ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50226

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.012, 0.026, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.025, 0.048, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.048 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.004, 0.029, 0.053, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.021, 0.049, 0.076, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.022, 0.060, 0.098, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.060 std_dev=0.038
O6 A 0, 0.034, 0.078, 0.123, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.078 std_dev=0.045
C4' B 0, 0.244, 0.573, 0.902, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.573 std_dev=0.329
C5' B 0, 0.358, 0.781, 1.203, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.781 std_dev=0.423
O2' B 0, 0.172, 0.616, 1.060, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.616 std_dev=0.444
C2' B 0, 0.083, 0.639, 1.195, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.639 std_dev=0.556
C3' B 0, -0.005, 0.566, 1.137, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.566 std_dev=0.571
O4' A 0, -0.336, 0.480, 1.297, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.480 std_dev=0.817
O4' B 0, 0.038, 0.936, 1.833, 2.855 max_d=2.855 avg_d=0.936 std_dev=0.898
C2' A 0, -0.384, 0.539, 1.462, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.539 std_dev=0.923
C4' A 0, -0.357, 0.754, 1.865, 3.222 max_d=3.222 avg_d=0.754 std_dev=1.111
O2' A 0, -0.362, 0.777, 1.917, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.777 std_dev=1.139
C1' B 0, -0.091, 1.084, 2.258, 3.629 max_d=3.629 avg_d=1.084 std_dev=1.174
O5' B 0, 0.674, 1.889, 3.105, 3.735 max_d=3.735 avg_d=1.889 std_dev=1.216
O3' B 0, -0.349, 0.949, 2.247, 3.766 max_d=3.766 avg_d=0.949 std_dev=1.298
C3' A 0, -0.400, 0.927, 2.254, 3.871 max_d=3.871 avg_d=0.927 std_dev=1.327
P B 0, 0.945, 2.680, 4.415, 5.283 max_d=5.283 avg_d=2.680 std_dev=1.735
O3' A 0, -0.444, 1.395, 3.234, 5.445 max_d=5.445 avg_d=1.395 std_dev=1.839
N9 B 0, -0.305, 1.627, 3.560, 5.853 max_d=5.853 avg_d=1.627 std_dev=1.932
OP1 B 0, 1.364, 3.399, 5.434, 6.030 max_d=6.030 avg_d=3.399 std_dev=2.035
C5' A 0, -0.759, 1.281, 3.321, 5.819 max_d=5.819 avg_d=1.281 std_dev=2.040
OP2 B 0, 0.744, 2.896, 5.048, 6.020 max_d=6.020 avg_d=2.896 std_dev=2.152
C8 B 0, -0.301, 1.908, 4.116, 6.732 max_d=6.732 avg_d=1.908 std_dev=2.209
O5' A 0, -0.990, 1.416, 3.822, 6.764 max_d=6.764 avg_d=1.416 std_dev=2.406
C4 B 0, -0.537, 2.107, 4.751, 7.886 max_d=7.886 avg_d=2.107 std_dev=2.644
N3 B 0, -0.487, 2.176, 4.838, 7.954 max_d=7.954 avg_d=2.176 std_dev=2.663
N7 B 0, -0.604, 2.467, 5.538, 9.197 max_d=9.197 avg_d=2.467 std_dev=3.071
P A 0, -1.332, 1.959, 5.249, 9.273 max_d=9.273 avg_d=1.959 std_dev=3.291
C5 B 0, -0.763, 2.598, 5.958, 9.961 max_d=9.961 avg_d=2.598 std_dev=3.360
C2 B 0, -0.705, 2.757, 6.219, 10.269 max_d=10.269 avg_d=2.757 std_dev=3.462
OP2 A 0, -1.326, 2.163, 5.651, 9.911 max_d=9.911 avg_d=2.163 std_dev=3.488
OP1 A 0, -1.354, 2.511, 6.377, 11.066 max_d=11.066 avg_d=2.511 std_dev=3.865
C6 B 0, -1.038, 3.177, 7.393, 12.405 max_d=12.405 avg_d=3.177 std_dev=4.215
N1 B 0, -0.994, 3.238, 7.469, 12.466 max_d=12.466 avg_d=3.238 std_dev=4.232
N6 B 0, -1.292, 3.711, 8.715, 14.681 max_d=14.681 avg_d=3.711 std_dev=5.003

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.10 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.09 0.23 0.11
C2 0.09 0.00 0.11 0.45 0.02 0.53 0.01 0.84 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.31 0.39 0.39 1.09 0.02 1.20 1.27 1.17
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.03 0.06 0.01 0.07 0.07 0.10 0.12 0.10 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.19 0.07
C3' 0.04 0.45 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.11 0.47 0.26 0.64 0.45 0.40 0.18 0.01 0.01 0.02 0.13 0.15 0.07 0.25 0.14
C4 0.05 0.02 0.06 0.13 0.00 0.18 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.19 0.31 0.01 0.27 0.28 0.26
C4' 0.01 0.53 0.03 0.00 0.18 0.00 0.06 0.01 0.11 0.44 0.34 0.72 0.52 0.34 0.10 0.12 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.10 0.01
C5 0.04 0.01 0.06 0.16 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.21 0.07 0.10 0.01 0.24 0.44 0.24
C5' 0.02 0.84 0.01 0.01 0.25 0.01 0.09 0.00 0.16 0.70 0.55 1.17 0.77 0.57 0.16 0.11 0.04 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.01
C6 0.05 0.01 0.07 0.11 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.16 0.14 0.21 0.00 0.23 0.33 0.22
C8 0.01 0.01 0.07 0.47 0.01 0.44 0.01 0.70 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.46 0.26 0.88 0.03 1.01 1.27 1.07
N1 0.08 0.00 0.10 0.26 0.02 0.34 0.00 0.55 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.23 0.22 0.29 0.72 0.01 0.79 0.86 0.78
N2 0.10 0.00 0.12 0.64 0.02 0.72 0.01 1.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.39 0.61 0.48 1.51 0.02 1.78 1.88 1.69
N3 0.09 0.01 0.10 0.45 0.00 0.52 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.29 0.38 0.39 0.99 0.01 1.01 1.00 0.98
N7 0.02 0.01 0.07 0.40 0.01 0.34 0.01 0.57 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.44 0.15 0.73 0.03 0.95 1.24 0.97
N9 0.01 0.03 0.03 0.18 0.01 0.10 0.02 0.16 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.17 0.02 0.19 0.01 0.24 0.45 0.29
O2' 0.02 0.31 0.01 0.01 0.13 0.12 0.09 0.11 0.13 0.15 0.23 0.39 0.29 0.13 0.04 0.00 0.07 0.13 0.10 0.12 0.05 0.21 0.12
O3' 0.02 0.39 0.01 0.01 0.12 0.01 0.21 0.04 0.16 0.46 0.22 0.61 0.38 0.44 0.17 0.07 0.00 0.00 0.25 0.23 0.17 0.33 0.23
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.19 0.00 0.07 0.01 0.14 0.26 0.29 0.48 0.39 0.15 0.02 0.13 0.00 0.00 0.12 0.09 0.17 0.10 0.09
O5' 0.07 1.09 0.03 0.13 0.31 0.01 0.10 0.01 0.21 0.88 0.72 1.51 0.99 0.73 0.19 0.10 0.25 0.12 0.00 0.12 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.23 0.09 0.12 0.00 0.29 0.42 0.24
OP1 0.09 1.20 0.04 0.07 0.27 0.12 0.24 0.14 0.23 1.01 0.79 1.78 1.01 0.95 0.24 0.05 0.17 0.17 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 1.27 0.19 0.25 0.28 0.10 0.44 0.03 0.33 1.27 0.86 1.88 1.00 1.24 0.45 0.21 0.33 0.10 0.02 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.11 1.17 0.07 0.14 0.26 0.01 0.24 0.01 0.22 1.07 0.78 1.69 0.98 0.97 0.29 0.12 0.23 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 1.28 0.27 0.34 0.96 0.38 1.27 0.30 1.52 0.87 1.52 0.93 1.67 1.18 0.64 0.46 0.32 0.49 0.71 0.69 1.05 0.78
C2 0.41 2.64 0.46 0.38 1.95 0.43 2.63 0.48 3.28 1.71 3.26 1.92 3.79 2.45 1.33 0.38 0.07 0.32 1.02 1.21 1.82 1.27
C2' 0.43 1.06 0.20 0.16 0.71 0.64 1.06 0.50 1.35 0.70 1.35 0.66 1.57 1.01 0.45 0.85 0.08 0.68 0.74 0.76 0.99 0.79
C3' 0.35 1.03 0.52 0.73 0.91 0.26 1.23 0.38 1.40 1.01 1.31 0.77 1.60 1.27 0.74 0.30 0.77 0.31 0.96 0.88 1.33 1.00
C4 0.27 2.14 0.43 0.43 1.63 0.41 2.15 0.42 2.58 1.43 2.55 1.60 2.85 2.00 1.10 0.38 0.22 0.36 0.95 1.05 1.56 1.12
C4' 0.53 0.96 0.93 1.17 0.97 0.57 1.18 0.70 1.26 1.06 1.15 0.82 1.38 1.22 0.87 0.38 1.37 0.37 1.05 0.96 1.34 1.06
C5 0.28 2.15 0.46 0.46 1.69 0.41 2.24 0.45 2.66 1.51 2.59 1.64 2.96 2.12 1.14 0.33 0.26 0.31 1.01 1.18 1.71 1.22
C5' 1.03 1.05 1.54 1.94 1.24 1.33 1.43 1.48 1.41 1.46 1.23 1.02 1.51 1.54 1.27 1.03 2.29 0.94 1.69 1.68 1.91 1.69
C6 0.38 2.44 0.48 0.44 1.90 0.41 2.56 0.50 3.12 1.70 3.03 1.83 3.58 2.44 1.29 0.32 0.18 0.25 1.06 1.33 1.94 1.35
C8 0.10 1.34 0.40 0.53 1.08 0.36 1.38 0.31 1.59 0.94 1.56 1.06 1.72 1.29 0.70 0.33 0.50 0.47 0.85 0.87 1.19 0.91
N1 0.43 2.66 0.48 0.40 2.01 0.43 2.71 0.51 3.37 1.78 3.32 1.96 3.93 2.56 1.37 0.35 0.09 0.27 1.05 1.31 1.95 1.35
N2 0.46 2.76 0.46 0.36 2.02 0.44 2.73 0.50 3.44 1.77 3.44 1.99 4.04 2.53 1.38 0.39 0.04 0.33 1.02 1.23 1.86 1.29
N3 0.35 2.39 0.43 0.38 1.77 0.42 2.35 0.44 2.90 1.54 2.91 1.74 3.27 2.17 1.19 0.40 0.13 0.35 0.96 1.08 1.63 1.15
N7 0.18 1.69 0.45 0.52 1.39 0.37 1.80 0.39 2.07 1.23 2.00 1.33 2.26 1.70 0.93 0.29 0.41 0.37 0.98 1.09 1.50 1.12
N9 0.18 1.62 0.39 0.45 1.26 0.38 1.63 0.34 1.91 1.11 1.90 1.23 2.08 1.51 0.84 0.38 0.35 0.42 0.85 0.87 1.28 0.94
O2' 0.82 0.69 0.67 0.60 0.42 1.02 0.67 0.89 0.92 0.57 0.95 0.35 1.11 0.67 0.49 1.29 0.62 1.03 0.91 0.96 0.91 0.91
O3' 0.34 0.74 0.34 0.54 0.66 0.26 0.97 0.34 1.12 0.83 1.01 0.50 1.34 1.05 0.55 0.50 0.58 0.37 0.90 0.86 1.23 0.95
O4' 0.57 1.24 1.00 1.11 1.16 0.45 1.35 0.52 1.46 1.12 1.40 1.08 1.55 1.32 0.98 0.40 1.21 0.32 0.92 0.77 1.23 0.93
O5' 1.23 1.37 1.74 2.25 1.56 1.57 1.80 1.79 1.80 1.81 1.59 1.30 1.94 1.94 1.56 1.09 2.57 1.15 2.07 2.05 2.34 2.07
O6 0.40 2.41 0.49 0.44 1.89 0.41 2.58 0.52 3.15 1.72 3.01 1.81 3.68 2.48 1.30 0.30 0.20 0.21 1.06 1.43 2.06 1.41
OP1 1.76 1.28 2.24 2.98 1.73 2.53 1.94 2.90 1.80 2.24 1.49 1.36 1.93 2.23 1.93 1.72 3.48 1.92 3.01 3.25 3.24 3.09
OP2 2.04 1.96 2.41 3.11 2.33 2.54 2.65 2.95 2.58 2.81 2.25 1.94 2.77 2.91 2.43 1.66 3.26 2.08 3.29 3.32 3.62 3.32
P 1.82 1.57 2.32 3.02 1.94 2.42 2.17 2.71 2.07 2.36 1.79 1.60 2.20 2.40 2.07 1.69 3.44 1.87 2.89 2.94 3.11 2.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.17 0.24 0.23
C2 0.04 0.00 0.19 0.23 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.30 0.04 0.41 0.42 0.57 0.48
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.07 0.15 0.19 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.21 0.17 0.20 0.20
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.14 0.00 0.11 0.00 0.15 0.11 0.20 0.22 0.13 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.28 0.24 0.17 0.23
C4 0.02 0.00 0.10 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.02 0.42 0.42 0.53 0.47
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.07
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.02 0.50 0.55 0.67 0.59
C5' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.17 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.21 0.02 0.51 0.58 0.73 0.62
C8 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.48 0.51 0.56 0.55
N1 0.04 0.00 0.15 0.20 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.27 0.03 0.47 0.52 0.67 0.56
N3 0.05 0.00 0.19 0.22 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.27 0.04 0.37 0.36 0.49 0.42
N6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.20 0.03 0.55 0.67 0.81 0.69
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.13 0.03 0.54 0.61 0.71 0.64
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.37 0.36 0.43 0.41
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.12 0.14 0.06 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.14 0.12 0.10
O3' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.18 0.01 0.16 0.03 0.21 0.12 0.27 0.27 0.20 0.13 0.08 0.05 0.00 0.01 0.27 0.24 0.20 0.19
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.15 0.21 0.18
O5' 0.19 0.41 0.21 0.28 0.42 0.01 0.50 0.01 0.51 0.48 0.47 0.37 0.55 0.54 0.37 0.02 0.27 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.17 0.42 0.17 0.24 0.42 0.11 0.55 0.17 0.58 0.51 0.52 0.36 0.67 0.61 0.36 0.14 0.24 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.57 0.20 0.17 0.53 0.17 0.67 0.28 0.73 0.56 0.67 0.49 0.81 0.71 0.43 0.12 0.20 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.48 0.20 0.23 0.47 0.07 0.59 0.01 0.62 0.55 0.56 0.42 0.69 0.64 0.41 0.10 0.19 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00