ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50228

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.036 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.008, 0.034, 0.059, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.055, 0.264, 0.472, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.264 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.079, 0.306, 0.533, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.306 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.163, 0.487, 0.811, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.487 std_dev=0.324
O2' B 0, 0.223, 0.584, 0.945, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.584 std_dev=0.361
C4' A 0, 0.418, 0.885, 1.353, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.885 std_dev=0.468
O2' A 0, 0.671, 1.223, 1.775, 1.595 max_d=1.595 avg_d=1.223 std_dev=0.552
C3' B 0, 0.303, 0.857, 1.412, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.857 std_dev=0.554
C1' B 0, 0.217, 0.779, 1.340, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.779 std_dev=0.562
C3' A 0, 0.746, 1.355, 1.963, 1.713 max_d=1.713 avg_d=1.355 std_dev=0.608
N9 B 0, 0.363, 0.979, 1.595, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.979 std_dev=0.616
C5' A 0, 0.317, 0.969, 1.620, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.969 std_dev=0.651
C8 B 0, 0.718, 1.381, 2.044, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.381 std_dev=0.663
C4' B 0, 0.399, 1.152, 1.904, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.152 std_dev=0.753
O3' B 0, 0.427, 1.200, 1.974, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.200 std_dev=0.774
N7 B 0, 0.820, 1.606, 2.393, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.606 std_dev=0.786
O4' B 0, 0.313, 1.124, 1.936, 2.619 max_d=2.619 avg_d=1.124 std_dev=0.812
C4 B 0, 0.421, 1.239, 2.058, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.239 std_dev=0.818
C5 B 0, 0.445, 1.328, 2.212, 2.242 max_d=2.242 avg_d=1.328 std_dev=0.884
O5' A 0, 0.507, 1.454, 2.400, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.454 std_dev=0.946
N3 B 0, 0.866, 1.821, 2.777, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.821 std_dev=0.955
C5' B 0, 0.461, 1.420, 2.378, 3.177 max_d=3.177 avg_d=1.420 std_dev=0.958
P B 0, 0.849, 1.839, 2.828, 3.300 max_d=3.300 avg_d=1.839 std_dev=0.989
OP2 A 0, 0.475, 1.483, 2.491, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.483 std_dev=1.008
O5' B 0, 0.592, 1.631, 2.669, 3.419 max_d=3.419 avg_d=1.631 std_dev=1.038
P A 0, 0.295, 1.371, 2.447, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.371 std_dev=1.076
C2 B 0, 1.027, 2.171, 3.315, 3.223 max_d=3.223 avg_d=2.171 std_dev=1.144
C6 B 0, 0.365, 1.520, 2.674, 2.934 max_d=2.934 avg_d=1.520 std_dev=1.154
OP2 B 0, 0.878, 2.046, 3.213, 3.548 max_d=3.548 avg_d=2.046 std_dev=1.167
O3' A 0, 1.446, 2.631, 3.817, 3.312 max_d=3.312 avg_d=2.631 std_dev=1.185
N1 B 0, 0.739, 1.954, 3.169, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.954 std_dev=1.215
N6 B 0, 0.527, 1.750, 2.972, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.750 std_dev=1.222
OP1 B 0, 0.854, 2.192, 3.530, 4.412 max_d=4.412 avg_d=2.192 std_dev=1.338
OP1 A 0, 0.527, 1.983, 3.439, 3.723 max_d=3.723 avg_d=1.983 std_dev=1.456

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.02 0.28 0.27 0.09
C2 0.02 0.00 0.11 0.17 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.18 0.02 0.28 0.00 0.33 0.68 0.33
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.09 0.14 0.11 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.04 0.37 0.35 0.22
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.03 0.14 0.14 0.16 0.19 0.15 0.14 0.08 0.01 0.00 0.02 0.43 0.15 0.47 0.34 0.34
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.08 0.02 0.28 0.01 0.31 0.62 0.31
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.13 0.11 0.12 0.10 0.08 0.12 0.06 0.12 0.03 0.00 0.02 0.15 0.28 0.26 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.02 0.04 0.36 0.01 0.43 0.78 0.45
C5' 0.04 0.24 0.05 0.03 0.21 0.01 0.27 0.00 0.31 0.21 0.28 0.22 0.19 0.27 0.15 0.07 0.08 0.02 0.01 0.34 0.22 0.38 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.14 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.05 0.04 0.39 0.00 0.49 0.87 0.52
C8 0.02 0.01 0.05 0.14 0.00 0.11 0.00 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.05 0.33 0.02 0.35 0.60 0.37
N1 0.02 0.00 0.09 0.16 0.01 0.12 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.03 0.35 0.00 0.42 0.81 0.44
N2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.25 0.02 0.26 0.01 0.32 0.66 0.29
N3 0.02 0.00 0.11 0.15 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.18 0.02 0.24 0.01 0.29 0.58 0.25
N7 0.02 0.01 0.04 0.14 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.09 0.05 0.39 0.02 0.47 0.79 0.50
N9 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.02 0.24 0.02 0.26 0.48 0.23
O2' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.14 0.12 0.14 0.07 0.17 0.08 0.19 0.20 0.17 0.11 0.08 0.00 0.04 0.07 0.18 0.17 0.42 0.20 0.16
O3' 0.12 0.18 0.01 0.00 0.08 0.03 0.02 0.08 0.05 0.10 0.13 0.25 0.18 0.09 0.04 0.04 0.00 0.08 0.45 0.05 0.60 0.36 0.41
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.00 0.17 0.06 0.31 0.25 0.18
O5' 0.12 0.28 0.28 0.43 0.28 0.02 0.36 0.01 0.39 0.33 0.35 0.26 0.24 0.39 0.24 0.18 0.45 0.17 0.00 0.44 0.04 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.04 0.15 0.01 0.15 0.01 0.34 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.05 0.06 0.44 0.00 0.59 0.97 0.61
OP1 0.28 0.33 0.37 0.47 0.31 0.28 0.43 0.22 0.49 0.35 0.42 0.32 0.29 0.47 0.26 0.42 0.60 0.31 0.04 0.59 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.68 0.35 0.34 0.62 0.26 0.78 0.38 0.87 0.60 0.81 0.66 0.58 0.79 0.48 0.20 0.36 0.25 0.01 0.97 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.33 0.22 0.34 0.31 0.06 0.45 0.01 0.52 0.37 0.44 0.29 0.25 0.50 0.23 0.16 0.41 0.18 0.00 0.61 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.58 0.23 0.15 0.57 0.20 0.66 0.15 0.70 0.60 0.66 0.51 0.74 0.67 0.52 0.34 0.19 0.40 0.49 1.22 0.92 0.77
C2 0.30 0.29 0.36 0.36 0.41 0.19 0.65 0.22 0.69 0.65 0.46 0.25 0.89 0.78 0.44 0.31 0.17 0.33 0.69 1.52 1.03 0.99
C2' 0.32 0.60 0.24 0.23 0.51 0.15 0.62 0.13 0.69 0.53 0.69 0.49 0.76 0.62 0.44 0.31 0.27 0.30 0.36 1.15 0.76 0.64
C3' 0.26 0.47 0.30 0.36 0.38 0.28 0.46 0.32 0.52 0.39 0.53 0.38 0.58 0.46 0.33 0.30 0.41 0.24 0.30 1.06 0.59 0.50
C4 0.29 0.30 0.35 0.35 0.42 0.18 0.63 0.19 0.64 0.62 0.44 0.25 0.75 0.73 0.44 0.31 0.18 0.30 0.61 1.44 0.96 0.91
C4' 0.25 0.44 0.21 0.18 0.37 0.18 0.43 0.17 0.48 0.38 0.48 0.38 0.51 0.43 0.33 0.30 0.23 0.24 0.26 1.04 0.68 0.54
C5 0.26 0.35 0.41 0.48 0.25 0.30 0.49 0.34 0.41 0.60 0.20 0.24 0.56 0.68 0.37 0.29 0.30 0.28 0.70 1.52 0.98 0.98
C5' 0.23 0.37 0.27 0.30 0.26 0.34 0.29 0.33 0.34 0.24 0.37 0.32 0.36 0.27 0.22 0.27 0.38 0.26 0.31 0.99 0.52 0.43
C6 0.27 0.44 0.43 0.54 0.21 0.36 0.42 0.42 0.32 0.59 0.25 0.29 0.54 0.68 0.35 0.28 0.35 0.32 0.79 1.60 1.05 1.06
C8 0.25 0.29 0.37 0.41 0.29 0.25 0.45 0.24 0.37 0.55 0.24 0.23 0.44 0.59 0.38 0.30 0.27 0.23 0.55 1.36 0.89 0.84
N1 0.27 0.30 0.40 0.46 0.29 0.28 0.53 0.33 0.50 0.62 0.24 0.22 0.74 0.73 0.39 0.29 0.27 0.31 0.76 1.59 1.06 1.05
N2 0.32 0.33 0.35 0.33 0.44 0.18 0.68 0.19 0.74 0.66 0.54 0.29 0.97 0.80 0.46 0.32 0.14 0.37 0.70 1.53 1.05 1.00
N3 0.32 0.39 0.33 0.29 0.48 0.16 0.69 0.15 0.75 0.65 0.60 0.32 0.90 0.77 0.47 0.32 0.14 0.35 0.62 1.44 0.98 0.92
N7 0.25 0.44 0.43 0.54 0.15 0.38 0.34 0.41 0.22 0.55 0.24 0.33 0.34 0.59 0.32 0.27 0.38 0.30 0.68 1.49 0.93 0.94
N9 0.31 0.37 0.31 0.28 0.46 0.14 0.61 0.12 0.60 0.60 0.48 0.32 0.67 0.68 0.46 0.32 0.16 0.29 0.53 1.33 0.92 0.83
O2' 0.40 0.76 0.19 0.17 0.61 0.26 0.71 0.21 0.81 0.58 0.83 0.63 0.88 0.69 0.52 0.33 0.30 0.45 0.40 1.11 0.82 0.67
O3' 0.21 0.42 0.30 0.40 0.32 0.33 0.41 0.40 0.49 0.34 0.49 0.31 0.56 0.41 0.27 0.29 0.47 0.21 0.33 0.98 0.49 0.41
O4' 0.35 0.46 0.18 0.11 0.45 0.20 0.51 0.16 0.52 0.49 0.49 0.42 0.55 0.53 0.43 0.34 0.22 0.35 0.42 1.13 0.89 0.71
O5' 0.36 0.30 0.13 0.10 0.27 0.07 0.25 0.12 0.25 0.33 0.27 0.29 0.24 0.29 0.31 0.22 0.02 0.25 0.30 1.04 0.68 0.57
O6 0.29 0.60 0.45 0.63 0.19 0.48 0.28 0.56 0.17 0.55 0.48 0.41 0.33 0.59 0.31 0.27 0.45 0.38 0.88 1.66 1.11 1.13
OP1 0.28 0.28 0.05 0.05 0.18 0.06 0.12 0.18 0.15 0.13 0.23 0.28 0.14 0.10 0.18 0.08 0.02 0.20 0.49 0.89 0.28 0.48
OP2 0.19 0.44 0.20 0.10 0.31 0.16 0.37 0.33 0.46 0.25 0.49 0.34 0.50 0.33 0.20 0.47 0.01 0.10 0.50 1.10 0.34 0.53
P 0.24 0.20 0.07 0.06 0.10 0.06 0.08 0.19 0.13 0.12 0.19 0.17 0.15 0.08 0.12 0.18 0.01 0.13 0.40 0.97 0.36 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.00 0.29 0.69 0.64 0.43
C2 0.01 0.00 0.42 0.28 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.18 0.21 0.41 0.82 0.62 0.47
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.24 0.02 0.14 0.16 0.23 0.16 0.34 0.41 0.18 0.06 0.04 0.00 0.02 0.02 0.46 1.01 0.93 0.73
C3' 0.03 0.28 0.00 0.00 0.20 0.00 0.21 0.01 0.26 0.10 0.29 0.24 0.26 0.15 0.09 0.01 0.00 0.01 0.35 0.87 0.44 0.49
C4 0.00 0.01 0.24 0.20 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.14 0.11 0.42 0.76 0.64 0.47
C4' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.10 0.14 0.09 0.08 0.13 0.14 0.06 0.08 0.03 0.01 0.02 0.42 0.25 0.14
C5 0.01 0.01 0.14 0.21 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.04 0.47 0.75 0.63 0.49
C5' 0.05 0.20 0.16 0.01 0.18 0.00 0.23 0.00 0.25 0.21 0.23 0.17 0.28 0.25 0.13 0.09 0.09 0.01 0.00 0.28 0.30 0.02
C6 0.01 0.00 0.23 0.26 0.00 0.10 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.09 0.48 0.78 0.61 0.49
C8 0.01 0.01 0.16 0.10 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.34 0.09 0.15 0.46 0.67 0.67 0.49
N1 0.01 0.00 0.34 0.29 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.15 0.16 0.45 0.82 0.62 0.48
N3 0.01 0.00 0.41 0.24 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.45 0.19 0.21 0.38 0.80 0.63 0.46
N6 0.01 0.01 0.18 0.26 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.05 0.50 0.76 0.59 0.49
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.06 0.09 0.49 0.69 0.63 0.50
N9 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.14 0.01 0.40 0.72 0.66 0.47
O2' 0.02 0.44 0.00 0.01 0.16 0.08 0.09 0.09 0.12 0.34 0.29 0.45 0.10 0.28 0.09 0.00 0.10 0.07 0.40 1.03 1.13 0.77
O3' 0.23 0.18 0.02 0.00 0.14 0.03 0.09 0.09 0.11 0.09 0.15 0.19 0.09 0.06 0.14 0.10 0.00 0.17 0.27 0.83 0.32 0.40
O4' 0.00 0.21 0.02 0.01 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.15 0.16 0.21 0.05 0.09 0.01 0.07 0.17 0.00 0.31 0.49 0.39 0.27
O5' 0.29 0.41 0.46 0.35 0.42 0.02 0.47 0.00 0.48 0.46 0.45 0.38 0.50 0.49 0.40 0.40 0.27 0.31 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.69 0.82 1.01 0.87 0.76 0.42 0.75 0.28 0.78 0.67 0.82 0.80 0.76 0.69 0.72 1.03 0.83 0.49 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.64 0.62 0.93 0.44 0.64 0.25 0.63 0.30 0.61 0.67 0.62 0.63 0.59 0.63 0.66 1.13 0.32 0.39 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.43 0.47 0.73 0.49 0.47 0.14 0.49 0.02 0.49 0.49 0.48 0.46 0.49 0.50 0.47 0.77 0.40 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00