.01 0.01 0.02 0.17 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.11 0.01 0.37 0.62 0.66 0.20
O2' 0.01 0.33 0.00 0.02 0.23 0.24 0.27 0.11 0.30 0.28 0.32 0.29 0.31 0.30 0.17 0.00 0.02 0.16 0.25 0.81 0.69 0.40
O3' 0.27 0.38 0.02 0.01 0.21 0.01 0.09 0.17 0.14 0.15 0.27 0.39 0.09 0.14 0.11 0.02 0.00 0.17 0.20 0.14 0.21 0.08
O4' 0.00 0.35 0.02 0.02 0.18 0.00 0.08 0.02 0.15 0.18 0.27 0.35 0.11 0.09 0.01 0.16 0.17 0.00 0.09 0.99 0.19 0.47
O5' 0.21 0.71 0.51 0.37 0.19 0.01 0.32 0.01 0.28 0.90 0.50 0.61 0.33 0.77 0.37 0.25 0.20 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.83 1.61 0.40 0.15 1.01 0.53 0.70 0.12 0.90 0.44 1.30 1.58 0.75 0.52 0.62 0.81 0.14 0.99 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.44 0.76 0.49 0.40 0.34 0.92 0.24 0.79 1.44 0.43 0.37 1.11 1.54 0.66 0.69 0.21 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 1.04 0.40 0.31 0.39 0.31 0.38 0.02 0.43 0.86 0.74 0.97 0.50 0.85 0.20 0.40 0.08 0.47 0.01 0.01 0.01 0.00