ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
O6 A max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C1' A max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4' A max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5' A max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C3' A max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4' A max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O3' A max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O5' A max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' B max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N9 B max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C1' B max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2' A max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
N3 B max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C4 B max_d=0.101 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C8 B max_d=0.103 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C5 B max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
N7 B max_d=0.116 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2 B max_d=0.123 avg_d=0.061 std_dev=0.061
C2' B max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
P A max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C4' B max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C6 B max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N1 B max_d=0.141 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O2' B max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
N6 B max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C5' B max_d=0.150 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C3' B max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
OP1 A max_d=0.158 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O3' B max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
OP2 B max_d=0.173 avg_d=0.087 std_dev=0.087
P B max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O5' B max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
OP1 B max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP2 A max_d=0.207 avg_d=0.103 std_dev=0.103

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
OP1 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C2 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03
C2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C5 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02
C5' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C6 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03
C8 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
N1 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03
N2 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02
N3 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02
N7 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01
N9 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01
O2' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP2 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00