ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50227

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.019, 0.036, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.036 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.017, 0.035, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.023, 0.048, 0.072, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.029, 0.055, 0.080, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.055 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.022, 0.053, 0.084, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.053 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.014, 0.128, 0.242, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.128 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.009, 0.222, 0.436, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.222 std_dev=0.213
C2' A 0, 0.024, 0.240, 0.457, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.240 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.163, 0.400, 0.636, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.400 std_dev=0.236
O2' A 0, 0.020, 0.380, 0.740, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.380 std_dev=0.360
C3' A 0, -0.046, 0.320, 0.686, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.320 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.005, 0.378, 0.752, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.378 std_dev=0.373
C1' B 0, 0.147, 0.525, 0.903, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.525 std_dev=0.378
C5' A 0, 0.015, 0.400, 0.785, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.400 std_dev=0.385
O4' B 0, 0.172, 0.712, 1.253, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.712 std_dev=0.541
C3' B 0, -0.062, 0.484, 1.030, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.484 std_dev=0.546
O3' B 0, -0.003, 0.577, 1.158, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.577 std_dev=0.581
O3' A 0, -0.112, 0.473, 1.059, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.473 std_dev=0.585
OP2 A 0, -0.135, 0.452, 1.039, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.452 std_dev=0.587
P A 0, -0.197, 0.431, 1.059, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.431 std_dev=0.628
O5' A 0, -0.084, 0.571, 1.227, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.571 std_dev=0.656
OP1 A 0, -0.219, 0.513, 1.245, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.513 std_dev=0.732
C4' B 0, -0.110, 0.772, 1.654, 2.704 max_d=2.704 avg_d=0.772 std_dev=0.882
C8 B 0, -0.230, 0.724, 1.679, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.724 std_dev=0.955
N9 B 0, -0.269, 0.793, 1.855, 3.140 max_d=3.140 avg_d=0.793 std_dev=1.062
C5' B 0, -0.439, 1.156, 2.750, 4.684 max_d=4.684 avg_d=1.156 std_dev=1.594
N7 B 0, -0.689, 1.019, 2.726, 4.818 max_d=4.818 avg_d=1.019 std_dev=1.708
OP2 B 0, -0.307, 1.530, 3.366, 5.564 max_d=5.564 avg_d=1.530 std_dev=1.836
O5' B 0, -0.503, 1.442, 3.386, 5.742 max_d=5.742 avg_d=1.442 std_dev=1.944
C4 B 0, -0.853, 1.201, 3.255, 5.782 max_d=5.782 avg_d=1.201 std_dev=2.054
P B 0, -0.799, 1.333, 3.465, 6.080 max_d=6.080 avg_d=1.333 std_dev=2.132
OP1 B 0, -0.248, 1.887, 4.022, 6.555 max_d=6.555 avg_d=1.887 std_dev=2.135
C5 B 0, -1.115, 1.317, 3.749, 6.746 max_d=6.746 avg_d=1.317 std_dev=2.432
N3 B 0, -1.031, 1.530, 4.090, 7.241 max_d=7.241 avg_d=1.530 std_dev=2.560
C6 B 0, -1.556, 1.853, 5.262, 9.467 max_d=9.467 avg_d=1.853 std_dev=3.409
C2 B 0, -1.512, 1.991, 5.493, 9.811 max_d=9.811 avg_d=1.991 std_dev=3.503
N6 B 0, -1.643, 2.162, 5.968, 10.658 max_d=10.658 avg_d=2.162 std_dev=3.806
N1 B 0, -1.771, 2.174, 6.119, 10.986 max_d=10.986 avg_d=2.174 std_dev=3.945

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.15 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.04 0.02 0.09 0.02 0.09 0.26 0.07
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.02 0.06 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.12 0.10
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.16 0.22 0.09 0.03 0.02 0.23 0.12 0.02 0.01 0.01 0.04 0.20 0.05 0.06 0.07
C4 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.12 0.02 0.16 0.02 0.12 0.20 0.04
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.13 0.04 0.02 0.01 0.13 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.11 0.03 0.06 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.22 0.02 0.25 0.02 0.17 0.18 0.04
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.15 0.20 0.09 0.01 0.03 0.21 0.10 0.09 0.02 0.01 0.01 0.19 0.05 0.15 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.22 0.02 0.24 0.01 0.18 0.20 0.05
C8 0.01 0.01 0.08 0.22 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.25 0.02 0.34 0.02 0.20 0.10 0.09
N1 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.02 0.16 0.02 0.13 0.24 0.04
N2 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.05 0.03 0.05 0.03 0.08 0.29 0.10
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.03 0.02 0.08 0.02 0.08 0.24 0.09
N7 0.02 0.02 0.08 0.23 0.02 0.13 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.29 0.03 0.35 0.02 0.21 0.13 0.11
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.13 0.01 0.19 0.02 0.12 0.15 0.03
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.07 0.09 0.05 0.09 0.07 0.04 0.12 0.17 0.14 0.03 0.02 0.00 0.03 0.09 0.06 0.06 0.09 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.02 0.22 0.02 0.22 0.25 0.13 0.05 0.03 0.29 0.13 0.03 0.00 0.01 0.06 0.27 0.07 0.15 0.04
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.03 0.05 0.12 0.11
O5' 0.07 0.09 0.02 0.04 0.16 0.01 0.25 0.01 0.24 0.34 0.16 0.05 0.08 0.35 0.19 0.06 0.06 0.06 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.07 0.20 0.02 0.11 0.02 0.19 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.27 0.03 0.30 0.00 0.22 0.17 0.10
OP1 0.06 0.09 0.03 0.05 0.12 0.03 0.17 0.05 0.18 0.20 0.13 0.08 0.08 0.21 0.12 0.09 0.07 0.05 0.02 0.22 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.26 0.12 0.06 0.20 0.06 0.18 0.15 0.20 0.10 0.24 0.29 0.24 0.13 0.15 0.05 0.15 0.12 0.02 0.17 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.07 0.10 0.07 0.04 0.06 0.04 0.01 0.05 0.09 0.04 0.10 0.09 0.11 0.03 0.03 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.66 0.24 0.47 0.37 0.82 0.36 1.26 0.49 0.10 0.62 0.54 0.48 0.20 0.17 0.19 0.37 0.39 1.53 1.50 1.61 1.57
C2 0.32 2.25 0.04 0.24 1.34 0.61 1.35 0.89 1.79 0.51 2.22 1.82 1.79 0.87 0.73 0.09 0.20 0.17 1.23 1.32 1.53 1.38
C2' 0.17 0.90 0.09 0.32 0.55 0.66 0.54 1.07 0.69 0.21 0.86 0.76 0.68 0.34 0.32 0.07 0.31 0.26 1.35 1.30 1.38 1.38
C3' 0.29 0.72 0.06 0.17 0.51 0.44 0.48 0.82 0.57 0.27 0.68 0.65 0.55 0.35 0.36 0.21 0.21 0.09 1.03 0.97 0.98 1.01
C4 0.24 1.65 0.08 0.29 1.01 0.67 0.98 0.95 1.28 0.36 1.58 1.39 1.25 0.62 0.55 0.14 0.21 0.23 1.26 1.33 1.52 1.39
C4' 0.08 0.12 0.15 0.34 0.08 0.58 0.07 1.04 0.08 0.05 0.11 0.12 0.07 0.05 0.07 0.06 0.30 0.25 1.20 1.15 1.15 1.19
C5 0.32 1.98 0.05 0.19 1.23 0.55 1.19 0.75 1.52 0.45 1.87 1.69 1.47 0.75 0.68 0.13 0.11 0.16 1.03 1.17 1.39 1.20
C5' 0.13 0.25 0.08 0.20 0.09 0.33 0.11 0.73 0.19 0.05 0.26 0.16 0.20 0.04 0.03 0.12 0.18 0.10 0.81 0.79 0.74 0.78
C6 0.40 2.57 0.11 0.11 1.57 0.46 1.55 0.61 2.01 0.60 2.47 2.13 1.96 1.00 0.87 0.09 0.06 0.10 0.90 1.08 1.29 1.09
C8 0.15 0.97 0.15 0.32 0.61 0.69 0.57 0.92 0.72 0.20 0.90 0.86 0.70 0.34 0.33 0.20 0.16 0.28 1.15 1.23 1.40 1.26
N1 0.38 2.59 0.09 0.16 1.55 0.52 1.57 0.72 2.07 0.60 2.55 2.10 2.05 1.01 0.85 0.08 0.12 0.11 1.04 1.18 1.40 1.22
N2 0.33 2.35 0.03 0.25 1.39 0.62 1.42 0.92 1.90 0.53 2.35 1.87 1.92 0.92 0.75 0.08 0.22 0.17 1.27 1.36 1.56 1.43
N3 0.25 1.81 0.08 0.31 1.08 0.68 1.08 1.01 1.42 0.40 1.76 1.48 1.41 0.68 0.58 0.12 0.25 0.23 1.34 1.40 1.59 1.47
N7 0.28 1.55 0.06 0.18 1.01 0.54 0.94 0.69 1.18 0.36 1.44 1.39 1.12 0.59 0.57 0.18 0.06 0.17 0.93 1.10 1.30 1.10
N9 0.15 1.08 0.16 0.37 0.66 0.74 0.63 1.07 0.82 0.22 1.02 0.92 0.80 0.38 0.35 0.18 0.27 0.31 1.34 1.37 1.53 1.43
O2' 0.12 0.74 0.11 0.34 0.44 0.71 0.43 1.19 0.57 0.16 0.71 0.61 0.56 0.27 0.24 0.06 0.29 0.32 1.52 1.46 1.56 1.56
O3' 0.38 0.75 0.19 0.06 0.57 0.33 0.54 0.71 0.62 0.36 0.71 0.69 0.60 0.43 0.44 0.40 0.13 0.06 0.95 0.86 0.83 0.91
O4' 0.08 0.12 0.34 0.54 0.03 0.82 0.02 1.29 0.06 0.07 0.11 0.08 0.06 0.04 0.04 0.25 0.43 0.43 1.47 1.43 1.48 1.48
O5' 0.35 0.14 0.11 0.04 0.20 0.03 0.16 0.30 0.11 0.23 0.11 0.19 0.09 0.17 0.25 0.24 0.01 0.20 0.33 0.38 0.34 0.33
O6 0.47 2.97 0.20 0.05 1.81 0.32 1.80 0.40 2.34 0.72 2.87 2.43 2.28 1.17 1.01 0.09 0.07 0.11 0.67 0.91 1.10 0.88
OP1 0.04 1.05 0.21 0.13 0.61 0.14 0.62 0.16 0.84 0.15 1.04 0.86 0.83 0.36 0.27 0.10 0.01 0.13 0.06 0.23 0.13 0.09
OP2 0.04 0.45 0.12 0.17 0.31 0.24 0.36 0.31 0.45 0.18 0.49 0.36 0.47 0.29 0.17 0.11 0.02 0.15 0.28 0.28 0.22 0.25
P 0.13 0.46 0.09 0.02 0.24 0.11 0.26 0.07 0.38 0.03 0.47 0.35 0.37 0.14 0.06 0.05 0.01 0.15 0.04 0.19 0.14 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.25 0.01 0.10 0.56 0.31 0.21
C2 0.03 0.00 0.05 0.59 0.01 0.70 0.02 1.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.63 0.18 0.50 0.98 2.13 0.76 1.23
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.17 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.15 0.24 0.14 0.06
C3' 0.01 0.59 0.00 0.00 0.34 0.00 0.24 0.01 0.35 0.09 0.51 0.56 0.28 0.04 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.14 0.11
C4 0.02 0.01 0.02 0.34 0.00 0.33 0.01 0.45 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.40 0.01 0.25 0.28 1.23 0.30 0.52
C4' 0.01 0.70 0.01 0.00 0.33 0.00 0.14 0.01 0.29 0.31 0.54 0.69 0.17 0.18 0.02 0.21 0.01 0.00 0.01 0.31 0.28 0.18
C5 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.33 0.03 0.07 0.09 0.88 0.23 0.14
C5' 0.06 1.13 0.17 0.01 0.45 0.01 0.17 0.00 0.42 0.58 0.86 1.05 0.23 0.40 0.08 0.04 0.15 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02
C6 0.01 0.02 0.02 0.35 0.01 0.29 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.44 0.05 0.18 0.20 1.24 0.12 0.38
C8 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.31 0.01 0.58 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.20 0.31 0.79 0.12 0.77 0.65
N1 0.02 0.01 0.03 0.51 0.01 0.54 0.01 0.86 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.56 0.15 0.37 0.67 1.82 0.44 0.90
N3 0.03 0.00 0.06 0.56 0.01 0.69 0.02 1.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.58 0.12 0.52 0.89 1.92 0.79 1.15
N6 0.03 0.03 0.05 0.28 0.02 0.17 0.02 0.23 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.03 0.40 0.03 0.08 0.09 0.96 0.33 0.10
N7 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.18 0.01 0.40 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.13 0.13 0.19 0.64 0.17 0.77 0.54
N9 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01 0.19 0.61 0.18 0.10
O2' 0.01 0.63 0.01 0.01 0.40 0.21 0.33 0.04 0.44 0.04 0.56 0.58 0.40 0.13 0.16 0.00 0.03 0.13 0.15 0.42 0.33 0.27
O3' 0.25 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.05 0.20 0.15 0.12 0.03 0.13 0.14 0.03 0.00 0.18 0.14 0.31 0.26 0.21
O4' 0.01 0.50 0.03 0.01 0.25 0.00 0.07 0.01 0.18 0.31 0.37 0.52 0.08 0.19 0.01 0.13 0.18 0.00 0.09 0.60 0.42 0.29
O5' 0.10 0.98 0.15 0.02 0.28 0.01 0.09 0.01 0.20 0.79 0.67 0.89 0.09 0.64 0.19 0.15 0.14 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 2.13 0.24 0.28 1.23 0.31 0.88 0.13 1.24 0.12 1.82 1.92 0.96 0.17 0.61 0.42 0.31 0.60 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.76 0.14 0.14 0.30 0.28 0.23 0.14 0.12 0.77 0.44 0.79 0.33 0.77 0.18 0.33 0.26 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 1.23 0.06 0.11 0.52 0.18 0.14 0.02 0.38 0.65 0.90 1.15 0.10 0.54 0.10 0.27 0.21 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00