ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50231

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O3' A 0, 0.072, 0.272, 0.472, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.272 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.044, 0.309, 0.575, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.309 std_dev=0.265
C4' A 0, 0.028, 0.298, 0.567, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.298 std_dev=0.269
C3' A 0, 0.060, 0.343, 0.625, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.343 std_dev=0.283
O4' A 0, 0.020, 0.307, 0.595, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.307 std_dev=0.288
C2' B 0, 0.135, 0.475, 0.815, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.475 std_dev=0.340
C3' B 0, 0.137, 0.480, 0.822, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.480 std_dev=0.342
O3' B 0, 0.231, 0.645, 1.058, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.645 std_dev=0.414
O2' A 0, 0.099, 0.534, 0.969, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.534 std_dev=0.435
O2' B 0, 0.254, 0.719, 1.184, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.719 std_dev=0.465
N3 B 0, 0.109, 0.588, 1.067, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.588 std_dev=0.479
C5' A 0, 0.059, 0.556, 1.054, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.556 std_dev=0.497
C2 B 0, 0.181, 0.706, 1.231, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.706 std_dev=0.525
O4' B 0, 0.085, 0.639, 1.194, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.639 std_dev=0.554
C1' B 0, 0.061, 0.626, 1.190, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.626 std_dev=0.565
C4 B 0, 0.146, 0.783, 1.420, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.783 std_dev=0.637
N1 B 0, 0.270, 0.940, 1.611, 1.578 max_d=1.578 avg_d=0.940 std_dev=0.670
C4' B 0, 0.096, 0.775, 1.455, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.775 std_dev=0.679
N9 B 0, 0.122, 0.818, 1.514, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.818 std_dev=0.696
O5' A 0, 0.219, 0.986, 1.753, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.986 std_dev=0.767
C5 B 0, 0.249, 1.053, 1.857, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.053 std_dev=0.804
C6 B 0, 0.305, 1.112, 1.920, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.112 std_dev=0.807
P A 0, 0.105, 0.948, 1.790, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.948 std_dev=0.843
C8 B 0, 0.204, 1.096, 1.988, 1.979 max_d=1.979 avg_d=1.096 std_dev=0.892
N7 B 0, 0.278, 1.241, 2.203, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.241 std_dev=0.963
N6 B 0, 0.400, 1.366, 2.331, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.366 std_dev=0.966
OP2 A 0, 0.198, 1.210, 2.222, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.210 std_dev=1.012
C5' B 0, 0.088, 1.152, 2.216, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.152 std_dev=1.064
OP1 A 0, 0.259, 1.454, 2.649, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.454 std_dev=1.195
O5' B 0, 0.053, 2.128, 4.203, 4.203 max_d=4.203 avg_d=2.128 std_dev=2.075
OP1 B 0, 0.097, 2.398, 4.700, 4.704 max_d=4.704 avg_d=2.398 std_dev=2.301
P B 0, 0.035, 2.653, 5.271, 5.272 max_d=5.272 avg_d=2.653 std_dev=2.618
OP2 B 0, 0.223, 3.169, 6.115, 6.112 max_d=6.112 avg_d=3.169 std_dev=2.946

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.21 0.01 0.09 0.17 0.06
C2 0.01 0.00 0.15 0.09 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.05 0.08 0.29 0.01 0.23 0.09 0.12
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.08 0.08 0.05 0.12 0.17 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.06 0.06 0.16 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.03 0.11 0.16 0.07
C4 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.02 0.04 0.35 0.01 0.24 0.13 0.16
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.21 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.02 0.44 0.01 0.33 0.15 0.23
C5' 0.05 0.09 0.08 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.15 0.12 0.07 0.07 0.16 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.16 0.07 0.29 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.02 0.04 0.43 0.00 0.35 0.12 0.24
C8 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.06 0.51 0.01 0.30 0.23 0.27
N1 0.01 0.00 0.12 0.07 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.03 0.07 0.36 0.01 0.30 0.10 0.18
N2 0.01 0.00 0.17 0.11 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.07 0.10 0.23 0.01 0.20 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.14 0.09 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.04 0.08 0.26 0.00 0.19 0.10 0.10
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.52 0.01 0.37 0.20 0.30
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.37 0.01 0.21 0.18 0.16
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.15 0.01 0.10 0.06 0.15 0.04 0.22 0.31 0.25 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.07 0.14 0.05
O3' 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.10 0.15 0.02 0.12 0.15 0.08
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.10 0.08 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.19 0.03 0.05 0.13 0.03
O5' 0.21 0.29 0.07 0.15 0.35 0.02 0.44 0.01 0.43 0.51 0.36 0.23 0.26 0.52 0.37 0.07 0.15 0.19 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.03 0.48 0.00 0.40 0.13 0.28
OP1 0.09 0.23 0.06 0.11 0.24 0.06 0.33 0.07 0.35 0.30 0.30 0.20 0.19 0.37 0.21 0.07 0.12 0.05 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.09 0.16 0.16 0.13 0.21 0.15 0.29 0.12 0.23 0.10 0.09 0.10 0.20 0.18 0.14 0.15 0.13 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.03 0.07 0.16 0.02 0.23 0.02 0.24 0.27 0.18 0.09 0.10 0.30 0.16 0.05 0.08 0.03 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.05 0.09 0.28 0.20 0.68 0.21 0.88 0.14 0.31 0.07 0.12 0.15 0.28 0.28 0.28 0.22 0.50 0.91 0.93 0.74 1.00
C2 0.20 0.01 0.03 0.20 0.14 0.64 0.13 0.88 0.07 0.22 0.02 0.07 0.07 0.19 0.20 0.40 0.07 0.47 1.35 1.34 1.56 1.53
C2' 0.26 0.10 0.04 0.14 0.22 0.51 0.24 0.59 0.20 0.32 0.13 0.13 0.22 0.31 0.27 0.32 0.18 0.39 0.47 0.49 0.25 0.51
C3' 0.30 0.10 0.08 0.20 0.25 0.50 0.28 0.59 0.23 0.39 0.15 0.14 0.26 0.37 0.32 0.16 0.27 0.39 0.30 0.36 0.06 0.32
C4 0.21 0.01 0.04 0.20 0.14 0.66 0.13 0.88 0.07 0.22 0.02 0.07 0.07 0.18 0.20 0.40 0.07 0.48 1.25 1.21 1.32 1.38
C4' 0.32 0.07 0.19 0.31 0.23 0.57 0.26 0.74 0.20 0.39 0.11 0.12 0.22 0.35 0.32 0.12 0.31 0.42 0.47 0.52 0.01 0.48
C5 0.14 0.03 0.07 0.15 0.08 0.61 0.06 0.85 0.02 0.13 0.03 0.03 0.02 0.10 0.13 0.45 0.04 0.45 1.36 1.28 1.49 1.49
C5' 0.21 0.05 0.15 0.22 0.12 0.36 0.17 0.51 0.10 0.30 0.01 0.02 0.14 0.27 0.21 0.12 0.23 0.24 0.07 0.13 0.58 0.01
C6 0.10 0.06 0.09 0.12 0.04 0.56 0.02 0.82 0.03 0.09 0.07 0.01 0.04 0.06 0.09 0.47 0.06 0.41 1.45 1.38 1.70 1.61
C8 0.19 0.01 0.05 0.19 0.11 0.66 0.10 0.88 0.05 0.17 0.02 0.06 0.05 0.13 0.16 0.42 0.01 0.48 1.16 1.07 1.04 1.22
N1 0.14 0.04 0.06 0.15 0.08 0.59 0.07 0.84 0.02 0.15 0.04 0.04 0.01 0.11 0.14 0.44 0.00 0.43 1.43 1.40 1.71 1.62
N2 0.22 0.01 0.03 0.21 0.15 0.64 0.15 0.88 0.09 0.25 0.02 0.08 0.09 0.21 0.21 0.38 0.10 0.47 1.34 1.36 1.58 1.55
N3 0.24 0.02 0.03 0.22 0.16 0.66 0.16 0.89 0.10 0.26 0.03 0.09 0.10 0.22 0.23 0.37 0.11 0.49 1.24 1.24 1.35 1.40
N7 0.10 0.04 0.09 0.13 0.05 0.60 0.03 0.84 0.02 0.09 0.04 0.02 0.02 0.06 0.09 0.47 0.10 0.44 1.33 1.20 1.35 1.41
N9 0.24 0.03 0.05 0.23 0.16 0.68 0.15 0.89 0.10 0.24 0.04 0.09 0.10 0.21 0.22 0.37 0.10 0.49 1.11 1.07 1.03 1.21
O2' 0.22 0.10 0.12 0.09 0.19 0.48 0.21 0.55 0.17 0.26 0.12 0.13 0.19 0.25 0.23 0.43 0.15 0.38 0.48 0.52 0.39 0.56
O3' 0.28 0.06 0.07 0.21 0.21 0.51 0.25 0.64 0.19 0.36 0.10 0.11 0.22 0.34 0.29 0.18 0.26 0.38 0.39 0.46 0.07 0.43
O4' 0.42 0.11 0.29 0.46 0.30 0.79 0.31 1.02 0.23 0.45 0.14 0.18 0.25 0.40 0.40 0.13 0.38 0.58 0.95 0.96 0.58 0.99
O5' 0.02 0.30 0.03 0.02 0.09 0.02 0.04 0.09 0.07 0.21 0.21 0.27 0.04 0.18 0.05 0.08 0.01 0.08 0.36 0.33 1.03 0.45
O6 0.02 0.12 0.13 0.07 0.03 0.49 0.06 0.75 0.10 0.00 0.14 0.05 0.12 0.03 0.00 0.49 0.13 0.34 1.49 1.42 1.81 1.66
OP1 0.07 0.26 0.22 0.08 0.10 0.22 0.09 0.13 0.09 0.23 0.18 0.24 0.09 0.21 0.09 0.38 0.01 0.21 0.81 0.77 1.88 1.05
OP2 0.27 0.17 0.25 0.08 0.33 0.13 0.45 0.27 0.41 0.59 0.28 0.16 0.49 0.60 0.40 0.54 0.01 0.05 1.04 0.95 1.71 1.22
P 0.09 0.12 0.15 0.00 0.05 0.11 0.15 0.09 0.09 0.30 0.03 0.11 0.15 0.28 0.15 0.30 0.00 0.08 0.70 0.63 1.46 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.20 0.03
C2 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.20 0.01 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.15 0.18 0.94 0.75 1.02 0.93
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.39 0.29 0.63 0.38
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.45 0.31 0.82 0.45
C4 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.06 0.08 0.42 0.22 0.38 0.37
C4' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.05 0.14 0.13 0.20 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.42 0.10
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.22 0.04 0.26 0.19
C5' 0.07 0.27 0.11 0.01 0.01 0.00 0.16 0.00 0.07 0.43 0.13 0.25 0.15 0.38 0.18 0.09 0.07 0.03 0.01 0.11 0.27 0.03
C6 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.05 0.43 0.25 0.54 0.42
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.14 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.08 0.13 0.33 0.45 0.35 0.35
N1 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.11 0.12 0.75 0.57 0.88 0.76
N3 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.20 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.14 0.19 0.84 0.62 0.81 0.79
N6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.31 0.13 0.46 0.30
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.09 0.18 0.35 0.16 0.21
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.11 0.09 0.02
O2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.11 0.01 0.03 0.09 0.10 0.21 0.20 0.24 0.05 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01 0.44 0.32 0.72 0.44
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.07 0.05 0.08 0.11 0.14 0.02 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.31 0.27 0.85 0.37
O4' 0.00 0.18 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.05 0.13 0.12 0.19 0.02 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.29 0.04 0.08 0.16
O5' 0.05 0.94 0.39 0.45 0.42 0.01 0.22 0.01 0.43 0.33 0.75 0.84 0.31 0.18 0.05 0.44 0.31 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.75 0.29 0.31 0.22 0.15 0.04 0.11 0.25 0.45 0.57 0.62 0.13 0.35 0.11 0.32 0.27 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 1.02 0.63 0.82 0.38 0.42 0.26 0.27 0.54 0.35 0.88 0.81 0.46 0.16 0.09 0.72 0.85 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.93 0.38 0.45 0.37 0.10 0.19 0.03 0.42 0.35 0.76 0.79 0.30 0.21 0.02 0.44 0.37 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00