Doublet Group distance statistics: 50230

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1'	A	0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N2	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.016
O6	A	0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N9	A	0, 0.015, 0.037, 0.060, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N7	A	0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.033
C8	A	0, 0.019, 0.060, 0.102, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.060 std_dev=0.042
C2'	A	0, 0.060, 0.183, 0.306, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.183 std_dev=0.123
O2'	A	0, 0.023, 0.186, 0.349, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.186 std_dev=0.163
O4'	A	0, 0.013, 0.187, 0.360, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.187 std_dev=0.173
C3'	A	0, 0.079, 0.320, 0.562, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.320 std_dev=0.241
C4'	A	0, 0.019, 0.292, 0.564, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.292 std_dev=0.273
O3'	A	0, 0.155, 0.467, 0.780, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.467 std_dev=0.312
O2'	B	0, 0.327, 0.775, 1.222, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.775 std_dev=0.447
C5'	A	0, 0.025, 0.488, 0.952, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.488 std_dev=0.463
C2'	B	0, 0.241, 0.821, 1.401, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.821 std_dev=0.580
C1'	B	0, 0.262, 0.862, 1.462, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.862 std_dev=0.600
N3	B	0, 0.360, 0.984, 1.609, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.984 std_dev=0.625
OP2	B	0, 0.426, 1.086, 1.746, 1.785 max_d=1.785 avg_d=1.086 std_dev=0.660
C4	B	0, 0.346, 1.027, 1.708, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.027 std_dev=0.681
N9	B	0, 0.273, 0.964, 1.655, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.964 std_dev=0.691
O5'	A	0, 0.062, 0.765, 1.467, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.765 std_dev=0.702
C2	B	0, 0.466, 1.187, 1.907, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.187 std_dev=0.720
P	B	0, 0.468, 1.192, 1.915, 1.842 max_d=1.842 avg_d=1.192 std_dev=0.724
C5	B	0, 0.404, 1.243, 2.081, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.243 std_dev=0.838
N1	B	0, 0.542, 1.387, 2.231, 2.278 max_d=2.278 avg_d=1.387 std_dev=0.845
O4'	B	0, 0.288, 1.139, 1.991, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.139 std_dev=0.852
O5'	B	0, 0.466, 1.327, 2.189, 2.311 max_d=2.311 avg_d=1.327 std_dev=0.862
C8	B	0, 0.257, 1.137, 2.018, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.137 std_dev=0.881
C6	B	0, 0.509, 1.416, 2.323, 2.452 max_d=2.452 avg_d=1.416 std_dev=0.907
N7	B	0, 0.357, 1.309, 2.262, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.309 std_dev=0.952
C4'	B	0, 0.218, 1.257, 2.297, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.257 std_dev=1.039
OP1	B	0, 0.497, 1.548, 2.600, 2.562 max_d=2.562 avg_d=1.548 std_dev=1.052
N6	B	0, 0.591, 1.657, 2.723, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.657 std_dev=1.066
C3'	B	0, 0.002, 1.084, 2.166, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.084 std_dev=1.082
OP1	A	0, 0.211, 1.413, 2.616, 3.315 max_d=3.315 avg_d=1.413 std_dev=1.203
P	A	0, -0.012, 1.215, 2.442, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.215 std_dev=1.227
C5'	B	0, 0.170, 1.444, 2.719, 3.228 max_d=3.228 avg_d=1.444 std_dev=1.274
O3'	B	0, -0.002, 1.283, 2.568, 3.392 max_d=3.392 avg_d=1.283 std_dev=1.285
OP2	A	0, -0.162, 1.337, 2.837, 3.879 max_d=3.879 avg_d=1.337 std_dev=1.499

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.24	0.01	0.08	0.47	0.33
C2	0.01	0.00	0.09	0.15	0.00	0.08	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.15	0.01	0.49	0.01	0.21	1.06	0.69
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.08	0.06	0.10	0.09	0.06	0.03	0.00	0.02	0.01	0.33	0.03	0.12	0.54	0.29
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.09	0.01	0.08	0.04	0.10	0.10	0.13	0.17	0.14	0.08	0.05	0.03	0.01	0.02	0.39	0.10	0.16	0.48	0.27
C4	0.01	0.00	0.03	0.09	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.08	0.01	0.51	0.00	0.28	1.00	0.71
C4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.06	0.00	0.07	0.01	0.08	0.05	0.08	0.08	0.07	0.06	0.04	0.03	0.03	0.00	0.01	0.08	0.21	0.09	0.06
C5	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.07	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.08	0.02	0.61	0.01	0.43	1.23	0.89
C5'	0.02	0.12	0.03	0.04	0.11	0.01	0.13	0.00	0.14	0.13	0.14	0.11	0.09	0.14	0.08	0.03	0.05	0.02	0.01	0.16	0.15	0.11	0.02
C6	0.01	0.01	0.03	0.10	0.00	0.08	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.10	0.02	0.62	0.00	0.44	1.33	0.94
C8	0.01	0.01	0.08	0.10	0.01	0.05	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.10	0.03	0.60	0.01	0.46	1.03	0.86
N1	0.01	0.00	0.06	0.13	0.01	0.08	0.00	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.13	0.01	0.57	0.01	0.33	1.23	0.83
N2	0.01	0.00	0.10	0.17	0.00	0.08	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.08	0.18	0.02	0.46	0.01	0.15	1.01	0.62
N3	0.01	0.01	0.09	0.14	0.00	0.07	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.13	0.01	0.44	0.01	0.17	0.92	0.60
N7	0.02	0.01	0.06	0.08	0.00	0.06	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.09	0.03	0.65	0.01	0.55	1.28	1.00
N9	0.01	0.00	0.03	0.05	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.46	0.00	0.26	0.83	0.63
O2'	0.01	0.07	0.00	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.02	0.05	0.05	0.08	0.06	0.04	0.01	0.00	0.07	0.02	0.11	0.03	0.27	0.25	0.05
O3'	0.01	0.15	0.02	0.01	0.08	0.03	0.08	0.05	0.10	0.10	0.13	0.18	0.13	0.09	0.05	0.07	0.00	0.02	0.26	0.10	0.35	0.31	0.09
O4'	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.08	0.02	0.05	0.20	0.18
O5'	0.24	0.49	0.33	0.39	0.51	0.01	0.61	0.01	0.62	0.60	0.57	0.46	0.44	0.65	0.46	0.11	0.26	0.08	0.00	0.67	0.01	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.03	0.10	0.00	0.08	0.01	0.16	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.10	0.02	0.67	0.00	0.53	1.45	1.04
OP1	0.08	0.21	0.12	0.16	0.28	0.21	0.43	0.15	0.44	0.46	0.33	0.15	0.17	0.55	0.26	0.27	0.35	0.05	0.01	0.53	0.00	0.03	0.01
OP2	0.47	1.06	0.54	0.48	1.00	0.09	1.23	0.11	1.33	1.03	1.23	1.01	0.92	1.28	0.83	0.25	0.31	0.20	0.02	1.45	0.03	0.00	0.01
P	0.33	0.69	0.29	0.27	0.71	0.06	0.89	0.02	0.94	0.86	0.83	0.62	0.60	1.00	0.63	0.05	0.09	0.18	0.00	1.04	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.30	0.42	0.76	0.26	0.54	0.37	0.61	0.40	0.34	0.37	0.22	0.46	0.40	0.23	0.24	0.93	0.17	0.34	0.20	0.36	0.17
C2	0.28	0.20	0.43	0.83	0.35	0.51	0.57	0.60	0.55	0.64	0.23	0.19	0.75	0.74	0.41	0.26	0.92	0.32	0.71	0.49	0.29	0.44
C2'	0.13	0.23	0.47	0.92	0.25	0.71	0.35	0.83	0.37	0.35	0.30	0.18	0.43	0.41	0.24	0.17	1.15	0.27	0.47	0.39	0.37	0.33
C3'	0.22	0.26	0.53	1.08	0.23	0.95	0.26	1.08	0.25	0.28	0.24	0.25	0.28	0.30	0.23	0.06	1.42	0.48	0.55	0.49	0.43	0.43
C4	0.22	0.18	0.43	0.87	0.24	0.58	0.42	0.66	0.34	0.51	0.11	0.13	0.44	0.56	0.33	0.27	0.99	0.29	0.61	0.41	0.27	0.35
C4'	0.20	0.40	0.48	0.92	0.26	0.85	0.25	0.92	0.28	0.20	0.35	0.36	0.29	0.24	0.19	0.03	1.24	0.44	0.34	0.23	0.44	0.26
C5	0.22	0.44	0.39	0.92	0.14	0.65	0.26	0.73	0.06	0.49	0.32	0.28	0.15	0.50	0.29	0.28	1.03	0.36	0.71	0.49	0.28	0.42
C5'	0.35	0.40	0.54	1.08	0.28	1.11	0.20	1.16	0.21	0.17	0.30	0.42	0.20	0.19	0.24	0.14	1.54	0.68	0.48	0.31	0.43	0.34
C6	0.26	0.53	0.37	0.90	0.19	0.63	0.32	0.71	0.16	0.58	0.45	0.32	0.19	0.61	0.33	0.28	0.99	0.39	0.80	0.58	0.34	0.52
C8	0.12	0.36	0.40	0.98	0.08	0.73	0.08	0.78	0.10	0.26	0.26	0.30	0.09	0.23	0.13	0.29	1.12	0.36	0.52	0.34	0.34	0.28
N1	0.28	0.38	0.40	0.86	0.28	0.56	0.48	0.65	0.36	0.64	0.24	0.26	0.54	0.72	0.39	0.27	0.95	0.36	0.78	0.56	0.34	0.50
N2	0.30	0.21	0.43	0.79	0.39	0.47	0.64	0.55	0.65	0.66	0.36	0.22	0.89	0.79	0.44	0.26	0.88	0.32	0.71	0.49	0.30	0.44
N3	0.25	0.13	0.44	0.82	0.35	0.51	0.56	0.59	0.55	0.57	0.31	0.15	0.70	0.67	0.38	0.26	0.92	0.27	0.61	0.41	0.26	0.36
N7	0.17	0.54	0.36	0.99	0.13	0.76	0.03	0.82	0.23	0.34	0.47	0.39	0.18	0.27	0.16	0.28	1.10	0.42	0.69	0.48	0.30	0.40
N9	0.15	0.20	0.43	0.88	0.19	0.62	0.32	0.68	0.27	0.38	0.19	0.15	0.34	0.41	0.24	0.26	1.02	0.26	0.49	0.31	0.31	0.26
O2'	0.11	0.29	0.39	0.73	0.26	0.53	0.39	0.66	0.45	0.34	0.41	0.19	0.53	0.42	0.22	0.22	0.92	0.12	0.35	0.27	0.36	0.23
O3'	0.20	0.26	0.50	1.06	0.22	0.98	0.25	1.14	0.25	0.26	0.24	0.25	0.28	0.28	0.21	0.05	1.42	0.49	0.57	0.54	0.46	0.47
O4'	0.12	0.43	0.45	0.78	0.28	0.64	0.30	0.67	0.35	0.24	0.41	0.36	0.36	0.28	0.19	0.16	0.98	0.28	0.24	0.11	0.43	0.14
O5'	0.42	0.63	0.49	1.04	0.54	1.09	0.53	1.26	0.57	0.44	0.62	0.58	0.56	0.46	0.47	0.25	1.33	0.74	0.70	0.53	0.62	0.60
O6	0.26	0.66	0.33	0.90	0.19	0.66	0.23	0.75	0.34	0.56	0.70	0.40	0.29	0.55	0.30	0.27	0.99	0.44	0.89	0.67	0.43	0.60
OP1	1.02	0.78	0.94	1.67	0.83	2.02	0.73	2.28	0.68	0.79	0.70	0.85	0.62	0.71	0.89	0.53	2.08	1.58	1.58	1.41	1.28	1.45
OP2	0.76	1.12	0.50	1.15	1.04	1.41	1.11	1.75	1.19	0.93	1.19	1.04	1.22	1.04	0.92	0.09	1.16	1.19	1.21	0.99	1.27	1.16
P	1.01	1.04	0.93	1.60	1.04	1.81	1.01	2.03	1.01	0.96	1.03	1.05	0.99	0.96	1.02	0.39	1.88	1.46	1.41	1.17	1.27	1.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.30	0.27	0.50	0.22
C2	0.02	0.00	0.43	0.49	0.01	0.11	0.01	0.18	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.12	0.49	0.21	0.38	0.39	0.80	0.43
C2'	0.00	0.43	0.00	0.01	0.23	0.03	0.12	0.14	0.21	0.18	0.34	0.42	0.16	0.08	0.02	0.00	0.05	0.02	0.55	0.64	0.62	0.50
C3'	0.01	0.49	0.01	0.00	0.35	0.00	0.36	0.02	0.44	0.12	0.50	0.42	0.45	0.23	0.19	0.03	0.01	0.01	0.30	0.38	0.40	0.20
C4	0.01	0.01	0.23	0.35	0.00	0.09	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.32	0.11	0.40	0.39	0.74	0.41
C4'	0.01	0.11	0.03	0.00	0.09	0.00	0.12	0.01	0.14	0.07	0.13	0.08	0.16	0.11	0.06	0.25	0.04	0.00	0.01	0.12	0.41	0.05
C5	0.01	0.01	0.12	0.36	0.00	0.12	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.15	0.35	0.06	0.42	0.49	0.81	0.50
C5'	0.11	0.18	0.14	0.02	0.16	0.01	0.19	0.00	0.22	0.15	0.21	0.15	0.24	0.18	0.14	0.11	0.18	0.02	0.01	0.14	0.36	0.01
C6	0.01	0.01	0.21	0.44	0.01	0.14	0.01	0.22	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.46	0.10	0.41	0.53	0.86	0.53
C8	0.01	0.01	0.18	0.12	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.27	0.11	0.14	0.45	0.46	0.70	0.46
N1	0.01	0.01	0.34	0.50	0.01	0.13	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.52	0.17	0.40	0.47	0.85	0.50
N3	0.02	0.00	0.42	0.42	0.00	0.08	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.13	0.39	0.21	0.37	0.33	0.73	0.38
N6	0.01	0.02	0.16	0.45	0.00	0.16	0.01	0.24	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.49	0.07	0.41	0.60	0.87	0.57
N7	0.01	0.01	0.08	0.23	0.00	0.11	0.01	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.26	0.24	0.08	0.44	0.53	0.80	0.53
N9	0.01	0.01	0.02	0.19	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.13	0.14	0.02	0.41	0.36	0.65	0.37
O2'	0.02	0.12	0.00	0.03	0.05	0.25	0.15	0.11	0.10	0.27	0.03	0.13	0.14	0.26	0.13	0.00	0.07	0.14	0.31	0.47	0.54	0.31
O3'	0.05	0.49	0.05	0.01	0.32	0.04	0.35	0.18	0.46	0.11	0.52	0.39	0.49	0.24	0.14	0.07	0.00	0.05	0.13	0.25	0.40	0.05
O4'	0.00	0.21	0.02	0.01	0.11	0.00	0.06	0.02	0.10	0.14	0.17	0.21	0.07	0.08	0.02	0.14	0.05	0.00	0.07	0.12	0.47	0.20
O5'	0.30	0.38	0.55	0.30	0.40	0.01	0.42	0.01	0.41	0.45	0.40	0.37	0.41	0.44	0.41	0.31	0.13	0.07	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.27	0.39	0.64	0.38	0.39	0.12	0.49	0.14	0.53	0.46	0.47	0.33	0.60	0.53	0.36	0.47	0.25	0.12	0.01	0.00	0.03	0.00
OP2	0.50	0.80	0.62	0.40	0.74	0.41	0.81	0.36	0.86	0.70	0.85	0.73	0.87	0.80	0.65	0.54	0.40	0.47	0.02	0.03	0.00	0.00
P	0.22	0.43	0.50	0.20	0.41	0.05	0.50	0.01	0.53	0.46	0.50	0.38	0.57	0.53	0.37	0.31	0.05	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00