ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50232

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
O4' A 0, 0.069, 0.171, 0.272, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.171 std_dev=0.102
C2' A 0, 0.067, 0.175, 0.282, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.175 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.076, 0.211, 0.347, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.211 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.101, 0.259, 0.417, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.259 std_dev=0.158
C3' A 0, 0.109, 0.274, 0.439, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.274 std_dev=0.165
N6 B 0, 0.067, 0.236, 0.405, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.236 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.072, 0.254, 0.436, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.254 std_dev=0.182
C5 B 0, 0.086, 0.286, 0.486, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.286 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.134, 0.351, 0.568, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.351 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.137, 0.355, 0.573, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.355 std_dev=0.218
C4 B 0, 0.046, 0.273, 0.500, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.273 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.155, 0.383, 0.610, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.383 std_dev=0.228
N9 B 0, 0.127, 0.362, 0.597, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.362 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.124, 0.369, 0.614, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.369 std_dev=0.245
N3 B 0, 0.122, 0.368, 0.614, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.368 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.125, 0.385, 0.645, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.385 std_dev=0.260
N7 B 0, 0.177, 0.437, 0.697, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.437 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.177, 0.447, 0.717, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.447 std_dev=0.270
C8 B 0, 0.191, 0.481, 0.772, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.481 std_dev=0.291
C5' A 0, 0.188, 0.484, 0.781, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.484 std_dev=0.297
C3' B 0, 0.122, 0.419, 0.716, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.419 std_dev=0.297
O4' B 0, 0.109, 0.417, 0.725, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.417 std_dev=0.308
C4' B 0, 0.101, 0.428, 0.755, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.428 std_dev=0.327
O3' B 0, 0.162, 0.493, 0.824, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.493 std_dev=0.331
O5' A 0, 0.212, 0.553, 0.894, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.553 std_dev=0.341
OP1 B 0, 0.159, 0.503, 0.847, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.503 std_dev=0.344
C5' B 0, 0.066, 0.417, 0.768, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.417 std_dev=0.351
O5' B 0, 0.123, 0.482, 0.841, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.482 std_dev=0.359
P A 0, 0.190, 0.558, 0.927, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.558 std_dev=0.368
OP1 A 0, 0.197, 0.580, 0.964, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.580 std_dev=0.383
P B 0, 0.193, 0.579, 0.965, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.579 std_dev=0.386
OP2 A 0, 0.206, 0.618, 1.030, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.618 std_dev=0.412
OP2 B 0, 0.258, 0.700, 1.143, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.700 std_dev=0.442

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.12 0.00 0.07 0.18 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.00 0.06 0.12 0.08
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.08 0.09 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.00 0.10 0.16 0.12
C5' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.04 0.12 0.14 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.02 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.12 0.00 0.12 0.20 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.11 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.13 0.00 0.10 0.21 0.15
N2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.13 0.00 0.08 0.20 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.10 0.00 0.05 0.12 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.00 0.11 0.14 0.11
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.09 0.11 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.05 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02
O5' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.12 0.07 0.13 0.13 0.10 0.09 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.00 0.14 0.22 0.16
OP1 0.02 0.07 0.06 0.08 0.06 0.04 0.10 0.02 0.12 0.08 0.10 0.08 0.05 0.11 0.05 0.07 0.11 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.18 0.01 0.02 0.12 0.03 0.16 0.03 0.20 0.11 0.21 0.20 0.12 0.14 0.09 0.02 0.05 0.05 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.12 0.02 0.04 0.08 0.01 0.12 0.00 0.14 0.08 0.15 0.13 0.08 0.11 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.15 0.14 0.14 0.08 0.13 0.08 0.11 0.12 0.14 0.15 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.15 0.12 0.10 0.12 0.14 0.10
C2 0.14 0.07 0.14 0.14 0.10 0.14 0.08 0.13 0.03 0.14 0.07 0.08 0.03 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.14 0.15 0.17 0.14
C2' 0.14 0.15 0.16 0.16 0.10 0.15 0.09 0.12 0.11 0.16 0.14 0.12 0.10 0.11 0.12 0.15 0.16 0.14 0.11 0.06 0.04 0.04
C3' 0.13 0.12 0.14 0.14 0.08 0.13 0.06 0.11 0.08 0.14 0.11 0.10 0.07 0.10 0.11 0.14 0.15 0.12 0.10 0.06 0.06 0.05
C4 0.14 0.10 0.14 0.14 0.06 0.14 0.04 0.12 0.06 0.14 0.12 0.06 0.09 0.11 0.13 0.13 0.15 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12
C4' 0.11 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.15 0.09
C5 0.16 0.12 0.15 0.15 0.10 0.15 0.06 0.13 0.05 0.14 0.12 0.09 0.07 0.10 0.14 0.14 0.16 0.15 0.12 0.14 0.14 0.12
C5' 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.11 0.11 0.07 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.16 0.11
C6 0.17 0.12 0.15 0.15 0.12 0.15 0.09 0.14 0.05 0.14 0.11 0.13 0.04 0.11 0.15 0.14 0.17 0.16 0.13 0.14 0.15 0.12
C8 0.15 0.14 0.14 0.15 0.04 0.15 0.05 0.12 0.09 0.14 0.14 0.07 0.10 0.09 0.12 0.14 0.16 0.14 0.10 0.14 0.14 0.11
N1 0.15 0.11 0.14 0.14 0.12 0.14 0.09 0.13 0.05 0.14 0.10 0.11 0.02 0.12 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.14 0.16 0.13
N2 0.13 0.07 0.14 0.14 0.10 0.14 0.09 0.13 0.05 0.14 0.06 0.08 0.02 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.16 0.19 0.16
N3 0.14 0.07 0.14 0.14 0.08 0.14 0.06 0.13 0.04 0.15 0.09 0.06 0.08 0.12 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.17 0.13
N7 0.17 0.13 0.15 0.16 0.09 0.16 0.06 0.14 0.07 0.14 0.13 0.09 0.08 0.10 0.14 0.15 0.17 0.16 0.11 0.15 0.14 0.12
N9 0.13 0.13 0.14 0.14 0.02 0.13 0.03 0.11 0.09 0.14 0.14 0.07 0.10 0.10 0.11 0.13 0.15 0.13 0.10 0.13 0.14 0.11
O2' 0.17 0.18 0.17 0.17 0.15 0.18 0.14 0.16 0.14 0.18 0.17 0.17 0.13 0.15 0.16 0.14 0.16 0.18 0.17 0.05 0.02 0.07
O3' 0.13 0.13 0.15 0.15 0.10 0.15 0.08 0.14 0.08 0.14 0.12 0.11 0.07 0.11 0.12 0.14 0.15 0.14 0.15 0.07 0.09 0.11
O4' 0.14 0.12 0.14 0.14 0.09 0.14 0.07 0.13 0.09 0.15 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.15 0.18 0.14
O5' 0.13 0.11 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.14 0.11 0.11 0.07 0.12 0.12 0.14 0.13 0.11 0.10 0.11 0.14 0.10
O6 0.18 0.15 0.15 0.16 0.14 0.17 0.10 0.14 0.06 0.14 0.12 0.15 0.03 0.11 0.16 0.14 0.18 0.18 0.13 0.15 0.14 0.13
OP1 0.14 0.11 0.15 0.15 0.10 0.13 0.08 0.12 0.08 0.14 0.11 0.10 0.08 0.11 0.12 0.16 0.16 0.12 0.12 0.14 0.15 0.12
OP2 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.08 0.10 0.06 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.14 0.12 0.09 0.07 0.11 0.14 0.10
P 0.13 0.10 0.13 0.13 0.10 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.09 0.10 0.06 0.12 0.12 0.14 0.14 0.11 0.10 0.13 0.15 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.04 0.04 0.05 0.12 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.02 0.03 0.04 0.09 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.11 0.06
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03 0.04 0.05 0.12 0.07
C8 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.07 0.12 0.08
N1 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.04 0.04 0.05 0.12 0.07
N3 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.04 0.04 0.04 0.11 0.06
N6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.05 0.06 0.12 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.12 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
O2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03 0.10 0.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.12 0.05 0.05 0.09 0.02 0.11 0.00 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.08 0.06 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00