Doublet Group distance statistics: 50237

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N2	A	0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N1	A	0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.034 std_dev=0.025
C4	A	0, 0.015, 0.053, 0.090, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.053 std_dev=0.037
C5	A	0, 0.016, 0.056, 0.095, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.056 std_dev=0.039
N9	A	0, 0.020, 0.068, 0.117, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.068 std_dev=0.048
O6	A	0, 0.027, 0.093, 0.160, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.093 std_dev=0.066
N7	A	0, 0.034, 0.116, 0.198, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.116 std_dev=0.082
C8	A	0, 0.038, 0.132, 0.226, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.132 std_dev=0.094
O4'	A	0, 0.056, 0.213, 0.370, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.213 std_dev=0.157
OP2	A	0, 0.096, 0.326, 0.557, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.326 std_dev=0.231
C2'	A	0, 0.091, 0.343, 0.596, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.343 std_dev=0.252
C4'	A	0, 0.103, 0.381, 0.660, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.381 std_dev=0.278
C2'	B	0, -0.045, 0.296, 0.637, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.296 std_dev=0.341
C3'	A	0, 0.120, 0.471, 0.822, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.471 std_dev=0.351
O2'	A	0, 0.125, 0.498, 0.870, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.498 std_dev=0.373
O5'	A	0, 0.114, 0.487, 0.860, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.487 std_dev=0.373
P	A	0, 0.132, 0.553, 0.974, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.553 std_dev=0.421
C5'	A	0, 0.182, 0.667, 1.152, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.667 std_dev=0.485
O3'	A	0, 0.180, 0.694, 1.207, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.694 std_dev=0.514
O2'	B	0, 0.121, 0.660, 1.198, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.660 std_dev=0.538
O3'	B	0, 0.209, 0.748, 1.286, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.748 std_dev=0.538
C3'	B	0, 0.148, 0.710, 1.273, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.710 std_dev=0.562
C1'	B	0, 0.258, 0.886, 1.513, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.886 std_dev=0.628
OP1	A	0, 0.140, 0.889, 1.638, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.889 std_dev=0.749
N9	B	0, 0.200, 1.154, 2.107, 2.334 max_d=2.334 avg_d=1.154 std_dev=0.953
C4'	B	0, 0.237, 1.203, 2.169, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.203 std_dev=0.966
O4'	B	0, 0.285, 1.321, 2.358, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.321 std_dev=1.037
C4	B	0, 0.152, 1.207, 2.262, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.207 std_dev=1.055
N3	B	0, 0.155, 1.348, 2.540, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.348 std_dev=1.193
C5'	B	0, 0.427, 1.730, 3.032, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.730 std_dev=1.303
O5'	B	0, 0.578, 2.061, 3.543, 3.428 max_d=3.428 avg_d=2.061 std_dev=1.483
C5	B	0, 0.130, 1.634, 3.138, 3.630 max_d=3.630 avg_d=1.634 std_dev=1.504
C2	B	0, 0.160, 1.705, 3.251, 3.742 max_d=3.742 avg_d=1.705 std_dev=1.546
C8	B	0, 0.145, 1.735, 3.324, 3.840 max_d=3.840 avg_d=1.735 std_dev=1.590
N1	B	0, 0.203, 1.862, 3.522, 4.031 max_d=4.031 avg_d=1.862 std_dev=1.660
C6	B	0, 0.181, 1.873, 3.566, 4.101 max_d=4.101 avg_d=1.873 std_dev=1.693
P	B	0, 0.737, 2.614, 4.491, 4.321 max_d=4.321 avg_d=2.614 std_dev=1.877
N7	B	0, 0.106, 2.007, 3.908, 4.559 max_d=4.559 avg_d=2.007 std_dev=1.901
N6	B	0, 0.231, 2.348, 4.465, 5.131 max_d=5.131 avg_d=2.348 std_dev=2.117
OP1	B	0, 1.019, 3.581, 6.144, 5.850 max_d=5.850 avg_d=3.581 std_dev=2.562
OP2	B	0, 0.847, 3.599, 6.350, 6.681 max_d=6.681 avg_d=3.599 std_dev=2.752

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.10	0.01	0.08	0.08	0.08
C2	0.00	0.00	0.07	0.08	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.11	0.00	0.16	0.01	0.06	0.09	0.02
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.03	0.10	0.07	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.07	0.02	0.01	0.02	0.04
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.02	0.03	0.10	0.04	0.12	0.09	0.09	0.04	0.01	0.00	0.01	0.06	0.05	0.04	0.09	0.05
C4	0.00	0.00	0.03	0.04	0.00	0.01	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.06	0.00	0.14	0.00	0.02	0.08	0.02
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.02	0.06	0.01	0.06	0.04	0.06	0.02	0.04	0.00	0.00	0.02	0.04	0.05	0.04	0.06
C5	0.00	0.00	0.01	0.05	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.07	0.01	0.12	0.00	0.03	0.07	0.02
C5'	0.03	0.08	0.02	0.02	0.05	0.01	0.06	0.00	0.06	0.07	0.07	0.10	0.07	0.07	0.04	0.03	0.01	0.02	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00
C6	0.00	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.06	0.01	0.13	0.00	0.06	0.08	0.04
C8	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.10	0.02	0.07	0.00	0.06	0.08	0.05
N1	0.00	0.00	0.03	0.04	0.00	0.01	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.07	0.01	0.15	0.00	0.06	0.09	0.03
N2	0.01	0.00	0.10	0.12	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.16	0.01	0.18	0.01	0.09	0.10	0.04
N3	0.00	0.00	0.07	0.09	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.07	0.11	0.00	0.15	0.01	0.05	0.08	0.03
N7	0.01	0.01	0.04	0.09	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.11	0.02	0.08	0.00	0.05	0.05	0.05
N9	0.00	0.00	0.02	0.04	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.04	0.08	0.05
O2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.03	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.05	0.11	0.07	0.02	0.00	0.00	0.03	0.02	0.03	0.02	0.07	0.03	0.07
O3'	0.01	0.11	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.06	0.10	0.07	0.16	0.11	0.11	0.05	0.03	0.00	0.00	0.07	0.07	0.07	0.14	0.07
O4'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.09	0.01	0.13	0.12	0.12
O5'	0.10	0.16	0.07	0.06	0.14	0.02	0.12	0.00	0.13	0.07	0.15	0.18	0.15	0.08	0.11	0.03	0.07	0.09	0.00	0.12	0.01	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.07	0.01	0.12	0.00	0.08	0.08	0.07
OP1	0.08	0.06	0.01	0.04	0.02	0.05	0.03	0.01	0.06	0.06	0.06	0.09	0.05	0.05	0.04	0.07	0.07	0.13	0.01	0.08	0.00	0.01	0.01
OP2	0.08	0.09	0.02	0.09	0.08	0.04	0.07	0.01	0.08	0.08	0.09	0.10	0.08	0.05	0.08	0.03	0.14	0.12	0.02	0.08	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.02	0.04	0.05	0.02	0.06	0.02	0.00	0.04	0.05	0.03	0.04	0.03	0.05	0.05	0.07	0.07	0.12	0.00	0.07	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.32	0.29	0.14	0.42	0.41	0.61	0.70	0.98	0.59	1.06	0.31	0.26	0.78	1.09	0.59	0.31	0.30	0.55	1.42	1.60	1.35	1.24
C2	0.53	0.34	0.20	0.42	0.64	0.82	0.97	1.26	0.88	1.28	0.54	0.33	1.12	1.37	0.80	0.15	0.28	0.84	1.58	2.26	1.49	1.55
C2'	0.23	0.40	0.15	0.37	0.34	0.49	0.61	0.85	0.51	0.95	0.32	0.36	0.71	1.00	0.49	0.36	0.27	0.42	1.30	1.58	1.24	1.16
C3'	0.18	0.53	0.19	0.29	0.30	0.31	0.44	0.60	0.39	0.71	0.39	0.49	0.52	0.73	0.35	0.37	0.24	0.24	1.01	1.24	0.86	0.83
C4	0.48	0.30	0.18	0.41	0.55	0.78	0.83	1.19	0.74	1.15	0.45	0.29	0.93	1.20	0.71	0.14	0.27	0.77	1.50	2.00	1.29	1.37
C4'	0.14	0.55	0.17	0.27	0.28	0.23	0.39	0.49	0.35	0.63	0.40	0.51	0.46	0.65	0.29	0.43	0.22	0.15	0.90	1.00	0.78	0.70
C5	0.52	0.34	0.20	0.36	0.57	0.81	0.81	1.20	0.72	1.08	0.48	0.34	0.89	1.11	0.71	0.12	0.26	0.83	1.36	1.97	0.99	1.20
C5'	0.26	0.65	0.25	0.15	0.38	0.06	0.33	0.10	0.39	0.35	0.52	0.62	0.38	0.38	0.25	0.43	0.07	0.16	0.46	0.53	0.48	0.26
C6	0.57	0.39	0.21	0.35	0.63	0.84	0.88	1.21	0.81	1.13	0.56	0.39	0.99	1.18	0.76	0.13	0.26	0.89	1.33	2.10	0.97	1.23
C8	0.42	0.26	0.17	0.34	0.43	0.73	0.63	1.06	0.54	0.91	0.34	0.27	0.67	0.90	0.58	0.12	0.26	0.68	1.23	1.45	0.82	0.92
N1	0.57	0.38	0.21	0.39	0.66	0.84	0.96	1.25	0.88	1.24	0.58	0.38	1.10	1.31	0.80	0.11	0.27	0.89	1.47	2.24	1.25	1.42
N2	0.52	0.34	0.19	0.43	0.65	0.81	1.02	1.26	0.93	1.34	0.56	0.32	1.20	1.44	0.82	0.18	0.27	0.84	1.62	2.32	1.62	1.62
N3	0.48	0.30	0.18	0.43	0.58	0.78	0.91	1.22	0.81	1.25	0.48	0.29	1.05	1.32	0.76	0.19	0.28	0.77	1.59	2.15	1.54	1.53
N7	0.50	0.32	0.19	0.31	0.50	0.79	0.68	1.12	0.60	0.92	0.42	0.32	0.73	0.92	0.63	0.16	0.26	0.79	1.16	1.61	0.76	0.90
N9	0.41	0.27	0.16	0.40	0.47	0.71	0.73	1.09	0.63	1.06	0.36	0.26	0.80	1.08	0.64	0.17	0.28	0.67	1.43	1.71	1.19	1.22
O2'	0.21	0.43	0.13	0.40	0.34	0.48	0.65	0.87	0.54	1.02	0.32	0.37	0.77	1.08	0.51	0.44	0.30	0.41	1.37	1.62	1.47	1.27
O3'	0.19	0.68	0.21	0.25	0.32	0.20	0.38	0.47	0.38	0.61	0.51	0.62	0.47	0.64	0.28	0.44	0.20	0.13	0.92	1.17	0.82	0.77
O4'	0.22	0.36	0.13	0.38	0.31	0.47	0.54	0.77	0.45	0.87	0.29	0.32	0.60	0.88	0.46	0.34	0.30	0.39	1.17	1.21	1.02	0.93
O5'	0.17	0.47	0.18	0.07	0.27	0.01	0.24	0.10	0.28	0.29	0.37	0.44	0.28	0.30	0.18	0.28	0.05	0.06	0.32	0.42	0.73	0.31
O6	0.59	0.44	0.21	0.31	0.65	0.84	0.86	1.15	0.81	1.06	0.60	0.44	0.97	1.11	0.75	0.20	0.26	0.92	1.15	1.98	0.76	1.04
OP1	0.27	0.43	0.41	0.09	0.36	0.35	0.34	0.51	0.38	0.23	0.42	0.42	0.37	0.27	0.29	0.74	0.01	0.28	0.24	0.21	0.91	0.48
OP2	0.17	0.17	0.19	0.12	0.15	0.14	0.17	0.27	0.15	0.25	0.15	0.17	0.17	0.23	0.17	0.50	0.04	0.18	0.30	0.48	1.39	0.73
P	0.13	0.27	0.21	0.01	0.19	0.08	0.18	0.20	0.20	0.21	0.23	0.26	0.21	0.21	0.15	0.40	0.00	0.03	0.12	0.18	0.89	0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.01	0.05	0.40	0.12	0.09
C2	0.02	0.00	0.15	0.09	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.39	0.17	0.04	0.07	0.55	0.49	0.26
C2'	0.00	0.15	0.00	0.01	0.06	0.02	0.02	0.01	0.05	0.09	0.10	0.15	0.03	0.06	0.02	0.01	0.04	0.02	0.02	0.32	0.21	0.15
C3'	0.03	0.09	0.01	0.00	0.10	0.01	0.19	0.01	0.16	0.31	0.09	0.09	0.20	0.29	0.16	0.03	0.01	0.03	0.13	0.13	0.35	0.14
C4	0.01	0.00	0.06	0.10	0.00	0.04	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.23	0.02	0.02	0.13	0.51	0.50	0.26
C4'	0.01	0.02	0.02	0.01	0.04	0.00	0.10	0.01	0.09	0.17	0.03	0.03	0.12	0.16	0.07	0.17	0.02	0.01	0.02	0.22	0.34	0.04
C5	0.00	0.00	0.02	0.19	0.00	0.10	0.00	0.21	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.20	0.15	0.02	0.23	0.50	0.80	0.41
C5'	0.02	0.07	0.01	0.01	0.12	0.01	0.21	0.00	0.21	0.27	0.14	0.04	0.26	0.29	0.14	0.15	0.10	0.00	0.01	0.29	0.40	0.02
C6	0.01	0.00	0.05	0.16	0.00	0.09	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.27	0.10	0.03	0.22	0.53	0.87	0.44
C8	0.01	0.00	0.09	0.31	0.00	0.17	0.00	0.27	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.32	0.05	0.31	0.41	0.72	0.39
N1	0.02	0.00	0.10	0.09	0.00	0.03	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.35	0.06	0.04	0.15	0.55	0.71	0.36
N3	0.02	0.00	0.15	0.09	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.36	0.18	0.04	0.04	0.53	0.34	0.19
N6	0.01	0.01	0.03	0.20	0.01	0.12	0.01	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.25	0.18	0.04	0.28	0.51	1.07	0.54
N7	0.01	0.00	0.06	0.29	0.00	0.16	0.00	0.29	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.31	0.04	0.34	0.44	0.96	0.50
N9	0.00	0.00	0.02	0.16	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.11	0.01	0.15	0.45	0.39	0.21
O2'	0.02	0.39	0.01	0.03	0.23	0.17	0.20	0.15	0.27	0.03	0.35	0.36	0.25	0.09	0.08	0.00	0.09	0.14	0.11	0.27	0.26	0.08
O3'	0.05	0.17	0.04	0.01	0.02	0.02	0.15	0.10	0.10	0.32	0.06	0.18	0.18	0.31	0.11	0.09	0.00	0.02	0.31	0.29	0.42	0.15
O4'	0.01	0.04	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.00	0.03	0.05	0.04	0.04	0.04	0.04	0.01	0.14	0.02	0.00	0.10	0.39	0.32	0.19
O5'	0.05	0.07	0.02	0.13	0.13	0.02	0.23	0.01	0.22	0.31	0.15	0.04	0.28	0.34	0.15	0.11	0.31	0.10	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.40	0.55	0.32	0.13	0.51	0.22	0.50	0.29	0.53	0.41	0.55	0.53	0.51	0.44	0.45	0.27	0.29	0.39	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.12	0.49	0.21	0.35	0.50	0.34	0.80	0.40	0.87	0.72	0.71	0.34	1.07	0.96	0.39	0.26	0.42	0.32	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.26	0.15	0.14	0.26	0.04	0.41	0.02	0.44	0.39	0.36	0.19	0.54	0.50	0.21	0.08	0.15	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00