ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50236

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.004, 0.029, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.011, 0.040, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.004, 0.034, 0.063, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.034 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.004, 0.035, 0.066, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.035 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.021, 0.071, 0.121, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.071 std_dev=0.050
O6 A 0, 0.009, 0.083, 0.157, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.083 std_dev=0.074
C2' B 0, 0.038, 0.367, 0.695, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.367 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.025, 0.437, 0.850, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.437 std_dev=0.412
C2' A 0, -0.201, 0.599, 1.399, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.599 std_dev=0.800
O3' A 0, -0.185, 0.624, 1.434, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.624 std_dev=0.809
O4' A 0, -0.176, 0.650, 1.476, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.650 std_dev=0.826
C3' A 0, -0.218, 0.729, 1.677, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.729 std_dev=0.947
C1' B 0, -0.128, 0.891, 1.910, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.891 std_dev=1.019
C4' A 0, -0.219, 0.824, 1.868, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.824 std_dev=1.044
C3' B 0, -0.227, 0.973, 2.173, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.973 std_dev=1.200
O2' A 0, -0.334, 0.957, 2.248, 2.782 max_d=2.782 avg_d=0.957 std_dev=1.291
O4' B 0, -0.263, 1.186, 2.634, 3.225 max_d=3.225 avg_d=1.186 std_dev=1.449
C4' B 0, -0.301, 1.204, 2.709, 3.326 max_d=3.326 avg_d=1.204 std_dev=1.505
N9 B 0, -0.292, 1.324, 2.940, 3.599 max_d=3.599 avg_d=1.324 std_dev=1.616
N3 B 0, -0.305, 1.326, 2.957, 3.623 max_d=3.623 avg_d=1.326 std_dev=1.631
O3' B 0, -0.434, 1.371, 3.175, 3.920 max_d=3.920 avg_d=1.371 std_dev=1.804
C4 B 0, -0.358, 1.468, 3.294, 4.042 max_d=4.042 avg_d=1.468 std_dev=1.826
C5' A 0, -0.426, 1.421, 3.268, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.421 std_dev=1.847
C5' B 0, -0.426, 1.575, 3.575, 4.398 max_d=4.398 avg_d=1.575 std_dev=2.001
O5' A 0, -0.477, 1.543, 3.563, 4.397 max_d=4.397 avg_d=1.543 std_dev=2.020
C2 B 0, -0.436, 1.676, 3.788, 4.655 max_d=4.655 avg_d=1.676 std_dev=2.112
C8 B 0, -0.467, 1.785, 4.037, 4.961 max_d=4.961 avg_d=1.785 std_dev=2.252
C5 B 0, -0.555, 1.967, 4.488, 5.526 max_d=5.526 avg_d=1.967 std_dev=2.522
O5' B 0, -0.601, 2.026, 4.652, 5.734 max_d=5.734 avg_d=2.026 std_dev=2.626
N1 B 0, -0.580, 2.090, 4.761, 5.860 max_d=5.860 avg_d=2.090 std_dev=2.671
P A 0, -0.681, 2.051, 4.783, 5.912 max_d=5.912 avg_d=2.051 std_dev=2.732
N7 B 0, -0.627, 2.171, 4.969, 6.122 max_d=6.122 avg_d=2.171 std_dev=2.798
C6 B 0, -0.666, 2.260, 5.185, 6.391 max_d=6.391 avg_d=2.260 std_dev=2.926
OP1 A 0, -0.747, 2.263, 5.273, 6.516 max_d=6.516 avg_d=2.263 std_dev=3.010
OP2 A 0, -0.865, 2.494, 5.852, 7.242 max_d=7.242 avg_d=2.494 std_dev=3.359
N6 B 0, -0.892, 2.752, 6.397, 7.902 max_d=7.902 avg_d=2.752 std_dev=3.644
P B 0, -0.945, 2.900, 6.744, 8.333 max_d=8.333 avg_d=2.900 std_dev=3.844
OP1 B 0, -1.082, 3.205, 7.491, 9.263 max_d=9.263 avg_d=3.205 std_dev=4.287
OP2 B 0, -1.174, 3.526, 8.227, 10.170 max_d=10.170 avg_d=3.526 std_dev=4.701

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.16 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.02 0.18 0.00 0.16 0.32 0.26
C2 0.02 0.00 0.29 0.03 0.01 0.43 0.01 0.77 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.70 0.28 0.51 0.30 0.04 0.52 0.09 0.21
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.16 0.01 0.09 0.09 0.14 0.12 0.23 0.36 0.28 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.07 0.13 0.09 0.14 0.06
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.29 0.01 0.30 0.11 0.22
C4 0.01 0.01 0.16 0.01 0.00 0.24 0.02 0.52 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.35 0.20 0.25 0.02 0.02 0.07 0.24 0.15
C4' 0.02 0.43 0.01 0.02 0.24 0.00 0.15 0.02 0.24 0.13 0.37 0.50 0.40 0.04 0.07 0.02 0.00 0.01 0.03 0.18 0.17 0.11 0.02
C5 0.00 0.01 0.09 0.01 0.02 0.15 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.16 0.09 0.20 0.01 0.21 0.45 0.37
C5' 0.16 0.77 0.09 0.04 0.52 0.02 0.42 0.00 0.54 0.02 0.71 0.85 0.70 0.14 0.29 0.08 0.00 0.06 0.02 0.47 0.32 0.28 0.06
C6 0.02 0.02 0.14 0.00 0.02 0.24 0.00 0.54 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.33 0.18 0.20 0.07 0.00 0.04 0.34 0.24
C8 0.02 0.00 0.12 0.02 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.25 0.06 0.29 0.60 0.02 0.75 0.82 0.81
N1 0.02 0.02 0.23 0.01 0.01 0.37 0.01 0.71 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.55 0.23 0.39 0.17 0.03 0.33 0.07 0.04
N2 0.02 0.00 0.36 0.06 0.02 0.50 0.01 0.85 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.85 0.33 0.61 0.46 0.06 0.76 0.27 0.39
N3 0.02 0.00 0.28 0.03 0.00 0.40 0.02 0.70 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.65 0.27 0.51 0.25 0.04 0.43 0.05 0.16
N7 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.11 0.09 0.17 0.51 0.03 0.68 0.79 0.75
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.01 0.23 0.00 0.24 0.42 0.36
O2' 0.02 0.70 0.01 0.03 0.35 0.02 0.20 0.08 0.33 0.25 0.55 0.85 0.65 0.11 0.05 0.00 0.13 0.06 0.12 0.27 0.10 0.07 0.05
O3' 0.13 0.28 0.10 0.04 0.20 0.00 0.16 0.00 0.18 0.06 0.23 0.33 0.27 0.09 0.13 0.13 0.00 0.01 0.39 0.18 0.38 0.34 0.35
O4' 0.02 0.51 0.00 0.02 0.25 0.01 0.09 0.06 0.20 0.29 0.39 0.61 0.51 0.17 0.01 0.06 0.01 0.00 0.35 0.12 0.24 0.44 0.39
O5' 0.18 0.30 0.07 0.29 0.02 0.03 0.20 0.02 0.07 0.60 0.17 0.46 0.25 0.51 0.23 0.12 0.39 0.35 0.00 0.18 0.01 0.02 0.03
O6 0.00 0.04 0.13 0.01 0.02 0.18 0.01 0.47 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.00 0.27 0.18 0.12 0.18 0.00 0.19 0.47 0.37
OP1 0.16 0.52 0.09 0.30 0.07 0.17 0.21 0.32 0.04 0.75 0.33 0.76 0.43 0.68 0.24 0.10 0.38 0.24 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.09 0.14 0.11 0.24 0.11 0.45 0.28 0.34 0.82 0.07 0.27 0.05 0.79 0.42 0.07 0.34 0.44 0.02 0.47 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.21 0.06 0.22 0.15 0.02 0.37 0.06 0.24 0.81 0.04 0.39 0.16 0.75 0.36 0.05 0.35 0.39 0.03 0.37 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.98 1.32 0.35 0.79 1.40 0.94 1.61 0.96 1.67 1.45 1.54 1.22 1.77 1.62 1.29 0.14 1.13 1.12 1.06 1.19 2.30 1.52
C2 0.84 1.81 0.35 0.99 1.38 1.38 1.54 1.60 1.79 1.15 1.92 1.48 1.88 1.38 1.09 0.25 1.39 1.38 1.87 2.56 3.69 2.72
C2' 0.98 1.60 0.19 0.36 1.74 0.53 2.04 0.57 2.11 1.77 1.91 1.45 2.23 2.04 1.55 0.31 0.45 0.95 0.56 0.68 1.71 0.97
C3' 1.31 1.62 0.65 0.68 1.91 0.67 2.32 0.66 2.33 2.24 2.01 1.49 2.54 2.48 1.86 0.34 0.69 1.10 0.65 0.57 1.63 0.94
C4 0.84 1.55 0.35 1.00 1.29 1.30 1.37 1.43 1.53 1.08 1.60 1.39 1.56 1.24 1.05 0.27 1.40 1.30 1.68 2.10 3.29 2.36
C4' 1.60 1.51 1.15 1.38 1.86 1.23 2.16 1.18 2.12 2.24 1.82 1.47 2.29 2.36 1.93 0.87 1.60 1.43 1.27 1.09 2.21 1.52
C5 0.66 1.27 0.35 1.09 0.98 1.41 0.98 1.59 1.11 0.71 1.23 1.17 1.11 0.83 0.76 0.32 1.51 1.23 1.95 2.43 3.67 2.70
C5' 1.84 1.51 1.69 1.89 1.94 1.48 2.22 1.43 2.12 2.44 1.80 1.52 2.29 2.49 2.11 1.49 2.09 1.56 1.55 1.23 2.31 1.68
C6 0.58 1.29 0.33 1.09 0.90 1.46 0.89 1.73 1.06 0.60 1.23 1.12 1.05 0.71 0.66 0.33 1.52 1.22 2.15 2.86 4.05 3.05
C8 0.71 0.95 0.38 1.08 0.88 1.23 0.89 1.27 0.94 0.74 0.96 0.94 0.95 0.81 0.77 0.31 1.53 1.09 1.52 1.65 2.82 2.00
N1 0.70 1.58 0.34 1.05 1.13 1.45 1.21 1.71 1.43 0.85 1.60 1.31 1.47 1.03 0.86 0.30 1.47 1.32 2.08 2.85 3.99 3.00
N2 0.87 1.90 0.34 0.96 1.45 1.37 1.68 1.60 1.99 1.26 2.11 1.50 2.14 1.53 1.16 0.22 1.35 1.40 1.85 2.61 3.70 2.74
N3 0.89 1.81 0.34 0.94 1.46 1.28 1.64 1.43 1.87 1.27 1.94 1.52 1.95 1.50 1.18 0.24 1.32 1.34 1.65 2.17 3.33 2.39
N7 0.54 0.92 0.36 1.14 0.72 1.40 0.68 1.53 0.76 0.48 0.86 0.89 0.74 0.54 0.56 0.34 1.58 1.09 1.91 2.19 3.42 2.52
N9 0.90 1.34 0.38 0.96 1.27 1.16 1.36 1.22 1.44 1.15 1.43 1.27 1.48 1.28 1.11 0.24 1.37 1.21 1.41 1.63 2.80 1.95
O2' 0.32 1.48 0.63 0.47 1.37 0.12 1.82 0.07 2.06 1.30 1.91 1.12 2.23 1.72 1.00 1.05 0.42 0.43 0.11 0.24 1.15 0.42
O3' 1.07 1.58 0.32 0.30 1.78 0.41 2.29 0.38 2.40 2.12 2.05 1.36 2.70 2.47 1.67 0.11 0.26 0.91 0.33 0.27 1.31 0.64
O4' 1.46 1.33 0.99 1.46 1.61 1.43 1.81 1.40 1.77 1.85 1.56 1.33 1.89 1.93 1.66 0.58 1.85 1.50 1.55 1.49 2.63 1.90
O5' 2.04 1.71 1.91 2.28 2.04 1.84 2.23 1.76 2.15 2.40 1.92 1.74 2.27 2.42 2.17 1.58 2.56 1.84 2.01 1.51 2.69 2.09
O6 0.45 1.05 0.33 1.14 0.66 1.50 0.60 1.84 0.75 0.34 0.95 0.92 0.71 0.41 0.46 0.33 1.56 1.12 2.36 3.19 4.32 3.34
OP1 2.19 1.79 2.31 3.01 2.06 2.47 2.16 2.48 2.08 2.34 1.91 1.85 2.15 2.31 2.20 1.77 3.35 2.13 2.96 2.33 3.48 2.96
OP2 2.53 2.09 2.75 3.02 2.47 2.32 2.66 2.31 2.55 2.93 2.29 2.14 2.67 2.90 2.66 2.41 2.88 2.25 2.55 1.83 2.87 2.42
P 2.34 1.95 2.44 2.95 2.25 2.34 2.38 2.29 2.30 2.57 2.10 2.00 2.38 2.55 2.40 1.96 3.19 2.17 2.62 1.98 3.12 2.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.08 0.12 0.03 0.03 0.01 0.02 0.32 0.00 0.30 0.04 0.48 0.01
C2 0.10 0.00 0.33 0.12 0.00 0.47 0.01 0.58 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.26 0.65 0.13 1.05 1.26 0.74
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.21 0.02 0.15 0.15 0.22 0.11 0.29 0.31 0.18 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.20 0.08 0.25 0.05
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.24 0.01 0.41 0.03 0.40 0.47 0.26 0.05 0.49 0.53 0.26 0.04 0.02 0.02 0.25 0.37 0.08 0.19
C4 0.06 0.00 0.21 0.24 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.33 0.44 0.30 0.42 0.02
C4' 0.01 0.47 0.02 0.01 0.13 0.00 0.12 0.00 0.01 0.52 0.27 0.50 0.13 0.45 0.13 0.32 0.01 0.00 0.01 0.05 0.63 0.17
C5 0.02 0.01 0.15 0.41 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.07 0.09 0.95 0.17 0.31 0.61
C5' 0.05 0.58 0.15 0.03 0.16 0.00 0.18 0.00 0.04 0.68 0.31 0.61 0.24 0.63 0.14 0.15 0.21 0.01 0.01 0.14 0.28 0.03
C6 0.04 0.01 0.22 0.40 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.05 0.23 0.79 0.08 0.11 0.40
C8 0.04 0.00 0.11 0.47 0.00 0.52 0.01 0.68 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.61 0.17 0.40 1.50 0.89 1.01 1.29
N1 0.08 0.01 0.29 0.26 0.01 0.27 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.11 0.47 0.29 0.66 0.65 0.24
N3 0.12 0.01 0.31 0.05 0.00 0.50 0.02 0.61 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.27 0.32 0.68 0.19 0.98 1.29 0.76
N6 0.03 0.01 0.18 0.49 0.00 0.13 0.01 0.24 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.27 0.15 0.11 1.09 0.25 0.60 0.79
N7 0.03 0.02 0.00 0.53 0.01 0.45 0.01 0.63 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.54 0.22 0.26 1.53 0.87 1.15 1.36
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.08 0.02 0.74 0.15 0.03 0.41
O2' 0.02 0.24 0.01 0.04 0.04 0.32 0.25 0.15 0.15 0.61 0.06 0.27 0.27 0.54 0.24 0.00 0.07 0.21 0.33 0.36 0.19 0.21
O3' 0.32 0.26 0.02 0.02 0.12 0.01 0.07 0.21 0.05 0.17 0.11 0.32 0.15 0.22 0.08 0.07 0.00 0.20 0.22 0.66 0.16 0.21
O4' 0.00 0.65 0.01 0.02 0.33 0.00 0.09 0.01 0.23 0.40 0.47 0.68 0.11 0.26 0.02 0.21 0.20 0.00 0.20 0.15 0.74 0.15
O5' 0.30 0.13 0.20 0.25 0.44 0.01 0.95 0.01 0.79 1.50 0.29 0.19 1.09 1.53 0.74 0.33 0.22 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 1.05 0.08 0.37 0.30 0.05 0.17 0.14 0.08 0.89 0.66 0.98 0.25 0.87 0.15 0.36 0.66 0.15 0.01 0.00 0.03 0.00
OP2 0.48 1.26 0.25 0.08 0.42 0.63 0.31 0.28 0.11 1.01 0.65 1.29 0.60 1.15 0.03 0.19 0.16 0.74 0.01 0.03 0.00 0.03
P 0.01 0.74 0.05 0.19 0.02 0.17 0.61 0.03 0.40 1.29 0.24 0.76 0.79 1.36 0.41 0.21 0.21 0.15 0.01 0.00 0.03 0.00