ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.031, 0.076, 0.120, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.076 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.012, 0.059, 0.105, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.059 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.044, 0.110, 0.176, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.110 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.045, 0.120, 0.196, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.120 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.055, 0.146, 0.238, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.146 std_dev=0.091
C5' A 0, 0.054, 0.149, 0.243, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.149 std_dev=0.095
O2' A 0, 0.082, 0.202, 0.322, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.202 std_dev=0.120
O3' A 0, 0.047, 0.173, 0.299, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.173 std_dev=0.126
O3' B 0, 0.068, 0.230, 0.392, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.230 std_dev=0.162
O5' A 0, 0.120, 0.290, 0.460, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.290 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.080, 0.274, 0.468, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.274 std_dev=0.194
C2 B 0, 0.070, 0.287, 0.504, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.287 std_dev=0.217
N1 B 0, 0.077, 0.310, 0.543, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.310 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.094, 0.335, 0.576, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.335 std_dev=0.241
C6 B 0, 0.102, 0.351, 0.600, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.351 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.153, 0.418, 0.683, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.418 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.119, 0.391, 0.662, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.391 std_dev=0.271
N9 B 0, 0.148, 0.428, 0.707, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.428 std_dev=0.280
O4' B 0, 0.164, 0.446, 0.729, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.446 std_dev=0.282
N6 B 0, 0.134, 0.420, 0.706, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.420 std_dev=0.286
P A 0, 0.191, 0.486, 0.782, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.486 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.213, 0.522, 0.830, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.522 std_dev=0.308
O5' B 0, 0.135, 0.447, 0.760, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.447 std_dev=0.313
N7 B 0, 0.169, 0.515, 0.860, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.515 std_dev=0.345
C8 B 0, 0.197, 0.548, 0.900, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.548 std_dev=0.351
C4' B 0, 0.226, 0.585, 0.944, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.585 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.268, 0.634, 1.001, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.634 std_dev=0.366
OP1 A 0, 0.178, 0.547, 0.916, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.547 std_dev=0.369
P B 0, 0.156, 0.555, 0.953, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.555 std_dev=0.399
OP2 A 0, 0.244, 0.678, 1.111, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.678 std_dev=0.433
O2' B 0, 0.304, 0.764, 1.225, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.764 std_dev=0.461
OP2 B 0, 0.111, 0.640, 1.168, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.640 std_dev=0.529
C5' B 0, 0.326, 0.870, 1.415, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.870 std_dev=0.545
OP1 B 0, 0.145, 0.830, 1.514, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.830 std_dev=0.684

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.09 0.12 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.14 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.13 0.05 0.04
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.04 0.02 0.07 0.16 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.19 0.09
C5' 0.04 0.08 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.06 0.03 0.06 0.01 0.06 0.20 0.09
C8 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.03 0.06 0.20 0.10
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.09 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.11 0.07 0.03 0.06 0.01 0.08 0.17 0.07
N2 0.04 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.03 0.03 0.03 0.10 0.14 0.06
N3 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.02 0.04 0.01 0.10 0.13 0.06
N7 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.22 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.16 0.07
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.09 0.02 0.09 0.04 0.11 0.04 0.11 0.13 0.12 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.12 0.13 0.06 0.02
O3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.11 0.09 0.02 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.16 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.07 0.13 0.06
O5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.06 0.04 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.12 0.07 0.04 0.07 0.00 0.06 0.23 0.11
OP1 0.09 0.10 0.13 0.15 0.07 0.11 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.10 0.10 0.07 0.06 0.13 0.16 0.07 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.14 0.05 0.01 0.16 0.03 0.19 0.04 0.20 0.20 0.17 0.14 0.13 0.22 0.16 0.06 0.01 0.13 0.02 0.23 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.09 0.02 0.09 0.10 0.07 0.06 0.06 0.11 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.15 0.13 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.12 0.10 0.07 0.08 0.10 0.23 0.03 0.09 0.08 0.30 0.30 0.05
C2 0.11 0.15 0.10 0.07 0.13 0.12 0.15 0.15 0.17 0.14 0.18 0.12 0.20 0.15 0.13 0.15 0.04 0.12 0.15 0.33 0.38 0.14
C2' 0.07 0.18 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06 0.14 0.10 0.03 0.16 0.12 0.10 0.02 0.04 0.18 0.07 0.13 0.05 0.18 0.41 0.10
C3' 0.10 0.19 0.13 0.08 0.09 0.11 0.08 0.14 0.12 0.05 0.17 0.15 0.11 0.04 0.06 0.21 0.08 0.14 0.07 0.18 0.39 0.09
C4 0.12 0.15 0.10 0.06 0.13 0.09 0.13 0.11 0.14 0.14 0.15 0.13 0.14 0.14 0.14 0.18 0.03 0.11 0.11 0.33 0.33 0.10
C4' 0.09 0.16 0.14 0.08 0.06 0.09 0.03 0.11 0.07 0.07 0.13 0.13 0.06 0.05 0.05 0.23 0.07 0.12 0.06 0.21 0.32 0.06
C5 0.14 0.14 0.11 0.08 0.17 0.11 0.16 0.14 0.15 0.18 0.15 0.15 0.16 0.18 0.18 0.16 0.04 0.12 0.13 0.36 0.31 0.12
C5' 0.13 0.19 0.14 0.12 0.12 0.15 0.08 0.18 0.10 0.08 0.15 0.19 0.09 0.07 0.09 0.20 0.15 0.18 0.01 0.09 0.38 0.12
C6 0.14 0.14 0.12 0.09 0.17 0.13 0.18 0.17 0.17 0.19 0.16 0.16 0.18 0.19 0.18 0.14 0.05 0.13 0.16 0.38 0.32 0.15
C8 0.15 0.11 0.13 0.06 0.13 0.07 0.13 0.07 0.10 0.17 0.10 0.11 0.10 0.16 0.17 0.20 0.03 0.09 0.07 0.34 0.26 0.06
N1 0.13 0.15 0.11 0.10 0.16 0.13 0.17 0.17 0.18 0.18 0.17 0.14 0.20 0.18 0.16 0.15 0.05 0.13 0.17 0.36 0.36 0.16
N2 0.10 0.14 0.09 0.07 0.12 0.12 0.15 0.17 0.18 0.14 0.18 0.11 0.22 0.15 0.12 0.16 0.03 0.12 0.16 0.33 0.40 0.16
N3 0.10 0.17 0.10 0.06 0.12 0.10 0.13 0.13 0.15 0.12 0.18 0.12 0.17 0.13 0.12 0.17 0.03 0.12 0.13 0.32 0.37 0.11
N7 0.18 0.12 0.14 0.09 0.17 0.11 0.17 0.12 0.14 0.20 0.12 0.14 0.14 0.19 0.20 0.18 0.05 0.13 0.10 0.38 0.26 0.10
N9 0.12 0.14 0.12 0.05 0.11 0.07 0.11 0.08 0.10 0.14 0.13 0.11 0.10 0.12 0.14 0.20 0.02 0.09 0.08 0.32 0.30 0.06
O2' 0.07 0.22 0.08 0.06 0.10 0.11 0.11 0.16 0.18 0.04 0.23 0.14 0.18 0.07 0.04 0.17 0.06 0.15 0.04 0.17 0.46 0.13
O3' 0.10 0.20 0.14 0.07 0.10 0.10 0.09 0.12 0.14 0.06 0.20 0.15 0.14 0.05 0.06 0.23 0.06 0.13 0.06 0.20 0.37 0.08
O4' 0.15 0.12 0.19 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.07 0.17 0.09 0.10 0.06 0.14 0.15 0.29 0.05 0.11 0.11 0.33 0.23 0.07
O5' 0.03 0.11 0.12 0.06 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06 0.13 0.08 0.10 0.09 0.12 0.05 0.23 0.11 0.07 0.07 0.18 0.24 0.05
O6 0.15 0.14 0.12 0.10 0.18 0.13 0.19 0.18 0.17 0.20 0.15 0.16 0.19 0.20 0.19 0.13 0.06 0.13 0.16 0.39 0.28 0.16
OP1 0.05 0.21 0.14 0.12 0.09 0.09 0.08 0.06 0.13 0.08 0.19 0.18 0.14 0.07 0.02 0.21 0.12 0.08 0.15 0.27 0.12 0.10
OP2 0.14 0.11 0.19 0.21 0.08 0.20 0.06 0.18 0.05 0.09 0.09 0.11 0.03 0.07 0.10 0.22 0.22 0.16 0.16 0.34 0.11 0.16
P 0.06 0.12 0.14 0.11 0.04 0.10 0.03 0.07 0.06 0.08 0.10 0.11 0.07 0.07 0.04 0.21 0.12 0.08 0.11 0.26 0.16 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.18 0.37 0.09
C2 0.07 0.00 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.09 0.19 0.15 0.43 0.06
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.16 0.35 0.16
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.08 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.23 0.23 0.06
C4 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.24 0.13 0.42 0.07
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.30 0.26 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.32 0.09 0.40 0.06
C5' 0.07 0.12 0.08 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.08 0.03 0.03 0.01 0.32 0.28 0.01
C6 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.31 0.09 0.40 0.05
C8 0.02 0.02 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.10 0.05 0.05 0.34 0.09 0.38 0.08
N1 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.07 0.25 0.12 0.42 0.05
N3 0.07 0.00 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.11 0.09 0.17 0.16 0.43 0.08
N6 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.34 0.06 0.39 0.07
N7 0.01 0.02 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.09 0.05 0.03 0.37 0.07 0.36 0.06
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.25 0.12 0.41 0.09
O2' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.04 0.10 0.03 0.05 0.07 0.09 0.04 0.00 0.02 0.03 0.18 0.18 0.37 0.22
O3' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.09 0.11 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.12 0.29 0.20 0.01
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.07 0.09 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.16 0.27 0.30 0.04
O5' 0.16 0.19 0.17 0.10 0.24 0.03 0.32 0.01 0.31 0.34 0.25 0.17 0.34 0.37 0.25 0.18 0.12 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.18 0.15 0.16 0.23 0.13 0.30 0.09 0.32 0.09 0.09 0.12 0.16 0.06 0.07 0.12 0.18 0.29 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.43 0.35 0.23 0.42 0.26 0.40 0.28 0.40 0.38 0.42 0.43 0.39 0.36 0.41 0.37 0.20 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.06 0.16 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.09 0.22 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00