ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50229

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.002, 0.019, 0.039, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.020
C6 A 0, -0.007, 0.015, 0.036, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.001, 0.022, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N3 A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.025
C2 A 0, -0.003, 0.028, 0.059, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.028 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.001, 0.031, 0.062, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N7 A 0, -0.001, 0.030, 0.061, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.030 std_dev=0.031
O6 A 0, -0.005, 0.035, 0.076, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.035 std_dev=0.040
N2 A 0, -0.003, 0.062, 0.127, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.062 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.010, 0.139, 0.269, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.139 std_dev=0.129
O4' A 0, -0.032, 0.134, 0.300, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.134 std_dev=0.166
O2' A 0, 0.028, 0.208, 0.389, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.208 std_dev=0.181
O3' B 0, 0.205, 0.431, 0.657, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.431 std_dev=0.226
C3' A 0, -0.007, 0.220, 0.447, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.220 std_dev=0.227
C4' A 0, -0.014, 0.232, 0.479, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.232 std_dev=0.246
O3' A 0, 0.034, 0.321, 0.609, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.321 std_dev=0.287
C2' B 0, 0.237, 0.566, 0.896, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.566 std_dev=0.330
C3' B 0, 0.194, 0.548, 0.902, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.548 std_dev=0.354
O2' B 0, 0.239, 0.617, 0.995, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.617 std_dev=0.378
O5' A 0, 0.056, 0.445, 0.834, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.445 std_dev=0.389
C5' A 0, -0.014, 0.404, 0.823, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.404 std_dev=0.419
P A 0, -0.018, 0.486, 0.989, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.486 std_dev=0.504
C4' B 0, 0.143, 0.691, 1.239, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.691 std_dev=0.548
C1' B 0, 0.170, 0.834, 1.498, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.834 std_dev=0.664
OP2 A 0, -0.145, 0.556, 1.257, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.556 std_dev=0.701
C5' B 0, -0.040, 0.735, 1.510, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.735 std_dev=0.775
O4' B 0, 0.102, 0.887, 1.672, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.887 std_dev=0.785
OP1 A 0, -0.120, 0.697, 1.513, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.697 std_dev=0.817
N9 B 0, 0.118, 0.961, 1.804, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.961 std_dev=0.843
C4 B 0, 0.145, 1.036, 1.927, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.036 std_dev=0.891
N3 B 0, 0.168, 1.067, 1.966, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.067 std_dev=0.899
C2 B 0, 0.199, 1.199, 2.199, 2.826 max_d=2.826 avg_d=1.199 std_dev=1.000
N1 B 0, 0.198, 1.289, 2.381, 3.117 max_d=3.117 avg_d=1.289 std_dev=1.092
O5' B 0, -0.214, 0.886, 1.987, 3.031 max_d=3.031 avg_d=0.886 std_dev=1.100
C5 B 0, 0.071, 1.200, 2.330, 3.275 max_d=3.275 avg_d=1.200 std_dev=1.129
C8 B 0, -0.012, 1.128, 2.268, 3.312 max_d=3.312 avg_d=1.128 std_dev=1.140
C6 B 0, 0.106, 1.319, 2.532, 3.502 max_d=3.502 avg_d=1.319 std_dev=1.213
N7 B 0, -0.065, 1.284, 2.633, 3.873 max_d=3.873 avg_d=1.284 std_dev=1.349
N6 B 0, 0.014, 1.530, 3.045, 4.354 max_d=4.354 avg_d=1.530 std_dev=1.516
OP1 B 0, -0.417, 1.176, 2.768, 4.317 max_d=4.317 avg_d=1.176 std_dev=1.593
P B 0, -0.443, 1.169, 2.781, 4.349 max_d=4.349 avg_d=1.169 std_dev=1.612
OP2 B 0, -0.465, 1.412, 3.290, 5.120 max_d=5.120 avg_d=1.412 std_dev=1.877

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.12 0.07
C2 0.04 0.00 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.20 0.02 0.24 0.04 0.17 0.50 0.27
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.14 0.05 0.17 0.18 0.16 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.04 0.14 0.03 0.10 0.05
C4 0.00 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.13 0.02 0.20 0.03 0.13 0.40 0.22
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.13 0.08 0.11 0.07 0.07 0.10 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.14 0.02 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.05 0.25 0.02 0.20 0.50 0.28
C5' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.21 0.13 0.19 0.14 0.12 0.18 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.23 0.01 0.05 0.02
C6 0.02 0.02 0.05 0.14 0.02 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.15 0.05 0.28 0.01 0.25 0.60 0.33
C8 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.16 0.02 0.13 0.28 0.17
N1 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.19 0.02 0.28 0.03 0.23 0.58 0.32
N2 0.06 0.00 0.07 0.18 0.02 0.07 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.23 0.04 0.23 0.04 0.17 0.50 0.26
N3 0.04 0.00 0.08 0.16 0.00 0.07 0.01 0.12 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.18 0.02 0.19 0.04 0.12 0.40 0.21
N7 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.22 0.01 0.19 0.45 0.26
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.04 0.08 0.26 0.14
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02 0.07 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04
O3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.13 0.01 0.10 0.02 0.15 0.05 0.19 0.23 0.18 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.14 0.06 0.21 0.09
O4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.08 0.08 0.08 0.06
O5' 0.05 0.24 0.03 0.04 0.20 0.01 0.25 0.01 0.28 0.16 0.28 0.23 0.19 0.22 0.13 0.03 0.07 0.02 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01
O6 0.04 0.04 0.05 0.14 0.03 0.14 0.02 0.23 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.14 0.08 0.30 0.00 0.29 0.66 0.37
OP1 0.05 0.17 0.03 0.03 0.13 0.02 0.20 0.01 0.25 0.13 0.23 0.17 0.12 0.19 0.08 0.04 0.06 0.08 0.01 0.29 0.00 0.02 0.02
OP2 0.12 0.50 0.06 0.10 0.40 0.03 0.50 0.05 0.60 0.28 0.58 0.50 0.40 0.45 0.26 0.05 0.21 0.08 0.00 0.66 0.02 0.00 0.00
P 0.07 0.27 0.03 0.05 0.22 0.02 0.28 0.02 0.33 0.17 0.32 0.26 0.21 0.26 0.14 0.04 0.09 0.06 0.01 0.37 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.07 0.14 0.19 0.15 0.23 0.28 0.34 0.24 0.42 0.10 0.08 0.36 0.43 0.24 0.11 0.13 0.23 0.44 0.85 0.70 0.71
C2 0.24 0.38 0.18 0.14 0.24 0.19 0.17 0.13 0.19 0.16 0.29 0.38 0.16 0.16 0.19 0.21 0.15 0.25 0.08 0.38 0.26 0.21
C2' 0.09 0.20 0.07 0.11 0.07 0.17 0.22 0.33 0.16 0.40 0.07 0.20 0.31 0.42 0.16 0.13 0.06 0.16 0.48 1.04 0.86 0.84
C3' 0.07 0.25 0.06 0.09 0.05 0.14 0.20 0.30 0.14 0.39 0.10 0.24 0.29 0.42 0.14 0.16 0.05 0.13 0.46 1.07 0.87 0.84
C4 0.16 0.28 0.14 0.12 0.16 0.12 0.12 0.06 0.12 0.17 0.19 0.28 0.14 0.18 0.13 0.16 0.14 0.15 0.11 0.46 0.32 0.30
C4' 0.25 0.09 0.17 0.24 0.24 0.30 0.40 0.44 0.35 0.56 0.18 0.09 0.49 0.58 0.34 0.09 0.14 0.31 0.60 1.13 0.95 0.94
C5 0.24 0.36 0.19 0.16 0.25 0.21 0.19 0.17 0.20 0.16 0.29 0.36 0.17 0.17 0.21 0.20 0.17 0.26 0.11 0.32 0.19 0.16
C5' 0.26 0.10 0.19 0.24 0.24 0.28 0.39 0.37 0.34 0.55 0.18 0.10 0.47 0.57 0.34 0.11 0.14 0.29 0.52 0.98 0.83 0.82
C6 0.35 0.47 0.24 0.20 0.35 0.30 0.28 0.27 0.31 0.22 0.40 0.47 0.26 0.22 0.30 0.26 0.19 0.38 0.19 0.24 0.15 0.13
C8 0.10 0.20 0.11 0.11 0.10 0.07 0.11 0.05 0.09 0.20 0.13 0.20 0.15 0.20 0.10 0.11 0.13 0.08 0.14 0.46 0.31 0.31
N1 0.32 0.46 0.22 0.18 0.33 0.27 0.25 0.23 0.28 0.20 0.38 0.45 0.23 0.19 0.28 0.25 0.18 0.35 0.14 0.28 0.17 0.13
N2 0.25 0.39 0.18 0.14 0.25 0.19 0.17 0.13 0.19 0.15 0.29 0.39 0.16 0.16 0.20 0.22 0.15 0.26 0.07 0.38 0.27 0.22
N3 0.16 0.29 0.14 0.12 0.16 0.11 0.12 0.05 0.12 0.18 0.19 0.29 0.15 0.19 0.13 0.16 0.13 0.15 0.12 0.48 0.36 0.33
N7 0.21 0.32 0.17 0.16 0.22 0.19 0.17 0.16 0.18 0.16 0.25 0.32 0.16 0.16 0.18 0.17 0.18 0.23 0.11 0.30 0.17 0.15
N9 0.09 0.18 0.10 0.11 0.08 0.09 0.14 0.12 0.11 0.24 0.09 0.18 0.19 0.25 0.11 0.11 0.12 0.08 0.22 0.58 0.43 0.43
O2' 0.23 0.07 0.14 0.23 0.22 0.32 0.40 0.52 0.35 0.59 0.14 0.07 0.52 0.62 0.33 0.08 0.13 0.33 0.69 1.26 1.12 1.09
O3' 0.07 0.30 0.09 0.09 0.06 0.15 0.22 0.35 0.15 0.44 0.13 0.29 0.33 0.47 0.15 0.22 0.07 0.14 0.54 1.21 1.04 0.98
O4' 0.29 0.14 0.23 0.27 0.27 0.33 0.39 0.43 0.36 0.52 0.22 0.13 0.47 0.53 0.35 0.19 0.19 0.34 0.53 0.92 0.76 0.79
O5' 0.05 0.20 0.02 0.06 0.04 0.08 0.14 0.15 0.10 0.31 0.09 0.20 0.21 0.31 0.11 0.04 0.02 0.07 0.25 0.70 0.51 0.51
O6 0.44 0.57 0.29 0.25 0.45 0.38 0.39 0.36 0.41 0.31 0.50 0.56 0.36 0.31 0.40 0.30 0.21 0.49 0.28 0.18 0.19 0.19
OP1 0.15 0.12 0.16 0.06 0.17 0.03 0.26 0.11 0.24 0.35 0.16 0.11 0.33 0.36 0.21 0.14 0.03 0.06 0.03 0.22 0.19 0.14
OP2 0.08 0.44 0.08 0.06 0.24 0.03 0.16 0.03 0.23 0.10 0.37 0.40 0.15 0.08 0.11 0.06 0.01 0.06 0.03 0.39 0.15 0.18
P 0.03 0.21 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.05 0.22 0.13 0.21 0.11 0.20 0.06 0.04 0.01 0.01 0.06 0.42 0.25 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.05
C2 0.04 0.00 0.19 0.14 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.25 0.20 0.03 0.05 0.08 0.08 0.06
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.02 0.03 0.02 0.06 0.09 0.14 0.20 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.05 0.06
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.15 0.09 0.15 0.07 0.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.23 0.10 0.12
C4 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.07 0.02 0.05 0.08 0.08 0.06
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01
C5 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.08 0.12 0.08 0.08
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.09 0.08 0.05 0.02 0.14 0.10 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.11 0.03 0.04 0.10 0.14 0.10 0.10
C8 0.01 0.02 0.09 0.15 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.18 0.03 0.08 0.11 0.07 0.06
N1 0.03 0.01 0.14 0.09 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.12 0.03 0.07 0.11 0.09 0.08
N3 0.05 0.01 0.20 0.15 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.25 0.20 0.02 0.04 0.05 0.08 0.06
N6 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.14 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.15 0.20 0.15 0.15
N7 0.00 0.02 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.03 0.15 0.02 0.11 0.14 0.09 0.09
N9 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.07 0.07 0.06
O2' 0.00 0.25 0.00 0.02 0.12 0.05 0.06 0.05 0.11 0.06 0.20 0.25 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.23 0.06 0.09
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.18 0.12 0.20 0.08 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.37 0.21 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.11 0.10
O5' 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.10 0.08 0.07 0.04 0.15 0.11 0.04 0.04 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.08 0.19 0.23 0.08 0.08 0.12 0.02 0.14 0.11 0.11 0.05 0.20 0.14 0.07 0.23 0.37 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.06 0.08 0.05 0.10 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.07 0.09 0.08 0.15 0.09 0.07 0.06 0.21 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.06 0.12 0.06 0.01 0.08 0.01 0.10 0.06 0.08 0.06 0.15 0.09 0.06 0.09 0.22 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00