ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50239

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.009, 0.033, 0.057, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.012, 0.040, 0.069, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.015, 0.053, 0.090, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.053 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.025, 0.087, 0.149, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.087 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.040, 0.138, 0.235, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.138 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.048, 0.163, 0.278, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.163 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.051, 0.173, 0.296, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.173 std_dev=0.122
C4' A 0, 0.066, 0.225, 0.384, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.225 std_dev=0.159
O2' A 0, 0.077, 0.263, 0.448, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.263 std_dev=0.186
C5' A 0, 0.138, 0.471, 0.805, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.471 std_dev=0.333
O4' B 0, 0.145, 0.494, 0.843, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.494 std_dev=0.349
O5' A 0, 0.155, 0.528, 0.902, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.528 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.174, 0.594, 1.014, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.594 std_dev=0.420
C3' B 0, 0.176, 0.601, 1.026, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.601 std_dev=0.425
O3' B 0, 0.184, 0.629, 1.073, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.629 std_dev=0.444
C1' B 0, 0.196, 0.669, 1.142, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.669 std_dev=0.473
C4' B 0, 0.217, 0.740, 1.264, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.740 std_dev=0.523
P A 0, 0.233, 0.797, 1.360, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.797 std_dev=0.563
O2' B 0, 0.259, 0.885, 1.511, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.885 std_dev=0.626
OP2 A 0, 0.293, 1.001, 1.708, 1.504 max_d=1.504 avg_d=1.001 std_dev=0.708
OP1 A 0, 0.324, 1.106, 1.888, 1.659 max_d=1.659 avg_d=1.106 std_dev=0.782
N9 B 0, 0.386, 1.318, 2.250, 1.981 max_d=1.981 avg_d=1.318 std_dev=0.932
C5' B 0, 0.442, 1.509, 2.576, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.509 std_dev=1.067
C8 B 0, 0.483, 1.650, 2.817, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.650 std_dev=1.167
C4 B 0, 0.558, 1.905, 3.252, 2.859 max_d=2.859 avg_d=1.905 std_dev=1.347
N3 B 0, 0.637, 2.174, 3.710, 3.262 max_d=3.262 avg_d=2.174 std_dev=1.537
N7 B 0, 0.648, 2.214, 3.779, 3.324 max_d=3.324 avg_d=2.214 std_dev=1.566
C5 B 0, 0.692, 2.364, 4.036, 3.547 max_d=3.547 avg_d=2.364 std_dev=1.672
C2 B 0, 0.837, 2.857, 4.878, 4.288 max_d=4.288 avg_d=2.857 std_dev=2.020
O5' B 0, 0.880, 3.004, 5.128, 4.507 max_d=4.507 avg_d=3.004 std_dev=2.124
C6 B 0, 0.886, 3.025, 5.164, 4.538 max_d=4.538 avg_d=3.025 std_dev=2.139
N1 B 0, 0.950, 3.245, 5.540, 4.869 max_d=4.869 avg_d=3.245 std_dev=2.295
P B 0, 0.988, 3.374, 5.760, 5.062 max_d=5.062 avg_d=3.374 std_dev=2.386
N6 B 0, 1.031, 3.520, 6.009, 5.282 max_d=5.282 avg_d=3.520 std_dev=2.489
OP1 B 0, 1.179, 4.024, 6.870, 6.042 max_d=6.042 avg_d=4.024 std_dev=2.846
OP2 B 0, 1.414, 4.827, 8.240, 7.242 max_d=7.242 avg_d=4.827 std_dev=3.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.15 0.09
C2 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.15 0.01 0.20 0.31 0.22
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.15 0.00 0.19 0.29 0.22
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.17 0.00 0.26 0.35 0.27
C5' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.08 0.07 0.12 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.18 0.00 0.29 0.38 0.28
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.20 0.29 0.23
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.17 0.00 0.26 0.35 0.26
N2 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.15 0.01 0.18 0.29 0.21
N3 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.13 0.00 0.16 0.27 0.19
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.16 0.01 0.28 0.37 0.28
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.11 0.00 0.14 0.24 0.18
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.07 0.03
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.14 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05
O5' 0.05 0.15 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.00 0.18 0.13 0.17 0.15 0.13 0.16 0.11 0.02 0.02 0.00 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.19 0.00 0.34 0.40 0.31
OP1 0.03 0.20 0.04 0.07 0.19 0.05 0.26 0.04 0.29 0.20 0.26 0.18 0.16 0.28 0.14 0.05 0.14 0.00 0.01 0.34 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.31 0.06 0.01 0.29 0.03 0.35 0.01 0.38 0.29 0.35 0.29 0.27 0.37 0.24 0.07 0.06 0.09 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.22 0.03 0.01 0.22 0.01 0.27 0.00 0.28 0.23 0.26 0.21 0.19 0.28 0.18 0.03 0.06 0.05 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.62 0.03 0.22 0.53 0.15 0.67 0.27 0.78 0.44 0.75 0.48 0.82 0.60 0.37 0.34 0.13 0.15 0.65 0.40 1.01 0.59
C2 0.01 0.12 0.09 0.23 0.21 0.23 0.46 0.46 0.55 0.38 0.35 0.05 0.78 0.56 0.19 0.36 0.20 0.16 1.01 0.86 1.63 1.04
C2' 0.10 0.71 0.02 0.16 0.52 0.10 0.65 0.21 0.81 0.38 0.84 0.54 0.88 0.55 0.33 0.32 0.07 0.12 0.62 0.45 0.98 0.58
C3' 0.05 0.62 0.01 0.11 0.43 0.05 0.52 0.13 0.66 0.27 0.70 0.47 0.71 0.42 0.25 0.31 0.04 0.06 0.54 0.46 0.83 0.50
C4 0.01 0.15 0.09 0.23 0.23 0.22 0.46 0.42 0.51 0.38 0.35 0.07 0.66 0.54 0.19 0.36 0.20 0.15 0.94 0.74 1.44 0.92
C4' 0.10 0.61 0.07 0.14 0.45 0.05 0.51 0.11 0.61 0.28 0.66 0.50 0.64 0.41 0.28 0.27 0.06 0.07 0.42 0.30 0.65 0.37
C5 0.05 0.14 0.14 0.22 0.01 0.25 0.20 0.48 0.17 0.26 0.01 0.15 0.31 0.36 0.06 0.34 0.23 0.14 1.06 0.91 1.59 1.05
C5' 0.03 0.45 0.02 0.08 0.31 0.01 0.35 0.04 0.44 0.16 0.48 0.36 0.46 0.26 0.18 0.24 0.03 0.01 0.33 0.31 0.48 0.29
C6 0.07 0.26 0.15 0.22 0.07 0.27 0.10 0.53 0.05 0.22 0.15 0.23 0.20 0.30 0.02 0.33 0.24 0.15 1.14 1.05 1.77 1.18
C8 0.04 0.00 0.14 0.23 0.09 0.22 0.24 0.40 0.22 0.25 0.11 0.04 0.29 0.33 0.09 0.34 0.21 0.12 0.89 0.66 1.21 0.80
N1 0.03 0.11 0.13 0.22 0.06 0.26 0.27 0.51 0.27 0.30 0.06 0.12 0.48 0.43 0.09 0.35 0.22 0.16 1.10 1.00 1.75 1.14
N2 0.03 0.20 0.08 0.22 0.26 0.23 0.51 0.45 0.63 0.41 0.45 0.10 0.88 0.60 0.22 0.37 0.19 0.16 1.00 0.85 1.65 1.04
N3 0.04 0.29 0.07 0.22 0.32 0.21 0.57 0.41 0.69 0.42 0.53 0.17 0.87 0.61 0.24 0.36 0.18 0.16 0.92 0.73 1.47 0.92
N7 0.10 0.24 0.17 0.21 0.11 0.26 0.02 0.48 0.03 0.15 0.15 0.24 0.07 0.20 0.04 0.32 0.24 0.12 1.05 0.88 1.48 1.00
N9 0.03 0.28 0.07 0.23 0.32 0.20 0.51 0.36 0.55 0.38 0.44 0.19 0.63 0.53 0.24 0.36 0.18 0.14 0.82 0.59 1.21 0.76
O2' 0.19 0.91 0.12 0.21 0.64 0.13 0.77 0.22 0.95 0.46 1.02 0.70 1.01 0.64 0.43 0.23 0.10 0.17 0.57 0.36 0.93 0.53
O3' 0.08 0.71 0.02 0.09 0.47 0.02 0.54 0.08 0.71 0.25 0.78 0.55 0.75 0.41 0.26 0.25 0.01 0.05 0.47 0.44 0.74 0.45
O4' 0.12 0.58 0.07 0.19 0.49 0.10 0.56 0.18 0.63 0.36 0.64 0.49 0.65 0.48 0.34 0.33 0.10 0.11 0.49 0.26 0.74 0.41
O5' 0.07 0.29 0.13 0.01 0.19 0.01 0.23 0.07 0.31 0.06 0.34 0.22 0.34 0.17 0.07 0.32 0.00 0.03 0.47 0.50 0.61 0.43
O6 0.10 0.43 0.17 0.21 0.20 0.29 0.11 0.57 0.21 0.11 0.38 0.36 0.11 0.13 0.07 0.31 0.26 0.14 1.20 1.20 1.88 1.28
OP1 0.02 0.25 0.04 0.00 0.14 0.03 0.16 0.07 0.22 0.02 0.26 0.19 0.23 0.08 0.05 0.10 0.01 0.01 0.40 0.69 0.39 0.41
OP2 0.05 0.14 0.15 0.01 0.08 0.09 0.10 0.22 0.15 0.01 0.16 0.10 0.16 0.06 0.01 0.18 0.00 0.05 0.75 0.93 0.79 0.71
P 0.04 0.22 0.09 0.00 0.13 0.03 0.15 0.10 0.21 0.02 0.24 0.17 0.22 0.09 0.04 0.17 0.00 0.01 0.50 0.65 0.52 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.32 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.19 0.08 0.13 0.55 0.34 0.12
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.09 0.11 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.08 0.19 0.01
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.15 0.13 0.12 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.25 0.15 0.21 0.12
C4 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.20 0.38 0.38 0.03
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.07
C5 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.03 0.31 0.25 0.55 0.09
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.04 0.30 0.32 0.56 0.06
C8 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.40 0.03 0.55 0.21
N1 0.01 0.00 0.09 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.19 0.07 0.21 0.46 0.46 0.04
N3 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.08 0.10 0.53 0.28 0.14
N6 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.03 0.36 0.22 0.67 0.15
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.43 0.03 0.67 0.24
N9 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.22 0.26 0.34 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.06 0.12 0.10 0.03
O3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.19 0.16 0.16 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.25 0.32 0.20 0.18
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.37 0.04 0.21
O5' 0.06 0.13 0.16 0.25 0.20 0.01 0.31 0.00 0.30 0.40 0.21 0.10 0.36 0.43 0.22 0.06 0.25 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.32 0.55 0.08 0.15 0.38 0.06 0.25 0.16 0.32 0.03 0.46 0.53 0.22 0.03 0.26 0.12 0.32 0.37 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.34 0.19 0.21 0.38 0.04 0.55 0.14 0.56 0.55 0.46 0.28 0.67 0.67 0.34 0.10 0.20 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.12 0.01 0.12 0.03 0.07 0.09 0.01 0.06 0.21 0.04 0.14 0.15 0.24 0.01 0.03 0.18 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00