Doublet Group distance statistics: 50235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O6	A	0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N1	A	0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C2	A	0, -0.002, 0.024, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.025
C4	A	0, 0.003, 0.029, 0.056, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.027
N3	A	0, 0.001, 0.031, 0.061, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.031 std_dev=0.030
N9	A	0, 0.003, 0.035, 0.068, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.035 std_dev=0.033
C1'	A	0, 0.002, 0.036, 0.069, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.036 std_dev=0.033
N7	A	0, 0.004, 0.040, 0.076, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.040 std_dev=0.036
C8	A	0, 0.003, 0.049, 0.096, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.049 std_dev=0.046
N2	A	0, -0.002, 0.054, 0.109, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.054 std_dev=0.055
O3'	B	0, 0.100, 0.295, 0.490, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.295 std_dev=0.195
P	A	0, 0.102, 0.314, 0.527, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.314 std_dev=0.212
C3'	B	0, 0.144, 0.399, 0.654, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.399 std_dev=0.255
C2'	B	0, 0.185, 0.473, 0.760, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.473 std_dev=0.287
O4'	A	0, -0.079, 0.220, 0.518, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.220 std_dev=0.299
O5'	A	0, 0.019, 0.377, 0.735, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.377 std_dev=0.358
C2'	A	0, -0.097, 0.303, 0.703, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.303 std_dev=0.400
OP1	A	0, 0.094, 0.498, 0.901, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.498 std_dev=0.404
C1'	B	0, 0.219, 0.643, 1.067, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.643 std_dev=0.424
N9	B	0, 0.246, 0.688, 1.129, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.688 std_dev=0.441
O2'	B	0, 0.146, 0.618, 1.091, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.618 std_dev=0.472
C4	B	0, 0.279, 0.774, 1.268, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.774 std_dev=0.494
C8	B	0, 0.264, 0.758, 1.252, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.758 std_dev=0.494
OP2	A	0, -0.004, 0.496, 0.997, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.496 std_dev=0.500
C4'	B	0, 0.105, 0.615, 1.124, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.615 std_dev=0.510
O4'	B	0, 0.186, 0.710, 1.234, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.710 std_dev=0.524
N3	B	0, 0.275, 0.806, 1.336, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.806 std_dev=0.530
C4'	A	0, -0.100, 0.437, 0.974, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.437 std_dev=0.537
C5'	A	0, -0.060, 0.497, 1.054, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.497 std_dev=0.557
C5	B	0, 0.316, 0.888, 1.460, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.888 std_dev=0.572
N7	B	0, 0.304, 0.878, 1.452, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.878 std_dev=0.574
C2	B	0, 0.319, 0.955, 1.591, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.955 std_dev=0.636
C3'	A	0, -0.157, 0.503, 1.164, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.503 std_dev=0.660
C6	B	0, 0.360, 1.037, 1.715, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.037 std_dev=0.678
C5'	B	0, 0.118, 0.809, 1.500, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.809 std_dev=0.691
N1	B	0, 0.369, 1.071, 1.773, 1.770 max_d=1.770 avg_d=1.071 std_dev=0.702
O5'	B	0, 0.199, 0.902, 1.605, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.902 std_dev=0.703
O2'	A	0, -0.209, 0.494, 1.197, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.494 std_dev=0.703
N6	B	0, 0.386, 1.183, 1.980, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.183 std_dev=0.797
OP2	B	0, 0.270, 1.347, 2.423, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.347 std_dev=1.076
P	B	0, 0.237, 1.323, 2.410, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.323 std_dev=1.086
O3'	A	0, -0.333, 0.781, 1.896, 2.706 max_d=2.706 avg_d=0.781 std_dev=1.115
OP1	B	0, 0.219, 1.532, 2.845, 2.954 max_d=2.954 avg_d=1.532 std_dev=1.313

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.08	0.00	0.01	0.04	0.01	0.02	0.07	0.05	0.02	0.06	0.09	0.08	0.01	0.01	0.04	0.26	0.01	0.15	0.04	0.12	0.13	0.10
C2	0.08	0.00	0.32	0.39	0.00	0.15	0.01	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.09	0.07	0.03	0.12	0.01	0.12	0.22	0.12
C2'	0.00	0.32	0.00	0.00	0.15	0.00	0.06	0.21	0.13	0.14	0.24	0.40	0.32	0.08	0.01	0.00	0.03	0.00	0.42	0.10	0.43	0.57	0.46
C3'	0.01	0.39	0.00	0.00	0.34	0.00	0.39	0.02	0.44	0.28	0.43	0.40	0.34	0.35	0.26	0.01	0.01	0.01	0.05	0.46	0.10	0.10	0.06
C4	0.04	0.00	0.15	0.34	0.00	0.13	0.01	0.08	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.18	0.06	0.02	0.10	0.03	0.09	0.18	0.10
C4'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.13	0.00	0.15	0.00	0.17	0.13	0.16	0.16	0.14	0.15	0.11	0.28	0.01	0.00	0.01	0.18	0.05	0.03	0.02
C5	0.02	0.01	0.06	0.39	0.01	0.15	0.00	0.10	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.27	0.18	0.01	0.15	0.02	0.15	0.31	0.16
C5'	0.07	0.10	0.21	0.02	0.08	0.00	0.10	0.00	0.12	0.08	0.11	0.11	0.08	0.10	0.05	0.06	0.19	0.01	0.01	0.13	0.04	0.03	0.01
C6	0.05	0.00	0.13	0.44	0.02	0.17	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.26	0.22	0.02	0.18	0.01	0.18	0.37	0.19
C8	0.02	0.00	0.14	0.28	0.00	0.13	0.00	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.27	0.15	0.03	0.10	0.02	0.09	0.20	0.12
N1	0.06	0.00	0.24	0.43	0.01	0.16	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.18	0.16	0.03	0.16	0.01	0.16	0.31	0.17
N2	0.09	0.00	0.40	0.40	0.01	0.16	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.09	0.06	0.03	0.12	0.01	0.12	0.20	0.12
N3	0.08	0.00	0.32	0.34	0.00	0.14	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.07	0.02	0.02	0.09	0.02	0.09	0.15	0.10
N7	0.01	0.01	0.08	0.35	0.00	0.15	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.32	0.23	0.01	0.16	0.02	0.16	0.35	0.18
N9	0.01	0.02	0.01	0.26	0.01	0.11	0.01	0.05	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.17	0.03	0.01	0.05	0.03	0.04	0.09	0.05
O2'	0.04	0.09	0.00	0.01	0.18	0.28	0.27	0.06	0.26	0.27	0.18	0.09	0.07	0.32	0.17	0.00	0.02	0.24	0.33	0.29	0.31	0.68	0.40
O3'	0.26	0.07	0.03	0.01	0.06	0.01	0.18	0.19	0.22	0.15	0.16	0.06	0.02	0.23	0.03	0.02	0.00	0.20	0.21	0.29	0.22	0.19	0.20
O4'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.03	0.02	0.01	0.01	0.24	0.20	0.00	0.03	0.01	0.02	0.06	0.06
O5'	0.15	0.12	0.42	0.05	0.10	0.01	0.15	0.01	0.18	0.10	0.16	0.12	0.09	0.16	0.05	0.33	0.21	0.03	0.00	0.22	0.01	0.01	0.01
O6	0.04	0.01	0.10	0.46	0.03	0.18	0.02	0.13	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.29	0.29	0.01	0.22	0.00	0.22	0.45	0.23
OP1	0.12	0.12	0.43	0.10	0.09	0.05	0.15	0.04	0.18	0.09	0.16	0.12	0.09	0.16	0.04	0.31	0.22	0.02	0.01	0.22	0.00	0.02	0.01
OP2	0.13	0.22	0.57	0.10	0.18	0.03	0.31	0.03	0.37	0.20	0.31	0.20	0.15	0.35	0.09	0.68	0.19	0.06	0.01	0.45	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.12	0.46	0.06	0.10	0.02	0.16	0.01	0.19	0.12	0.17	0.12	0.10	0.18	0.05	0.40	0.20	0.06	0.01	0.23	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.07	0.18	0.08	0.05	0.13	0.13	0.16	0.26	0.19	0.13	0.21	0.14	0.22	0.16	0.10	0.15	0.05	0.13	0.30	0.71	0.52	0.55
C2	0.15	0.30	0.19	0.07	0.20	0.16	0.19	0.31	0.24	0.09	0.30	0.26	0.25	0.13	0.14	0.27	0.06	0.15	0.32	0.74	0.50	0.55
C2'	0.25	0.20	0.28	0.28	0.18	0.23	0.14	0.33	0.14	0.19	0.17	0.21	0.11	0.13	0.21	0.27	0.30	0.23	0.42	0.81	0.66	0.67
C3'	0.05	0.26	0.08	0.05	0.14	0.12	0.16	0.28	0.23	0.08	0.28	0.20	0.25	0.10	0.06	0.17	0.09	0.12	0.37	0.90	0.70	0.70
C4	0.10	0.26	0.15	0.05	0.17	0.12	0.18	0.28	0.23	0.08	0.27	0.22	0.25	0.13	0.11	0.23	0.06	0.09	0.30	0.71	0.47	0.52
C4'	0.12	0.23	0.10	0.11	0.16	0.16	0.19	0.29	0.24	0.15	0.26	0.18	0.27	0.17	0.13	0.14	0.12	0.17	0.37	0.86	0.64	0.67
C5	0.21	0.34	0.21	0.12	0.24	0.23	0.24	0.36	0.29	0.15	0.34	0.30	0.29	0.18	0.19	0.28	0.07	0.22	0.33	0.69	0.43	0.50
C5'	0.12	0.21	0.07	0.10	0.13	0.16	0.16	0.29	0.22	0.10	0.25	0.14	0.26	0.12	0.09	0.06	0.05	0.18	0.37	0.80	0.58	0.62
C6	0.29	0.41	0.26	0.16	0.32	0.30	0.30	0.41	0.35	0.21	0.40	0.38	0.34	0.23	0.27	0.34	0.09	0.30	0.36	0.70	0.43	0.51
C8	0.08	0.25	0.13	0.05	0.17	0.14	0.19	0.28	0.24	0.09	0.27	0.20	0.26	0.15	0.10	0.18	0.05	0.10	0.28	0.65	0.40	0.46
N1	0.25	0.38	0.24	0.13	0.28	0.25	0.26	0.37	0.31	0.16	0.37	0.34	0.30	0.19	0.22	0.32	0.07	0.25	0.35	0.73	0.47	0.54
N2	0.14	0.29	0.18	0.06	0.19	0.14	0.18	0.30	0.23	0.07	0.28	0.25	0.23	0.12	0.12	0.27	0.06	0.13	0.32	0.75	0.52	0.57
N3	0.08	0.25	0.15	0.03	0.16	0.09	0.17	0.27	0.22	0.08	0.26	0.21	0.24	0.13	0.09	0.24	0.07	0.06	0.30	0.72	0.50	0.54
N7	0.22	0.33	0.21	0.14	0.25	0.26	0.25	0.37	0.30	0.17	0.34	0.29	0.31	0.20	0.20	0.26	0.08	0.24	0.33	0.65	0.39	0.46
N9	0.04	0.23	0.12	0.02	0.15	0.09	0.17	0.25	0.22	0.09	0.25	0.18	0.24	0.14	0.08	0.19	0.06	0.05	0.28	0.70	0.46	0.51
O2'	0.10	0.06	0.14	0.10	0.04	0.19	0.12	0.38	0.11	0.20	0.07	0.05	0.18	0.21	0.10	0.20	0.18	0.20	0.38	0.80	0.53	0.67
O3'	0.18	0.48	0.22	0.19	0.35	0.18	0.41	0.30	0.50	0.28	0.53	0.39	0.55	0.36	0.26	0.24	0.21	0.18	0.37	0.98	0.69	0.75
O4'	0.17	0.27	0.18	0.15	0.23	0.19	0.26	0.26	0.29	0.22	0.30	0.23	0.32	0.26	0.20	0.23	0.18	0.18	0.29	0.70	0.49	0.54
O5'	0.05	0.27	0.02	0.07	0.15	0.15	0.19	0.27	0.27	0.03	0.31	0.19	0.30	0.12	0.03	0.05	0.02	0.13	0.30	0.70	0.46	0.51
O6	0.38	0.50	0.32	0.22	0.40	0.38	0.38	0.46	0.43	0.29	0.48	0.47	0.41	0.31	0.35	0.39	0.11	0.40	0.39	0.68	0.41	0.50
OP1	0.01	0.36	0.05	0.03	0.22	0.07	0.27	0.14	0.35	0.10	0.40	0.28	0.38	0.19	0.08	0.09	0.01	0.09	0.19	0.45	0.30	0.29
OP2	0.13	0.46	0.15	0.04	0.32	0.01	0.33	0.09	0.40	0.16	0.47	0.39	0.41	0.24	0.19	0.17	0.02	0.06	0.13	0.49	0.26	0.27
P	0.03	0.33	0.07	0.01	0.22	0.05	0.25	0.13	0.32	0.10	0.36	0.27	0.34	0.18	0.11	0.09	0.01	0.03	0.17	0.49	0.29	0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.09	0.11	0.06
C2	0.02	0.00	0.07	0.13	0.00	0.02	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.04	0.14	0.05	0.19	0.26	0.41	0.26
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.07	0.06	0.05	0.03	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.20	0.09	0.06
C3'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.11	0.01	0.15	0.02	0.16	0.09	0.16	0.10	0.17	0.14	0.07	0.01	0.01	0.02	0.02	0.23	0.08	0.09
C4	0.01	0.00	0.05	0.11	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.11	0.02	0.19	0.25	0.35	0.25
C4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.00	0.09	0.01	0.08	0.12	0.06	0.02	0.11	0.13	0.05	0.02	0.02	0.01	0.01	0.07	0.01	0.01
C5	0.00	0.01	0.04	0.15	0.01	0.09	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.15	0.01	0.28	0.37	0.48	0.36
C5'	0.00	0.07	0.01	0.02	0.10	0.01	0.17	0.00	0.17	0.20	0.13	0.04	0.22	0.23	0.10	0.03	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.16	0.01	0.08	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.03	0.18	0.02	0.29	0.40	0.55	0.40
C8	0.01	0.01	0.02	0.09	0.01	0.12	0.00	0.20	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.09	0.05	0.26	0.32	0.35	0.32
N1	0.01	0.00	0.07	0.16	0.01	0.06	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.18	0.03	0.25	0.35	0.51	0.35
N3	0.02	0.00	0.06	0.10	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.03	0.11	0.06	0.14	0.19	0.32	0.20
N6	0.02	0.02	0.05	0.17	0.01	0.11	0.01	0.22	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.20	0.03	0.34	0.49	0.64	0.47
N7	0.01	0.01	0.03	0.14	0.01	0.13	0.00	0.23	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.02	0.14	0.04	0.32	0.42	0.51	0.42
N9	0.01	0.00	0.02	0.07	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.06	0.01	0.16	0.19	0.25	0.19
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.02	0.01	0.00	0.04	0.03	0.01	0.17	0.06	0.04
O3'	0.02	0.14	0.02	0.01	0.11	0.02	0.15	0.04	0.18	0.09	0.18	0.11	0.20	0.14	0.06	0.04	0.00	0.02	0.06	0.29	0.11	0.14
O4'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.03	0.06	0.03	0.04	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.01	0.04	0.06
O5'	0.04	0.19	0.01	0.02	0.19	0.01	0.28	0.01	0.29	0.26	0.25	0.14	0.34	0.32	0.16	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.09	0.26	0.20	0.23	0.25	0.07	0.37	0.02	0.40	0.32	0.35	0.19	0.49	0.42	0.19	0.17	0.29	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.11	0.41	0.09	0.08	0.35	0.01	0.48	0.01	0.55	0.35	0.51	0.32	0.64	0.51	0.25	0.06	0.11	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.26	0.06	0.09	0.25	0.01	0.36	0.02	0.40	0.32	0.35	0.20	0.47	0.42	0.19	0.04	0.14	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00